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章太炎尊经古文而辟经今文，倡法后王而辟法先王，在某种意义上，这都是对南海托古改制说之学术反动。然而，当戊戌维新（1898）失败，清廷祸心昭彰却又以“预备立宪”蛊惑人心，在这种形势下革命派则渐渐压倒改良派，反清革命逐步成为思想界之主流。我们前文已言，章太炎少年时代即已埋下仇清之种子，当真正的革命时代来临之时，正是其思想大有用武之时，章太炎指出“内中国，外夷狄，《春秋》三家所同” [35] 。此时，其革命理论始倚重于佛学。
据章太炎《自定年谱》，他二十九岁（光绪二十二年，1896）时，与夏曾佑（字穗卿，1863—1924）订交，当时夏曾佑劝他学佛，但此时章太炎深嗜古文，在他看来佛学与惠卿之《公羊》《齐诗》一样，多为诡诞，因此并未在意（“不能深也”）。第二年（1897），遇宋恕（字平子，1862—1910），宋平子劝他读《三论》，他亦不甚好，因为“不喜持空论言捷径者”。然而，也是于此年（1897），章太炎偶读《大乘起信论》，一见心悟，常讽诵之。从此后，章太炎之学始与佛学不绝因缘。（参见章太炎《自定年谱》之“二十九岁”“三十岁”两条）
光绪年二十九年癸卯（1903），蔡元培（字孑民，1869—1940）请章太炎到上海南洋公学讲学，“多述明清兴废之事，意不在学也” [36] 。同年，邹威丹（名容，1885—1905）著《革命军》，章太炎为之作序并刊于《苏报》，此文倚重章太炎之名气不胫而走，风靡全国。且章太炎于是年发表《驳康有为论革命书》，宣传讨伐逆虏，光复中华，招致清廷缉捕，即“苏报案”，章太炎与邹威丹一起被羁押于上海租界。第二年（1904）四月，租界公审，章太炎被判刑三年，威丹被判刑两年。由于当时羁押于租界监狱，环境相对宽松，囚犯允许读宗教类图书，在狱中两年（公审前羁押期折算10个月，故在狱中26个月），章太炎一边做裁缝（劳役），一边读佛经。章太炎后来回忆云：“友人或求纳致书籍，狱吏许之。始余尝观《因明入正理论》，在日本购得《瑜伽师地论》，烦扰未卒读，羁时友人来致；及是，并致金陵所刻《成唯识论》。役毕，晨夜研诵，乃悟大乘法义。” [37] 是年，章太炎三十七岁。章太炎后来自况其学“始则转俗成真”，这种“真”实则就是佛学，其学术第一次大转向即在此时开始。佛学成为此时章太炎思想之主流且许为最高，“知《瑜伽》为不可加”“（法相）理极不可改更”。 [38] 章太炎之接受佛学，固然与种种机缘有关，但深层之原因当有两种。
其一，佛学与朴学近似，是一种科学。他面对佛教诸派，有一种近乎是判教的自觉意识对诸派进行甄别，他认为净土宗、密宗等派“近于祈祷，猥自卑屈”，禅宗则“末流沿袭，徒事机锋”（《答铁铮》），是一种玄幻迷信之学，只有法相宗有精深的理论论证，近乎科学，故为其所接受。章太炎曾自道其接受法相学之心路历程云：
少时治经，谨守朴学，所疏通证明者，在文字器数之间。……自余闳妙之旨，未暇深察。继阅佛藏，涉猎《华严》《法华》《涅槃》诸经，义解渐深，卒未窥其究竟。及囚系上海，三岁不觌，专修慈氏世亲之书。此一术也，以分析名相始，以排遣名相终，从入之途，与平生朴学相似，易于契机，解此以还，乃达大乘深趣。私谓释迦玄言，出过晚周诸子不可计数；程、朱以下，尤不足论。 [39]
章太炎在给后进青年信函《答铁铮》文中亦云：“盖近代学术，渐趋实事求是之途，自汉学诸公分条析理，远非明儒所能企及。逮科学萌芽，而用心益复缜密矣。是故法相之学，于明代则不宜，于近代则甚适，由学术所趋然也。” [40] 由此可见，章太炎接受法相学与其接受朴学之学术立场是一致的，在近代科学昌明之世，唯有法相学才能与之相合，那些只在乎“现在的康乐，子孙的福泽”的佛教是“愚夫愚妇”所尊信的，和《太上感应篇》《文昌帝君阴鸷文》差不多，此非真正之佛教。王中江教授以韦伯之“世界的祛魅”理论来解释章太炎之理性主义态度 [41] ，可谓公允。章太炎以科学的态度对大乘诸派进行判教并最终认定法相唯识学是释迦真传，实为其日后以法相唯识学解庄做好理论准备。章太炎后来回忆唯识学对其庄学之影响时云：
既东游日本，提倡改革，人事繁多，而暇辄读藏经。又取魏译《楞伽》及《密严》诵之，参以近代康德、萧宾诃尔之书，益信玄理无过《楞伽》、《瑜伽》者。少虽好周秦诸子，于老庄未得统要，最后终日读《齐物论》，知多与法相相涉。而郭象、成玄英诸家，悉含胡虚冗之言也。既为《齐物论释》，使庄生五千言，字字可解，日本诸沙门亦多慕之。 [42]
如果说佛学需要祛魅，庄子亦需要祛魅，“汉学考证，则科学之先驱，科学又法相之先驱也” [43] ，章太炎以法相解庄，正是要扫除在他看来郭象、成玄英的“含胡虚冗”之言，让庄学走向科学昌明之康庄大道。
其二，反清革命需要以佛学为精神原动力。佛教诸派，其最终会归都在“自贵其心”，而这个心是无我之心，唯其能无我，才能成就真正的道德人格。若以此心来发心救世，世界才能救，中华反清革命才能有望。章太炎于光绪三十二年丙午（1906）五月出狱，狱中两年已经饱读佛书。出狱后，他即被孙中山（1866—1925）请至东京，主编《民报》，共谋光复大业，在东京，他为留日学生演讲，昌言佛教与革命之关系，认为华严宗所言的“头目脑髓，都可施舍于人”实则是一种革命精神。他将“自贵其心”的王学与禅宗、法相一起提倡，认为“依自不依他”“自尊无畏”是其共同品质 [44] ，佛与儒可相得益彰。章太炎早年辟今文经学之同时亦不遗余力辟姚江，此处是章太炎对王学之肯定之为数不多者，其肯定者就在于其“自贵其心”之学与佛学最终走向一致。不唯如此，章太炎还指出，“汉族心理，不好依他，由此特长，故佛教得迎机而入，而推表元功，不得不归之孔子” [45] 。可见，如果说南海是“托孔改良”，章太炎则是“托孔革命”。章太炎以佛学自贵其心，依自不依他等信念鼓吹青年发心革命，可谓不无苦心。他以直指人心之力量对佛学精神进行把捉，也最终为他日后以佛解庄、冥会华梵伏下枢机，《齐物论释》声称“齐物本以观察名相，会之一心”，这使得其庄学思想打上浓厚之心学特色。
从光绪二十九年（1903）入狱一直到宣统二年（1910），此七八年是章太炎思想最激进之阶段，他虽兼治经史、音韵、训诂等，但佛学一直是此阶段其思想之核心。在他看来佛教是最优秀之宗教，可以成就最完美之人格，“以勇猛无畏治怯懦心，以头陀净行治浮华心，以唯我独尊治猥贱心，以力戒诳语治诈伪心” [46] 。章太炎对佛学之推重达到无以复加之高度，并在佛学观照之下，写下思辨色彩极强，又能夺魂摄魄之一系列哲学论文，如《俱分进化论》《建立宗教论》《无神论》《人无我论》《五无论》《四惑论》《国家论》，这些文章固然主要以佛学为立论根基，但其中很多与庄子有直接联系，比如，《俱分进化论》中之“善恶并进”与《齐物论》之“是非两行”不无关系，《无神论》中借庄子之自然学说反对耶和华创世论，《五无论》借庄子言无政府主义，《四惑论》借庄子“齐物”之学对“公理”“进化”等学说进行批判，如此等等。其随后完成的《齐物论释》应该是对这些思想的最后绾结。
当然，处于尊佛阶段的章太炎，其对庄子之评价尚在佛学之下，如前文所指出，其在《明见》一文中认为庄子任运流转，不证涅槃，为其所短。但这种对庄子之评骘在《齐物论释》中得到根本改观。