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在苏哈托统治印尼的30多年时间里，印尼一直保持着较快的经济增长速度。人均国内生产总值由70美元增长到1996年的1000美元；从1983—1993年，年均实际 GDP 增长率为5.9%, 1993—1995年，增至7.5%；通货膨胀率维持在5%—10%，印尼币值稳定且具有可预测性。
1997年之前的25年中，印尼经济增长率平均为7%。人均收入从1966年的75美元增长到1996年1200美元；根据世界银行划定的贫困线标准，印尼贫困人口从1967年总人口的60%下降到1997年总人口的11%（约2200万）; 1970到1997年间，婴儿死亡率由118‰降到52‰，平均寿命从48岁增至64岁。
由于危机发生前印尼一直保持着良好的经济发展势头，人们也比较看好印尼的发展前景和投资环境。虽然进入20世纪90年代后印尼的政治变化和苏哈托的继任者问题一直是印尼国内经常有人讨论的问题，但似乎没有人预测到印尼会突然深陷全面的经济和政治危机之中。
不过，印尼社会政治中实际上已经潜伏着深刻的危机，旧的控制方法已经效果不彰了，人们渴望变化。1996年苏哈托政府对印度尼西亚民主党的干涉成为一个关键性事件。梅加瓦蒂·苏加诺普翠成为印度尼西亚民主党领导人，这对苏哈托个人形成了挑战。苏哈托担心她在1997年选举竞选活动中将会为印尼民众展示其不满提供平台。于是，苏哈托政府向印度尼西亚民主党领导层施压，要求撤销梅加瓦蒂的领导人职务，梅加瓦蒂拒绝承认被撤职的合法性。苏哈托政府的做法引起了人们的反感。1997年5月的选举中，专业集团党大胜，但在当时的情况下人们普遍质疑这一结果。梅加瓦蒂事件在印尼社会政治中不断发酵，印尼民众的情绪已经从勉强的顺从转移开来了，并越来越倾向于更具挑战性的表达。
1997年中期，亚洲金融危机提供了催化剂，使苏哈托政府很快走向崩溃。
亚洲金融危机在1997年7月首先从泰国开始，并迅速扩展到周围国家和地区。受泰铢急剧贬值的影响，印尼盾在7月8日开始面对贬值压力，7月中旬开始下跌。7月11日，印尼中央银行扩大干预区间，在有管理的浮动制度下扩大印尼盾波动区间，从9%扩大到12%。随着投机压力增加，在印尼盾贬值13%时，印尼央行于8月14日放弃了有管理的汇率制度，实行完全自由的浮动汇率制度，允许印尼盾自由浮动，同时提高利率接近100%以吸引印尼盾的存款。9月1日，印尼政府取消或搁置了大约150个重大发展项目。9月中旬，印尼财政部长发布了政府克服危机的计划，其目标有五：第一，稳定印尼盾；第二，财政整顿；第三，降低经常项目赤字；第四，加强银行部门；第五，加强私人公司部门。但这些措施和政策宣示根本无济于事，未能制止印尼盾的急剧下跌。
1997年10月8日，在汇率超过3800印尼盾兑1美元时，印尼开始寻求国际货币基金组织的援助。10月31日，印尼政府与国际货币基金组织谈判并签署了第一个意向书（LOI）。该意向书附有一经济和财政政策备忘录（MEFP），其中包含一项克服经济危机和实现经济复兴的计划。该协议规定印尼可以得到总额约230亿美元的一揽子国际援助，用于稳定货币；印尼承诺进行一系列改革，包括结束大多数垄断行业和政府补贴等。
11月1日，印尼政府迅速关闭了16家弱小的商业银行，国际货币基金组织在11月提供了最初的30亿美元。但国际货币基金组织的协议未能解决问题，印尼盾在日本、新加坡和印尼的中央银行联合干预外汇市场之后仅仅稳定了两个星期，经过小幅短暂回升后再次下跌。11月底跌到4000印尼盾兑1美元，12月24日进一步跌至6152印尼盾兑一美元。
1998年1月6日，苏哈托公布1998—1999财年预算草案。由于该预算案的某些规定违背了与国际货币基金组织达成的协议，美国总统克林顿等都敦促苏哈托遵守协议。苏哈托的这一举动也给市场带来消极影响，民众对贬值的预期进一步增加，进而加剧了通货膨胀压力，市场的反应反过来也就更加负面。
1998年1月15日，印尼政府与国际货币基金组织通过谈判签署第二个协议。
国际货币基金组织承诺向印尼提供430亿美元援助，而印尼则进行比最初的一揽子协议的规定更为有力的改革。该协议的规定比第一个更加详细，而且包括了一个改革印尼银行业及解决国际债务问题的方案，以重建印尼经济、恢复其金融实力。该方案涉及货币政策、财政政策、银行改革以及其他结构性改革。新协议还规定设立一个委员会，专门研究私营企业的债务问题。第一个意向书规定了1%的预算结余，而新的意向书允许小于1%的赤字以刺激经济。同时，新的意向书继续要求降低补贴。新协议依然未能增加人们对印尼经济及政府应对危机能力的信心，相反，印尼盾在1月15日再从7200印尼盾兑1美元降低到9300印尼盾兑1美元。
苏哈托透露出选择研究与技术部部长帕夏鲁丁·优素福·哈比比（Bacharuddin Jusuf Habibie）作副总统搭档的信息后，印尼盾币值再创新低，在1月22日逼近17000印尼盾兑1美元。因为哈比比是苏哈托的亲信，坚定地支持高科技、快速发展且花费甚巨的项目；同时他也是印尼裙带资本主义的代表性人物之一。通过选择哈比比为副总统的方式，苏哈托表达了保护自己和家族以及朋友之位置的意图。
如果他作为副总统，也就意味着未来可能成为苏哈托的继承人，无论印尼国内，还是国际上，对印尼未来政局发展和经济前景都会缺乏信心。
1月23日，印尼财政部公布了经过修正的、反映了与国际货币基金组织之间的新协议内容的预算案，但新预算案中设定的汇率、增长率以及通货膨胀假设与印尼经济表现实际上有很大差距。印尼盾不断贬值、国内高利率和沉重的外债对越来越多的印尼公司构成了威胁。1月27日，印尼宣布一项实际上冻结公司外债偿付的措施。
实际上，从1998年1月到苏哈托下台这段时间里，印尼经济政策一直处于瘫痪状态，这给印尼经济带来灾难性影响。同时，厄尔尼诺现象引发的旱灾，又严重打击了印尼大多数农村地区，谷物因干旱而死亡或减产，也令印尼社会经济危机雪上加霜。
日益恶化的银行业影响了贸易部门，因为外国出口商不愿接受印尼银行发出的信用证。印尼很多工厂无法进口生产出口产品的原料；贸易品价格飙升，实际收益降低，国内市场崩溃。印尼经济和社会发展的各项指标都严重倒退：到1998年1月中，雅加达282家股票交易公司中有260家在技术上处于破产状态；根据印尼银行业的规定，240家银行中最多只有10家具有偿付能力；印尼外债总额由1994年的830亿美元增长到1998年3月的1360亿美元，占印尼国民生产总值的83%; 1997年7月，印尼的外汇储备为200亿美元，1998年3月初降到163亿美元；1998年3月，印尼政府估计失业人口有870万，是1997年6月份失业人口的2倍；从1997年起到1998年初，食品价格上涨50%—100%，世界银行估算约有20%的印尼人口会因经济危机而生活在绝对贫困状态，而1997年约占11%；药品严重短缺，交通系统瘫痪，食品严重匮乏，等等。
国际货币基金组织与印尼政府的一系列互动，也进一步加剧了印尼的经济危机。1998年3月9日，以苏哈托不愿实施协议规定的改革为由，国际货币基金组织宣布将推迟向印尼提供400亿一揽子贷款中的30亿美元。
经济危机的加深充分暴露了印尼社会内部深层次的问题：以军队为基础的威权主义政权的残酷；伴随着任人唯亲和裙带关系的无孔不入、无处不在的腐败，庞大、高成本、低效率的国有企业部门，自上而下沉闷的官僚体系，腐败且反应迟钝的法律体系，等等。这些问题使得政治和社会危机也表现得更加严重。反对派在1998年1月就开始要求苏哈托下台。1月和2月中旬之间，印尼，特别是在爪哇发生了一系列暴力冲突事件，矛头对准了华裔印尼商人。2月起，学生也开始了抗议活动，并日益发展成为暴力冲突。1998年3月11日，在人民协商会议上，苏哈托总统又争取了第七个总统任期。1998年5月，印尼国内各种矛盾激化，爆发了全国性的骚乱。5月18日，几千名学生占据了议会大厦。
面对严重的经济和社会危机，苏哈托的政治伙伴纷纷站出来促其下台。1998年5月19日，苏哈托试图缓和学生示威者，承诺提前进行选举，但其提议为学生拒绝。苏哈托在印尼立法机构的盟友也呼吁他辞职。20日，内阁顺应民意解散。当晚，国防部长兼武装部队总司令维兰托（Wiranto）将军拜访苏哈托。1998年5月21日上午9点，苏哈托总统通过国家电视台宣读了辞职声明。苏哈托辞职后不久，哈比比在最高法院主持下，宣誓就职。苏哈托辞职，标志着印尼民主化进程真正开启。这也为美国更大规模卷入印尼的政治转型进程创造了契机。