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随着健康中国战略的加速推进，对中国公共卫生事业的发展也提出了更高的要求。但是，在历次突发公共卫生事件应急管理工作中，暴露出现行法律制度存在诸多不足。本节对突发公共卫生事件应急管理法制与预案存在的问题进行探析，为后文的建议部分奠定理论基础。
基层社区组织是社会自治的一种组织化形式，其主要职责是处理好自治范围内的事务，即自己管理自己的事务。同时，在突发公共卫生事件治理工作中，基层社区组织也有协助政府落实各项应急处置措施的义务，仅为协助义务。但中国现行法规范虽课予基层社区组织在突发公共卫生事件中协助政府落实特定应急处置措施的义务，但对于该“协助义务”的适用范围缺乏明确规定，已导致基层社区组织在具体落实措施时出现角色定位不明确的现象。该组织往往无法准确把握哪些事项属于自治职责的范畴，哪些事项属于协助义务的范畴，由此引发角色错位的问题，并继而出现权力行使的随意性。立法的不完善将难以有效约束基层社区组织对权力的行使，也难以抵御权力滥用所造成的对公民合法权益的侵害。因此，有必要通过立法框定基层社区组织协助政府落实防控措施的义务范围，以明确其权力行使的范围。
实践中，在突发公共卫生事件时，各地政府为了尽快完成治理工作，不得不将大量应急处置措施的执行权力下放到基层，并通过村（居）委会等基层社区组织来落实各项措施。由于中国现行法规范对地方政府应急处理措施执行权力的下放的性质尚未明确规定，且基层社区组织协助政府实施应急处置措施的义务范围尚不明确，最终导致该组织在突发公共卫生事件治理工作中的角色出现了错位，最典型的就是将自己等同于行政机关、超越法律权限、擅自行使行政职权。例如，在突发公共卫生事件时，未经授权擅自设卡拦截、断路封路、阻断交通、随意扩大封控对象等。事实上，这些行为已经突破法律所规定的协助义务的界限。
基层社区组织在协助政府落实各项应急处置措施时，面临资源不足的问题，故而需要大量聘用未经培训、不掌握相关执法常识的人员参与其中，由于缺乏法律意识和行政素养，客观上难以实现突发公共卫生事件治理法治化应对的需求。同时，法治思维的缺失，也导致基层社区组织的部分行为失当，违反《突发事件应对法》第11条所强调的合理比例原则的事件时有发生。突发公共卫生事件治理中应急处置措施的选择不仅要达到治理目的，更要遵循比例原则，采取必要且有效的手段，严格执法不代表粗暴执法、偏激执法。
依法应急是做好公共卫生跨部门协同应急管理的根本保证。一直以来，党和国家都对公共卫生应急管理予以高度重视，建立了由卫生健康部门牵头、30多个部门参与的应对突发公共卫生事件联防联控工作机制，实现了跨部门的协调联动。中国在公共卫生应急管理领域的数次改革中取得了很大的突破，加强跨部门协同应急能力已经成为进一步建立和完善公共卫生应急管理体系的重要举措。
突发性公共事件所具有的危害性大、波及面广等特点，对于社会正常运行、个人生活产生巨大的损害和影响，在应对突发性公共事件的过程中，单个部门难以凭借自身能力有效应对，需要建立跨部门协同机制。中国现行立法中关于公共卫生应急工作中跨部门协同的相关内容，主要是从预案上涉及人力资源、财力保障、物资保障、医疗卫生保障等11个领域有所概述。但是，相关规定针对突发公共卫生事件应急管理中，各部门之间的协调联动，工作分配与合作缺乏具体可操作的规定。同时，立法的缺失导致政府各部门在突发公共卫生事件应急管理中，治理资源信息不畅通，各个部门各自为政，不仅无法发挥跨部门协同机制的积极作用，而且与现代社会整体性治理需求存在逻辑错位，甚至可能会引发治理失灵的严重后果。因此，需要通过立法完善突发公共卫生事件应急管理的跨部门协同机制的相关规定，以打破突发公共卫生事件应急管理中部门主义、地方主义的难题。
中国现行《宪法》对紧急状态下公民权利的保障缺乏明确规定，同时《突发事件应对法》赋予了县级以上人民政府在应急响应期间，可以行使非常态法治下的行政权力，更多的规定在于强化政府在此期间的权力行使的条件、方式和范围以及责任，而忽视了对公民权利的保障，涉及公民权利保护的条款明显不足。
立法的缺失导致在突发公共卫生事件应急管理工作中易发生权力越界、手段失当的问题，从而侵犯了公民的合法权益，甚至有些地区“一刀切”的隔离措施造成扩大隔离对象范围甚至过度延长隔离时间的问题。突发公共卫生事件应急处置措施的选择不仅要达到治理目的，更要遵循比例原则，比例原则即在多种行政措施均可实现突发公共卫生事件治理工作之目标时，应选择对相对人合法权益损害最小的措施，要尽可能地减少或者避免对于公民权利的侵犯。因此，政府权力的行使应符合比例原则和最小伤害原则，遵守法律的权力限制范围，防止过度管制。
国务院于2006年1月印发《国家突发公共卫生事件应急预案》，该预案对突发公共卫生事件应急组织体系职责、监测、预警与报告程序、应急反应和终止程序、善后处理、应急保障措施、预案管理与更新都做出了明确的规定。但时隔15年，该预案并未根据形势的变化以及在实际应对突发公共卫生事件中所积累的经验进行适时的修改与完善，同时地方层面的预案也存在诸多问题。具体而言：一方面，中国现存中央到地方的预案数目庞大，质量参差不齐。在突发公共卫生事件应急管理中作用的发挥未达到预期，现有预案的质量、种类、预案的全面性和可操作性方面存在很多问题，
现存应急预案的内容较为宏观与抽象，大多为突发公共卫生事件应对标准化程序与环节的原则性规定，具体实施步骤与环节较少。此外，应急预案编制普遍存在生搬硬套，同质化倾向严重，这一情形在最需要详尽预案指导的基层尤为明显。
同时，应急预案编制流程与内容缺乏规范性，预案的制定与修订未能根据客观实际情况的变化进行修改与完善，缺乏可操作性。另一方面，应急预案未能有效连接应急准备和应急反应，功能的发挥未达到预期，应急预案中缺乏对应对流程、应对机构、应对资源等的明确阐释，
各级政府或部门未能明确自身行政职能和工作范围，医疗物资和设备设施没有做到合理的调配与使用。