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在土地督察制度运行十余年后，土地违法行为依然严重、地方政府土地管理中的问题反复出现、土地督察社会认知度不高等问题依然突出 [20] 。根据2011年的土地督察制度实施五周年绩效评估报告，在受访的1247名群众中，仅有约27%的受访者听说过“国家土地督察制度”，而只有约18%的人了解建立土地督察制度的目的，了解土地督察制度的组织体系和职能的受访者更少，仅14% [21] 。2018年，土地督察制度随着大部制改革转型为自然资源督察制度。自然资源督察的内容在土地督察的基础上，随着管理职能的拓展而扩大外延，特别是增加了对于“山水林田湖草”一体化的生态修复的督察。更为重要的是，自然资源督察需要解决土地督察暴露出的问题，这也是督察制度转型面临的主要挑战。具体而言：
一是内嵌式设计弊端显现。土地督察制度定位与设计的冲突是影响督察效果的重要原因。内嵌于原国土资源系统的督察组织力图通过派出督察机构和人员的形式，以更独立的方式督察原国土系统外的地方人民政府，这本身与固有的“条块”状科层结构设计相冲突。司局级的督察机构无法对级别更高甚至同级别的地方政府产生督察威慑，这导致地方督察局一直以“帮助”地方政府、“不给地方找麻烦”的姿态开展督察工作 [22] 。原土地督察上海局局长曾表示：“土地督察工作既要坚持原则，又要有一定的灵活性，在原则性与灵活性上把握好‘度’，注意讲究方法，把握分寸，在与省、市政府领导交换意见时，提出多少问题，提什么问题，提到什么程度，就有一个‘度’的问题。” [23] 督察机构既要监督地方人民政府，又要协助地方政府完成任务，对地方政府的监督既要“灵活”又要“适度”，这大大丧失了土地督察职能的独立性和权威性。另一方面，土地督察机构与原国土资源系统存在职能重构的问题，特别是对原地方国土部门而言，存在被地方人民政府、上级部门、地方土地督察机构等多头领导和监督的困惑，行政资源浪费。地方督察局与地方国土部门的工作内容和工作性质存在交织，督察局一方面检查原地方国土部门的土地管理工作，另一方面又配合原地方国土部门开展土地审核工作。督察机构与地方政府及其职能部门的交织致使督察在实施过程中存在诸多缓冲和模糊的空间，制度被侵蚀的风险随着督察机构在地方驻扎时间的增长而变大。模糊不清的督察定位与设计容易导致地方政府的选择性执行、模糊执行、象征性执行等执行偏差问题，同时也会导致督察制度和督察队伍遭受利益侵蚀和腐化 [24] 。
二是运动式治理权威衰减。运动式监督虽然在短期内能够有效传导压力和快速达成目标，但随着时间的推移，运动式产生的压力逐步衰减，督察的威慑力也逐渐削减。土地督察在制度建立的前几年通过几轮大范围的强力督察，解决了一批土地问题。但运动式风暴过后，常态化机制和法治建设没有得到及时跟进，土地问题依然无法得到彻底解决。当前，督察依据主要沿用的是2004年颁布的《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》和2006年颁布的《国务院办公厅关于建立国家土地督察制度有关问题的通知》。虽然2021年颁布的《中华人民共和国土地管理法实施条例》从法律层面确立了国家自然资源督察制度的地位，并做出了部分督察规定，但作为具体指导督察工作的《国家自然资源督察工作条例》仍未出台 [25] 。在缺乏明确的法律保障和跟进情况下，督察工作难以获取持续的人力和物力保障，督察在实践过程中也丧失了运动式监督早期的威慑，逐步缺失与地方政府“碰硬”的底气 [26] 。特别是在环保督察强势的问责风暴下，自然资源督察却缺乏高层次和强力问责，这与期待的督察效应产生了较大差距。与此同时，随着土地问题复杂化和精细化，督察制度自身面临的冲击也愈发严重。譬如，由于缺乏普遍性公众参与的机制设计，仅仅依靠自上而下的监督推动容易导致督察工作进入疲惫期，督察人员出现倦怠、素质参差不齐等现象，督察活力逐步丧失 [27] 。再如，督察工作的党风廉政建设面临的压力和形势更加严峻，督察队伍的规范性和稳定性难以得到保障 [26] 。因此，在土地督察转型为自然资源督察后，随着督察内容的扩展，常态化监督的保障建设变得尤为重要，这关系到督察效果的可持续性。
土地督察制度在运行时存在内嵌式设计与独立性监督之间的冲突。在稳定阶段后期，土地督察制度的自身完善问题在工作定位中愈发凸显。因此，自然资源督察在转型的过程中需要着重解决以下两方面的问题。
一方面，增强督察的权威性和规范性。威慑力是督察制度生效的核心保障。自上而下的督察是为了另辟蹊径，打破科层制下“条条”“块块”交织的利益纠葛。如果督察的威慑力不如固有利益强大，特别是自然资源带来的巨大收益诱惑，督察制度将无法打破原有的利益格局，督察也将形同虚设。因此，一是要加强制度建设，出台和优化与自然资源督察相匹配的《国家自然资源督察条例》，对自然资源督察的职能和工作方式进行统一、规范，同时使督察机构在开展自然资源督察工作时有法可依，树立督察权威性和严肃性。二是要强化组织建设，处理好督察机构与地方人民政府的关系，以及与地方职能部门的关系。明确督察方与被督察方关系，进而确立督察原则和督察方式，这有利于明确传递中央政府政策精神，保障督察威慑力。三是要落实责任追究，对群众反映强烈、影响恶劣的重大问题，严格追究相关人员的责任。同时，明确督察问题的利益关键点所在，针对问题的关键设置相应的威慑手段，适度提高督察问责对象的层级，将全面督察和重点督察相结合，对已发现问题、重大问题等开展针对性督察，以点带面，提高督察制度威慑力，并将司法问责、党纪问责、政纪问责、道德问责等多种问责方式常态化、制度化、公开化。
另一方面，加强常规治理能力建设。督察中形成的强力权威可以融入常规治理能力建设，以避免运动式治理产生的威慑衰减的问题。自然资源督察形成的权威可以自上而下地完善激励机制，包括绩效评价机制、责任追究机制、容错免责机制等。地方督察机构可以协助地方政府将督察内容融入日常治理之中，增强督察效果的持续性。一是将监督式追责和支持型辅助相结合，通过中央督察组下派专家队伍、组织开设座谈会等方式，解决地方专业人才缺乏、科技和管理能力不足等弱点，提高地方政府发现问题和解决问题的能力。二是强化督察体系的信息化建设，完善在线督察系统和督察信息数据库，确保督察信息的更新及时性和内容完备性，并加强技术合作和升级，利用空间图像技术、遥感技术等减少人员在外工作量，提高督察工作效率。除此之外，考虑国家督察干部队伍的人员力量配备与当前承担工作任务量之间不协调不匹配的问题，进一步充实和优化督察队伍，以确保常规治理能力的稳定性 [28] 。三是通过完善政府信息公开制度，持续扩大政府信息公开的主体范围，明确公共机构资源信息公开义务和公开程序，完善具体实施标准和落实机制，发挥社会公众力量，调动广大群众和群团组织的积极性，充分发现与解决问题，扩大督察的社会影响力，形成国家威慑力和社会威慑力的双重保障。