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伊斯兰教是巴基斯坦的国教，在国家的政治和社会生活中扮演着至关重要的角色。巴基斯坦的伊斯兰教以逊尼派和什叶派为主，各自又拥有多个派别，其中逊尼派是主流，下有阿赫玛迪亚、代奥本德、巴列尔维和瓦哈比等派别。与印度相似，巴基斯坦的伊斯兰教带有明显的苏菲派以及种姓制度的特征。
基于伊斯兰教国教的地位，巴基斯坦民众中约有97%为穆斯林，其中逊尼派穆斯林约占90%，分布在全国各地；什叶派穆斯林约占10%。相当一部分逊尼派穆斯林属于阿赫玛迪亚派（Ahmadiyah）。当前，阿赫玛迪亚派穆斯林在全球的数量有1000多万，其中400万生活在巴基斯坦，主要集中在旁遮普省。巴基斯坦的什叶派穆斯林多属十二伊玛目派，分布在全国各省。另有少数伊斯玛仪派成员，主要聚居在卡拉奇和北部地区。
真纳在建国之初，尽管利用了伊斯兰教，却并不主张建立一个政教合一的国家。于他而言，在国家事务上，所有的宗教徒都被视为是巴基斯坦国民，穆斯林不再是穆斯林，而印度教徒也不再是印度教徒。宗教是私人生活的领域，而与国家事务无关。矛盾的是，巴基斯坦在修订宪法的过程中，总是不忘强调坚持伊斯兰的基本信仰和原则。可以说，巴基斯坦在走向独立的过程中，始终是以伊斯兰教为基础的，尽管其政治实践有世俗化与现代化特点，但也奉行伊斯兰化的政策。
建国后的巴基斯坦在确定国家体制与制定宪法的过程中多有争议，无论是在制宪议会还是宗教界中，有主张建立一个伊斯兰神权国家的保守派，也有希望主张西方民主制形式的开放派。不过，最终依然确立的是巴基斯坦国家和宪法的伊斯兰性质。1956年宪法规定，巴基斯坦是一个“伊斯兰共和国”，“国家元首必须是穆斯林”。
1962年宪法则将国名改为“共和国”，增加了设立“伊斯兰思想咨询委员会”内容的条款，维护国家的伊斯兰精神和价值观。不过，在反对党和宗教界的施压下，翌年又恢复了“伊斯兰共和国”的国名，并规定当下及未来全部的法律都不得抵触《古兰经》和逊奈。
1973年宪法则规定伊斯兰教为巴基斯坦国教，并宣布“将努力在伊斯兰教团结的基础上保持和加强同穆斯林国家的兄弟关系”。
巴基斯坦政治决策者将伊斯兰教规定为巴国教并大力奉行伊斯兰化政策，有其利益考量。首先，在一个穆斯林占绝大多数人口的国家中推行伊斯兰化，能够争取到民众的支持。这对军人政权而言，尤为关键。其次，宗教势力在巴基斯坦的影响力相当强大，能够获得他们的支持也十分重要。再次，执政者能够借助伊斯兰教的教义攻击反对派，例如1965年巴基斯坦宗徒选举时，联合反对党提名候选人法蒂玛·真纳遭到阿尤布·汗的极力反对，后者所基于的理由就是妇女担任国家领导人违背伊斯兰教教义；而军人政权在取缔政党时，则宣称在伊斯兰教教义中根本没有政党的概念以及西方式的民主体制。最后，还能争取到其他伊斯兰国家的同情和支持。海湾阿拉伯国家是巴基斯坦侨汇的主要来源，每年汇回的侨汇超过20亿美元，此外，这些国家同时还是巴基斯坦农产品的出口市场，它们的经济援助对巴国内经济建设实为重要。
除伊斯兰教外，巴基斯坦还存在印度教、基督教、巴哈伊教、拜火教、锡克教、佛教等少数宗教。
在巴基斯坦，印度教是仅次于伊斯兰教的第二大宗教。建国后第一次人口普查时，印度教徒占据了西巴基斯坦（即现在的巴基斯坦）总人口的1.6%，占东巴基斯坦（现在的孟加拉国）总人口的22%。
到了1998年人口普查时，印度教徒约占巴基斯坦总人口的1.85%。
而按照巴基斯坦印度教委员会（Pakistan Hindu Council）所称，在巴基斯坦生活着800万印度教徒，占到了总人口的4%。
根据皮尤研究中心（Pew Research Center）的调查，2010年时，巴基斯坦是世界上拥有印度教徒人数排名第五的国家，而到了2050年，则可能上升至第四，预计届时印度教徒人数将达到560万，占全国总人口的2%。
巴基斯坦建国后，约有470万印度教徒和锡克教徒从西巴基斯坦逃往印度。
[1]
印度教徒主要集中在信德省，操包括信德语在内的各类方言。尽管印度教在巴基斯坦是少数宗教，但内部派别却十分复杂。农村地区的印度教徒跟随精神导师（Sufi pirs）或者信奉14世纪的圣人兰德福（Ramdevji）所创立的派别，而城市中的印度教徒则往往与国际奎师那知觉协会（ISKCON）有关，此外还有诸多崇拜其他神灵的派别。
基督教在巴基斯坦的信徒人数排在印度教之后。2005年的估计显示，巴基斯坦基督教的人数约有400万，占据总人口的2%，其中天主教徒和新教徒占据了绝大多数，此外还有一小部分东正教徒生活在巴基斯坦。
约75%的基督徒生活在旁遮普省。巴基斯坦的基督徒主要是数个世纪前印度教徒中低种姓皈依者的后人，因此他们在国内受到歧视。据统计，巴基斯坦全国清洁工人中的80%都是基督徒。
巴哈伊教也是目前巴基斯坦国内的少数宗教之一。早在19世纪中期，巴哈欧拉就鼓励他的追随者前往今天巴基斯坦的地区传播巴哈伊教。1921年，卡拉奇的巴哈伊教信徒们组建了首个巴哈伊地方灵修大会（Local Spiritual Assembly）。1923年，整个印度（包括今天的巴基斯坦）又建立了巴哈伊全国灵修大会（National Spiritual Assembly）。1957年，东西巴基斯坦又成立了独立于印度的全国灵修大会。
1979年，受苏联入侵阿富汗以及伊朗革命的影响，两地的巴哈伊教徒又涌入了巴基斯坦。今天，巴基斯坦的巴哈伊教徒可以公开举行集会，建立学术教育中心，组建自己的委员会。
但是巴基斯坦政府禁止巴基斯坦的巴哈伊教徒前往以色列总部朝圣。
锡克教也是巴基斯坦的少数宗教之一，大部分锡克教徒居住在旁遮普省。然而锡克教宗师撒西布·吉（Sahib Ji）的出生地就位于旁遮普省。18、19世纪，锡克教徒在今天的巴基斯坦地区势力非常大，甚至建立了第一个锡克教王国，定都于拉合尔。然而在巴基斯坦建国后，许多锡克教徒和印度教徒一样纷纷前往印度。一直到数十年后，巴基斯坦国内的锡克教才慢慢开始重新组成团体，建立了巴基斯坦锡克教金庙管理委员会（Pakistan Sikh Gurdwara Prabandhak Committee），代表了巴国内的锡克教群体，并保护他们的圣地和遗产。巴基斯坦政府也开始允许本国的锡克教徒前往印度朝圣，并接纳印度的锡克教徒进入巴基斯坦朝圣。
巴基斯坦的拜火教徒人数约有4000名。15世纪，拜火教徒开始在今天的信德省地区定居，并成立了他们自己的团体。这些外来者被当地人称为“波斯人”（Parsi）。巴基斯坦建国之时，大部分的拜火教徒生活在卡拉奇和拉合尔。其中卡拉奇的拜火教徒人数最多。但在建国后，许多拜火教徒却纷纷移民至国外。今天，巴基斯坦的拜火教徒主要承担社会工作、商贸、媒体和外交等领域的工作。巴基斯坦国父真纳的妻子拉蒂·拜（Ratti Bai）就来自一个皈依伊斯兰的波斯人家庭。
佛教在巴基斯坦有着悠久的历史，在流经巴基斯坦腹地的印度河谷至今矗立着许多古代的佛塔。根据2013年的报道，巴基斯坦的佛教徒人数在1500人左右。2012年时，巴基斯坦国家数据库和登记局（National Database and Registration Authority）统计国内佛教徒人数为1492人。2017年时，佛教徒的人数增长至1884人，主要居住在信德省和旁遮普省。
然而目前巴基斯坦国内可以举行宗教仪式的佛教寺院只有位于首都伊斯兰堡外国使馆内的寺庙，诸如斯里兰卡驻巴基斯坦大使馆。
[1] Airf Hasan and Mansoor Raza， Migration and Small Towns in Pakistan ，New York：Oxford University Press，2009，p.12