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质量守恒是指在一个流体系统（或控制体）中流体的质量在运动过程中保持不变。例如，在常规的内流场CFD仿真中，入口流入的流体质量应等于出口流出的流体质量。
根据质量守恒，设在流体空间中取一个控制体（微平行六面体），考虑流体运动时，流体将流入和流出该控制体，并使控制体中的流体质量不产生变化，由此可以建立连续方程
式中， ρ 是流体密度； u 、 v 、 w 是流体速度沿 x 、 y 、 z 方向的速度分量。
连续方程的物理意义是，不可压缩流体在单位时间内，流入和流出单位体积空间的流体体积之差等于零。所以在商业CFD软件中，通常无法或无必要在入口和出口同时施加质量流量的边界条件，因为流体流入质量和流出质量本应相等。
注意： 流体系统中入口质量流量与出口质量流量必然相等，但是体积流量不一定相等。例如，系统中如果出现了流体压缩的情况，则入口体积流量可能不等于出口体积流量，但入口质量流量等于出口质量流量。在设置某些CFD模型的边界条件时应引起注意。