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目前，中国已基本建立了公共卫生应急管理体系，并在近年来防控各类突发公共卫生事件时取得了一定的成效，尤其是在应对此次新冠肺炎疫情中发挥了积极作用，在党的坚强领导下，中国抗击疫情取得重大成果，赢得全球的广泛认可。但与此同时，中国在防疫过程中，公共卫生应急管理中也暴露出许多需要改善的地方。
如果应急预案体系能够充分体现完整性、细节性、实践性和变化性四个方面，就能够有效地对重大突发事件的处理起到指导作用。
明确问题和等级、确定目标任务、抓好方案规划实施、做好预算工作是一个完整的应急预案需要包含的主要内容。现行预案未能有效连接应急准备和应急反应，应急预案中缺乏对其流程、机构、资源等的明确阐释，
各级政府或部门未能明确职责权限，医疗物资未得到合理的调度。绝大多数预案虽然规定了实施方案，但可选择性不强；在“方案实施规划”方面，没有具体明确的规定；在“预算工作”方面，虽然有一些规定，但还不够细化和具体。
应急预案的编制为应急救援工作的开展奠定了基础。当发生事故时，为了将事故控制在最小范围内，降低损失，要及时、有序地启动应急预案，进行科学、有效的救援。各级政府和部门制定应急预案并不是基于实际的风险评估，通常来源于法律法规和上级文件。一些文件的编者往往只简单地进行整理、安排、组合，以及与类似方案的对比，而没有针对经验教训进行总结和完善，更没有通过实战演习进行定期修订。现行应急预案缺乏风险评估、应急能力评估和情景演练，未形成持续反馈和改进机制。
作为应对可能发生的突发事件的计划或方案，应急预案最大的特点在于实践性。从现有的应急预案来看，虽然数目庞大，但是质量参差不齐。巨灾面前，真正发挥的作用有限。目前中国编制的卫生应急预案总数已经超过了240万件。然而调查发现：已有的应急预案内容过于宏观和抽象，只体现应对突发事件的标准化流程，原则性规定多、具体实施方案少。
同时预案缺乏制度、体制、机制以及运行基础的支撑，相关法律法规、国家体制、管理机构和相应的技术条件尚未构成应急预案的支撑体系。
当前预案法律基础较为薄弱，各部门综合协调、分类管理、分类负责等应急管理体制不尽完善，阻碍应急预案作用与职能的发挥。而且实施过程中存在层层请示、协调不畅及人为干预等现象，使预案启动时间滞后，影响疫情防控效果。同时不同类型与层级之间的卫生应急预案之间缺乏协调性，国家、省、市、区县不同层级之间的预案之间缺乏联动性，未规范不同层级规范重点
，这导致部分机构对应急预案的流程不熟悉。
为了控制突发事件的发生和扩大，应急预案的制定要根据实践和演练的结果、经济社会发展状况及各地具体情况，及时调整修订，使其更具指导性、针对性、有效性。例如，自2003年非典疫情以来，中国在应对突发事件，特别是突发公共卫生事件上的法律体系已经基本形成，但随着社会经济文化的不断进步，其内容出现了一些与当前社会发展、科学技术不相适应的地方，特别是作为重要组成部分的《国家突发公共卫生事件应急预案》，已经使用了十几年未曾修改。一些单位虽然对应急预案进行了更新，但只是因为上级的要求、命令，而不是出于形势变化的考虑。此外，预案的信息化进展相对滞后，制约预案的可及性，缺乏能够实现应急准备关键技术、预案制定、培训、演练、能力考核与评价等多重功能需要的综合信息平台。
一直以来，党和国家都对应急管理予以高度重视，应急管理体制不断完善。在新一轮的机构改革中，国家疾病预防控制局的建立是应急管理体制改革历史上的一个里程碑。但在当前突发事件愈加复杂和动态的形势中，中国的应急管理体制还有许多不成熟之处。
应对突发性公共卫生事件，很多地区尚未设置独立编制的卫生应急管理机构。也就是说，在突发性公共卫生事件暴发后，才临时成立专门工作组，负责突发事件的指挥和协调。这种机制的优点是更加灵活机动，节省编制、人员、经费。但同时也暴露出了问题：一是因没有固定的应对突发事件的决策指挥机构，临时组建的应急指挥部门在短时间内无法协调合作，内部存在互相推卸、沟通不畅等问题，影响了对突发事件管理的效率；二是突发性公共卫生事件专家咨询委员会成员随意性大，往往都是兼任的，遇到紧急情况时，往往会临时挑选专家协助决策，这种方式不够规范，在面对突发事件时无法真正发挥决策咨询的作用，影响突发事件的决策质量。按照《国家突发公共卫生事件总体应急预案》工作原则设立的相关机构包括公共卫生事件应急指挥部、日常管理机构和专家咨询委员会，其中突发公共卫生事件应急指挥部，由卫生职能部门根据事件情况，向同级人民政府提出是否组建的建议。
在本次疫情应对过程中，临时性地建立公共卫生事件应急指挥部，任命负责人进行决策部署和资源调配，在实施应急指挥的初期出现一些地方疾病预防控制中心、医疗机构、应急管理机构、红十字会等相关部门沟通不畅、责权不清、配合不积极、消极不作为等现象，影响了应急管理决策制定和执行的效率。
政府在应对突发公共卫生事件时，通常会第一时间成立应急指挥中心，积极部署防控措施。这些部门不仅有卫生机构，还有质监机构、教育机构、农林单位，虽然从政府角度看，各单位同心协力，应对危机，但在应对突发性公共卫生事件中，存在横向分工不清，各单位沟通不及时的问题，难以形成资源优势互补的协同效应。由于职责交叉，管理脱节，缺乏统一协调的专门部门。每当发生突发性公共卫生事件时，往往是各职能单位各干各的，缺乏协调，只能成立临时性的应急指挥中心来应对突发事件。而突发事件后，应急指挥中心往往会解散，不能及时总结经验教训，某些工作的成效很难保持、延续、巩固。
建立并健全卫生应急管理体制，可以有效保障突发公共卫生事件应急机制的有效运行。目前，中国突发公共卫生事件应急管理体制基本建成，但是很多地区由于近几年较少出现突发公共卫生事件，且未造成不良后果，未启用过临时应急指挥部机制。导致当突发公共卫生事件来临时，临时组建的应急防控指挥部由于工作人员的非专业性，缺乏突发公共卫生事件应急处置经验，导致指挥协调过程中不知所措。
总体而言，应急管理机制以整个应急管理过程为主线，涵盖事前、事中和事后的所有时段，包括预防与应急准备、监测与预警、应急响应与救援、恢复与重建等。
由于中国一直以来存在着重事后处置，轻事前预警的传统，这就导致了在公共卫生事件发生时，预警机制不能发挥很好的“风险评估、早发现早预防”作用。另外。当前中国公共卫生事件预警工作信息化建设不健全，并未实现智能化预警，需要专业的人员对信息进行再次加工汇总，并对事件进行风险评估预测，不仅主观性较大，且缺乏科学性，预警也缺乏时效。现有的传染病监测和报告系统为已知和确诊传染病的主要监测提供预警。当新的传染病发生，由于缺乏病例的具体信息，疫情类型和判断疫情无法得到准确确定，同时，目前的直接报告系统需要太多的人工干预环节。虽然数据的完整性和准确性有所提高，但这对突发性重大传染病的疫情监测和预警来说是一个缺陷。
应急准备机制要求对已发生公共卫生事件做好准备。突发公共卫生事件具有突发性和不确定性，极易导致应急意识的缺失。此外，虽然突发公共卫生事件中公民的知情权有正当的法理依据，但是面对突如其来的事件，部分地方政府及卫生行政部门在预警时选择了“内部预警”“酌情公布”的形式，在个人信息搜集与上报的过程之中也存在迟延。
再加上公共卫生应急宣传教育力度不够，无法引发人民群众积极投身公共卫生应急事件相关知识学习和事件的兴趣和热情，导致其自救能力低，容易听信网络谣言，引发舆情危机。
突发公共卫生事件的复杂性和不确定性要求管理部门具备应对突发公共卫生事件的较强专业知识。在现行的突发公共卫生事件管理体制下，一些对突发公共卫生事件具有初始阶段决定权的地方政府的领导却有时不具备其专业能力。同时，一小部分地方卫生委员会主要领导的任免也不完全符合专业背景；地方卫生委员会直属的疾病预防控制中心虽然具有专业知识，但没有行政权力，只属于决策支持部门，受地方卫生行政部门管辖，其职业判断的独立性容易受到地方政府行政权力的干扰。在突发公共卫生事件的早期阶段，快速诊断对于及时做出正确的决策非常重要。但目前，当地有资质的医疗机构和科研机构尚未纳入国家统一检测网络。以传染病检测为例，根据《中华人民共和国传染病防治法》，只有省级以上疾病预防控制中心才有检测权。在防疫初期，以卫生系统为基础的应对系统整体资源不足，地方政府的独立分析和决策能力没有得到充分利用，防疫效果差；现行法律没有明确规定突发公共卫生事件风险评估的权责，导致相关措施不及时；数据采集、共享、转化的应用渠道不畅通，社会关注度不够，基层防疫工作流程存在资源分配不清、各自为政现象。
突发公共卫生事件应急管理机制的建立与完善，很大程度上取决于资金投入的强度，虽然政府对于卫生健康事业的支出逐年增加，但是由于长期存在的“重医疗，轻预防”理念的影响，对公共卫生的支出尤其是对于卫生应急管理的支出仍显不足。再加上公共卫生具有公益性，当前公共卫生事业的经费主要由政府承担，城乡之间的差距导致基层卫生部门缺少卫生应急物资、缺乏卫生应急演练。当前，除了北上广等医疗设施较为发达的大城市外，其他城市普遍存在各种医疗设施不足、公共卫生资源供给不够的情况，许多大城市的三甲医院配置数量普遍不足，中小城市的医疗资源更是稀缺。中国各地的传染病专科医院和综合医院的传染科因为创收能力不强、收入偏低等原因，普遍存在用房紧张、设备陈旧、人才短缺、物资不足等问题。
一旦暴发疫情，这些短板问题便异常突出。非典疫情期间北京紧急修建小汤山医院；新冠肺炎期间武汉修建雷神山和火神山医院，以及开设多处方舱医院，便是疫情严重地区传染病医院收治能力不足的具体体现。在全国支援湖北的工作中，很多医疗队都是自带呼吸机等治疗器械前往湖北。此次新冠肺炎疫情，还暴露出中国应急防护物资供给不足的问题，以至于抗疫初期出现一线医护人员自己动手制作防护面罩、口罩、防护服的情况。
党和国家多次强调要提高社会管理法治化水平。自2003年SARS事件后十余年间，中国暴发了数次公共卫生事件：2005年人感染禽流感事件、2008年三鹿奶粉事件、2009年甲型H1N1流感事件以及多次在个别省份流行的H7N9禽流感疫情。这些突发公共卫生事件的暴发与流行，在不同程度上检验了中国当前公共卫生应急管理法制建设的效果。法制的力量保证了各级政府的应急行动有法可依、有序而为。
现行《传染病防治法》以传染病病种对人体和社会的危害程度、暴发和流行情况的不同作为分类标准，将传染病分为甲类、乙类和丙类，共39种疾病，甲类传染病可以采取强制隔离治疗、交通卫生检疫、尸体就近火化等措施。除此之外的原因不明的突发传染病，需要纳入传染病管理的将增列为乙、丙类传染病，须由国务院卫生行政部门决定；若要纳入甲类传染病，只能由国务院决定。传染病的认定事关应急响应程序的启动，传染病类别直接决定采取何种防控措施，而这些最终都将影响到疫情防控的科学性、及时性。
突发公共卫生事件的应急领导主体，决定了由谁代表国家行使国家应急管理权，以及指挥、协调各方关系，作出应急决定等一系列重大问题。SARS疫情之后，为了强化突发公共卫生事件的指挥系统，提高应急处置效率，《突发公共卫生事件应急条例》的一项重大制度创新便是成立各级应急处理指挥部。指挥部整合了多方面资源，有利于节约沟通成本，避免不必要的重复行为。而对《突发事件应对法》《传染病防治法》《突发公共卫生事件应急条例》中的应急指挥体制进行梳理后发现，这三部法律法规的规定却不尽相同，甚至存在冲突。首先，法定的领导主体不一致。《传染病防治法》确定了各级人民政府为领导机关，《突发事件应对法》确定为县级以上人民政府，而《突发公共卫生事件应急条例》则以各级突发事件应急处理指挥部为领导主体。根据上位法优于下位法和特别法优于普通法的基本法律原则，各级人民政府为突发公共卫生事件应急处置的领导机关，各级突发事件应急处理指挥部若要采取应急措施，应当获得人民政府的明确授权。其次，应急处理指挥部组成部门的组织架构、内部分工等规定不够具体。最后，临时性的指挥部灵活、运行成本低，但由于其随着突发事件的暴发而产生，随着突发事件的平息而解散，临时指挥部就存在着持久性不足的特点。指挥部缺乏持久性将带来法律责任承担主体缺失，不利于突发事件应急经验积累；实用倾向很强，不利于突发事件应对的法制化等问题。
应对突发事件时，政府需要迅速动员各方力量，引导公民有组织地参与疫情防控。其中，以社区为依托的社群形式主要是公民在城乡基层群众性自治组织的协调下，有序地参与突发事件的管理工作。社区、村最贴近突发事件的第一现场，是应急管理中最基础的单元，尤其是突发公共卫生事件时，更需要动员基层力量来紧急应对，以防止疫情从社区外部输入或在社区间扩散、流行。