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综合分析全国和相关省市的情况，疫情期间的医疗保障工作总体上取得了良好的成效，展现了国家医疗保障制度建设的成果。
疫情暴发初期，应党中央、国务院的要求，国家医疗保障局迅速落实各项指示，制定并出台了一系列医疗保障措施。（1）“医保支付+财政补贴”的多层次综合经济保障，以减轻患者就医顾虑；（2）异地就医“先救治后结算”，为异地就诊患者提供了有力的保障，降低了病人流动造成的传染风险；（3）医保基金支付范围的临时性扩大保障了救治的各项医疗费用。
在疫情期间，医保先行拨款、开通疫情救治专项基金“绿色通道”等多项医疗保障措施，医保部门预付资金，减轻医院垫付压力；调整医保年度总额预算指标，为医保定点医疗机构收治患者提供最有力的保障。
大力推行医保业务“不见面办”、放宽非医保业务办理时限，实行“长处方”政策，保障人民健康及长期用药需求。上述重要举措，提高了各地疫情救治保障政策的执行效率，保证了参保群众及时享受各项医疗保障待遇。
由此可见，从疫情初期起，中国就及时调整、创新和完善了医疗保险政策，在救治医疗费用的保障、医疗机构费用来源、流程优化等方面，在疫情防治中起到了关键的作用，彰显了医疗保险制度作为国家医疗保障体制的基本构成部分的重要价值，在特定时期灵活运用的医疗保险制度也反映了国家已经真正贯彻落实了以人民为中心的发展思路。
医疗保障制度在重大疫情防治防控中发挥了重要的、积极的作用，但也暴露了制度的不完善和机制的缺失。中国医疗保障制度仅依靠临时性的政策措施调整来面对传播范围广、传播速度快、损失大、危害社会多个领域的重大疫情，而缺少重大的应急保障机制，从长远来看，风险巨大，会影响整体制度的良好运行。
从1996年医疗保险改革开始，1998年城镇职工基本医疗保险制度正式建立，经过20多年的发展，中国全民医保制度已基本建成。基本医疗保险参保人数已突破13.5亿，参保率稳定在95%以上，基本实现人员全覆盖，
医疗保障水平显著提升。这种医疗保障制度基本满足了人民群众常规时期的医疗保障需求，但是面对重大灾害、重大突发性事件而带来的应急医疗保障需求，制度安排和相应机制还远远不够。
临时性应急制度主要存在三个方面的问题：一是临时性应急制度具有一定的滞后性。
二是临时性应急制度容易产生运行风险。
三是临时性制度缺乏全面性，同时，疫情暴发期间，如何保障其他重大疾病患者的医疗待遇，如何实现整体医疗保障公平，需要相应的制度安排。
医疗保障的费用来源，医疗保险基金的责任界定等是需要在相关法律规范中明确的。而中国现行的与医疗卫生、公共卫生、传染病防治等息息相关的基本法律规范，例如《传染病防治法》 《突发事件应对法》《社会保险法》《基本医疗卫生与健康促进法》等，这些法律条块分割，相互独立单列，零碎立法，调整的对象单一有限，仅仅关注传染病的预防、控制、监督费用，医疗救治费用被当作“附带性”问题简单带过，重大疫情医疗救治费用保障机制有关的各项规定分散，基本医保基金与公共卫生资金的协同保障机制，更是缺乏明确的、可操作的规范。
疫情防控工作符合公共经济学中对于公共产品的定义，是一项公共产品，应当由政府财政承担相关工作费用。但是依据疫情期间的医疗费用保障政策，救治费用由医疗保险基金先行支付，政府财政承担超出的部分，这种费用支付方式在短期内对医疗保险基金影响不大，但从长期来看，必然会给医疗保险基金造成较大的支付负担。
因此，从长期来看，突发公共卫生事件的救治及相关费用应当建立长效的费用保障机制，明确资金的来源与渠道，医疗保险基金、公共卫生基金及国家财政之间的责任划分需要明确，并建立良好的协调支付机制。
中国的医疗卫生改革多年来一直在进行，医疗服务体系网络基本建成，为保障居民的基本医疗服务需求做出了巨大的贡献，但是在此次疫情期间，暴露了中国医疗卫生服务体系存在的诸多问题。一方面，从疫情初期的诊疗过程来看，中国分级诊疗制度实施效果有限。在早期的疫情筛查和防治中，基层医疗卫生机构缺位，应充当“守门人”的基层医疗卫生机构未能发挥自己的职能和作用，未能及时地分流病人，采取有效措施积极应对。大量疑似患者和其他呼吸系统疾病的患者跳过基层医疗卫生机构，集中涌向三级医院，造成医疗资源的挤占，三级医院缺少充足的医疗卫生人力和其他医疗资源对来就诊患者进行分类和识别。同时，这种就医行为也导致了人员的大规模流动和聚集，进一步增加了交叉感染的风险，导致了疫情的快速蔓延。
另一方面，疫情期间的特殊医疗费用的结算和报销政策，针对慢性病患者的“长处方”以及“互联网+医保”政策的出台，这些既是医疗保险政策，但同时需要医疗卫生机构的积极响应和支持，保证医疗服务的提供，保证各项医疗保险政策顺畅的落实。因此，医疗服务的购买方和供给方分别是医疗保障体系和医疗服务体系，二者要统筹协调发展，医疗保障体系在建设过程中应考虑如何通过机制的建设而带来医疗服务体系的改善，未来医疗保障体系的建设要重点考虑医疗保障和医疗服务之间的深层次联动。