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就比例原则的逻辑起点而言，学界众说纷纭，但均不否认比例原则的形成与“十字架山案”“药房案”等一系列案件有着密不可分的关系。直至20世纪中期，经过“十字架山案”“药房案”等案件，完整意义上的比例原则（适当性、必要性以及均衡性）正式形成。 [3] 从这些案件的背景与内容来看，我们发现比例原则发轫于人权保障之需要，在产生之初就与公民权利和国家权力有着密不可分的关系，比例原则在本质上是对限制公民权利自由行使的国家公权力的限制。
人权是人维持生存和过体面生活的必要条件，其最初形态是人的需要，具有固有性、普遍性等特点。“人权具有宪法性质，即它并非来源于宪法也不取决于宪法，而是先于宪法，先于社会和政府而存在。” [4] 故此，在自然状态下，人们几乎可以自由地行使自己的“权利”，不会受到任何限制。比如，托马斯·霍布斯认为，在纯粹的自然状态下，人类实际上处于极为恶劣的生存状况之中，为了保全自己的生命，自然法没有对自由施加任何限制，人们也几乎可以利用一切可能的手段维持自己的生存。 [5] 约翰·洛克则认为，人在自然状态下享有的自然权利，是不受任何限制的，它是不可剥夺的“天赋人权”。 [6] 然而，人们在自然状态中享有的权利往往是很不稳定的，有不断受到侵犯的威胁。为了谋求彼此之间的和平与稳定以及追求更加安宁的社会生活，人们便订立契约，放弃各自的部分权利，组成一个共同体，由这个共同体来承担让渡出来的那些权利。 [7] 也正是基于这种契约和共同体，人们权利的自由行使开始受到内在和外在两个方面的限制。
公民权利自由行使的内在限制主要是基于权利性质之本身，即“基本权利在其自身的性质上理所当然应当伴随的、源于基本权利自身之中的界限” [8] 。如前所述，人们订立契约并组成一个共同体的目的主要是杜绝自然状态下的相互侵害以及公共社会的不安全和公共秩序的不稳定。前者即意味着在共同体的状态下，人与人之间理应是平等的，公民权利的自由行使不得侵犯他人权利。比如，公民享有言论自由，但公民在行使其言论自由的时候不能侵害他人的隐私权和名誉权；后者则意味着在共同体的状态下，公共利益理应内化于所有的个人权利之中，公民权利的自由行使不得侵犯公共利益。比如，公民享有集会自由，但公民在行使其集会自由的时候不能造成公共秩序混乱或者引发公共安全。当前，世界上绝大部分国家的宪法都对公民权利自由行使的内在限制作了或明或暗的规定。法国《人权宣言》第4条明确规定：“自由在于能够做不损害他人的任何事；因此，每个人行使自然权利的仅有限制，乃是那些保证社会其他成员享受同样权利之限制。”美国宪法虽然并没有明确规定公民权利自由行使的内在限制，甚至宪法第一修正案还对言论自由提供了无可置疑的绝对保障，但在司法实践中，美国法院一直都是把公民权利解释为有限的，公民权利的自由行使不得侵犯他人合法权益以及公共利益。 [9] 我国现行《宪法》对公民权利自由行使的内在限制也进行了明确规定，其第51条规定：“中华人民共和国公民在行使自由和权利的时候，不得损害国家的、社会的、集体的利益和其他公民的合法的自由和权利。”
与内在限制不同，公民权利自由行使的外在限制主要是基于一种外部的需要，这种外部的需要是为了确保公民权利的享有、行使以及保障之实质性公平，因此最终也会对公民的个人权利产生有利影响。如前所述，人们订立契约并组成一个共同体的前提是必须让渡自己的一部分“权利”，以形成公权力，并将这些公权力委托给共同体来行使。如此，共同体就可以基于公共秩序和公共利益的现实需要，运用人们所赋予的公权力，对部分人权利的自由行使进行限制和干预，这也是社会契约（宪法）所容许的。 [10] 同样，世界上绝大部分国家的宪法都对公民权利自由行使的这一外在限制作了或明或暗的规定。日本《宪法》第12条规定：“受本宪法保障的国民的自由与权利……国民不得滥用此种自由与权利，而应经常负起用以增进公共福利的责任。”德国《基本法》没有日本《宪法》规定得那么直接，其有关公民权利自由行使的外在限制的规定主要是散见于各具体公民权利的规定之中。比如，其第2条第2款规定：“人人有生命与身体之不可侵犯权。个人之自由不可侵犯。此等权利唯根据法律始得干预之。”第8条第2款规定：“露天集会之权利得以立法或根据法律限制之。” [11] 等等。此处的“立法”和“法律”皆是公共利益的另一种表达和阐释。我国现行《宪法》有关公民权利自由行使的外在限制的规定非常明确，其第13条规定：“国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对公民的私有财产实行征收或者征用并给予补偿。”
在现代法治社会，公民权利的自由行使必须接受内在和外在两个方面的限制。这种公民权利自由行使的限制如果运用妥当，会对保障公民个人权利和增进社会公共利益大有裨益。然而，实践已经证明，这种公民权利自由行使的限制也存在着被滥用的可能，如果不加制约，最终又会反过来损害公民的个人权利。
公民权利自由行使的内在限制是基于权利性质之本身的一种内在要求，它更多意义上是一种天然的“产物”。因此，在实践中，只要公民自己不积极主动为之，不侵犯他人权利或者公共利益即可，并不需要国家权力的积极干预，也就不存在这种限制被滥用的可能。一言以蔽之，这种限制的主动权主要掌握在公民自己的手中。尤其是前者，即便公民在行使自己权利的过程中侵犯了他人权利，使他人利益受损，这也更多的是一种民事法律行为，由行为方和受害方双方主体平等协商解决，可供国家权力介入的空间并不是太大，事实上也不需要。如此，可以说，公民权利自由行使的内在限制是一种消极行为，它不需要再进行限制。
公民权利自由行使的外在限制是基于一种公共利益和公共秩序的外部需要，它通常与国家的积极主动干预相联系。并且，这种国家的积极主动干预并非先天自然形成的，而是后天人为的结果。也就是说，干预是一种“外力”介入基本权利保护范围的结果，这种外力就是国家权力。“外在力量的干预，使得基本权利的保护范围‘塌陷’，并且这种干预可以得到正当化。” [12] 然而，一个共识是，“一切有权力的人都容易滥用权力，这是亘古不变的一个经验。有权力的人往往使用权力一直到遇有界限的地方才休止” [13] 。据此，虽然国家权力基于公共利益和公共秩序的现实需要对公民权利的自由行使进行限制获得了宪法上的正当性，但这并不意味着它就可以“肆意妄为”，不受任何限制。相反，从权力的扩张性、强制性等特征出发，也需要对这种国家权力再次进行限制，以防止其在运用过程中出现异化，侵犯公民的个人权利，继而背离其限制公民权利自由行使的初衷。 [14]
如前所述，公民权利自由行使的内在限制与外在限制的区分主要体现在是否有国家积极干预行为的介入上。其中，公民权利自由行使的内在限制是一种消极行为，不需要进行再限制，而公民权利自由行使的外在限制是国家的一种积极主动干预，因此需要对这种国家积极干预行为也即国家权力进行再限制。比例原则便是在此种背景和需求下应运而生，其是对限制公民权利自由行使的国家权力的限制，“西方语境下的‘比例原则’只能作为‘限制公权力滥用’的法律方法或工具来理解” [15] 。以色列学者莫舍·科恩—伊利亚（Moshe Cohen-Eliya）和伊多·波拉特（Iddo Porat）以及我国学者陈景辉甚至认为，国家权力只有在符合比例原则的基础上限制公民权利才是正当的限制。 [16] 具体而言，在学理上，比例原则的思想萌芽于1802年德国学者温·伯格（Von Berg）所著的《德国警察法手册》一书。温·伯格在该书中提出，在当时的德国各种公权力中，警察权力对公民权利的威胁最大，因此警察权力只有在“必要时”才可以限制公民权利。随后，奥托·迈耶（Otto Mayer）明确主张“警察权力不可违反比例原则” [17] 。在法治实践上，比例原则的起源和形成同“十字架山案”“药房案”等一系列案件有着密不可分的关系。这些案件始终都是围绕公民权利与国家权力之间的关系展开的，它们都体现了比例原则是对国家积极干预行为的一种限制。
第一个案件是“十字架山案”，该案对“必要性原则”的确立有着重要影响。 [18] 从该案的内容来看，实际上涉及的是普鲁士高等法院运用比例原则中的“必要性原则”对限制“公民居住权”的国家权力进行限制。具体而言，1882年在柏林市郊的“十字架山”上修建有一座庆祝胜利的纪念碑。柏林市警察局为了让柏林市民抬头就能看见这座振奋人心的庆祝胜利的纪念碑，就以促进社会福祉为由向社会发布了一条建筑令。该建筑令规定，“十字架山”周边居民所建的房屋都必须限制在一定高度范围内，不得妨碍柏林市民眺望这座庆祝胜利的纪念碑的视线。柏林市警察局的这项建筑令一经发布即在社会中引发巨大争议，某些权益受到影响的居民不服，向法院提起诉讼。普鲁士高等法院经审理最终判决该建筑令无效，并在判决书中指出：柏林市警察局基于增进社会公共福祉的理由颁布建筑令，限制柏林市特定区域范围内的建筑物高度，是完全没有必要的。柏林市警察局对公民基本权利的干预和限制只能在符合“必要性”的前提下才可以进行。
第二个案件是“药房案”，该案首次将“均衡性原则”引入，是比例原则全面确立的重要标志。 [19] 从该案的内容来看，实际上涉及的是德国联邦宪法法院运用比例原则的“三阶理论”对限制“公民职业自由权”的国家权力进行限制。具体而言，1955年一位药剂师向巴伐利亚政府提出在该城开设药店的申请，遭到拒绝，所依据的是《药店法》第3条第l款a项的规定，即颁发药店营业执照必须服务于公共利益。巴伐利亚政府认为，本小城已经有一家药店，足以满足该城居民的日常消费，药店过多反而会导致恶意竞争。药店就有可能随意销售药品，扰乱市场经济秩序，影响公共健康和安全。药剂师对巴伐利亚政府的拒绝行为表示不服，向法院提起诉讼。德国联邦宪法法院经审理判决行政机关败诉，并在判决书中指出：新的药店开业并不必然会导致药品供应的混乱，继而危害公众健康。更何况，即便存在这种可能或者危险，巴伐利亚政府也完全可以通过比限制药剂师职业自由更小的措施如提供担保、加强监管等来避免这些危险和损害的发生。