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由于多年来粗放式的经济发展，粤港澳大湾区海洋经济发展质量不高，其发展劣势主要表现在产业结构、生态环境、科技创新、金融发展及经济管理五个方面。
海洋经济大而不强。粤港澳大湾区海洋生产总值逐年攀升，但总体上存在大而不强的问题。海洋资源开发的低水平、粗放式发展模式仍未从根本上得以扭转，突出表现为海洋产业尤其传统海洋产业技术水平较低，深加工、高附加值产品较少，且生产粗放、分散，集约化程度较低。对大湾区海洋产业的比较劳动生产率分析发现，传统的海洋盐业、海滨砂矿等产业的比较劳动生产率最低，而作为海洋基础产业的海洋渔业，其生产技术水平仍相对落后，并已成为大湾区海洋经济发展的瓶颈产业。附加值较高的海洋新兴产业，如海洋生物医药研发、游艇制造等，因前期重视程度不足，尚欠缺产业规划和政策倾斜支持，行业技术和专业人才也相对缺乏（原峰、李杏筠、鲁亚运，2020）。2018年，粤港澳大湾区内地城市主要海洋产业产值约为6000亿元，其中，滨海旅游业、海洋交通运输业、海洋渔业、海洋油气业及海洋化工业这五大传统海洋产业增加值占海洋总增加值的比重高达92%。从细分行业来看，2018年大湾区内地城市海洋油气业、海洋化工业和海洋电力业等传统重化工业产业增速最快，增速分别为23.3%、13.0%、12.5%，而新兴产业如海洋生物医药业、海水利用业、海洋工程建筑业等增速则较为缓慢。
产业布局存在诸多乱象。一是海洋产业重构现象严重，各个海洋产业关联度低且缺乏主导产业带动。主要表现在海水养殖业内部趋同性与单调性明显、滨海旅游业旅游产品项目重复、沿海石化建设项目遍地开花等。粤港澳大湾区许多城市都将临港化工、海洋石油、钢铁等重工业作为当地海洋经济的主导产业，城市同质竞争严重。海洋产业重复建设的同时，粤港澳大湾区还未能形成高关联度、高辐射带动能力、高附加值的产业链。在粤港澳大湾区的海洋产业中，实力较强的如海上油气、海洋渔业、滨海旅游、海洋交通运输、海洋电力与海水利用、海洋船舶制造等产业，之前的相互关联程度很低。从大湾区的高度来看十一个城市的海洋经济，各城市之间未能发挥相对优势充分互补，支柱产业以重工业为主，香港的服务优势没有成为珠三角九市海洋第二产业的支撑。例如，围绕海上油气产业的产业链和产业集群没有建立，滨海旅游没有与渔业以及其他产业链接，海洋生物医药缺乏技术研发等支撑。二是产业布局混杂，行业用海矛盾突出。长期以来不可持续地开发海洋资源浪费了大量海洋资源，给海域生态环境带来巨大压力。由于目前粤港澳大湾区海洋开发利用活动主要集中于近海海域，开发组织程度不高，各种项目交错分布，部分海域和海岛开发秩序混乱，不同行业在分配使用岸线、滩涂和浅海方面的矛盾开始出现并日益加剧，如渔业、盐业、农垦争占滩涂的矛盾一直存在，养殖、滨海旅游、海港建设相互影响的问题也很突出。有些地方甚至把污染最大的项目布局在近海岸地带，不符合标准的排放物直接排至海洋，导致近岸局部海域因受陆源污染影响增大，水质较差，污染较重。海洋产业间布局不合理，导致相互间产生不利影响（蔡兵、张海梅、江依妮，2012）。
投入不足与开发过度现象并存。对于开发相对简单、时间短、见效快的领域进行过度开发，但是对于那些周期长、见效慢却符合海洋经济可持续发展要求的领域则普遍投入不足，难以实现规模有序扩张。如粤港澳大湾区海洋渔业的产量具有绝对优势，但是没有实行精深加工。
通道优势未得到应有发挥。港口群总体吞吐能力不足、结构失衡，严重滞后于腹地经济发展的需要。未形成层次分明的港口体系，导致各港口之间同质竞争激烈。港口腹地重合，湾区内各沿海港口的直接腹地均为珠三角地区，与内地的经济联系并不密切。港口与其他运输方式发展不协调。因其他运输方式发展较为缓慢，不能有效满足沿海港口巨大的货物需求。港口物流提供的增值服务不足。目前沿海港口物流业基本上以装卸、搬运、仓储、运输业务为主，而货物的加工、包装、配送服务不足，产业链未延长。
单位岸线产出水平不高。目前粤港澳大湾区海洋第三产业还不能适应新时期的要求，尤其是海洋信息咨询服务、海洋金融等海洋现代服务业发展滞后。产业结构的非均衡性导致了单位岸线产出水平不高。
粤港澳大湾区海洋生态环境总体形势严峻。随着湾区内开发强度持续加大，人口密集度持续升高，2019年粤港澳大湾区常住人口达到7264.92万人。陆源入海污染物逐年增加，海洋渔业资源不断减少，海洋生态系统平衡难以维持，大湾区水质多年来难以改善。企业或城市由于缺乏污水处理系统，或为了节省成本，企业污水或城市生活污水未经处理直接排入海洋，导致海水水质变差。其中珠三角近岸海域年均优良水质面积约89.5%，是劣四类水质含量最高的河口海湾之一。2019年，香港海水水质指标整体达标率为89%，澳门水质较好，但在珠江口一侧的海域水质也处于较差水平，超标因子为无机氮和活性磷酸盐。 [3] 在以珠江口为代表的经济活动频繁的近岸地区，水体富营养化现象严重，赤潮现象等生态问题频发。珠海东澳岛周边海域、深圳湾海域、深圳机场附近等珠三角地区一年内出现约5宗赤潮事件，而香港平均每年有15宗，给海水养殖造成一定经济损失。
生物多样性减少。由于水质污染，粤港澳大湾区海洋生物多样性受到严重威胁。珠江口河口生态系统呈现亚健康状态，海水水质状况差，水体呈富营养化，沉积物质量一般，浮游植物密度和浮游动物生物量偏高，大型底栖生物密度和生物量偏低。香港海域因工业废水排放，存在大量重金属以及微量有机污染物，东中西部地区均存在明显的环境污染问题，威胁到地区海洋生态。
资源衰退。长期盲目捕捞导致渔业资源严重衰退，尽管目前近海渔业资源衰退的势头有所缓和，但资源呈现个体小型化、低龄化和低质化趋势，使近海渔业资源保护修复形势依然严峻。
海洋资源开发利用效率亟待提升。近岸海域围填海、过度捕捞及过密化养殖等传统用海方式亟须改善。近岸近海生态环境未来面临较高风险，自然岸线锐减，大陆海岸线的自然岸线保有率低，海岸带后备资源极其有限。
近岸海域生态环境亟待改善。陆源污染尚未得到有效控制，对主要河口和部分城市近岸海域生态冲击大。近年来大湾区排污口超标率有所下降，但仍然在30%左右的水平范围；分类型来看，市政污水的超标率最高，高于工业污水和排污河。2019年《广东省生态环境状况公报》显示，珠江口生态系统仍处于亚健康状态，海水富营养化、部分区域水体缺氧、浮游生物和大型底栖生物数量稀少。红树林湿地面积减少，一些具有典型海洋生态系统的海洋保护区、无居民海岛受到破坏，并呈恶化趋势。海洋生物多样性降低，鱼类产卵场、洄游通道等受到较大破坏，赤潮等生态灾害频发。
绿色海洋发展理念滞后。目前人们的绿色海洋意识虽然有所提高，但海洋知识贫乏，缺乏对海洋现状的关心；海权观念极为淡薄，对海洋的战略地位认识不足，仅限于“渔盐之利”和“舟楫之便”。
海洋科技自主创新能力较弱。近年来粤港澳大湾区海洋科技创新力有所提升，2018年大湾区内地城市群海洋经济产业专利申请量达到21000余件，在全国占比10.1%，但与占比15.3%的山东、占比12.4%的江苏等部分沿海省市相比，仍有一定的差距。以高科技为支撑的海洋新兴产业规模不大，关键技术自给率和科技成果转化率低，与国内外领先水平的差距明显，许多成果距离产业化目标尚远，缺乏海洋高新技术创新平台，海洋高新技术对海洋产业的贡献明显不足，缺乏大型的拥有自主知识产权的科技龙头企业和产业园区，制约海洋强省的建设。
海洋要素投入未由旧要素转向新要素。由于长期粗犷式增长模式在粤港澳大湾区海洋经济发展过程中，一大突出的问题是过度依赖传统生产要素，如劳动力、以海岸线为代表的海洋资源等一般性传统生产要素，而新型高级的生产要素，如技术、人才、知识、信息等创新驱动力强的要素投入所占比重较低，导致粤港澳大湾区海洋产业低端产业较多、资源消耗大的问题。同时，在绿色、安全的重点领域高新技术的核心自给率低，缺乏相关的研究型人才及海洋经济创新性的投资，海洋科技成果转化的源头也出现了供应短缺的问题，这些已经成为制约粤港澳大湾区海洋经济创新发展的主要因素。
海洋科技创新平台质量有待提高。粤港澳大湾区海洋科研机构数量和海洋科研从业人员均居全国沿海区域第一，但应用型课题占总的海洋科技课题比重处于沿海区域中下游水平，在一定程度上说明粤港澳大湾区的科技研发成果转化率有待提高。从更深层次来看，粤港澳大湾区的海洋科研机构长期以国家在粤涉海研究机构为主，缺乏为海洋科研开发和产业化提供基础条件和公共服务、引领海洋科技创新的重要平台，未能形成海洋专业产学研战略联盟和区域创新集群，导致海洋经济的可持续发展缺乏科技支撑。同时，海洋科技产业多元化投资和风险投资机制还不完善，具有重大创新的海洋科技成果不多，海洋技术成果转化为生产力的周期过长，在粤海洋科技力量发挥不足、互动不足。此外，粤港澳大湾区的现有创新平台类型较为单一，重埋头研发而轻交流合作。一方面政产研学合作较少，目前专利资源多由高校和科研院所掌握，涉海企业基础较为薄弱、资源较为缺乏，不利于海洋经济产业专利技术转化及产业整体竞争力的提升；另一方面国内外技术交流合作较少，应积极与国内外高水平研究机构开展合作，加强对海洋经济前沿技术的研究，帮助突破技术瓶颈，进而提高创新能力、实现成果转化。
数字海洋工程建设缓慢。“数字海洋”是海洋信息化建设的重要支撑，在海洋经济发达国家和地区，数字海洋建设已进入全面应用阶段。疫情加速了数字经济和海洋经济的融合，目前，粤港澳大湾区通过持续推进海洋信息化工程，已构建完善的数字海洋基础框架，但由于对海洋数据融合、深加工、综合性信息产品制作能力不足，数字海洋框架的应用服务领域不够广泛。
中小型海洋企业难以取得资金。当前粤港澳大湾区融资模式较为单一，以直接融资为主，间接融资较少，企业的主要资金来源仍然是银行。而对于涉海企业而言，海洋经济中有很多海洋产业属于技术密集型和资本密集型的企业，具有技术含量高、研发周期长、风险较高等特点。在银行贷款方面，涉海企业具有较高贷款门槛和严苛的贷款条件，因此导致了涉海企业融资困难，进而影响涉海经营或扩大再生产等一系列生产活动，总的来说，融资模式单一化将严重阻碍粤港澳大湾区海洋经济的发展。而仅靠政府投入、银行贷款和企业自筹资金很难使企业得到迅速发展，再加上海洋开发的自然环境恶劣，各种自然灾害频繁发生，因此，要实现海洋经济全面繁荣，必须突破资金瓶颈。传统的金融服务忽视海洋经济的价值评估，并侧重透过银行融资模式，使得中小海洋企业融资难。粤港澳大湾区当前的金融机构仍以银行为主体，同时长期采取分业经营，在粤港澳大湾区海洋产业急需投融资的背景下，亟待商业银行拓展与资本市场有关的中间业务，加强与保险、证券业、私募、对冲基金的合作。拓宽大湾区海洋经济的融资模式，不仅仅局限于直接融资，致力于开发多样化的海洋经济间接融资，形成包括股票、债券、商品期货等多品类的海洋金融模式。
缺乏湾区层面的系统政策支持。海洋产业的属于金融机构的蓝海领域，但由于政策的原因，金融机构对该产业尚未形成系统的机制。虽然国家在“十二五”、“十三五”规划中提出来纲领式的海洋金融发展理念，但是并未有实际意义上的行动方案。粤港澳大湾区的海洋经济发展处于全国前列，在《广东省海洋经济发展“十三五”规划》中对海洋金融业做出规划，包括“引导金融资本支持海洋经济发展”、“构建海洋金融服务平台”、“构建海洋金融服务产品体系”三大行动规划，但由于配套实施细则滞后，导致海洋金融发展只能简单地依靠传统的融资模式。此外，尽管粤港澳三地各有发展海洋金融的基础和优势，但缺乏顶层设计和行动方案指引，并未形成跨区域海洋金融合作机制，导致大湾区海洋金融发展实际进展不足。
缺乏有助海洋产业发展的金融服务人才。与陆地经济的产业不同，海洋金融必须有相应的人才、制度、业务模式和产品作为支撑。粤港澳大湾区高校中虽也有一批院校开展海洋高等教育，但所开设的涉海类专业覆盖面相对较窄，缺乏契合海洋经济发展需要的新专业。另外，涉海类的高层次人才培养机制不健全，除了缺乏硕士与博士点外，也缺乏跨学科与产业应用的科研人才。
海洋综合管理服务能力不足。目前粤港澳大湾区尚缺乏具有高度权威的综合管理机构对海洋事业发展进行有效的规划、监督及服务，相关涉海部门职能交叉，用海项目仍存在多头管理现象，严重制约着海洋经济的发展效率。海洋综合管理服务能力建设已严重滞后于海洋经济高速发展的需求，主要体现在海洋防灾减灾保障能力和应急处理有待提升，海洋资源市场化管理技术体系尚未形成，岸线精细化管理能力不足，海洋事业综合发展战略与规划研究水平不高等。由于目前缺乏开展海洋综合管理的配套管理办法及相关经费支持，也尚无海洋综合管理专项资金，未能通过强有力的海洋宏观调控实现社会、经济、生态、环境的和谐发展。
海洋政策体系不够健全。粤港澳大湾区尚未形成能够有力支撑海洋经济发展的完善的行政管理、技术支撑以及财政金融投入体系。由于涉海部门众多，行业管理各自为政，导致了环保、海洋、交通、渔业、科技及部队等多部门多头管理的局面。在财政资金投入机制上，财政金融支持力度明显较弱。
海洋统筹协调机制亟待建立。在开发、利用、保护和综合管理海洋资源方面协调管控能力不足，缺少部门间重大用海项目沟通机制。部分沿海城市过于注重当前经济价值，护海意识相对淡薄，在项目布局上，局部利益与整体利益不协调，眼前利益与长远利益未兼顾。