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仪器设备是科研院所在教学、科研工作中不可或缺的物质基础和基本保证，如何提高仪器设备的管理水平，如何充分发挥仪器设备的社会效益和经济效益，一直是科研院所设备管理的重要课题。仪器设备的管理，就是利用有效的管理措施使仪器设备以最佳的技术状态，为教学和科研工作提供优质服务，充分发挥仪器设备的投资效益。
仪器设备的管理内容包括计划管理、常规管理、安全管理、人员管理等。
仪器设备的计划管理是仪器设备投入使用以前的管理工作，也叫前期管理。是针对学科建设和科研工作发展的需要，系统地制定实验室装备规定和年度仪器设备的购置计划。
仪器设备的计划管理是买好、管好、用好仪器设备的基础保证。仪器设备的选型和论证是计划管理的重要环节。选择仪器设备时，首先要考虑技术要求，就是仪器设备的可靠性和稳定性、维修性和耐用性、互换性和成套性；其次要考虑仪器设备的节能性以及对环境的要求和影响；第三要考虑数量及性能的适度超前性。
计划管理是设备管理的第一步，好计划管理能避免重复购置、错误购置及低质量购置，是设备管理正常运行的关键环节。其操作流程如下：（1）申购。仪器设备申购时，要根据发展规划、专业设置、教学、科研的需要，科学地、实事求是地进行教学使用率和科研使用率的预测与分析，然后组织专家论证，做出申购仪器的先进性、适用性、效益性和可行性的评估；（2）验收。购买的仪器进入实验室后，组织专家、工程师、设备采购单位和实验室人员共同进行严格验收，认真检查仪器是否完整，性能是否合格，零配件、说明书及其他技术资料是否齐全；购入精密、贵重、稀缺仪器设备，特别是国外引进的仪器设备时，更要加强技术验收，把好仪器设备的质量关。
常规管理主要是仪器设备从投入运行使用到借用、调拨、报损、报失、报废的整个过程，仪器设备的管理部门要做好分类、编号、登记、制卡、保管等事项的管理工作，也叫做日常事务管理。
为保证仪器设备完整性、安全性，做到帐、物、卡相符，每台仪器除登记在册建立总帐外，还需建立各自的档案卡，档案卡中记录仪器的名称、分类号、规格型号、价格、厂家、出厂号、购置日期、出厂日期、现状等，并将每台仪器的档案信息存入计算机，注明仪器位置和管理使用人员的姓名。大型仪器要做好设备使用记录，详细记录每次实验的日期、实验内容、仪器的使用情况等，并要求使用人、仪器保管人签字。5万元以上的仪器设备要填写“大型精密贵重仪器设备情况表”，除填写普通档案，还要建立技术档案，包括仪器的主要性能、技术指标和主要用途。另外，大型仪器设备配有使用跟踪记录薄，包括记录仪器的名称、规格型号、产地、价值、卡片号、技术负责人、保管人、每次使用的时间、使用人、实验内容、使用前仪器性能、使用后仪器性能、验收人签字等，实行双项管理。通过这些措施，实验技术人员对仪器使用运行情况了如指掌，有利于提高工作效率。
技术管理包括仪器设备维护、保养和修理，仪器设备性能的技术鉴定和校验，技术改造和更新工作。
仪器设备的技术档案是正确使用仪器设备以及考核和评价仪器设备完好程度的重要依据。技术档案可分为原始档案和使用档案，原始档案包括仪器设备全部技术资料，如使用说明、机械图纸、电路图等；使用档案包括工作日志和履历卡等。工作日志主要记录仪器设备每次使用的操作时间、仪器设备运行情况、工作内容及结果等，是考核仪器设备使用效益的重要依据。履历卡是记录故障现象、原因、排除采取的措施，维修记录，质量鉴定及精度校验记录，技术改造记录等技术状态情况。它是仪器设备技术指标的历史记录，是考核仪器设备技术状态的依据。技术档案要有专人管理，从开始申请、安装验收到投入使用直至报废处理，都要随时注意收集整理有关资料。定期汇总统计，向相关管理部门提供信息，以便改进工作，提高管理水平。
设备的日常维护保养对延长设备的使用寿命至关重要，维护保养不仅要完成日常保养及突发性故障排除，还要利用科学的方法降低维修保养成本，提高工作效率，使设备始终保持良好的性能和状态。设备维修可分为事后修理和预防修理。事后修理是指仪器设备损坏后的修理，是被动的；预防修理是根据仪器设备故障和磨损规律，对设备有计划地进行预防性维护、检查和修理。预防维修可以缩短停机修理时间，增加仪器设备的可用机时，提高效率。仪器设备应以预防维修为主，尽量减少事后维修。
做好仪器设备的维修维护工作需注意以下几点：第一，进行仪器设备采购时，首先考察厂商或者供应商是否具有长期履行合同的能力，能否保证售后服务条款的履行；其次要考虑仪器设备的一些易损坏配件是否容易在市场上购买到，是否需要在采购仪器设备的同时购买一定数量的配件。此外，应把维修期和售后服务质量优先考虑在内，最好供应商可以提供仪器设备的终身维护与维修。第二，在仪器设备使用过程中，仪器设备的管理人员应定期对仪器设备进行维护，确保其使用性能。第三，对于一些无法得到售后服务的仪器设备，可以由实验室现有的维修技术人员进行维修，或者可以对一部分仪器设备实行定点维修，一方面降低维修费用，另一方面保证设备维修的及时性。第四，做好维修费用的预算，充分保障仪器设备的维修经费，使仪器设备始终保持良好的性能和状态，正常运转。
随着运行年限的延长、技术进步或者是仪器设备的更新换代，有些仪器设备需要进行报废处理，如仪器设备损坏不能修复的、技术性能落后不能与现代技术兼容的、缺乏配件不能修复的、维修费用太高不如新购合算的。报废处理流程如下：实验室管理人员对将要报废的仪器设备提出书面申请，由纪检部门对报废仪器进行性能和状态审核，并将仪器设备的档案卡在计算机仪器库中做报废记录。
仪器报废后如果将它们当做废品廉价出售是一种浪费，应该把这些报废的仪器设备充分利用起来，发挥报废仪器设备的使用价值。如可把报废的计算机、电话机、复印机等给计算机、机电、电气化等专业的学生作为学习组装或维修的实验器材；科研人员、教师和实验员可以通过修理或改装报废仪器，自制成新的仪器设备，节约仪器设备的采购经费；一些因技术落后而淘汰的电脑、显微镜等仪器设备，可以捐赠给贫困落后地区的中小学校，充分发挥他们的使用价值，改善贫困落后地区的教育条件，促进我国教育事业的发展。
实验室设备管理过程中必须注意安全问题，这是实验室设备管理最重要的核心环节之一。从实验室整体来看，应该建立定期安全检查制度。为了避免发生安全事故，仪器操作人员必须经过培训、技术考察合格后才可独立操作。在仪器设备的使用过程中，要严格执行操作规程，以保证实验室环境、实验室操作人员和仪器设备的安全。同时，也要做好实验室的防盗工作，避免出现财产损失。
各实验室可结合自身的实际情况，颁布具体管理制度。这些制度包括教学、科研设备管理办法、精密贵重仪器和大型设备管理办法、仪器设备损坏丢失赔偿制度、实验室仪器设备验收工作规程、保管制度、规范操作制度、维修制度、仪器设备管理考核制度、实验室安全检查制度等。总之，要高度重视实验室仪器设备管理的制度建设，使设备管理工作有章可循、有据可查。各项规章制度建立之后，要抓好落实，使规章制度确实能在实验室设备管理中发挥作用，而不是成为一纸空文。
要正确、合理地使用仪器设备，必须为各类设备配备合格的工作人员。首先，工作人员要有高度的责任心；其次，操作人员要掌握现代科学知识和熟练的操作技能；第三，工作人员要根据仪器设备的结构性能以及其他技术特征，确定适宜的工作任务和负荷。各实验室应结合自己的实际需要，建立操作人员使用、维护和检查仪器设备的技术法规。做好仪器设备的防尘、防潮、防腐、恒温等防护工作，为仪器设备创造良好的工作环境。必要时，对实验人员定期进行业务培训，以便掌握先进仪器、设备的新知识、新技术，进一步满足教学、科研工作的需要。
为稳定人员队伍，保证实验室设备管理工作的科学开展，在具体工作中应该注意以下几点：一是实验人员除完成实验教学、科研外，还要投入精力负责实验室仪器设备的维护保养、检测维修、功能开发、技术改进等工作，需要以人为本，对管理人员多关心、理解、支持，使他们能够以良好的精神状态投入到工作中，提高效率和质量。二是实验室人员必须掌握实验室设备的基本内容，主要包括7个方面，即设备名称；制造商名称、型号和编号或者其他唯一性标识；结束日期和启用日期，接受时的状态和验收记录；目前存放地点、制造商提供的资料或说明书；历次的检定或校准书和测试报告；历次修理的日期和今后维修计划的细节；设备的损坏、故障、改进或者修理记录。三是对实验室管理人员进行培训，不定期举办设备维护、维修、保养技能、实验室装置的改进、实验室技术的革新、仪器功能的开发等培训工作。积极为实验人员创造条件，通过参加仪器设备博览会、研讨会、参加科研课题、业务研讨班、脱产进修等活动，努力提高他们的管理水平和管理层次。四是建立科学的奖惩机制，对工作认真负责，成绩显著、一贯爱护仪器设备、节约原料的实验技术人员要及时表扬和奖励，对工作不负责任或不遵守操作规程并造成仪器设备损坏或者丢失的实验人员按情节轻重及本人对错误的认识态度，及时给予批评或者处分，必要时责令其赔偿部分或全部损失。