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在国家创新体系中，政府主要扮演了协调者和指导者的重要角色（Lundvall，2007）。
第一，作为制度供给者，政府通过制定和实施政策推动科技创新，如产业发展制度、知识产权制度、公共研究制度、海外研究制度。在新兴经济体中，国家层面制度以资源集中性和政策强制性效应为手段，是科技创新的关键保障（魏江等，2016）。
第二，通过公共投资打造创新环境，为科技创新提供先决条件（Asheim et al.，2007）。具体包括：系统解决创新人才和投资资本缺乏等问题（Spigel and Harrison，2018）；牵头组建产业联盟、行业协会、公共服务平台等，整合、协调创新资源，增加科技产业竞争力和开放程度，甚至影响全球技术标准制定（Kwak et al.，2011）。
第三，通过公共采购增加产品需求，激励企业开展技术创新活动（Georghiou et al.，2014）。此外，采取引导基金股权投资、研发补贴、税收优惠等手段，刺激科技企业的研发投入（Lokshin and Mohnen，2013；Kang and Park，2012；Czarnitzki and Lopes-Bento，2011）。研究表明，政府扶持对成长早期阶段的科技企业至关重要——能增加企业获得后续投资的概率，并对其创新成果和创新收入带来积极影响（Howell，2017）。
当然，政府对科技创新的影响并不总是有效或积极的。一方面，政府政策对高质量技术创新的刺激作用有限，研发补贴等政策对产业创新和生产率提升作用不显著（Dolfsma and Seo，2013）。另一方面，在双方信息不对称的情况下，政府政策可能会对科技创新带来反向激励作用，扭曲企业创新动机（安同良等，2009；Acemoglu and Robinson.，2013），甚至对科技企业研发活动造成“挤出效应”，即出现政府失灵现象（McQuaid，2002）。
市场机制通过竞争优胜劣汰、引导短期资源配置、鼓励自发的创造性等方式，促进科技创新（路风和何鹏宇，2021）。在中国情境下，市场的作用还体现在国内市场庞大、需求多样以及产业链基础相对完整，从而促使创新主体有较大动机和能力在细分领域投入研发，进而推动科技创新（程鹏等，2011）。中国可以基于本土市场规模产生的收益，通过与外国公司合作，在较短时间内形成自身创新能力（徐康宁和冯伟，2010）。
与政府一样，市场在推动科技创新中也会出现失灵，即造成创新资源配置缺乏效率或资源配置失当的情况（贾诗玥和李晓峰，2018）。市场机制不能自动带来重大突破，以实现经济发展所要求的结构性重大变化（路风和何鹏宇，2021）。当面临技术封锁、市场垄断等不完全竞争条件或技术标准、创新回报具有较大不确定性时，科技企业的创新投入意愿较低。
由于单纯依靠政府或市场力量推动技术创新均可能出现失灵，二者需要有机融合以共同推进技术创新。根据新熊彼特增长理论，国家层面技术创新体系的顶层设计需要围绕“政府—市场—技术”的多层次模式来进行（Romer，1986）。对于政府而言，不仅要发展制度能力，还要恰当处理自身与市场的关系（韩寅，2015）。比如，通过建立独立监管机构，提升技术创新效果（Lin et al.，2018）。对于新兴高技术产业而言，更需要市场拉动和政府推动的共同作用，以增强产业创新的协同效应（Peters et al.，2012；Nemet，2009）。
作为中国情境下有为政府与有效市场融合发展的重要实践，新型举国体制强调充分发挥市场在资源配置中的决定性作用，同时坚持政府在技术发展中的引导作用，以克服和弥补市场作用的缺陷（陈云贤，2019）。一些研究探索了新型举国体制的内涵和运作逻辑（蔡跃洲，2021；陈劲等，2021），并将其与政府主导的传统举国体制进行对比（李哲和苏楠，2014），指出新型举国体制的核心在于平衡政府与市场的关系（廉思秋等，2021）。因此，在中国发展历程中，动态考察政府与市场各自扮演的角色以及二者之间互动的演化规律，将有助于理解政府主导的传统举国体制如何向政府与市场融合发展的新型举国体制转变。