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过去20多年以来，上合组织各成员国在合作广度和深度持续拓展的同时，不忘初心，与时俱进，始终以“互信、互利、平等、协商、尊重多样文明、谋求共同发展”为内涵的“上海精神”。上合组织从成立伊始的“上海精神”与新安全观，到青岛峰会提出为“上海精神”（发展观、安全观、合作观、文明观与全球治理观）充实新的时代内涵，再到倡导构建上合组织命运共同体，充分体现了“中国智慧”和“中国方案”。
随着时代的演进，上合组织的合作精神与目标都在不断丰富，内涵也在不断更新，充分体现了上合组织与时俱进的时代特征。
“上海精神”起源于“上海五国”进程。“上海五国”在实践中逐渐形成“互信、互利、平等、协商、尊重多样文明、谋求共同发展”的“上海精神”，这是该机制合作经验的结晶，打破了许多传统国际组织和集团都不同程度具有的封闭性、排他性、强制性和对抗性的特点，坚持“不结盟、不对抗、不针对第三国”原则，开创了成员国之间对话而不对抗、结伴而不结盟，实行战略协作的新的关系模式。因此“上海精神”得到了成员国的一致赞同并被写入《上海合作组织成立宣言》中，成为凝聚上合组织成员国的核心价值和行动指南。
作为创始成员国之一，中国始终致力于推动上合组织的发展，并以理念和行动不断丰富“上海精神”的时代内涵，正是“上海精神”在新时代的与时俱进，不断引领着上合组织自我优化和完善。2013年以来，习近平主席多次在上合组织峰会上发表重要讲话，提出一系列重要倡议，为“上海精神”赋予新的时代内涵，获得各方积极回应。
习近平主席在上合组织成员国元首理事会第十八次会议上发表题为《弘扬“上海精神”构建命运共同体》的重要讲话，指出“上海合作组织始终保持旺盛生命力、强劲合作动力，根本原因在于它创造性地提出并始终践行‘上海精神’，主张互信、互利、平等、协商、尊重多样文明、谋求共同发展”。在此次会议上，习近平主席首次系统阐述了“上海精神”内涵，提出用新“五观”破解时代难题、化解风险挑战。一是提倡创新、协调、绿色、开放、共享的发展观，实现各国经济社会协同进步，解决发展不平衡带来的问题，缩小发展差距，促进共同繁荣；二是践行共同、综合、合作、可持续的安全观，摒弃冷战思维、集团对抗，反对以牺牲别国安全换取自身绝对安全的做法，实现普遍安全；三是秉持开放、融通、互利、共赢的合作观，拒绝自私自利、短视封闭的狭隘政策，维护世界贸易组织规则，支持多边贸易体制，构建开放型世界经济；四是树立平等、互鉴、对话、包容的文明观，以文明交流超越文明隔阂，以文明互鉴超越文明冲突，以文明共存超越文明优越；五是坚持共商共建共享的全球治理观，不断改革完善全球治理体系，推动各国携手建设人类命运共同体。
这不仅赋予了“上海精神”新的时代内涵，更加契合了构建新型国际关系、构建人类命运共同体的本质要求，为新时代上合组织的发展提供了强大的思想武器。“上海精神”自始至终贯穿于上合组织的发展历程，具有超越时代和国界的生命力和价值，不仅成为各成员国共同奋斗的理念基础与精神纽带，也让构建上合组织命运共同体的道路越走越宽广。
2001年至2006年，上合组织初创时期的目标主要是构建安全与经济“双轮驱动”合作。一方面，作为“上海五国”机制的延续，上合组织在传统安全领域的合作目标主要在于以“上海五国”时期签署的《关于在边境地区加强军事领域信任的协定》和《关于在边境地区相互裁减军事力量的协定》等边境军事协定为起点，逐步完善安全合作体系，维护地区安全与稳定，遏制恐怖主义、分裂主义和极端主义“三股势力”的蔓延。上合组织成员国于2001年签署《打击恐怖主义、分裂主义和极端主义上海公约》，首次对“三股势力”进行定义，于2003年制定了对恐怖组织与恐怖分子的认定标准，这也是国际社会中首个制定恐怖分子认定标准的地区组织，为深化区域安全合作以及拓展深化其他领域的合作奠定了重要基础。
另一方面，在安全合作领域之外，上合组织成员国开始重视经济领域的合作。2003年，上合组织国家签署《上海合作组织成员国多边经贸合作纲要》，明确了成员国多边经贸合作的优先方向和分“长期、中期、短期”三步走的战略目标，成为区域经济合作的首个纲领性文件。
2006年至2011年，上合组织不断拓宽合作领域，从“经济、安全”合作拓展到“政治、安全、经济和人文”四大领域。这一时期，上合组织合作的目标主要有三：一是逐步完善综合安全体系，以防务合作为安全合作的重要内容，坚持继续打击“三股势力”，推动安全合作向多领域、纵深化方向发展；二是推动经济合作迈向务实阶段，加强成员国在基础设施、经贸、能源、金融、交通、农业等领域开展合作，以抵御金融危机、应对全球挑战、实现贸易投资便利化、促进互联互通；三是拓展人文合作内涵，明确指出人文合作是经济合作的基础，促进成员国人民的心灵沟通和不同文化间的对话与相互理解。
2011年至2016年，上合组织稳步发展，成员国合作的主要目标为规划中长期发展战略，将上合组织发展与“一带一路”倡议和欧亚经济联盟对接，加快区域经济一体化进程。2012年，成员国元首签署《上海合作组织中期发展战略规划》，把维护安全、发展经济、改善民生确立为未来十年上合组织发展的目标和任务。2015年成员国制定《上海合作组织至2025年发展战略》，在2012年《上海合作组织中期发展战略规划》基础上进一步细化发展目标：一是加强成员国互信与友好睦邻关系；二是加强上合组织作为全面有效地区组织的地位；三是维护地区安全，应对成员国面临的安全威胁与挑战，包括预防和消除突发事件；四是深化经贸、投资合作以及优先领域的合作项目，促进成员国可持续发展，提高人民生活水平；五是扩大人文联系，包括科技、卫生、环保、教育领域，开展人员交流；六是根据《上海合作组织宪章》及上合组织其他法律文件，坚持落实上合组织开放原则；七是提高上合组织国际威望，加强同联合国及其专门机构，以及独联体、集安条约组织、东盟、经合组织、亚信及其他国家组织和机构的联系；八是加强上合组织机制建设，包括提升成员国常驻秘书处和地区反恐怖机构代表作用。该战略明确指出，成员国就丝绸之路经济带倡议达成共识，将其作为创造有利条件推动上合组织地区经济合作的手段之一。
2017年至今是上合组织扩员后发展的新阶段，其积极参与全球治理，命运共同体意识增强。2017年6月，上合组织元首理事会阿斯塔纳会议作出历史性决议，接纳印度和巴基斯坦为本组织的成员国。扩员后上合组织发展迈入新的阶段，一方面，扩员为上合组织发展带来新的问题，组织成员身份认同差异增多，利益、目标分歧凸显。另外，这一时期国际形势发生巨变，大国博弈加剧、逆全球化风潮高涨、保护主义和单边主义盛行。面对这些新的挑战，在以往合作目标的基础上，上合组织进一步将构建人类命运共同体纳入目标范畴。在2019年《上海合作组织成员国元首理事会会议新闻公报》中，成员国强调，上合组织作为高效和建设性多边合作机制，在维护地区和平稳定、促进成员国发展繁荣方面发挥着重要作用，上合组织已成为成员国深化相互理解、加强信任对话、建设平等伙伴关系的稳定平台，致力于在国际法基础上，建设新型国际关系和确立构建人类命运共同体的共同理念。2020年，习近平主席在上合组织成员国元首理事会第二十次会议的讲话中指出，上合组织要弘扬“上海精神”，加强抗疫合作，维护安全稳定，深化务实合作，促进民心相通，携手构建卫生健康共同体、安全共同体、发展共同体和人文共同体，为推动人类命运共同体建设做出更多实践探索。2022年，上合组织撒马尔罕峰会实现了新一轮扩员，会议签署了关于伊朗加入上合组织义务的备忘录，决定启动接收白俄罗斯为成员国的程序，批准了给予巴林、马尔代夫、科威特、阿联酋和缅甸为对话伙伴地位的决议。目前，关于给予埃及、沙特和卡塔尔上合组织对话伙伴地位的备忘录业已签署。在国际挑战和威胁更加复杂、国际形势逐步恶化的时代背景下，有越来越多的发展中国家申请加入上合组织，这显示出上合组织的强大生命力和发展潜力，上合组织正向一个越来越具有国际影响力的多边合作组织迈进。