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继1992年党的十四大明确提出“我国经济体制改革的目标是建立社会主义市场经济体制”,1993年党的十四届三中全会通过了《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》，明确提出建设“产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学”的现代企业制度是我国国有企业改革的方向。同年《公司法》通过并颁行，为建立现代企业制度和公司治理结构提供了法律基础。之后1997年党的十五大确立了公有制为主体、多种所有制经济共同发展的基本经济制度。这一时期，改革的主要线索是引导国有企业确立与市场经济要求相适应的资本和产权的观念，按照建立现代企业制度的方向，实施“抓大放小”，通过国有经济布局与结构战略性调整，初步解决整个国有经济部门如何适应市场竞争优胜劣汰的问题，从而改变了国有经济量大面广、经营质量良莠不齐和国家财政负担过重的局面。
此时期，国有经济布局和结构调整取得积极进展（见图2）。一批国有大中型企业改制为国有独资公司、有限责任公司或股份有限公司，许多全国性的行业总公司改组为控股公司。国有企业改革深入到石油化工、电力、电信、航空等垄断性行业，行业内形成了多家竞争的市场格局。通过改组、联合、兼并、租赁、承包经营和股份合作制、出售等形式，对中小型国有企业进行了改革。到1997年，国有独立核算工业企业中亏损企业的亏损额比1987年上升十多倍，相当一部分企业不能正常发放工资和退休金，于是在1998—2000年实施了“国企三年脱困攻坚战”，在三个方面实现了突破：通过国有大中型困难企业的政策性关闭破产，5000多家扭亏无望的困难企业退出市场；通过国有中小企业改革，上百万家国有、集体中小企业改制退出公有制序列；通过再就业中心和基本保障线政策，托管、安置了近3000万名下岗职工，建立了国企职工可以流动的机制。到2002年党的十六大召开之际，国有中小企业中有80 %以上已完成改制。国务院确定的建立现代企业制度百家试点企业和各地选择的2700多家试点企业中，绝大部分实行了公司制改造。
图2 国有企业的公司化改造路径
此阶段值得注意的一大事件是独立董事制度的引入。为了抑制上市公司大股东占用，1997年中国证监会发布《上市公司章程指引》，规定上市公司根据需要，可以选择性地设立“独立董事”。2001年，中国证监会发布《关于在上市公司建立独立董事制度的指导意见》，规定上市公司董事会成员中应当至少包括1/3的独立董事，这标志着独立董事制度在中国正式建立 [3] 。2002年中国证监会与国家经贸委联合发布《上市公司治理准则》，进一步推动独立董事制度的完善。该准则尤其强调独立董事的“独立性”，明确“独立董事应独立于所受聘的公司及其主要股东，且不得在上市公司担任独立董事外的其他任何职务”等内容。但这种自上而下“法律硬性规定”的独立董事制度，在实践中屡屡被诟病。为了应付监管要求，所有上市公司都不得不外聘独立董事。