2003年后随着国资委的成立,国有企业公司化进程加快,2007年党的十七大进一步明确通过公司制股份制改革优化国有经济布局,随后国有企业进一步集中,中央企业数量从2003年的196家降低到2012年的112家。混合所有制经济 [4] 显现雏形,到2012年年底,混合所有制工业企业数量占规模以上工业企业单位数的26.3 %,资产占44.0 %,利润总额占41.8 %。中央企业及其子企业引入非公资本形成混合所有制企业,已经占到总企业数的52 %。
此时期的一个重大制度变革,是国有资产监管体制的形成。2002年11月党的十六大决定启动国有资产管理体制改革,次年国资委正式成立,由国资委负责监督管理国有企业,实现国有资产保值增值目标,以解决长期以来的多头管理、机构臃肿、监管效率低下的问题。新的国有资产管理体制坚持“国家所有、分级代表”的原则,中央和地方分别成立专门的国有资产监督管理机构履行出资人职能,管人、管事和管资产相统一,强调“政企分开、所有制和经营权分离”等原则,落实企业自主经营。到2006年年底,从中央到地方全部组建了国有资产监督管理机构。国资委制定和建立了包括企业清产核资制度、企业发展战略和主业管理制度、企业经营业绩考核制度、国有资本经营预算制度等在内的企业国有资产管理法规和制度体系。同时,还推进了一系列有针对性的改革和结构调整措施,如企业内部及企业之间的重组、推动企业三项制度改革、企业改制上市、建立规范的董事会试点、减轻国有企业的社会负担、解决企业的历史遗留问题等。
在前期改革过程中,国有大企业的传统体制未被触动,其问题在迅速发展的市场环境中日益暴露。2004年6月7日国务院国有资产监督管理委员会发布通知,要求在中央企业建立和完善国有独资公司董事会试点工作 [5] 。2005年4月,《国务院关于2005年深化经济体制改革的意见》明确提出以建立健全国有大型公司董事会为重点,抓紧健全法人治理结构、独立董事和派出监事会制度。这标志着中央企业在集团公司层面的治理架构得以确立。本阶段改革的另一重点是引入资本市场约束,倒逼国有特大型企业的公司化、股份化转型,并通过制度创新来解决良好公司治理的剩余限制因素。一批特大型国有企业重组部分资产在国外上市,通过主辅分离和改制推进了一大批大中型企业重组。2005年中国证监会会同相关部委着手解决股权分置问题,并针对大股东通过关联交易侵占小股东利益等出台政策,2007年后中国证监会又将监管目标转向提高上市公司规范运营和治理水平,促使上市公司建立股东权益和社会公众权益保护机制,完善上市公司融资和财务会计制度。在一系列资本市场新规则推动下,上市公司的“治理短板”有所改善,作为控股母公司的相关国有企业“规范化监管”程度也相应提高了。