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1073年，神圣罗马帝国迎来了一场剧变，意大利人格列高利七世在主教团的推举下，未经皇帝亨利四世同意就成了教皇。
1075年，格列高利七世又“蹬鼻子上脸”发布了教皇敕令，宣称教皇的地位高于一切，罗马教廷有权将皇帝逐出教会甚至罢免皇帝。
亨利四世将这视为“公开宣战”。他召集德意志的主教们，宣布废黜格列高利七世这个教皇；格列高利七世也以牙还牙，宣布开除、废黜、放逐亨利四世。按照基督教的“破门律”，如果亨利四世在一年内得不到教皇的宽恕，所有臣民都可以解除对他的效忠宣誓。
这下德意志的封建主反对派们觉得机会来了，纷纷站到了罗马教廷这边，巴伐利亚公爵、士瓦本公爵等人甚至公开集会，准备选出一位新国王。
在巨大的压力下，亨利四世为了保住皇位，只能屈服。他来到意大利，在教皇所住的卡诺莎城堡前，光着脚、披着“罪衣”在雪地中等候了三天，向教皇忏悔赎罪，史称“卡诺莎之行”。
但这种卑躬屈膝只不过是权宜之计，亨利四世在卧薪尝胆等待机会，他求得教皇宽恕后，反对派同盟没了借口，很快就土崩瓦解。重新稳住皇权的亨利四世则积蓄力量，把他们逐个击破。
1081年，亨利四世觉得时机成熟，进军意大利开始报仇。1084年，他成功攻陷了罗马，驱逐了格列高利七世，另立教皇。
但这出“皇帝复仇记”并没有给皇权和教权的斗争画上句号，罗马教廷的改革派很快东山再起，又和反对派联合起来。
直到1122年，双方才勉强达成协议，签订了《沃尔姆斯宗教协定》。
皇权再一次压制教权，还要等到后来的霍亨斯陶芬王朝。王朝的第一位国王康拉德三世，因为继承权纠纷和政敌打了一辈子内战，至死都没分出胜负，也因此终其一生都没能得到教会的加冕，成了神圣罗马帝国第一位没有加冕为皇帝的德意志国王。
但到下一任国王、康拉德三世的侄子在位时，情况就完全不同了。这位新国王弗里德里希一世因为留着一把浓密的红胡子，被称为“巴巴罗萨”，意为“红胡子”。
弗里德里希一世在位期间最主要的国策，用四个字就能简单概括——打意大利。为了完全统治意大利，让罗马教廷彻底臣服，他一生六次入侵意大利。后来人们甚至说，他的红胡子是用意大利人的鲜血染成的。
有一个比较有名的历史事件：第一次远征意大利后，弗里德里希一世就让教皇为他加冕，但当时那位教皇有些“不识时务”，他不断挑剔弗里德里希一世的言行举止，还要求弗里德里希一世按照惯例为教皇牵马扶镫。
弗里德里希一世的暴脾气瞬间上来了，庆典变成了人间惨剧，近千名教士倒在了军队的屠刀之下。
弗里德里希一世在位时虽然穷兵黩武，但他确实把神圣罗马帝国的实力推向一个高峰。
他死后，继任的皇帝们也花了大量心血去解决意大利问题，因为拿下意大利，就能让神圣罗马帝国不再徒有虚名。
但这些继任者又没有弗里德里希一世的声望和权威，“重意轻德”的政策再加上连年的战争大大损耗了国力，德意志内部开始分裂，封建主们变成了各邦诸侯，盘踞一方，王权受到了巨大挑战。
1246年，弗里德里希二世统治期间，科隆、美因茨、特里尔的三位大主教在教皇的唆使下，竟然另立了新君主。
而后意大利的几座城市又爆发了大规模起义，弗里德里希二世顾此失彼，疲于奔命，最终猝死了。
随着弗里德里希二世死去，各大封建诸侯也彻底摊牌了，他们不再受制于中央政权，而是群雄割据发展自己的势力。国王和皇帝也不再世袭罔替，而是由势力很大的诸侯们选举出来。
大一统的帝国名义上还存在，但实质上早已彻底分裂。
1257年，德意志史上首次出现了七大诸侯选举国王，史称“七选帝侯”。他们分别是：科隆、美因茨、特里尔的三位大主教，萨克森公爵，巴拉丁伯爵，勃兰登堡侯爵，波希米亚国王。
最初由他们选出来的国王还要走“传统手续”——由罗马教皇加冕才能成为皇帝；后来因为他们权势太大，选出来的国王就可以不经加冕仪式，直接行使皇帝的权力了。
这些选帝侯在选举德意志国王时，总是为了利益各怀鬼胎，只选那些给自己好处或者对自己没什么威胁的家族的人，这就导致国王完全沦为政治傀儡，被频繁地换来换去。
当选帝侯的意见无法统一的时候，甚至会出现选不出国王或者同时出现几个国王的情况。所以1254—1273年，出现了德意志历史上著名的“空位时期”“没有皇帝的恐怖时期”。
1273年，奥地利公国的哈布斯堡公爵鲁道夫当选德意志国王，结束了“空位时期”，哈布斯堡家族这个名字也从此和帝国牢牢绑在了一起。
之后哈布斯堡家族通过皇室联姻和金钱贿赂，两度把持神圣罗马帝国的皇位，时间总计长达400年之久。
14世纪，表面上统一的帝国其实早已诸侯林立，除了势力较大的七选帝侯，还有十几个大诸侯、两百多个小诸侯。到了1356年，这种局面变得更糟了，刚刚加冕的皇帝查理四世颁布了《金玺诏书》：
诏书还把司法、行政、关税等大权都授予了选帝侯，禁止城市之间相互联系，选帝侯甚至可以自己铸造货币。
这道诏书意味着德意志诸侯在对抗中央王权中取得了完全胜利，它不仅在法律上承认了选帝侯可以选举皇帝，更宣布了选帝侯在自己的地盘拥有了实质上的“君主权力”。
