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作为国家体育科技创新体系的重要组成部分，重点实验室是国家组织高水平基础研究和应用基础研究、聚集和培养优秀科学家、开展高层次学术交流的重要基地。在实际运行中要摆脱旧体制的束缚，建立新机制，以有利于独立开展科学研究、科技合作和学术交流活动，使之保持生机和活力。因此，需要体育重点实验室加强管理，理顺关系。高水平的管理和良好的运行机制是体育重点实验室健康发展走向良性循环，促进科研工作顺利进行的重要保证。
体育重点实验室也存在一些问题和不足，面对奥运会后体育事业发展的新特点，我们必须用新思想、新观念和新手段进行实验室的建设和管理，从而使体育实验室的工作真正适应新形势的要求。存在的主要问题如下。
体育重点实验室工作领导组、学术委员会还没有成立，财务、纪检、设备、211办公室等相关职能部门还没有参与相应的保障工作。与重点实验室相关的规章制度需要继续落实，实验室研究课题还不明确，实验室建设目标和年度工作计划需要细化。
尤其是重点实验室主任及相应工作人员都身兼数职，承担大量的教学任务、课题任务以及行政管理工作，削弱了从事科研工作的力量。没有吸引优秀人才，把发现、培养和稳定人才作为长期重要战略任务，并建立具有团队意识的创新队伍。
受体育学科领域特点的影响，体育重点实验室研究特色鲜明，专属性较强，造成开放程度不高，使用率低，效益未能充分发挥。
科研人员只能进行小规模的研究活动，难以在更高层次上进行大规模的跨学科研究活动，无法获得更多的科技投入和资源以扩大国际学术影响力。
没有通过合理有效的体制与机制运作，使中心实验室成为一个相互关联的有机整体。与国内其他专业重点实验室相比，没有形成开放、交流、竞争、激励的机制。
对于体育重点实验室的初期建设，管理体制是重要环节，合理顺畅的管理体制能保证实验室有序运行。重点实验室要依据各级体育部门、运动队和社会的需要，根据科技前沿项目进行资源整合，处理好资源、人才、学科间的协调关系。
发展目标和研究方向对实验室能否在竞争中获胜起着重要作用，体育重点实验室的研究方向会受到自身学科实力、体育科技发展方向和经济因素的制约。实验室应综合分析环境因素，以某领域的共性问题和关键问题作为切入点，选择对当前体育事业发展具有重大影响、带有方向性和综合性的重大问题作为研究方向，提升某体育科技领域服务的能力和竞争力。体育重点实验室的建设要以服务国家队为导向，整合内部资源，加强与各运动队的合作，建设成综合型的实验室，以提高实验室的使用效益。同时，重点实验室还要为各学科及专业提供共享使用平台，促进学科间的横向发展。
在内部管理体制上，实验室应实行理事会指导下的主任负责制，并成立学术委员会和管理委员会。理事会是实验室的最高决策机构，对实验室进行领导和监督，由国家体育总局、依托单位、合作单位等代表及知名学者、实验室主任等组成。学术委员会是实验室的学术指导机构，由相关领域知名专家学者组成，负责实验室发展规划、科研发展方向、开放课题申请和评审、学术评估、学术交流等工作，对实验室总体发展与科研经费的使用提出指导性意见。管理委员会负责日常管理和运行，主任由实验室主任兼任，成员由实验室副主任、各研究室主任、主管领导及职能部门负责人等组成。
体育实验室应包含研究、管理、科技服务3支队伍。其中，研究队伍是实验室的核心，管理队伍是实验室建设运行的保证，科技服务队伍是科研工作的保障。3支队伍应保持学缘结构、年龄结构、学科结构、学历结构上的合理比例。通过人才引进等方式，构建来源广泛、学缘多样的研究队伍；学历方面不片面追求高学历，要符合实际工作需要，研究人员以博士学位为主，科技服务和管理人员达到硕士学位即可；研究、管理、科技服务3支队伍的职称结构要多元化，科研系列、管理系列、实验员系列三类职称都应有相应的人才支撑。另外，要建立虚拟团队的管理模式，利用跨学科人才在各自领域内的知识结构、思维方式，使众多单项优势得到综合发挥。可根据研究目标和课题重新设计组织机构，使研究人员朝向有利于组织发展的方向流动，便于随研究方向的动态变化而迅速灵活地调整。
首先，要处理好与依托单位各职能部门、各院系之间的关系，重点实验室建设发展需要若干职能部门、学院和实验室的共同参与，要以重点实验室为主，统筹协调，共同建设和管理；其次，要处理好学科间的关系，既要突出重点学科作用，又要使不同学科协调均衡发展，避免顾此失彼。还要处理好学术与行政的关系，运行中要充分发挥科研人员的主体作用，尽可能排除各种非学术因素对科研过程的干扰。
创新文化是体育实验室赖以生存和发展的基础，也是提升重点实验室凝聚力、吸引高水平人才、提高科研水平的有效手段。实验室创新文化建设的目标应形成以人为本、追求真理、鼓励原创、关注前沿、开放协作的优良氛围。要制定相关政策鼓励创新，通过制定科技服务立项管理制度、金牌战略考核机制等，鼓励科研人员面向运动队，为一线队伍服务；并签定合同，进行项目验收考核。创新项目应成为考核实验室科研成果的重要依据。同时，应充分调动跨学科研究人员的积极性和创新性，建立宽松、自由、优越的研究环境及对跨学科研究活动的科学评估和监督机制。
有了合理有效的管理体制，还需要一整套保证这种体制正常运行的机制。体育重点实验室在管理上首先要秉承“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，提高其运行质量和建设效益。
开放能产生新的思想碰撞，流动能带来新鲜血液。重点实验室要努力营造良好的开放流动环境，通过广泛的对外合作与交流，开放研究队伍，开放研究课题，开放科技资源，增强实验室的自身活力，提高实验室的研究水平与学术地位。其中，要加大对运动队、对社会、对学生的开放力度，利用重点实验室的先进仪器设备，开设创新性的综合实验，把重点实验室建设成科技服务基地和优秀人才培养基地。另一方面，重点实验室要设立流动研究人员岗位，面向国内外公开招聘客座研究员和访问学者，以重点实验室的先进装备和学术地位吸引国内外优秀体育科研人员共同开展合作研究，提高实验室的国际地位和竞争能力。
引入竞争机制能提高实验室的整体实力，应着重构建以竞争和流动为核心的弹性人事管理制度，建立按需设岗、按岗定编的岗位责任制度，以实现人员的流动与更新，保持实验室内部科学合理的人员结构。人员构成包括研究、实验技术和管理3种类型，聘用岗位为固定和流动两种形式。对实验室的研究项目、开发项目可公开招标，科研人员、管理人员、技术服务人员可公开竞聘项目主持人。在培育优秀创新团队的同时，还要加强专业管理人员队伍和高水平实验技术人员的培养。另外，要建立激励机制，最大限度地发挥每一位研究人员的主观能动性和创造力，使人才在完成目标的过程中实现自身价值。以多种形式和方法，适时吸引国内外优秀训练专家、体育学者，优化队伍结构，保持科技队伍的活力。
科学合理的绩效考核和评估机制有利于提升重点实验室的科技创新能力。通过签订目标责任书开展考核，并依据考核结果决定薪酬、晋升和人才的选拔任用。学术考评应实行年度考评、中期评估和聘期考核等相结合的方式。对于受聘的研究人员，采用定量与定性评价指标相结合的方式进行考评；对于受聘的实验技术和管理人员，实行年度用户评价制度。管理层根据考核结果安排人员的合理流动，实行奖优罚劣的激励措施。另外，重点实验室体现在奥运金牌、训练应用、课题论文等方面的成果，也要有相应的指标体系进行评估。
科研攻关和科技服务团队是联合相关领域专家学者组建而成的，其整合好坏将影响实验室的创新能力和整体水平。在整合过程中，要妥善处理好实验室与依托单位的关系，争取得到更多的支持和帮助。还要处理好学科间的关系，既要突出重点学科，又要使不同学科协调均衡发展。更要处理好和运动队之间的关系，要做到优势互补，及时沟通，充分协商，互相尊重。同时，体育重点实验室是科研人员从事体育科技开发与创新的场所，必须树立以人为本的理念，培养一支勇于创新的和谐的科研团队。要营造轻松、自由的学术环境，增强科研人员的学术责任，通过科研实践加强创新型人才的培养。在人才培养上，通过组织科研人员学习进修，提高管理人员管理水平，开展优秀实验项目评选，鼓励跟队服务，鼓励撰写学术论文，支持参加学术活动等多种方式，培养和激励科研实验队伍。
在重点实验室制度建设上，要形成严格规范的内部管理规章，包括重点实验室管理办法、学术委员会工作条例、设备管理、经费管理、成果管理等系列规章，形成高效的决策与协调机制。要设立重点实验室建设专项经费，保障对创新平台的稳定投入。同时，要调动各方面积极性，积极与企业联合共建，建立多元化的投入机制，争取多方面的支持。对优秀科技人员要重点资助，可设主任基金，用于重点支持具有创新思想、创新方法、开拓新功能等方面的专项研究，为原始性创新成果提供支撑。
总之，实验室应充分借鉴国内外的先进经验，在实践中不断探索适合重点实验室的管理体制和运行机制，努力将重点实验室办成一个高水平科研能力的科技服务型中心，为我国体育事业的发展提供一流的科研条件，培养一流的体育人才。