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与1DGC一样，GC×GC中的进样器和进样方式主要取决于样品性质，如热稳定性、沸点范围、样品可能会污染进样器的情况，以及所需建立的分析方法的要求，如LOD和操作便捷性等。常用的GC×GC进样器及其性能如表3-1所示。其中，进样代表性指进行GC色谱柱的样品与原始样品具有同样的组成，即检测器不存在样品歧视问题。当分析的样品含有沸点较宽、易吸附或对热不稳定的分析物时，这一问题尤为重要。
表3-1 常用的GC×GC进样器及其主要性质
GC×GC有时会使用双柱温箱的设置，将第二根色谱柱放在独立的第二个柱温箱中，而第一根色谱柱在主柱温箱中，从而可以更加灵活地调节和优化2D保留，例如可以通过在主柱温箱和第二个柱温箱之间设置固定的温差来避免峰迂回现象的产生。双柱温箱的设置也可以用于调节选择性，或在第二个柱温箱中装入具有不同选择性的第三根色谱等。