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我们在前面谈论的主要是史籍类史料，下面再来看看另一类非史籍类史料。
大致而言，史料可以分成两大类：一类是人们有意作为历史记录而留下的史料，主要就是各种文字性的史籍；还有一类不是专门为了记录历史而留存的历史遗迹，它们主要是地下考古发现的史料，也包括地上留存的历史遗物。它们有的是文字性的，如金文、简书、碑铭等；也有不是文字性的，如建筑、器皿、金玉等。
梁启超对史料有一种分法，叫做“在文字记录者”与“在文字记录以外者”，这种分类大致可行，但不够精细，因为“在文字记录以外者”的历史遗留物中也有包含文字的。傅斯年也有一个说法，叫做“直接的史料”与“间接的史料”，这种分类更加科学一些。美国学者阿兰·梅吉尔从是否刻意人为的角度将史料分为历史痕迹（historical traces）和历史材料（historical sources）。他在《历史知识与历史谬误》一书中写道：
痕迹是过去留下的任何事物，但它们并不是为了向我们提供过去而存在，而仅仅是作为正常生活的一部分出现。材料则相反，它是创造者想要作为事件记录留下的任何东西。（[美] 阿兰·梅吉尔：《历史知识与历史谬误》，北京大学出版社2019年版，第35—36页）
“历史材料”是人为有意记述的历史文本，“历史痕迹”则是往事不经意留下的印记。在中国古代的各种史料中，留存了许多原始文档，包括皇帝的敕令、朝臣的奏章、士人的书信等。另外，在稗官野史和个人文集中，也保存了大量私人性的文字。这些个人文档不同于史家的历史叙事，它的史料价值在于尚未经过史家的第二次整理加工，从理论上说算是古人留下的第一手文字素材，就如同今人不以出版为目的的私人日记。这些史料当时之所以被人写出来，虽有各自不同的目的，但都不是有意留给后人进行史学研究的，相对来说更具有“随意性”和“客观性”，这就是梅吉尔所说的“历史痕迹”。
1974年3月，几位陕西临潼县村民在地里打井时偶然发现了秦代兵马俑殉葬群，史学家从中了解到秦国军制及先秦车马制作工艺等历史，然而当初秦始皇陵修筑兵马俑并非为了给后世留下历史研究的史料，所以它们属于梅吉尔所说的“历史痕迹”。另外，19世纪末王懿荣进士在出土的“龙骨”上慧眼发现了甲骨文字，因此成为史学家研究商周历史的重要史料，它们也属于“历史痕迹”。凡是经过考古发掘而发现的“历史痕迹”可以称为考古史料，但还有一些“历史痕迹”，如岩画、石窟、佛塔、古建筑，以及敦煌文献、古犹太《死海古卷》等并非是考古发现的。
下面略谈新史学的考古文献、甲骨文字和敦煌文献等史料研究中，有关中日学者交流合作的点滴事迹。
中国新史学的标志性特征之一，就是对考古史料的特别重视。这一点，在一定程度上受到了先行一步的日本近现代考古学的影响。中国传统的金石、碑铭之学原本就有较高水平，日本在江户时代也已对古碑、古物进行了一些研究。日本真正的科学发掘遗迹的开端是明治十年即1877年东京的大森贝冢发掘，由东京大学的美籍教师莫斯领衔，标志着日本近现代考古学的诞生。近现代考古学是建立在包括人类学在内的诸多科学与技术基础之上的，坪井正五郎（1863—1913）博士在留英返日之后成为这个领域的领军人物。明治二十八年日本成立考古学会，整个明治时期日本考古学以东京大学和帝室博物馆为中心。到了大正时期，京都大学文学部开设了考古学讲座，主持讲座的是留学英国、曾任东大教授的滨田耕作（1881—1938）博士，他后来被称为日本近现代考古学之父，直到今天日本最有名的考古学和历史学研究奖项“滨田青陵赏”就是以他命名的。坂本太郎说，滨田耕作“把应如何科学地发掘处理以及如何整理遗物等知识传播于世”。从1910 年开始，滨田耕作经常到中国进行调查发掘，曾经参与了运送到北京的敦煌文物的调查，结识了中国文献学家沈兼士、金石学家马衡等。1921 年北京大学国学门成立考古研究室，马衡任研究室主任，沈兼士专门派人造访请益滨田耕作。中国近现代考古学发展迅速，成为新史学的一支最重要的生力军，从王国维到罗振玉，再到傅斯年、郭沫若、张光直等，都是利用考古史料的行家里手。
对于文字史料与考古史料两者的关系，王国维早年提出所谓“二重证据法”，即将“地下发现之新材料”与“纸上之材料”二者互相释证，以达到考证古史的目的。1925 年4 月王国维受聘于清华学校研究院，后来应学生会邀请作了题为“最近二三十年代中中国新发见之学问”的演讲，介绍了近期古器物图籍的发现及其对学术发展的影响。下半年王国维正式开设“古史新证”课程，在总论说：
吾辈生于今日，幸于纸上材料之外，更得地下之新材料。由此种种材料，我辈因得据以补正纸上之材料，亦得证明古书之某部分全为实录，即百家不雅驯之言，亦无不表示一面之事实。此二重证据法，惟在今始得为之。（王国维：《王国维全集》第十一卷，浙江教育出版社2009年版，第242页）
王国维在国内最先把考古史料置于文字史料同等重要的地位，体现了日本新史学的考古学思想方法的影响，也是中国传统史学与实证史学相互结合的具体表征。王国维去世后，陈寅恪在《王静安先生遗书序》中，对王国维的学术方法进行了总结，“一曰取地下之实物与纸上之遗文互相释证”，“二曰取异族之故书与吾国之旧籍互相补正”，“三曰取外来之观念与固有之材料互相参证”。这其实是对“二重证据法”的深化阐释。
随着中国新史学的发展，考古史料的地位更加突显，从过去的“补充”递进到“补缺”，甚至成为最重要的方法。蔡尚思在出版于1939 年的《中国历史新研究法》中说，王国维“信古的色彩带得太浓厚，似乎是为信古而考古者；又他整理甲骨文的方法，系侧重 ‘补其文字’，到了郭沫若的《卜辞通纂》，才侧重 ‘接其断片’”。后来傅斯年又将考古学方法上升到排他性的地位，他说：
我们大概都可以知道，古代历史多不可靠，就是中国古史时期，多相信《尚书》《左传》等书，但后来对于《尚书》《左传》，亦发生怀疑，不可信处很多很多，于是不能不靠古物去推证。中国最早出土的东西，要算是钟鼎彝器了。周朝钟鼎文和商代彝器上所刻的文字去纠正古史的错误，可以显明在研究古代史，舍从考古学入手外，没有其他的方法。（傅斯年：《史学方法论》，上海古籍出版社2011年版，第148页）
当然，中国新史学并没有走到抛弃传世文本史料而专用考古史料的地步。不过，在现代西方史学界的上古史研究中，这种史学方法还是颇有影响的。如美国学者罗泰《宗子维城：从考古材料的角度看公元前1000年至前250年的中国社会》一书就是典型代表。在这本中文版厚达五百多页的专著中，作者几乎没有使用任何传世文本史料，全部采用了考古史料，即用所谓“社会考古学”的方法，来叙述中国西周到东周时期的礼制变革、社会变迁和宗教变化等文化现象，得出与很多传世文献史料研究不同的结论。例如，作者利用一套出土的白庄一号窖藏青铜器的形制风格变化，主要是酒器数量的减少和食器、乐器数量的增多，来推断中国西周晚期曾经发生过礼制改革，而且“综合分析白庄一号窖藏出土的器物和铜器铭文表明，周代礼制及其用器制度的变化背后，可能发生了更为重要的贵族社会的全面重组”。这种将考古学“从文献历史学的束缚中解放出来”的史学方法，对于传世文本史料略显无礼，且在学术态度上不乏武断。
对于文本史料与考古史料的合理态度应该是两者的兼容并蓄。尽管文本史料疑云重重，毕竟历时弥久，而且汗牛充栋，虽有瑕疵也难以一朝弃之。考古史料也并非都是梅吉尔所说的“历史痕迹”，因为诸如青铜器铭文事实上也不过是家族荣誉史的炫耀记录，早已经过了宗子族长们的字斟句酌，很难说就能反映当时的“客观”史实，后世史学家未必亦步亦趋。
说到考古史料发现，不能不提甲骨文字。明治三十五年，即1902年10月，时任《朝日新闻》记者的内藤湖南听说了发现甲骨文字的消息，就赶往北京崇文门外刘铁云家里，亲眼看到了第一批甲骨文字，并目睹了刘铁云拓片的过程，内藤湖南因此成为世界上最早见到甲骨文字的外国人。刘铁云《铁云藏龟》出版后，日本东京高等师范学校教授林泰辅（1854—1922）博士于1909 年发表了第一篇有关甲骨研究的论文《论清国河南省汤阴县发现之龟甲牛骨》，寓居北京的日本人田中庆太郎将文章转给了罗振玉，罗振玉阅后“深佩赡核”，致信为祝，并且在重新研究的基础上撰写了《殷商贞卜文字考》一文，与林泰辅切磋。林泰辅后来编撰出版了《龟甲兽骨文字》一书，以此为标志开启了日本学术界对甲骨文字的学科性研究。这些研究又反过来推动了中国学者研究的深化。纵贯世界学术研究史，跨国、跨地域、跨文化的交流合作，对于人类知识积累和文化科学发展，具有不可替代的重要作用。尤其是在新旧学术发展的创新转型阶段，异域和国际的学术交流合作常常成为关键性的助力。
敦煌文献的发现，可以说是人类文献史上的一个神话传奇，古代文献发掘的一次意外惊喜，中国文献研究的一场世纪盛宴。在近现代敦煌文献研究中，中日两国学者通力合作、相互促进，产出了一大批重要的成果。以《坛经》为例，明清以来流行于世的《坛经》宗宝本有2 万多字，明版《大藏经》收录的就是这个版本，长期以来人们都以为这就是禅宗六祖慧能当年讲法的内容，直到敦煌莫高窟藏经洞打开之后，大量敦煌文献重见天日，中日学者在20世纪20年代发现了唐代敦煌《坛经》抄本，包括英博本、敦博本、旅博本，均只有1 万多字，显然这才是唐代早期的《坛经》版本。30年代日本学者铃木大拙在东京兴盛寺又发现了北宋初年的《坛经》抄本，由北宋初年邕州罗秀山惠进禅院沙门惠昕编定，故被称为惠昕本，此本字数近1万4千字。学者们认为，惠昕本是敦煌本向宗宝本演化的过渡性版本，而宗宝本则已人为地加入了大量后期禅僧的笔墨，非复当年慧能说法的原貌了。如果今天有人要研究慧能禅宗思想，随手拿来一本宗宝本《坛经》作为基本史料，不了解它与敦煌本、惠昕本以及契嵩本、德异本之间的异同，岂非贻笑大方。中日学者的《坛经》研究对于认识佛教禅宗发展史具有重要意义，也充分显现了“历史痕迹”史料的特殊价值。