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巴基斯坦高等教育将近有140年的历史，但却深受战乱、政局动荡、经济发展落后等因素的影响。1947年印巴分治以后，巴基斯坦高等教育并没有因为巴基斯坦的独立而得到较快发展，大学数量仍然较少。直至20世纪70年代开始，巴基斯坦政局渐趋稳定，政府开始大力推行教育改革。此时改革的主要内容针对高等教育的结构，1982年创办的第一所私立大学开启了巴基斯坦高等教育私有化的发展；同时，在大学内部设置了硕士研究生和博士研究生学位，并开设了博士后流动站。
巴基斯坦高等教育主要依托本科和专科学院。其大学是相对独立的自治团体，联邦政府大学校长由总统担任，各省的大学校长由该省的省督担任，副校长由校长任命。校长直接掌控学校财务大权并主持大学评议会议，副校长负责日常工作。大学的最高领导机构是评议会议和董事会，董事会由该校教师、学生代表及校长提名的人员组成。大学的学术机构即学术委员会，由校长、系主任和部分教学人员代表组成，其主要职责是制定教学科目、学校管理方针、学术标准和授予学位等。隶属于教育部的大学拨款委员会是由联邦政府从著名的教育科学家中选出（共七名），其主要职责是协调各大学的工作计划、对各大学进行评估，并提供资金。
巴基斯坦建国70多年来，高等教育发展迅速。印巴分治之前，仅拥有一所旁遮普大学，独立学院26所。1948年仅有2所大学，142所学院。1972年共有大学15所，独立学院261所。到了2003年包括大学在内的各类院校增加至789所。比较有名的大学和学院包括国家科学技术大学、卡拉奇大学、法蒂玛·真纳医学院、爱德华国王医学院、巴基斯坦纺织学院、国家艺术学院、白沙瓦大学、阿迦·罕医科大学、拉合尔工程技术大学等。
巴基斯坦本科学制一般为4年，学生毕业后可授予理科或文科学士学位，然后是硕士、博士和博士后研究生院教育。巴基斯坦高等教育整体偏文轻理，一方面由于大多数大学生将高等教育视为获得国家职位的重要手段之一，巴基斯坦政府工作人员对于人文学科方面的知识要求偏高，所以其高等教育的发展具有很强的目的性，具体表现为突出人文学科的地位；另一方面由于政府在发展高等教育时，没有相应地发展中等教育，导致大学本科生中选读文科比率较高，超过70%。理科教育整体落后老套，教学模式缺乏更新。巴基斯坦理工科教育严重缺乏是导致巴基斯坦技术人才严重不足的重要原因。巴基斯坦建国后，虽然女子获得了与男子同样受教育权利，但是校园中女子的身影却是寥寥无几，主要是由于女子在小学和中学的情况不尽如人意，辍学率居高不下。此外，在人们的潜意识里，妇女的身份地位依旧低人一等，这种偏见限制了妇女接受高等教育的愿望。而且虽然开设了为数不多的女子学校，但是，所设专业却是培养一位合格的妇女为目标。除此之外，整体大学生的生活状态是非常单调的。学校书籍少、实验室少设备差、图书馆几乎是空的、学院数量少。如在喀喇蚩市，1万名学生总共分了不到600个床位。在商学院、法学院和乌尔都学院里根本没有学生宿舍。
剩下“高”的对称数字只有学费和毕业就“失业”的“高失业率”。20世纪70年代末以来，巴基斯坦政府大力推进高等教育改革，充实大学和独立学院图书资料和实验室，增加仪器设备。并在部分大学建立重点学科中心，开设研究生课程，有分析化学、物理化学、海洋生物学、固体物理、地质等；建立区域研究中心和应用研究中心，设立高等教育研究院；储备高等学校师资力量，并对高等学校教师进行在职培训；实行大学、研究机关和政府间人员的流动，加强学校与社会的密切联系，并注意组织各大学之间师生互相访问等，以交流学术情况和教学经验。
巴基斯坦高等教育领域存在一些特别的现象，最为显著的是：巴基斯坦大学里的贫民子弟非常多，而私立贵族学校毕业的中学生，因家境殷实及从小接受教育质量高，往往不选择在巴基斯坦就读大学，他们一般会选择迪拜、纽约、伦敦等地就读。
巴基斯坦公立大学也有不少出国留学或进修的名额。对于家境贫寒的子弟来说，一旦获得出国进修的机会，也就意味着获得改变身份的机会。留学生在国外获得博士学位，意味着回国有了谋生资本，同时意味着国内社会地位的提高，尤其是英国和美国名牌大学的博士学位在巴基斯坦非常受欢迎，留学在巴基斯坦高校校园都是一个经久不衰的话题。
由于巴基斯坦自身经济发展水平所限，高等教育长期面临教育资金短缺问题。为此，巴基斯坦政府通过寻求国际援助和跨国开展教育合作等方式来解决问题，推动自身的科学和技术事业发展。其中巴基斯坦同包括美、英、中和苏丹等在内的国家都签有相关科技交流协议。如自2006年以来，巴基斯坦政府就先后通过引入世界银行下属的国际开发协会项目支持，借贷款项用于旁遮普、俾路支省和信德省等教育发展。而在2010年7月，巴基斯坦遭受严重洪灾，据统计有将近1万所学校受损或遭损毁。灾后联合国儿童基金会对其进行了紧急援助。2011年世界银行又向巴基斯坦贷款4亿美元用以支持巴教育发展。
为进一步推动巴基斯坦高等教育的改革，巴基斯坦政府曾于2002年成立了高等教育委员会（Higher Education Commission，简称HEC），直接接受巴基斯坦总理的领导。在高等教育委员会的治理下，巴基斯坦的高等教育得到较快的发展，2002年之后巴基斯坦的大学数量及其规模开始大幅增长。2002—2016年间，巴基斯坦的公立大学从40所增加到108所。同期，全国的大学生规模从27.6万人增至129.8万人，扩张了近5倍之多，而大学入学率已达到8%。巴基斯坦两年制学院也属于巴基斯坦高等教育的重要组成部分。两年制学院主要提供13级和14级的高等教育，学生从两年制学院毕业后可直接进入4年制大学学习。截至2016年，巴基斯坦共拥有1418所可授予学位的学院，其中1259所为公立机构（89%），159所为私立机构（11%）。学院的在校生规模达到93.7万人，其中公立机构80.8万人（86%），私立机构12.8万人（14%）。
根据统计，2011年亚洲的300强大学名单中有4所巴基斯坦大学，而在2013年的亚洲300强大学名单中则有6所巴基斯坦大学。到了2014年，巴基斯坦大学中位列亚洲300强大学的有10所。虽然巴基斯坦的教育事业进步突飞猛进，但与东南亚其他国家进行比较，巴基斯坦能够接受到高等教育的人口比例依然较低。巴基斯坦高等教育方面世界排名第50位。
表Ⅰ-8-2 2006—2017年巴基斯坦高等教育机构数量
虽然巴基斯坦高等教育得到了长足的发展，但是高等教育毛入学率整体水平较低，最高不超过15%，且男生毛入学率高于女生水平，高等教育依旧定格在精英阶段。
据2018年《泰晤士高等教育》亚洲大学排名统计，进入前200名的巴基斯坦高校共有3所，分别认为阿里真纳大学（排名第49）、COMSATS信息技术学院（排名第125）和国家科技大学（排名第162）。
虽然2020年已是巴独立后第73个年头，巴基斯坦的高等教育体制仍然达不到国际标准，但其一直处于不断发展的状态。可喜的是，在巴基斯坦的高等院校当中，涌现出了一批优质的工程院校、医科大学和商学院等，巴基斯坦开始摆脱科技严重匮乏和依赖外国技术人才的窘境。
表Ⅰ-8-3 巴基斯坦高等教育毛入学率
巴基斯坦独立初期，其国内教育体制相当脆弱。根据核算，当时的旁遮普大学、工程技术学院、爱德华医药大学和国立艺术学院是巴基斯坦从事高等教育的主要机构。
高等教育包括授学位学院和大学两个层次。授学位学院是两年制（13—14级），大学是4年制。授学位学院分为人文社科和自然科学两大领域，所学科目主要围绕学生选择的专业，注重应用性和操作性，课程内容设置相对集中，学业合格可获得专业学士学位（BSc）。有的高级中等学校也提供这种两年制继续教育。巴基斯坦的大学以硕士培养为主，在建国之后的很长一段时间里，所有要进入大学或研究生院校学习的学生必须经过上述14年（小学、初中、高中、高级中等学校、授学位学院）的学习，才有资格申请。硕士学位一般需要两年完成，第一年为24学时的课程学习，第二年为6学时的学位论文撰写。博士学位属于研究型学位，需要3—5年完成，除了第一年18学时的课程学习之外，随后的时间均为科学研究和撰写学位论文的时间。
巴基斯坦每年有不到50万名大学毕业生，可尽管如此，巴基斯坦仍然是世界文盲率最高的国家之一，且是仅次于尼日利亚的第二主要失学人口国家。
巴基斯坦高校可分为公立和私立两大类型。公立大学历史长远，私立大学于1982年才出现。根据学校的专业设置情况，又可分为综合性高校和专业科技教育高校。综合性高校和涵盖各类基础理科学科和技术教育的学校，如穆罕默德·阿里·真纳大学（Quaid-i-Azam University）、旁遮普大学（University of the Punjab）、卡拉奇大学（University of Karachi）等。专业科技教育高校是指专门就某一学科或技术领域设置的高等教育学校，如拉合尔工程技术大学（University of Engineering and technology，Lahore）、爱德华国王医学院（King Edward Medical College）、国立纺织大学（National Textile University）等。截至2016年，高等教育委员会授权和认证的高校总数为2709所，其中大学175所，学院2534所。学院的数量远超大学，可见授学院学位是巴基斯坦教育主体培养单位，这应该是以其传统的高级中等技术教育为基础发展起来的。虽然公立高校数量（1676所）依然占优势，但私立高校（1033所）也已取得长足发展，成为公立教育的补充。
巴基斯坦高等院校出现人才流失现象。数据显示巴基斯坦高校教师人数由2012—2013年的274500下降至2016—2017年的235133。
巴基斯坦的历届政府试图努力改善高等教育的环境，先后成立了大学教育资助委员会（University Grants Commission，UGC）和高等教育委员会。前者是巴基斯坦政府酝酿筹备建立的第一个高等教育行政机构（1973），但没有实际的财政权力，实际处于无效状态。2002年巴基斯坦高等教育委员会成立，取代了大学教育资助委员会，政府的教育经费提升了三分之一。
巴基斯坦是联邦制国家，各省（直辖区、自治区）相对自治和拥有本省（区）事务管辖权，在教育方面有很大自主权。过去很长一段时间里，教育事务基本由各省（区）管理，现在则由联邦政府和各省（区）共同管理，各省（区）教育部门享有部分自治权。总体上，教育政策、教育计划、课程及教育标准由联邦教育与专业培训部制定和管控，各省（区）各级学校由各省政府负责管理。其中高等教育主要由国家高等教育委员会和各省（区）高等教育厅共同管理。高等教育委员会是一个相对独立的高等教育法定管理机构，由国家总理直接管辖，名义上隶属于联邦教育与专业培训部，其职能相对独立，其前身是1947年成立的大学拨款委员会，2002年彻底改组为现代模式的高等教育委员会。高等教育委员会负责制定符合国际标准和本国国情的高等教育政策，保证高等教育质量，拥有学位认证权，负责建设新的高等院校以及提升现有院校的水平，其对高等教育的基金资助、监督管理等工作具有完全的自主权，也是全国所有高等院校的唯一官方认证机构。各高校除了要遵循高等教育委员会的政策之外，具体事务则由其所在的各省高等教育厅负责管理。