与1DGC一样,GC×GC分析也是从进样器进样、载气混合样品开始的。但是,不同于1DGC中组分馏出色谱柱后立即进入检测器,在GC×GC中组分馏出色谱柱后便到达位于两个串联的分离维度(色谱柱)之间的接口处,即调制器。调制器以较高的取样频率将从第一维( 1 D)馏出的样品传送到第二维( 2 D)上,同时遵守Giddings的守恒定律。调制器作为一个在线进样器,对 1 D馏出的化合物进行快速取样,并在第二根色谱柱柱头产生非常窄的进样脉冲(峰宽低至50 ms)。因此,整个 1 D色谱图随着几秒的调制周期( P M )被切割成一个又一个的碎片,然后被再次进样至 2 D进行快速分离。
理想情况下,对于通过调制器脉冲再次进样到 2 D的分析物的分离必须在下一个脉冲进样到 2 D前完成,以避免不同调制循环产生的峰发生重叠,此效应称为“峰迂回(wraparound)”。因此, 2 D的GC色谱柱通常比 1 D短得多,而且有时需要使用第二个柱温箱来加热 2 D色谱柱。如果 2 D使用短和小孔径的色谱柱, 2 D的分离比 1 D快大概100倍。由于取样(调制)与 1 D分离同时发生,GC×GC分离的GC运行时间与传统1DGC几乎一致。GC×GC中的检测器,则完全和经典1DGC一致,用于对流动相中组分的痕量变化进行持续检测。实际上,一系列时长等于 P M (为3~10 s)的高速 2 D色谱被检测器一个接一个地记录下来,形成了一系列碎片。这些碎片组合起来后,可以在色谱分离平面中以2D轮廓图(contour plot)的方式来展现馏出形状。后续可采用专业软件来处理所收集的原始数据并提取多维信息。
为了连接 1 D和 2 D,可采用各种连接装置,主要取决于所使用的调制器类型。对于大多数加热型的调制器,通常在液膜较厚的毛细管色谱柱后接一段不涂布任何固定液的毛细管,以保证相钝化并在产生转移到 2 D色谱柱的谱带前降低分析物的保留。对于冷阱型调制器,调制可直接在 2 D毛细管色谱柱上发生。对于基于阀的调制器,可以使用阀的样品环来连接 1 D和 2 D。在其他情况下,调制过程可发生在 2 D色谱柱柱头。GC×GC发展早期,为保证 1 D色谱柱、调制器和 2 D色谱柱之间的正确连接,采用了相对复杂的装置。后期,玻璃压嵌连接器这一结构简单的接口的出现,极大地简化了装置,不论是采用手动还是自动方式,都只需要几分钟就可以完成连接装置的安装。