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除了诸侯割据导致社会不安定，教会更是对国家敲骨吸髓。
在16世纪初，德意志是罗马教廷搜刮的主要目标，一度被视为“挤不尽牛奶的奶牛”。
教廷在德意志拥有全国约三分之一的土地，每年都要搜刮数不尽的财富。1500年、1501年、1504年和1509年，教会在德意志征收“赎罪税”，1517年开征“新赎罪税”。
此外，教会还推出了所谓“赎罪券”，宣称只要购买了教皇颁发的赎罪券，犯了错之后即使不真心忏悔，也可以免受上帝惩罚。
教会毫无节制的腐败和横征暴敛，导致德意志上下怨声载道，最终引发了一场浩大的宗教改革。1517年10月31日，马丁·路德在维滕贝格教堂的大门上张贴了著名的《九十五条论纲》，抨击驳斥教会的种种荒唐观点。
惊慌的教会对路德威逼利诱，连皇帝查理五世都下令要处罚他，但路德根本不为所动，他被萨克森选帝侯保护了起来，然后着手把《圣经》翻译成德文。
但路德也有自己的局限性，他只想把改革限定在宗教问题上，对政治和封建剥削问题持回避态度，只字不提。
后来他还写诗歌赞颂诸侯政权，号召人们服从统治，逐渐失去了人民的支持，最终成了被诸侯利用的工具。
此时，有一个叫闵采尔的人采取了和路德不同的斗争路线。1524年，他领导德国农民发动了武装起义，奋起反抗封建压迫，德国农民战争爆发了。
1525年，闵采尔兵败被俘，随后被杀害，其他农民运动坚持到了第二年7月，也最终宣告失败。在这场战争中，超过10万农民被杀害，但它从根本上动摇了封建统治，对德意志影响深远。
农民战争虽然失败了，宗教改革的浪潮却势不可当。此后，德意志的主要矛盾变成了新教和天主教的对立，信仰不同教派的诸侯们也都开始打着宗教的旗号争权夺利。
1608年，巴拉丁选帝侯领头，组织了“新教联盟”，并获得了英国、法国、丹麦、瑞典、俄国的支持。
第二年，巴伐利亚公爵还以颜色，组织了“天主教联盟”，得到了西班牙、波兰以及罗马教皇的支持。
就在双方剑拔弩张之时，一个导火索出现了：刚上任的波希米亚国王斐迪南二世是一个狂热的天主教徒，他疯狂地镇压新教，引起了人民的巨大不满。
1618年5月23日，一群新教教徒冲进了宫殿，抓起国王派遣的两名使者，直接从20多米高的窗户扔了出去，这就是著名的“掷出窗外事件”。
这件事震惊了整个欧洲，支持新教和天主教的两派列强纷纷介入，最终演变成了一场大混战，史称“三十年战争”。
作为主战场的德意志，在战争中损失了三分之一的人口、300多座城市、数千座村庄，德意志国内一度出现了近400个邦国、8万个大大小小的领地，分裂的局面比之前严重得多。
