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从计算机程序的算法以及源代码来看，计算机程序是按照一定先后顺序执行的计算步骤，与方法发明近似，因此，计算机实施的方法发明也是专利权利要求的主要类型之一。这类方法权利要求以计算机程序的流程图为基础，兼具时序性和逻辑性的双重特性，其中时序性是一切方法类权利要求的共性，逻辑性则是计算机实施的方法类权利要求所特有的属性，它描述了计算机执行的流程步骤之间的跳转、中断等逻辑关系。各主要国家和地区的专利局允许以“一种计算机实施的方法，包括步骤A,B,……”或者“一种用于……的方法，包括：步骤a,……；步骤b,……；步骤c,……”等方式撰写专利权利要求。
[25]
这类发明可以利用计算机进行工业过程控制，如
Diehr
案中涉及的由计算机辅助获得精准塑形复合物，操作橡胶塑形压力机的方法权利要求；
[26]
也可以执行数据处理，例如在
Bascom Global Intemet Services
,
Inc
.
v
.
AT&T Mobility LLC
案中，涉案专利是用于过滤从计算机互联网环境中获取的信息内容的方法；
[27]
还可以通过执行计算机程序改进计算机系统内部性能，比如我国《专利审查指南》第九章第3节审查示例部分提到的一种扩充移动计算设备存储容量的方法。
特别是自美国
State Street Bank
案
[28]
为商业方法打开专利的大门后，关于计算机实施的商业方法能否成为适格专利客体的争论从未休止。它主要集中在金融、财会和电子商务等领域，《美国发明法案》第18条将“涵盖商业方法专利”（covered business method pa-tent,CBM）定义为用于金融产品或者服务的经营活动、行政和管理中执行数据处理或其他操作的方法或相应的装置，技术发明除外，
它可归于美国专利分类第705类，即在金融或商业活动、管理或成本/价格计算中执行数据处理操作的方法和相应的装置。
美国
Alice
案中争议权利要求“一种以计算机系统作为第三方媒介，用于减少金融交易活动中结算风险的方法”
[29]
是典型的利用计算机实施的商业方法专利，因为它与现实物理世界的相互作用仅仅是电路中的电流改变，难以界定其是否符合自然规律，整体上更接近一种抽象的经济原则，所以，诸如此类方法发明作为可专利客体依然受到较大的质疑。