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因为史料有假有误，所以考证考信的功夫就十分重要。我们在前面说过，傅斯年认为整理史料的方法就是比较不同的史料，这其实一直是中国古代史家的惯用手法，诚所谓“有比较才有鉴别”。傅斯年在《历史语言研究所工作之旨趣》中写道：
西历纪元前两世纪的司马迁，能那样子传信存疑以别史料，能作八书，能排比列国的纪年，能有若干观念比十九世纪的大名家还近代些。北宋欧阳修一面修《五代史》，纯粹不是客观史学，一面却作《集古录》，下手研究直接材料，是近代史学的真功夫……司马光作《通鉴》……能利用无限的史料，考定旧记，凡《通鉴》和所谓正史不同的地方每多是详细考定的结果，可惜长篇不存在，我们不得详细看他们的方法，然尚有《通鉴考异》说明史料的异同。（傅斯年：《史学方法导论》，上海古籍出版社2011年版，第135页）
这样的例子在中国史学史上举不胜举，傅斯年举了汉代和宋代的例子，其实魏晋南北朝也是中国史学相当辉煌的时期，前四史中的《后汉书》和《三国志》就是这个时代的作品。关于陈寿的《三国志》，我们后面再说，这里讲一讲《三国志注》，看一看古人是如何进行史料比较研究的。
在陈寿作《三国志》之后130 余年，南朝宋文帝刘义隆看到《三国志》过于简略，请时任中书侍郎的裴松之为《三国志》作注。裴松之接到任务后，用了3年左右时间，完成了《三国志注》，附上一份《上三国志注表》，一并呈给皇帝过目，宋文帝读了很欣喜，称赞道： “此为不朽矣！”
在裴松之之前，一些学者为史书《左传》《国语》《战国策》等作注，都仅限于音义、名物、地理、典故的解释。裴松之作注不是一般的训诂和解释，而是旁征博引各种史料，并且注明出处，时加考证辨析，为《三国志》提供了大量极其珍贵的补充资料。
裴松之的史注方式，按照陈寅恪的说法，是借鉴了佛教经典“合本子注”的方法。当时中国佛经翻译如火如荼，同一种佛经，不同的人翻译，就有不同的译本。为了进行参照对比研究，有人就对不同译本的佛经进行比较，编纂了所谓的“合本”。这种方法启发了裴松之，他在注《三国志》时，引用了许多相关史料，把不同史家的各种说法集中到一起，对陈寿的原文进行补充、旁证、反证和对比。
裴松之在《上三国志注表》中，讲到了他作注的体例，包括补缺、考异、矫正、评论，这些其实都是史料比较学的重要方法，都建立在不同史料的排比、辨疑和考证基础之上，傅斯年说“比十九世纪的大名家还近代些”，并非言过其实。我们试举数例如下：
补缺，就是用其他史料弥补《三国志》叙事中的简略、缺失、遗漏。这是裴注内容最多、价值最高的部分。如关于曹魏高贵乡公曹髦之死，《三国志·三少帝纪》只有寥寥十几个字：“五月己丑，高贵乡公卒，年二十。”裴松之连续引用了《汉晋春秋》《世语》《晋诸公赞》《魏氏春秋》《晋纪》《魏末传》六种史籍记载，字数多达635字，补充了曹髦被杀的经过，不仅明确了司马昭政治势力公然弑君的史实，而且也展示了不同的史家对这段往事的叙述。又如，陈寿《三国志》讲到魏晋时期最重要的玄学家王弼，只在《钟会传》中顺便提了寥寥23个字，“弼好论儒道，辞才逸辩，注易及老子，为尚书郎，年二十馀卒”。而裴松之则引何劭《王弼传》，补充了王弼的生平事迹和思想学说，多达750余字。没有裴松之这段文字，正始玄学少了一位主力干将，一部魏晋玄学史真不知从何落笔了。再如，讲到吕布与李傕、郭汜在长安交战，裴松之注引王粲《英雄记》，为我们展现了两员大将“单挑”的场面：
郭汜在城北。布开城门，将兵就汜，言“且却兵，但身决胜负”。汜、布乃独共对战，布以矛刺中汜，汜后骑遂前救汜，汜、布遂各两罢。（《三国志·吕布传》裴注引王粲《英雄记》）
这是三国志及裴注中唯一的一处“两军圆阵，两将交马”的场景。由此可知《三国演义》中两将单打独斗的确是存在的，只不过相当罕见。
考异，就是拿《三国志》和其他史书中的不同记载进行比较、考证和辨析，按照裴松之的说法，就是“或同说一事而辞有乖杂，或出事本异，疑不能判，并皆抄内以备异闻”，体现裴松之良好的史识和史才。如陈寿在《魏延传》中讲到魏延在诸葛亮死后“叛逆”，裴松之引录鱼豢《魏略》中的一段话，提出了不同说法：
诸葛亮病，谓延等云：“我之死后，但谨自守，慎勿复来也。”令延摄行己事，密持丧去。延遂匿之，行至褒口，乃发丧。亮长史杨仪宿与延不和，见延摄行军事，惧为所害，乃张言延欲举众北附，遂率其众攻延。延本无此心，不战军走，追而杀之。（《三国志·魏延传》裴注引鱼豢《魏略》）
虽然裴松之很谨慎地说，这是“敌国传闻之言”，不一定可信，但是这段史料对于全面了解魏延“反叛”的真相，还是大有裨益的。
裴松之留下了大量弥足珍贵的三国史料，不仅极大丰富了后人对这段历史的了解，也让后人看到了三国历史的多重叙事，开阔了人们认识三国历史的视野。事实上，陈寿《三国志》原本大约36万字，裴松之注大约32万字，几乎与原文数量相当。裴注引用书籍有200多种，其中史籍有140多种。这些史书百分之九十以上已经亡佚，全赖裴注得以部分保存，功绩巨大。学者逯耀东在《裴松之与 〈三国志注〉》一文中认为，“如果要研究魏晋时期的历史，则裴注的史料价值，当凌驾于陈寿的《三国志》、范蔚宗的《后汉书》之上，至于《晋书》的西晋初年部分，则更瞠乎其后了”。逯耀东评价《三国志注》凌驾于《三国志》《后汉书》之上，这个说法可以商榷。不过，有一点是可以肯定的，假如没有裴松之，流传下来的三国历史肯定不会像现在这么丰富，许多后世津津乐道的三国故事、三国人物都将湮灭无闻，三国历史绝无可能如此熠熠生辉。后世市井流传的三国平话、罗贯中撰写的《三国演义》，很多都取材于裴注，假如没有裴松之，很可能就没有风靡东亚三国的“三国热”。
在日本史学史上，尽管远未达到中国古代这样的史料比较考辨水平，但对史料的搜集、保存、整理、比较工作也在日本史学诞生之后不久就展开了。公元9世纪下半叶，在日本第59代宇多天皇时期，有一位学者型官员菅原道真编纂了一部《类聚国史》，主要取材于8世纪末到9世纪问世的所谓“六国史”，将编年体的六国史按照事项重新分类编纂，以便于检索查阅，其实就是一种类书。中国古代的类书最早可以追溯到魏文帝曹丕组织诸儒撰集经传而成的《皇览》，唐代是类书的第一个高峰期，著名的类书有欧阳询《艺文类聚》、许敬宗《文馆词林》、徐坚《初学记》、虞世南《北堂书钞》、白居易《白氏六帖》等。其中《文馆词林》编于唐高宗时期，曾经流传到日本，《白氏六帖》也肯定传到过日本。坂本太郎认为，“《类聚国史》的许多观念来自中国的类书，项目分类方法也参考了中国的类书，但也有很多自己的创见”。类书虽然不是一种纯粹的史料比较，至少也是一种史料的重新整理与编排。尤有意义的是，《类聚国史》“记事的选取方法极其严密，一字一句也不轻易放过，原则是引用全文”。由于六国史的全部记事被分别记入《类聚国史》的各项目中，它就在客观上起到了保存六国史史料的作用，而事实上六国史确实存在失传的情况，如《日本后记》40卷中就失传了30卷，《类聚国史》能够复原所缺部分。对于文字史书诞生才一百多年的日本史学而言，菅原道真这种注重史料的态度是值得称道的，坂本太郎为此稍显夸张地赞扬道：“这才是彻底的原典第一主义、历史主义的态度，甚至可以使人闻到了近代科学的芳香。”