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由于在中国现代哲学已经成为一门独立的学科，哲学所探讨的主要理论问题，同近代相比有了一些变化，集中在以下三个方面。
20世纪初，随着清王朝的覆灭，以儒家纲常伦理为核心的价值观念体系也宣告破产，不能发挥“范围人心”的作用了。于是，如何重新建立价值观念体系，便成为思想界的一项重要任务。在新文化运动初期，陈独秀在《吾人最后之觉悟》中曾提出：“自西洋文明输入吾国，最初促吾人之觉悟为学术，相形见绌，举国所知矣；其次为政治，年来政象所证明，已有不克守残抱缺之势。继今以往，国人所怀疑莫决者，非彻底之觉悟，盖犹在惝恍迷离之境。吾敢断言：伦理的觉悟，为吾人最后觉悟之最后觉悟。” [17] 他所说的“最后的觉悟”，其实就是价值观念如何重建的问题。现代中国哲学探讨价值重建问题，可以选择的向度主要有三个：一是改造儒家的价值观，使之适应现代人的精神需求；二是引入西方近现代的自由主义价值观，取代传统的价值观；三是接受马克思主义的价值观，并且同中国的实际相结合。现代新儒家选择了第一个向度。他们明确地表示以接续儒家道统为己任，但无意维护纲常伦理，而是利用西方近现代的哲学思想资源，重建儒家道德形上学根基，彰显价值理性，论证“道德自我”的本体论意义，诠释儒者人格的现代意涵，确立道德理想主义的价值取向。中国实证派选择了第二个向度。他们大都推崇科技理性，坚信科学能够解决人生观问题，批判现代新儒家的价值观，曾发动科学与人生观论战。他们拥护民主政治，向往自由主义的理想人格。在价值观方面，他们的科学主义取向和自由主义取向是显而易见的，不过在价值重建问题上，由于过分偏重于引进与传播，并没有取得积极的研究成果，也没有找到他们心目中的“科学的人生观”。中国马克思主义者选择了第三个向度。中国马克思主义者从辩证唯物主义和历史唯物主义的哲学立场出发，看待价值重建问题，强调个人与集体的统一，强调人民群众的主体性，强调人类的解放和人的全面发展，倡导共产主义的人格理想。毛泽东在《为人民服务》和《纪念白求恩》中，刘少奇在《论共产党员的修养》中，结合中国革命的实践，结合中国优秀的传统文化，对共产主义的人格理想作了深刻的论述，至今对于解决价值重建问题仍具有重要的指导意义。在三大思潮中，最关注价值观念重建问题的，当数现代新儒家。
“科学”和“民主”是五四新文化运动提出的两个最响亮的口号。为了真正把“赛先生”请到中国来，中国现代哲学特别关注科学知识如何获得的问题，特别重视认识论研究。传统的中国哲学比较关注人生问题，不大注重认识论问题。即便涉及认识论问题，也是同心性修养结合在一起的，往往只关心“价值的知识”如何获得的问题，而对“事实的知识”如何获得并不重视。在儒学中，“价值的知识”被称为“大体之知”“天德良知”；而“事实的知识”被称为“小体之知”“见闻之知”。高扬“价值的知识”而贬抑“事实的知识”，可以说是儒学的传统之一。现代新儒家受这一传统的影响，虽然仍旧把眼光聚焦到“价值的知识”上，但不再轻视“事实的知识”。不过，对于科学知识如何获得的问题，他们没有进行深入的研究。中国实证派大都有在国外留学的经历，受西方文化影响较深。他们崇拜科技理性，倡导科学精神，把哲学研究的重点放在“科学知识如何获取？”的问题上。胡适坚信“有用就是真理”，提出“大胆的设想，小心的求证”的思想方法，举起实用主义的旗帜。丁文江认为感觉经验是知识的唯一来源，主张唯觉主义。张东荪折中经验论和先验论，提出多元主义的认识论。金岳霖承认有独立存在的外物，强调感觉材料是客观的呈现，重视意念的双重作用，提出客观主义的知识论。中国马克思主义者贯彻辩证唯物主义的认识路线，认为认识是主体对客体的能动反映，实践是主体和客体相连接的唯一纽带，是认识的动力、基础和来源，是认识的目的、归宿和检验标准。由实践到认识，再由认识到实践，如此“实践、认识、再实践、再认识，这种形式，循环往复以至无穷”，这就是认识从简单到复杂、从低级到高级、从有限趋于无限的发展过程。中国马克思主义者虽然没有专门讨论“科学知识如何获取？”的问题，但他们所坚持的辩证唯物主义认识论，对于解决这一问题无疑具有指导意义。
中国现代哲学发展的社会背景正值中华民族积贫积弱、饱受帝国主义欺压的苦难时期，正值中国社会由传统转向现代的变动时期，“中国向何处去”这是全民族最关切的问题，自然也是哲学理论工作者最关切的问题。他们把自己的理论研究活动紧紧同中华民族的命运联系在一起，从各种角度寻找改造中国社会的方案。现代新儒家幻想以学术救国、以文化救国，使业已破产的中国社会得以重建。他们中间有人办学，有人从事乡村建设运动，希望以自己的学说影响社会，可惜事与愿违、收效甚微。中国实证派幻想科学救国、教育救国、言论救国，他们呼吁建立“好人政府”，呼吁“少数人”担负起社会责任，办政论刊物，鼓吹人权，组织社团，提出自由主义主张，要求走“第三条道路”，在现实中也屡屡碰壁。只有中国马克思主义者在正确理论的指导下，才找到改造中国社会的正确道路。马克思主义哲学同以往仅仅解释世界的旧哲学的最大区别在于，它紧密联系社会实践、指导社会实践，是改造世界的锐利武器。中国马克思主义者把马克思主义同中国的革命实践相结合，同中国的优秀传统相结合，创立了现代中国的新哲学。依据马克思主义哲学，中国共产党人摸清中国半封建半殖民地社会的国情，找到动员广大人民群众的指导思想，找到武装革命的正确道路，制定新民主主义革命的总路线。在中国共产党的领导下，中国人民经过数十年的艰苦奋斗，终于推翻了旧中国，成立了社会主义新中国。
对于上述三个问题，中国马克思主义哲学、现代新儒家、实证哲学等三大思潮都作出了自己的贡献，但各有侧重。相比较而言，现代新儒家侧重探讨第一个问题，实证哲学侧重探讨第二个问题，中国马克思主义侧重探讨第三个问题。中国马克思主义哲学同非马克思主义哲学的最大区别在于，它不是书斋里的学问，而是广大人民群众革命实践的指南。在中国马克思主义哲学的指导下，中国人民终于找到“中国向何处去”的正确答案，推翻了帝国主义、封建主义、官僚资本主义三座大山。中国马克思主义哲学改变了中国社会的落后面貌，改变了中国人民的精神面貌，理所当然地成为中国现代哲学的主流。