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改革开放后，建设用地的快速增长与守卫耕地红线之间的矛盾是国家土地督察制度出台的直接原因。在快速城市化背景下，土地作为参与城市化进程最活跃的要素之一，土地城市化进程尤为显著
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。随之，土地供需矛盾在城市化过程中日益突出，人地关系也趋于紧张。尤其是在1994年分税制改革后，地方财政收入与支出间出现巨大缺口，而地方财政压力所引发的工业化与城市化冲动，导致了普遍的“占地竞赛”。在正式实施土地督察制度之前，中国的耕地面积已由2000年的19.24亿亩锐减至2007年的18.26亿亩，7年减少了9800万亩，距18亿亩国家耕地红线只剩2600万亩
[8]
。另一方面，“重经济、轻保护”的干部考核晋升制度进一步导致地方领导选择性执行中央政策
[9]
。中央与地方之间长期存在着中央强调粮食安全底线和耕地保护红线、地方热衷于通过出让土地扩大地方财政的矛盾。由于原地方国土部门服从于地方党委政府领导，既是土地管理者，又是土地经营的参与者，这导致地方政府主导的土地违法使用问题凸显，而原地方国土部门的监察工作又存在难度和局限
[5]
。于是，自上而下的监督和问责成为打破这种矛盾的现实必要。
在此背景下，国家土地督察制度在2006年正式建立，耕地保护成为土地督察的首要任务。从建立的过程来看，土地督察制度的建立正是从分税制改革后开始筹划的。2004年4月，国务院发文《国务院关于做好省级以下国土资源管理体制改革有关问题的通知》（以下简称“垂改”）。垂改通过调整省级以下国土资源主管部门干部管理体制，强化相关国土资源主管部门的管理职能，开展了基本农田的建设和保护、土地开发整理复垦活动。省级以下国土资源管理宏观调控能力有所增强，国土资源得到了有效保护，领导机制得到了优化，但垂改仍然遗留了部分问题，包括缺乏完善的人事管理机制、监察制度缺乏长期性等 [10] 。2004年10月，国务院出台《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》，明确提出了建立土地督察制度。2006年7月，国务院办公厅和中央编办分别发文，正式确定了土地督察制度的建立与实施。从整体上看，土地督察内嵌于行业行政系统，并以此对国土资源工作模式进行拓展与深入。图1反映了土地督察制度的运行机制，实线部分是原国土资源系统工作的运作模式，虚线部分为土地督察制度的运行模式。从这一运作模式上看，土地督察制度的运行依托于原国土资源部，与原来“条条”方向上的部门业务指导不同的是，土地督察试图通过派驻督察专员的形式对地方“块块”展开监督。这一制度设计的特点包括以下几方面。
图1 国家土地督察制度运行机制
第一，在组织架构上，国务院将土地督察权授予原国土资源部，原国土资源部部长兼任国土总督察，并设立专职副总督察行使监督检查权。同时，原国土资源部向地方派驻9个原国家土地督察局，督察局直属总督察领导，目的是保证督察机构在一定程度上的独立性和完整性，也为了避免地方保护主义的干扰 [11] 。派驻地方的督察局为正局级，实行局长负责制，督察专员对局长负责，并对其督察的省、自治区、直辖市行政区域内土地利用和管理的合法性、真实性负直接责任。地方督察局在隶属关系上依附于原国土资源部；在机构设置上属于大区制半独立式的构造类型；在责任归属上实行土地总督察的相对独立负责制 [12] 。
第二，在工作格局上，土地督察制度主要职能的设计是为了坚守18亿亩耕地红线和土地管理法律法规，落实国家土地调控政策以及促进土地管理改革与土地政策完善 [13] 。为此，督察主要围绕“一条主线、三个重点”展开工作。“一条主线”指以监督省级和计划单列市人民政府土地管理和利用情况为主线；“三个重点”分别是监督省级和计划单列市人民政府耕地保护责任制的落实情况、监督省级和计划单列市人民政府执行国家土地调控政策的情况、推进土地政策的完善 [14] 。
第三，在工作模式上，在设置地方督察局基础上，从2008年开始，土地督察机构向地方派驻督察专员和工作人员，目的是解决央地之间信息不对称的问题，方便系统了解督察区域土地利用和管理的动态、存在的问题，以及总结地方经验和做法 [9] 。工作形式上采取专项督察、例行督察、审核督察和宣讲咨询等方式，督察人员可对地方行使调查权、审核权、纠正权和建议权，但不具有执法权和处理权。
土地督察旨在脱离行业内部监督，以更独立的方式从原国土资源系统外部直接督察地方人民政府，包括审核和纠正地方土地违法违规利用行为，协助与建议地方人民政府贯彻落实中央土地调控政策。两组关系可以反映其制度定位的逻辑：
第一，在土地督察制度与国家监督体系的关系上，在中国的监督体系中，除了最高人民检察院主导的司法监督、中纪委和国家监察委员会主导的行政与党纪监督，以及审计署主导的经济监督外，各部委也组织了一些相应的行业监督，例如城乡规划督察、煤炭安全监察、警务督察、教育督导等。土地督察属于行业监督的一部分 [11] 。但土地督察制度设计并不同于一般的行政督察，它不是在原国土资源系统内部直接督察原地方国土部门，而是通过专项督察、例行督察和审核督察等方式对地方人民政府的土地利用行为进行督察，从而规范原地方国土部门的土地管理工作。
第二，在土地督察机构与地方人民政府的关系上，土地督察机构并不直接督察原地方国土部门，而是督察地方人民政府的土地利用和管理行为。督察机构与地方政府既是监督与被监督的关系，又是互相配合的关系。在保持现行中央与地方土地管理事权划分不变的情况下，地方督察局对地方政府的土地利用和管理行为进行调查与监督。督察局对地方政府的土地利用和管理行为具有建议权，支持和协助地方政府但不能替代地方政府贯彻落实国家土地政策以及相关法律法规。地方督察局不享有对案件的具体查办权，对于督察工作中发现的土地管理与利用问题，应向督察范围内的相关省级和计划单列市政府提出整改意见，整改工作由省级和计划单列市政府组织实施；督察中发现需要对有关机构或人员采取行政处罚或处分的，则交由监察部（后称国家监察委员会）等部门依法处理 [12] 。因此，从整体上看，土地督察机构与地方政府之间属于协作配合的关系，目的是让中央土地调控政策更好地在地方落实。