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前文已述，日本最早的史书是已经失传的《帝纪》《旧辞》，日本存世最早的史籍是《古事记》《日本书纪》。在《帝纪》《旧辞》与《古事记》《日本书纪》之间，还出现过一部重要的日本史籍，即传说是圣德太子主持编纂的《天皇记》。
圣德太子是第31代天皇用明天皇的皇子，公元593年被立为第33代天皇推古天皇的太子。圣德太子作为推古天皇的摄政，推行文化立国的国策。在推古天皇二十八年，即公元620年，圣德太子与大臣苏我马子商议，编纂一部日本国史，名为《天皇记、国记、臣连伴造、国造、百八十部并公民等本记》。
这个冗长的书名看上去令人费解，其中的“臣连伴造、国造”是氏族身份称号，“臣”“连”是中央大族，最重要的大族被称为大臣、大连；“伴造”是世袭担任朝廷某项职务的中级氏族，“国造”是地方豪族，“百八十”是多数的意思，“部”是“伴造”的同族；“百八十部”就是大多数大族同族的意思；“公民”是直属朝廷的民众，大概类似于春秋时期的“国人”。按照坂本太郎的解释，这是一部包括天皇记、日本国记以及大族豪族重要人物记直至国民的史书，“此书名只是表明要写包括全体国民在内的历史的理想，实际上没有完成”，当然，“即使是理想，相对以前只能笼统地称为旧辞的传说，设想了对象范围明确的各种历史，作为历史叙述的进步何等之大，是不言自明的”。
此书最重要的特点是“吸取了年代观念，确立了古代史的纪年”，这是日本编年史之始。虽然在此之前的《帝纪》《旧辞》已有天皇在位多少年的年数观念，却没有按照时间来记录历史。中国古代最早的史书《尚书》记录了周朝初年的重大事件和国家文告，也没有年代的观念，只能说是史料，而非史书。根据西周时期“左史记言，右史记事，事为《春秋》，言为《尚书》”，中国古代编年史应该从西周便开始了，遗憾的是没有史籍留存下来。春秋时期已有各诸侯国编年史。留存至今最早的编年史就是孔子依“鲁史”而修作的《春秋》，从中大致可以窥见“鲁史”最迟起笔于春秋中期，至少比日本圣德太子的编年史《天皇记》早一千年。对于日本而言，圣德太子的《天皇记》具有划时代意义，因为从史学史的角度来看，只有把时间与事件同时记录下来，才称得上是真正的历史叙事，“太子在其打算撰写的天皇记、国记中确定了纪年，是按照时间记载事实的”，这是日本史学史上了不起的创举。
遗憾的是，这部日本最早的编年史并没有流传下来。坂本太郎写道：
皇极天皇四年（645）苏我氏灭亡时，天皇记、国记在苏我氏家中焚毁。据说船史惠尺取出燃烧的国记献给中大兄皇子，但这些书连残鳞片甲也没有流传到后世。（[日] 坂本太郎：《日本的修史与史学》，北京大学出版社1991年版，第5—6页）
这种史料的散佚对于史学家来说真是刻骨铭心的哀痛。早在两千多年前，中国第一位史学思想家孔子就对史料的不足发出深深的感叹：
夏礼吾能言之，杞不足征也；殷礼吾能言之，宋不足征也。文献不足故也。足，则吾能征之矣。（《论语·八佾》）
孔子是一位相当严谨的史学家，“无征不信”是他的基本态度。面对史料的残缺，孔子不无遗憾地说，夏代的礼仪他还知道一些，但夏人后裔的杞国已经所剩无几，无法提供证据了；商代的礼仪他也知道一些，但在商人后裔的宋国也已所剩无几，无法提供证据了。夏商的文献史料实在太少了，不然的话，就有充分的史料证实夏商的礼仪。“文献不足故也。足，则吾能征之矣”，这句话道出了历代史家多少自信满满的抱负与无可奈何的失落！
由于缺乏文字史料，日本绳文、弥生、古坟时代的历史只能依靠考古发现，而在近现代西方考古学传入日本之前，这些历史只能付之阙如。最早详细记录日本历史的文字书籍并非出自日本，而是出自《三国志·魏志》。家永三郎在《日本文化史》中明确说，“八世纪前后完成的《古事记》《日本书纪》《风土记》，以及被视为在它们前后成形的祝词、寿词等日本方面的文献”，都只是“反映了《魏志·倭人传》之后的时代状况”。在日本史学界，有一个颇有意思的说法，叫做“谜之四世纪”，意思是说日本四世纪的历史如同谜一般不为人知。这是为什么呢？原因正如吉村武彦在《岩波日本史》第一卷《日本社会的诞生》中所说，“在中国的正史中，《魏志》记载了日本三世纪的邪马台国，《宋书》记载了五世纪倭国五王，但是却没有四世纪大和王权诞生时倭国的相关记载。其原因可能是四世纪的中国正处在五胡十六国时代，国内分裂，疏于外交”。我们看到在后来的南朝各史中都有倭国的记载，所以日本四世纪这段历史在中国史书中犹如一个缺口，殊为可惜。
古代史料的记录、保存与流传，是相当侥幸的事情，大多数史料湮灭在无情的光阴流逝之中。梁启超在《中国历史研究法》中深有感触地说：
史料者何？过去人类思想行事所留之痕迹，有证据传留至今日者也。思想行事留痕者本已不多，所留之痕，又未必皆有史料的价值；有价值而留痕者，其丧失之也又极易。因必有证据，然后史料之资格备。证据一失，则史料即随而湮沈。（梁启超：《中国历史研究法》，中国人民大学出版社2012年版，第42页）
要说古代史料的散失，可以说是一部东西方史学家共同的辛酸史。古罗马学者热衷于书写历史作品，但留存至今的只是少数。史学家李维的142卷皇皇巨著《罗马史》留存至今不过35卷。塔西佗估计原本有14卷的《历史》，保存下来仅4卷有余，他的《编年史》也非全本。按照美国学者J.W. 汤普森《历史著作史》一书的说法，从史学价值上讲，塔西佗失传的著作比李维失传的著作更为可惜。史料的毁失不仅古今相似，而且中外尽然。
史学家总是“我生亦晚”，等到降临人世之时，无数宝贵的史料早已被岁月的黑洞吞噬，留给他们的是四处散落、残缺不全的拼板。细数起来，中国古代史籍的散失实在是一部令人扼腕的痛史。有的文本被有意隐匿窜改，如清廷自改实录；有的典籍被有意蹂躏毁坏，如秦国焚毁列国史记；有的则因一部新的史著出现，导致其他同类旧史消失殆尽，如唐初修成《晋书》，唐人称为《新晋书》，于是原来十八家晋史俱废。这种悲剧从古到今一直在发生。顾颉刚在1935年的一篇文章中讲述了史学家痛心之事：
十余年前，北京的历史博物馆嫌明清内阁大库的档案堆积得太多了，又占房屋，又费功夫，觉得讨厌，所以就把其中不整齐的装了八千麻袋，卖给纸厂，作为造还魂纸的原料。司法部中藏有明朝的刑部老档，总长朱深看它是过时货，下令烧了。七年前，国都南迁，蒙藏院的档案无人保管，全数散出，卖给摊贩包花生糖果。（顾颉刚：《崔东壁遗书序》，载《崔东壁遗书》，上海古籍出版社2013年版，第2—3页）
法国史学家朗格诺瓦在《历史研究导论》中说：
史料之被保存或既亡失，乃为一种机会侥幸之事。故在历史之构造建设中，其主要之情形，唯视机会侥幸之如何以决定。（[法]朗格诺瓦、瑟诺博司：《历史研究导论》，中国人民大学出版社2011年版，第179页）
就此而言，我们今天所看到的历史，都是岁月风尘中的幸存物。
尽管史学家时常空怀壮志，无奈抱残守缺，他们依然孜孜矻矻，专注于各种史料的挖掘、整理、比较、辨析及阐述，用近似于刑事侦查的态度和方法，去发现历史上遗留和幸存的所有蛛丝马迹，从九死一生的史料中拨开重重疑云，努力拼出一幅接近于往事原貌的历史拼图。