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章太炎这种反对把进化看成一种具有积极价值、反对康有为大同世界的思想表现在其庄学诠释中就是提出了“齐文野”的著名观点。章太炎在《国故论衡》中云：“庄周明老聃意，而和之以齐物，推万类之异情，以为无正味正色，以其相伐，使并行而不害。其道在分异政俗，无令干位。故曰‘得其环中，以应无穷’者，各适其欲以流解说，各修其行以为工宰，各致其心以效微妙而已矣。” [14] “和之以齐物，推万类之异情”，齐物意味着尊重差别，种族、民族、国家都是在自然中形成的，并无高下、优劣、文野之别，尊重自然秩序，尊重风俗习惯，分异政俗，无令干位，章太炎思想的矛头直接针对社会达尔文论者和黑格尔主义者。不过，这里的黑格尔哲学显然被章太炎误解，黑格尔法哲学所追求的普遍自由正是以个体之间的互相承认为前提的，个体自然法权需要互相尊重和承认才能实现绝对精神所代表的普遍自由，互相承认即互不侵犯，章太炎所呼吁“文野异尚”的诉求正在于此。
章太炎在《齐物论序》中不无感慨地写道：“作论者其有忧患乎！远睹万世之后，必有人与人相食者，而今适其会也。” [15] 这句话前半句出于《易传》，后半句则出于《庄子·庚桑楚》：“大乱之本，必生于尧、舜之间，其末存乎千世之后。千世之后，其必有人与人相食者也！”（亦见《徐无鬼》）章太炎借《易传》和庄子之言，表达了自己关于世道之忧虑和对文明的反思，当时，无论是西方列强之间，还是列强与弱国之间，甚至是弱国与弱国之间（比如甲午中日海战），战争频仍，死伤无数，正可谓“人人相食，适逢其会”。庄子对文明之批判，主要是基于仁义道德被大盗窃取而师出有名，所谓“窃钩者诛，窃国者侯，诸侯之门而仁义存焉”。庄子这种对文明批评的范式被章太炎用来批评当时基于社会达尔文主义和黑格尔主义的文明灭国论，“绳墨所出，斠然有量，工宰之用，依乎巫师。苟人各有心，拂其条教，虽践尸蹀血，犹秉之天讨也” [16] ，即使是践尸喋血、杀人越货的不义之举，犹有条教为其正名而说是秉之天讨。近代野心家以文明自居而对所谓的野蛮民族进行征服，有条教（黑格尔、斯宾塞哲学）作支撑，又何尝不是秉之天讨，即，以天理（必然法则）之名而行无道之实。《齐物论释》“释篇题”中，章太炎就指出庄子作《齐物论》的题中之意即“齐文野”，其云：
（《齐物论》）终举世法差违，俗有都野，野者自安其陋，都者得意于娴，两不相伤，乃为平等。小智自私，横欲以己之娴，夺人之陋，杀人劫贿，行若封豨，而反崇饰徽音，辞有枝叶。斯所以设尧伐三子之问。下观晚世，如应斯言，使夫饕餮得以逞志者，非圣智尚文之辩，孰为之哉。 [17]
此中“尧伐三子之问”是指《齐物论》“故昔者尧问于舜”一则寓言，此则寓言为章太炎所极度推重。庄学史上，郭象的解释为：“物畅其性，各安其所安，无远迩幽深，付之自若，皆得其极，则彼无不当而我无不怡也。” [18] 章太炎看来，“子玄斯解，独会庄生之旨”。郭象以“物畅其性，各安其所安”解之，与他一贯的解释立场即“适性逍遥”是一脉相承的。郭象认为逍遥是对自我性分之体认，本身即蕴含了一种“存在即是平等”的立场，这种基于自我体认的平等观若换一个视角即互相尊重，章太炎因此引申出“文野异尚”的理论：
原夫《齐物》之用，将以内存寂照，外利有情，世情不齐，文野异尚，亦各安其贯利，无所慕往，飨海鸟以太牢，乐斥鷃以钟鼓，适令颠连取毙，斯亦众情之所恒知。然志存兼并者，外辞蚕食之名，而方寄言高义，若云使彼野人，获与文化，斯则文野不齐之见，为桀、跖之嚆矢明矣。 [19]
庄子之学是“内存寂照，外利有情”之学，齐物哲学的题中之意即对差异的尊重，对弱势群体、少数群体、独异个体甚至是“野蛮民族”等都要等而视之，这就是所谓“齐物者，一往平等之谈也”。“世情不齐，文野异尚”，他征引《庄子·至乐》篇“鲁侯养鸟”的典故，养鸟就应该放之山林江湖，若供养于庙堂，就会适得其反。若以本则寓言言之，宗、脍、胥敖虽处于蒙昧状态，但在舜看来，即使如此，也不应该以“文明”“开化”“仁义”等高义去征伐它们。一些国家以“使彼野人获与文化”为名，蚕食弱国，既得兼并之实，又得高义之名，使得一切侵略、屠杀、劫掠皆名正言顺，文明成为无道与不义的护身符。因此，章太炎指出：“文野不齐之见，为桀跖之嚆矢。”这大概即在影射社会达尔文主义和黑格尔主义的理论（文野不齐之见），既然文明民族高于野蛮民族，那么文明之国就有理由去征服野蛮之邦，“使彼野人获与文化”，征服者师出有名，因此说“文野不齐之见”是“桀跖之嚆矢”（先声）。
章太炎列举了中国历史上种种以文明为旗号而发动的不正义战争或思想家以仁义为名对异己的铲除，如秦始皇焚书坑儒，大概与韩非子一句“儒者以文乱法”不无关系；墨子虽然提倡禁攻，但夷灭异己，乃以天、鬼为说法；孟子虽然反对杀人（“善战者服上刑”），但承认商汤以“放而不祀”为理由夷灭葛国是正当行为，事见《孟子·滕文公下》，并见《书·仲虺之诰》《史记·殷本纪》。《国语》所言“国之大事，在祀与戎”或《礼记》所言“礼有五经，以祭为首”，祭祀是当时主流文化之传统，但葛国并没有祭祀这种传统，章太炎指出，“放而不祀，非比邻所得问”，祀与不祀是一国之内政，邻国无权过问。但商汤为铲除其征服天下之羁绊，因此不惜用种种计谋。“葛伯仇饷”是商汤伊尹灭国的阴谋，但师出有名（“仁义之师”），起到很好的宣传作用，以至于当时竟有“东征西夷怨，南征北狄怨”（语见《书·仲虺之诰》，《孟子·滕文公下》引之作“东面而征西夷怨；南面而征北狄怨”）的说法，诸侯四夷都盼着商汤前来征服，“若大旱之望雨也”（《孟子·滕文公下》）。《史记·殷本纪》称“汤征诸侯，葛伯不祀，汤始伐之” [20] 。汤灭葛国是其征服天下之第一战，自此以后，商汤所向披靡，天下望风而归，此即所谓“汤武革命，顺乎天而应乎人”（《易·革·彖辞》）。在章太炎看来，这是“籍宗教以夷人国”，是典型的“文明灭国”行为，“今之伐国取邑者，所在皆是，以彼大儒，尚复蒙其眩惑，反观庄生，则虽文明灭国之名，犹能破其隐慝也” [21] ，灭国之师被称为仁义之师，大儒孟子亦被其迷惑，更何况其余。所以，“文野不齐”为文明灭国行为之罪魁祸首，庄子齐物哲学之可贵之处即在遮拨其中之“隐慝”，“向令《齐物》一篇，方行海表，纵无减于攻战，舆人之所不与，必不得籍为口实以收淫名，明矣”，思想的洞见纵使不能阻止剑的滥杀无辜，但却足以让不义之行大白于天下，这大概就是笔的无用之用罢。
同时，“文野不齐”之见还会导致竞争，而竞争则有百害而无一利。“野”者竞争以向“文”，“文”者竞争以向更“文”，文野竞尚，狡诈遂生。章太炎反驳了所谓“物相竞争，智力乃进”的进化论，“谋稽乎誸，知出乎争”（《庄子·外物》），正如草木中的优秀者会被砍伐用来做工具，竞争中的胜出者往往同时伴随着始料未及的苦难，这继承了其《俱分进化论》中所言“进化之实不可非，而进化之用无所取”的思想。章太炎指出：“或言《齐物》之用，廓然多途，今独以蓬艾为言，何邪？答曰：文野之见，尤不易除。夫灭国者，假是为名，此是梼杌、穷奇之志尔。如观近世有言无政府者，自谓至平等也，国邑州闾，泯然无间，贞廉诈佞，一切都捐，而犹横著文野之见，必令械器日工，餐服愈美，劳形苦身，以就是业，而谓民职宜然，何其妄欤！故应物之论，以齐文野为究极。” [22] 章太炎继承前文对文明灭国的批判和反思之后，又指出无政府主义思想不彻底的一面。无政府主义在当时流行一时，极具理想主义之色彩，但这种思潮的批判性大于构建性。章太炎认为无政府主义“国邑州闾，泯然无间，贞廉诈佞，一切都捐”，这是其好的一方面，但其不彻底性在于尚没有彻底消除文野之见，其虽然取消政府统治，但犹追求“械器日工，餐服愈美”，“（无政府党）看得物质文明，是一件重要的事” [23] （《佛学演讲》），他们不满于“野”而奔竞于“文”，这样必然会导致竞争，竞争则必然带来苦难，故无政府主义最后会适得其反，应该说，这是他的俱分进化论思想得到庄子齐物哲学的进一步支持。
特别值得注意的是，据章太炎《自述学术次第》，其作《齐物论释》的同时，也在为中日僧俗诸生做讲演。宣统三年（1911），辛亥革命前夕，他在日本为中日同志（“兄弟”）作了一系列重要演讲，其中亦极为推重《齐物论》“尧伐三子”一章，此演讲稿具有战斗檄文之性质，说理更透彻，可与《齐物论释》相互发明，姑将此稿部分录之于下：
兄弟看近来世事纷纭，人民涂炭，不造出一种舆论，到底不能拯救世人，上边说的，已略有几分了。最得意的，是《齐物论》中“尧伐三子”一章……据郭象注，蓬艾就是至陋的意思。物之所安，没有陋与不陋的分别。现在想夺蓬艾的愿，伐使从己，于道就不弘了。庄子只一篇话，眼光注射，直看见万世的人情。大抵善恶是非的见，还容易消去。文明野蛮的见，最不容易消去。无论进化论政治家的话，都钻在这个洞窟子里，就是现在一派无政府党，还看得物质文明，是一件重要的事，何况世界许多野心家。所以一般舆论，不论东洋西洋，没有一个不把文明野蛮的见横在心里。学者著书，还要增长这种意见，以至怀着兽心的强国，有意要并吞弱国，不说贪他的土地，利他的物产，反说那国本来野蛮，我今灭了那国，正是使那国的人民获享文明幸福。这正是“尧伐三子”的口柄。不晓得文明野蛮的话，本来从心上幻想现来。只就事实上看，什么唤做文明，什么唤做野蛮，也没有一定的界限。而且彼此所见，还有相反之处。所以庄子又说“没有正处，没有正味，没有正色”。只看人情所安，就是正处、正味、正色。易地而施，却象使海鸟啖太牢，猿猴着礼服，何曾有什么幸福？所以第一要造成舆论，打破文明野蛮的见，使那些怀挟兽心的人，不能藉口。任便说我爱杀人，我最贪利，所以要灭人的国，说出本心，倒也罢了。文明野蛮的见解，既先打破，那边怀挟兽心的人，到底不得不把本心说出，自然没有人去从他。这是老庄的第一高见。就使维摩诘生在今日，必定也主张这种议论，发起这种志愿，断不是只说几句慈善事业的话，就以为够用了。若专用佛法去应世务，规画总有不周。若借用无政府党的话，理论既是偏于唯物，方法实在没有完成。唯有把佛与老庄和合，这才是“善权大士”，救时应务的第一良法。 [24]
这篇讲演可谓《齐物论释》诠释“尧伐三子”的白文版，章太炎认为将文明野蛮之见打破是老庄的第一高见，庄子“文野异尚”的理论逼得“那边怀挟兽心的人，到底不得不把本心说出”，这样他们就不能呼风唤雨、骗取民心，故这种打破文野之见的舆论是救时应务的第一良法。章太炎之庄学无论是以“文野异尚”反对文明灭国还是由一齐文野而反对进化竞争，应该说是他将庄学的隐题转化为显题，这既是对当时学术思潮的哲学回应，也是对当时列强霸权的学术批评，显示了一个独立思考的知识分子对世道时局之关怀的忧患意识。