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本书讨论的一个基本问题就是：大运河的贯通带给鲁西地区何种变化？京杭大运河的贯通和明清时期国家倚为命脉的漕运政策彻底改变了鲁西地区的发展命运。王云指出，地处华北平原的山东运河区域在明清时期社会变革动力不是源自区域经济自身发展的推动，而是得力于客观地理条件的改善和国家政策的调控。
孙竞昊也将明清时期的济宁及其他北方运河城市视作外在“植入型”的城市化城市。
本书主要从以下三个方面探讨政治性的大运河影响之下的山东运河区域社会生态变迁问题。
其一，通过环境史的研究视角讨论大运河的贯通引发的鲁西地区自然环境的连锁反应。按环境史学家的界定，环境史研究人与自然环境的关系史，将自然和社会的历史勾连起来。
从环境变迁视角解释华北基层社会变迁是北美汉学界的重要手段。
横贯中国东部数省（市）的京杭大运河，堪称人类改造、利用自然的典范。那么，大运河的开通引发鲁西地区何种自然环境的变化？本书以明清时期会通河南段以及运河城市的水环境剧变引发的严峻水涝等为例来回答这个问题。
其二，关于明清时期山东运河区域社会经济发展的动力问题。关于这个问题的讨论，学术界普遍认为运河及漕运的畅通是整合区域社会，刺激城镇经济发展的关键因素（详见本书学术史综述）。学界已在山东运河区域的城镇经济发展、外来客商势力经营等商业方面的研究取得丰硕成果，本书着重讨论大运河贯通时期的农作物种植结构的演变、农业灌溉水源与运河用水的矛盾以及土壤肥力变化等内容。
其三，明清时期山东运河区域内生力量演变形态的探讨。首先，对明清山东运河区域以士绅阶层为代表的上层精英的时空分布以及内敛保守的性格做了研究。其次，通过和平时代开展的社区福利以及动荡年代组织武装护卫桑梓的情况为例，对明清山东运河区域精英阶层的势力演变，与国家权力的关系等问题展开研究。在社会结构构成上，下层农民占据了绝大多数的比例。在分析以士绅为代表的精英集团的构成形态后，我们对广大的下层农民生存状态、生活水平以及民风民性特征进行研究，侧重于探讨大运河贯通背景之下普通百姓的日常生活。
概言之，在皇权至上的帝制时代，大运河最基本的功能是政治性的。历代修浚大运河的直接出发点是将南方富庶地区的漕粮转运京城，进而促进了中国的南北统一。正如冀朝鼎所言：“在唐、宋、元、明、清各个朝代中，大运河竟成了连接北方政治权力所在地与南方新基本经济区之间的生命线。”
在明清山东运河区域经济社会运作中，权力高度集中的帝制国家将保漕济运作为首要任务来抓，水利灌溉、地方经济、文化教育等民生工程被刻意忽略。保漕至上的国策成为影响明清山东运河区域社会生态变迁的核心因素。