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气功机理与中医基础理论密切相关。许多传统保健体育功法的动作编排和设计，乃至功理和作用的阐述，都是以中医基础理论为指导思想。虞定海，吴京梅（1990年）在《中国保健体育》中从以下五个方面对气功的中医基础理论进行了总结。①阴阳学说，传统保健体育是通过各种保健养生的运动方法，调动体内积极因素，及时调整人体阳阳，使之保持功态平衡，阴阳学说在传统保健体育中得到了广泛的应用；如气功中的功功和静功，动功为阳，静功为阴，因此在练功方式上要求动功和静功密切结合，互为补充，平衡阴阴，全面改善健康状况。②五行学说，传统保健体育中也可常见运用五行学说来具体指导各种功法的锻炼。如六字吐纳功用于治疗疾病时，则首先辨明疾病所属的脏腑和经络，再分别选用相应的吐音，如肝嘘，心呵，脾呼，肺口四，肾吹等；③脏腑学说；④经络学说；⑤精、气、神学说。总之，气功以中医学天地人三才一体的整体健康观为指导思想，从中医基础理论各个方面对气功的研究为气功健身理论奠定了深厚的基础。