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高尔察克的失败使帝国主义者和俄国反革命分子更加恼火。他们组织了第二次进攻。1919年秋，协约国发动了进攻。这次进攻的特点是协约国撤出自己的军队，改为逼迫苏俄周围的小国来进攻苏俄，并许诺给这些小国以经济援助。如果说协约国第一次进攻是直接的进攻，这次则是以金钱雇用周围小国来攻打苏俄的间接进攻。这是一次联合的进攻。这一次由邓尼金、尤登尼奇同时发动进攻。进攻的重点在南方，邓尼金是这次进攻的主力。1919年7月3日，邓尼金下令分三路进攻莫斯科：右路是弗兰格尔指挥的军队；中路是顿河军队；左路是邓尼金的王牌军——“志愿军”。邓尼金的军队气势汹汹，给苏维埃政权造成了极大的压力。同时，尤登尼奇又一次向彼得格勒发起进攻。反苏维埃分子甚至悬赏100万卢布给邓尼金首先进入莫斯科的军队。邓尼金军队沿着哈尔科夫—奥廖尔—库尔斯克—图拉—莫斯科一线向莫斯科进军。邓尼金还制造了一列“向莫斯科进军号”装甲车企图向苏维埃政权的心脏发起致命的攻击。莫斯科岌岌可危。
形势十分严峻。1919年7月3日至4日，俄共（布）中央全会召开，专门讨论协约国进攻、苏维埃政权所面临的种种重大问题。列宁起草了一系列文件。列宁写了《大家都去同邓尼金作斗争！》一文。鉴于该文非常重要，俄共（布）中央决定将其作为党中央给各级党组织的信加以公布。列宁在这份文件中表示：“社会主义革命的一个危急关头、甚至可能是最危急的关头到了。”列宁要求全体共产党员、全体同情分子、全体正直的工农、全体苏维埃工作人员，“都要按战时要求紧张行动起来，把自己的工作、精力和注意力尽量转到完成直接的战争任务上，转到迅速击退邓尼金的进犯上，并减少和改变自己其余的一切活动，使之服从于这个任务”。“苏维埃共和国已在敌人包围之中。它应当不是在口头上而是在实际上成为一个统一的军营。”“所有机关的全部工作都要适应于战争，都要按战时要求加以改造！” [31] 邓尼金的进攻给苏维埃政权造成了最严重的威胁。但是，应该说，反苏维埃政权的政治和军事实力并不是协调一致的，它们之间也存在着很大的矛盾和斗争，所以，苏维埃政权能够在极其危险的夹缝中得以生存。据莫洛托夫回忆：“内战时有过这样的时刻，当邓尼金逼近莫斯科时，马赫诺 [32] 突然解救了苏维埃共和国；从侧翼攻击了邓尼金。为了反击马赫诺，邓尼金撤走了军团。你看，就连马赫诺有时也带来好处。也有过这样的情况：列宁把我们召集起来说：‘苏维埃政权停止存在。党转入地下。’当时还为我们准备了文件、秘密接头的暗号……” [33] 可见当时情况的危急。
就在前线吃紧之时，红军指挥系统内部出现矛盾。1919年8月，伊·斯米尔加给俄共（布）中央写信。他在信中报告了南线的严重情况：“我们失利的主要的和基本的原因是南方面军革命军事委员会不会指挥和管理军队……现在的革命军事委员会班子没有工作能力。互不了解到如此厉害的程度，以致不能指望会‘协调一致’。”他点名批评了托洛茨基和索柯里尼柯夫，认为他们起了有害的作用。 [34] 列宁协调这里的关系。列宁给斯米尔加写信：“托洛茨基正在这里，看来要待一周左右。希望您能同他建立和谐的工作关系。您来谈谈不好吗？不要急躁，不要过分挑剔。如不来，请更经常地通消息。” [35] 这种矛盾在战争时期经常出现。
这期间，俄共（布）进行了几次“征收党员周”，有20万新党员加入了党的队伍。在战争中涌现出布琼尼这样英勇善战的指挥员。他指挥红军骑兵集团军不断地重创敌人，取得了重大的胜利。在红军的打击下邓尼金军队迅速走向溃败。与此同时，尤登尼奇的军队也被红军击溃。邓尼金和尤登尼奇的溃败加速了高尔察克的灭亡，红军向东追击高尔察克的残部。1919年8月24日，列宁发表了《为战胜高尔察克告工农书》，强调必须竭尽全力把高尔察克、日本人和其他外国强盗赶出西伯利亚，必须努力地消灭敌人，绝不允许敌人一次又一次地来为非作歹。1919年11月1日，红军攻克了高尔察克的首府鄂木斯克。高尔察克被处决。
协约国的第二次进攻又失败了。什么原因呢？列宁总结说：“第二阶段，我们夺走了它们的小国，尽管这些小国一直是反对我们的，尽管那里统治国家的都不是苏维埃政权，而是资产阶级政权。这些小国对我们采取了友好的中立态度，反对称霸世界的协约国，因为协约国是要压迫它们的强盗。” [36] 在第二阶段中，不仅小国的工人和农民不愿意来攻打苏俄，就连这些小国的相当一部分资产阶级也不肯来攻打苏俄。如，芬兰的资产阶级政府尽管对布尔什维克的政策表示反对，但他们对攻打苏俄采取消极态度：“如果我们按协约国的指示去做，那一定会丧失任何独立的希望”。 [37] 所以，列宁分析说，这些小国不来攻打我们，“并不是因为波兰、芬兰、立陶宛、拉脱维亚的资产阶级觉得布尔什维克的眼睛漂亮，执行这种政策可以得到愉快（这当然是胡说），而是因为我们正确地判定了世界历史的力量：或者是野蛮的资本取得胜利（不管是哪一个民主共和国），那它就会扼杀世界上所有的弱小民族；或者是无产阶级专政取得胜利，那全体劳动人民和各被压迫的弱小民族就有了希望。” [38]
苏俄政府和人民又赢得了第二次战争的胜利。但战争给俄国人民带来无穷的灾难。苏俄军队受到虱子、伤寒和斑疹的摧残。
由于战争的原因，当时在俄国伤寒斑疹和虱子蔓延。这些都大大地削弱了苏俄军队的战斗力。为了提高军队和居民的健康水平，列宁决定成立卫生人民委员部。据谢马柯什回忆，当时在成立卫生人民委员部的问题上中央高层曾进行过激烈的争论。负责经济方面的人士表示反对成立这个浪费钱财的人民委员部。托洛茨基也表示反对。但所有关于建立卫生人民委员部的反对意见都被列宁驳回去了。当时，列宁非常支持卫生人民委员部的工作。1919年底俄国虱子、斑疹伤寒非常流行。列宁对此十分忧虑。在1919年12月的全俄苏维埃第七次代表大会上，列宁表示，苏维埃政权的头号问题是粮食问题；第二号的问题是燃料问题；第三号的问题是虱子、斑疹伤寒问题。这是俄国的第三种灾难。虱子、斑疹伤寒在“吞噬着我们大批军队”。列宁说：“同志们，你们在这里想象不出斑疹伤寒流行地区的惨状，那里的居民没有物质资料，个个虚弱无力，一切生活和社会活动都停止了。因此我们说：‘同志们，把全部注意力集中在这个问题上。或者是虱子战胜社会主义，或者社会主义战胜虱子！’”在这里列宁赞扬了医生的忘我工作，认为医生的工作“不亚于任何军事专家”。 [39]
战争是政治的延续。军事行动需要政治的配合，更需要外交的帮助。外交行动和军事行动往往是不可分割的。有时军事上难于取得的东西，通过外交途径可以达到。这一时期，列宁运用外交决策艺术，与军事行动相配合，取得了巨大的成功。