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关于肃慎的族源大致有以下三种观点：其一，肃慎为东北土著民族；其二，肃慎是源于山东半岛的东夷部落族群；其三，肃慎初居河北北部至辽西一带。归纳起来，有关肃慎的族源主要分为南来说和土著说两种。所谓肃慎南来说的看法主要奠基于民国史学家金毓黻先生的论述。他在《东北通史》一书中经过旁征博引后得出论断：“就吾国古史料求之，即居于东北最早之肃慎族，亦有于先史时代自山东半岛移植之可能。据近顷学者考究之结果，今旅顺老铁山与登州之海程间，本有无数小岛连续不绝，如果古代海面低于现代时，则自登州与旅顺间，可成一脊。以为由山东通于辽东之捷径，即使不能自通，亦可籍数小岛渡水通之，而大易于今日，审是则居于山东半岛之民族，从海道以移入东北，实较幽营一路为顺便，此得于地理之助之一种推断也。……又考左氏昭九年传，有‘肃慎燕亳吾北土也’一语，若谓古代之肃慎族居于今宁古塔一带，则与燕亳之地隔绝太甚，何以与之并言，愚因疑最古之肃慎族，当起于山东半岛，再由登州海中之脊而移居于东北，其残留于山东东北者，即以肃慎为氏，又别书为夙沙，至其移居东北之时代，或在有史以前……”
金先生不仅认为肃慎族源起于山东半岛，也反对肃慎分布于宁古塔之论，此说可谓影响甚广。董万仑指出：“据人类学家研究，东北地区的原始人类是从中原迁来的，其中一支于二、三万年前进入长白山，出现‘安图人’，肃慎人的先祖，可能在这时迁到了长白山，后来逐渐形成肃慎族系。”
李德山则提出了著名的“东北古民族源于东夷论”，认为东北古族与东夷民族之间存在密切联系，从文献记载、考古发现及风俗习惯上均可看出，东北古族是东夷部落的一支北上并逐渐定居下来。
傅剑认为肃慎与商人同属于上古东夷部落的两大分支，而东北肃慎起源于今山东地区，他认为：“肃慎族中的一支早在夏朝初年，便已经向北迁徙到东北地区，并保留了肃慎的族名；而另一支则留在故地，并在商代成为了显族，具有重要地位。据有关考证，甲骨卜辞中所记载的肃，即肃慎氏，为殷时东方属国，其他当今安阳之东，山东的东部，约当今山东济南一带。”作者还通过对商人与肃慎—满族人两者在始祖神话、宗教信仰、文化观念、生活习俗方面的相同与相似性以及相关文献与考古发现所揭示的上古时代商人与肃慎人迁徙路线进行分析，可知作为后世华夏—汉族重要来源的商民族，与肃慎—满族有着极为密切的亲缘关系。
崔向东则认为肃慎、挹娄古族源自辽西古老的东夷部族“伊虑”，“伊虑”与“挹娄”为同音异写，该民族约在西周中晚期不断北移。
总而言之，肃慎居地目前在学术界存在如下两种观点：其一是迁徙说，该说法认为肃慎起源于山东半岛，因受东夷其他部族侵扰而整体北迁，他们从山东半岛横渡渤海海峡，经辽东半岛沿鸭绿江溯江而上，翻越长白山而到达今黑龙江牡丹江中下游、松花江中下游和黑龙江中下游地区。其二是地域说，该说法认为肃慎人一直居住在长白山以北的广大地区。总之，不论肃慎起源为何，肃慎人是依托松花江、牡丹江、乌苏里江等流域发展壮大的民族集团，则是不可争辩的事实。
在肃慎研究中，其与挹娄的关系无疑是一个极为热点的话题，学术界已论战了数十年，至今仍在继续，尚无定论。其观点分歧在于肃慎与挹娄究竟系同一族系在不同历史时期的不同称呼，还是两个不同的古代族群。两种观点各有众多支持者。
民国时期一些学者认为肃慎为挹娄一部，肃慎从属于挹娄。民国时期丁谦首倡此说。自此之后，吴士鉴、刘承幹（吴士鉴、刘承幹等著《晋书斟注》，卷97）、翦伯赞（翦伯赞等编《历代各族传记汇编》第二编）、冯家昇等学者均表示赞同。丁谦的《晋书四夷传地理考证》（《浙江图书馆丛书第一集》1915年）认为：“（挹娄）不过肃慎境中一部族，并不足以名国。第因生齿繁衍，分布各方，而肃慎主权日渐衰替，不足以制驭之，其人遂据地自擅，互相雄长，于是肃慎一国，竞在若存若无之间。以余考之，其国至晋实未尝亡也。”冯家昇也同样赞同丁谦的观点，认为挹娄实为肃慎境中一部族，大抵在魏晋之间，挹娄一度强盛，由于其住地在肃慎领域，风俗习惯、朝贡楛矢石砮等与肃慎相同，故而被人混而为一。
金毓黻则在《东北通史》中明确指出：“挹娄为肃慎之异称”，二者实为一族。
傅斯年的《东北史纲初稿》也认为，魏晋时有以肃慎名国者，即挹娄，非加挹娄以肃慎之名也；挹娄是通古斯人的远祖；南北朝时挹娄兼并沃沮而袭其名。
中华人民共和国成立后，特别是改革开放以来，对这一问题的研究仍在继续。赞同肃慎与挹娄为同一族系在不同历史时期的不同称呼的学者有杨保隆、林树山、栾凡等。薜虹、李澍田
、宁梦辰
、佟冬
等东北通史著作类作者，则基本赞同肃慎与挹娄前后相继、一脉相承的关系。杨保隆经过详细考证，认为挹娄、勿吉是肃慎泛称下的“一部分”，肃慎、挹娄、勿吉是同一人们共同体在不同历史时期的族称。
张泰湘
、陈显昌
、白凤岐
、穆笑冰
也基本赞同这一观点。林树山认为，不少人认为将肃慎与挹娄牵强地联系在一起是出于延长满族历史的政治需要，“此乃实属历史之误会，事实上最早将挹娄与肃慎联系起来的不是别人，正是《后汉书》的撰写者——南朝刘宋的史学家范晔，而以后有关之事，统统不过以讹传讹而已”
。言外之意，作者以为肃慎与挹娄之间的关系是前后相承的，并非今人为政治目的而故意将其强行勾连起来。张博泉认为肃慎、挹娄、女真同出一语源，女真、室韦分别属于东夷、东胡两个族属系统不同的族群，肃慎、挹娄、女真自古居住在东北地区的东北部，金代女真不是辽之女真，更不是从西北迁来，也不出于室韦的“如者”。
张云樵认为肃慎与挹娄的关系，既有渊源又有衍变，既不是一脉相承一成不变，也不能完全割裂否定其历史源流，即挹娄源于肃慎，又在肃慎的基础上发展演变为挹娄。
赞同肃慎与挹娄是两个不同族群的学者有薛虹、孙进己、王禹浪、王文光、王乐文、郭孟秀、程妮娜等。薛虹认为肃慎与挹娄是两个不同的族群，并非一个民族在不同时期的称呼。
李德山亦认为挹娄非肃慎，他们各成系统。
孙进己认为，肃慎、挹娄、勿吉是同语同种而非同部的三个不同群体。
他在其后出版的名著《东北民族源流》一书中明确指出：“肃慎、挹娄、勿吉并非传统认为的是一脉相承发展而来，而是同一系统中的不同部分。”
王文光也较早地指出肃慎与挹娄是同源异流的近亲民族群体，挹娄并非由肃慎发展而来。
王乐文认为由于诸方面的原因，难以考实的早期肃慎族被奉为挹娄、勿吉等族之祖先。虽然唐代以后的一些史书不再坚持此观点，但其皆视挹娄、勿吉、靺鞨、女真等族为同族异称，这也是不确切的。因为文献和考古资料显示，挹娄和靺鞨等族的人群构成都不是单一的，而他们的传续发展也绝非是线性的。
并就“肃慎族系”观产生的原因有以下论述：“‘肃慎族系’观得以形成并根深蒂固，主观上是由于历代统治者重视肃慎之贡，致使作史者不能正视早期文献对先秦肃慎之记载，仅以贡‘楛矢石砮’这一特征去标识肃慎。客观上，挹娄以后诸族文化面貌存在共性，并有一定的承接关系，造成‘肃慎族系’一脉相承的假象。而实际上，汉代以后的挹娄诸族与文献所记的先秦肃慎时隔上千年，未必是一家子。上述文献记载和考古资料所反映的诸族在文化上的共性，是由于他们适应共同的自然环境而造成的，既不能在考古学上决定其文化性质，更不能证明其人群未发生改变。并且，考古学文化改变的背后都隐含着不同人群集团的流动与重组，即便是发生于同一系统的文化改变。所以，挹娄等族群的来源与形成都很复杂，文献中每一次族称的变化，其背后都隐含着人群的重组和文化的流变，每个族的主体成员及其构成亦不尽相同。”
这一论断十分引人深思。郭孟秀通过考证梳理文献，认为文献对肃慎与挹娄的记述可划分为三个阶段：先秦时期的肃慎，汉晋时期的肃慎与挹娄互见，五代至宋辽时期的肃慎与挹娄浸微。经过对史书的分析可以看出，虽然肃慎与挹娄历史渊源极深，且存在诸多共同之处，却有着不同的社会历史进程，因而可以确认为两个不同的古代部落。
程妮娜认为肃慎与挹娄是魏晋时期同时存在的两个族群，魏晋时期中原士人基于对挹娄的习俗和朝贡楛矢石砮的了解，将其与先秦肃慎人联系起来，这种联系承载着证明其王朝正统性的重要政治含义。
郝庆云曾发表论文认为：肃慎和挹娄不是一脉相承、前后相袭的同一族体，而是以“挹娄”为名的部落群，大体来自曾以“肃慎”为名的部落群中，即挹娄从属于肃慎。汉晋之际挹娄部落强大，代替了肃慎部落，肃慎部落沦落为部落群中的一般部落而依然存在。
这一观点与民国时期的学者观点相呼应。沈一民认为，对现有的先秦、秦汉文献进行分析可知，当时中原王朝对古肃慎的认识是比较模糊的，古肃慎与东北地区也没有直接或必然的联系。到了魏晋南北朝时期，由于中原王朝与东北关系的日益密切，魏晋史家以“楛矢石砮”为依据，将古肃慎与东北民族联系在一起，并进行了重新确认。但我们并不能以魏晋史家的看法，简单地把这一时期的肃慎和古肃慎画上等号。这一时期所出现的肃慎实际上就是挹娄，肃慎一词是中原王朝强行给挹娄所加的族称，是中原王朝出于自己的政治需要，强行将挹娄进贡“楛矢石砮”说成是肃慎进贡“楛矢石砮”
。沈一民提出了“古肃慎”的概念，用以区别汉晋时期文献中出现的“肃慎”，值得学术界关注。
此外，据高句丽好太王碑碑文记载：“八年戊戌，教遣偏师观帛慎土谷，因便抄得莫斯罗城加太罗谷男女三百余人，自此以来朝贡论事。”关于“帛慎”二字，我国学者荣禧、杨守敬、罗振玉、刘承干、金毓黻等均释读为“帛慎”
，孙进己则释读为“息慎”
。孙先生引《三国史记》卷17《高句丽本纪》所载高句丽与肃慎（即挹娄）战争的一段史料，该史料记载了高句丽西川王因“肃慎来侵，屠害边民”对其进行征讨，最终“拔檀卢城，杀酋长，迁六百余家于扶余南乌川，降部落六七所，以为附庸。”范恩实认为凤林古城所反映的族群大约是肃慎族团遭高句丽人毁灭性打击的结果。
如若“帛慎”二字可确证反映了这段史实，那么所迁之“帛慎”即是被高句丽驱逐的肃慎族团。关于肃慎族的流向，李德山、栾凡指出：“其民族流向不排除加入汉族，或与周边的同源民族融合的可能，但大部分还生活在本体之中。”
当然，不排除在高句丽发展壮大的过程中，一些肃慎族居民加入了高句丽族的行列，并与高句丽人融合。
总之，数十年来的考古发掘和研究表明，位于牡丹江流域的莺歌岭文化、兴凯湖畔的新开流文化、乌苏里江流域的饶河小南山文化、七星河流域宝清劝农二道河文化应是肃慎族的考古学文化，亦是东北满族先民最早的古文化。这些内涵丰富的考古学文化和一个个惊人的发现，在极大地丰富我们对满族先民肃慎族认识的同时，也留下了诸多难解的谜题。例如，在饶河小南山遗址山顶的一座新石器时代墓葬中，出土了各式精美玉器上百件，这些玉器不仅反映了墓主人显赫的身份地位，也标志着乌苏里江流域满族先民的文明曙光，经研究发现，这些玉器与辽西的兴隆洼文化、红山文化存在一定的承续关系。在劝农宝清二道河遗址的房址中，出土了三江平原目前所见唯一一批具有中原商周青铜器纹饰和器物风格的陶器，最有特点的就是泥质莲花纹陶杯，造型独特，纹饰优美，其蕴含的深层次的文化结构与内涵还有待于进一步研究。总之，这些考古学文化为我们展现了满族先民肃慎族的文化面貌。