顺治十六年(1659年),清军入滇拉开了全面治理云南的序幕。顺治十八年(1661年),云南广南府添设流官。明末清初云南迤东地区历经土酋骚乱的蹂躏,康熙四年(1665年)被吴三桂领兵平定以后,于康熙六年(1667年)在原教化三部、王弄山、安南三长官司辖地设开化府,派驻流官管理。广南府添设流官与开化府设置,标志着国家以行政区划方式深入土司地区。行政区划是中央对地方为行政管理的需要,将国土划分为有层级的区域,国家将行政权力深入地方基层的管理方式。因此,清朝初年广南府改流及开化府设置可以看作是清王朝对滇东南治理的开始。