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威胁玛可河林区生物多样性的因素多种多样。首先，人类活动是影响生物多样性的主要因素，包括生物生存环境的破坏和污染，人类对物种的过度开发，人口流动造成的有害生物的主动或被动引入，以及疾病的加速传播等。其次，人口数量的不断增加需得利用更多的自然资源，将更多的生物生存环境变为农商业或居住用地，因此人类对生物多样性的减少负有重要责任。此外，人类对自然资源的低效率、不平衡的利用也是造成生物多样性衰落的主要原因。具体的影响因素阐述如下。
由于人们焚烧化石燃料，如石油、煤炭等，或砍伐森林并将其焚烧时会产生大量的CO 2 ，即温室气体，这些温室气体对来自太阳辐射的可见光具有高度透过性，而对地球发射出来的长波辐射具有高度吸收性，能强烈吸收地面辐射中的红外线，导致地球温度上升，即温室效应。全球变暖会引发全球降水量重新分配、冰川和冻土消融、海平面上升等，不仅危害自然生态系统的平衡，还影响人类健康，甚至威胁人类的生存。
全球变暖导致陆地水分大量流失，随时会发生“星星之火，可以燎原”。不光是森林中的山火，城市中的火灾也将会非常频繁。据研究，森林火灾次数、受害森林面积及经济损失与平均气温和最高气温呈正相关，温度越高，火灾次数越多，受害面积越大，经济损失越重。
全球气候变暖影响和破坏了生态系统的食物链，带来严重的自然恶果。例如一些鸟类每年从澳大利亚飞到中国东北过夏天，但由于全球气候变暖使中国东北气温升高，夏天延伸，这种鸟离开东北的时间相应变迟，再次回到东北的时间也相应延后。温度上升，无脊椎类动物，尤其是昆虫类生物提早从冬眠中苏醒，靠这些昆虫为生的长途迁徙动物却无法及时赶上，错过捕食的时机，从而大量死亡。昆虫们提前苏醒，因为没有了天敌，将会肆无忌惮地吃掉大片森林和庄稼。而在玛可河林区，受近几年连续干旱、冬季偏暖等因素的影响，害虫越冬死亡率低，发生面积有所增大，在当前资金、人力、技术等有限的情况下，防治难度加大。
自20世纪60年代中期以来，国家经济建设急需大量木材，过度采伐天然林是不可避免的，玛可河林区曾一度成为青海省的主要木材生产单位。一方面，由于过度采伐森林，可采资源锐减，森林资源遭到严重破坏，林分质量下降、森林结构失调、防护功能降低，生态效能也越来越低。另一方面，林区牧民群众无主要经济收入来源，受“靠山吃山”的传统的生活方式影响，烧薪做饭、取暖和修建房屋，仍然依赖木材，森林资源和生态环境受到不同程度的破坏和威胁，区域生态安全隐患凸显。
过度放牧是导致栖息地丧失的重要原因之一。在植物生长茂盛的草地，植物能够拦截降水，减少雨滴对地表的溅蚀和地表径流的形成，有利于降水的下渗。而放牧不仅通过影响群落的物种组成、群落盖度和生物量等间接影响土壤的水分循环、有机质和土壤盐分的累积，而且还通过牲畜的践踏、采食以及排泄物直接影响土壤的结构和化学性状。随着放牧强度的增加，牲畜践踏频率也随之增加，导致土壤表层压实，土壤容重增加，土壤非毛管孔隙减少，土壤渗透力和蓄水能力减弱。加之地表植被被破坏，植被的高度和盖度降低，地表裸露面积增大，土壤水分蒸发量加大，溶于地下水的可溶性盐类随着毛管水上升、迁移而累积于土壤表面，造成土壤pH值增大，盐碱化程度提高。长此以往，可造成盐碱土发育。过度放牧引起土壤盐碱化程度增加，最终导致非耐盐碱的植物减少，耐盐碱植物群落增加，从而加速了草原生态环境的恶化。放牧过重的退化草地水土流失严重，土壤向贫瘠方向发展，最终将导致荒漠化。
栖息地破碎化是指在自然干扰或人为活动的影响下，大面积连续分布的栖息地被分隔成小面积不连续的栖息地斑块的过程。玛可河林区由于30多年的采伐和更新，大部分原始林已被人工林取代，加上运输木材需要交通道路，使整个林地被分隔成无数小块林地。因此，该林区已严重斑块化，或者是生物的栖息地破碎化。其结果是，除了缩小原有栖息地的总面积外，栖息地斑块的面积也会逐渐减少，致使栖息地斑块广泛地分离，邻近边缘的栖息地比例增加，边缘也变得越来越分明。
由于面积效应的作用，致使野生动物的种群数量减少，最终导致某些种类在小面积的斑块中消失，同时还可增加栖息地斑块中种群对干扰的敏感性。由于栖息地斑块的孤立和隔离，致使局部灭绝后的重新建群变得缓慢。有些物种如大型捕食者和留鸟对这些效应的高度敏感性会导致物种多样性的减少和群落结构的变化。由于边缘效应的作用，残余森林斑块内的种群和群落动态还会受到捕食、寄生和物理干扰等因素的控制。
随着班玛县农村公路建设的进行，玛可河保护区的交通条件得到了有效的改善，原来林区中只有一条班友公路，而现在通过林区公路的数量大幅度增加。为当地牧民的出现提供了便利条件，但同时给不法分子盗伐林木、盗运木材的行为创造了有利条件。在这种情况下，不法分子的盗伐行为更加猖獗，以往仅盗伐小径级木材，目前已经对所有木材进行盗伐，盗伐过程具有较高的机动性与隐蔽性。
近些年，当地农牧民得益于国家生态保护项目和各项补贴减免政策，群众生活水平逐渐提高，住房改善需求增加，对木材的需求量也在扩大。另外，村里电力设施基础薄弱，电力供应不能保障，村民过分依赖于薪柴，因而林木盗伐现象时有发生。林区基础设施建设和村民修建住房，需要大量的石料和砂石，河道取沙加剧了河岸坍塌和水质恶化。村内缺少垃圾转运和无害化处理设施，导致村民乱放垃圾，破坏和污染了环境。
此外，林区外来人口较多，主要是从事经商、建筑的人员，以及来林区盗猎、偷采草药的人员，给当地的自然生态环境带来了一定的压力，野外用火增加，给森林防火带来了隐患。
玛可河林区随着森林衰退的不断扩大，原始林分又以单一树种纯林为多，病虫危害加剧。由于连续干旱、冬季偏暖等因素，害虫越冬死亡率低，发生面积逐年有所上升。全林区发生严重能够成灾的有害生物已由20世纪80年代初的1种增加到4种。危害比较严重的小蠹虫、云杉矮槲寄生、松线小卷蛾、锈病等未得到较好的控制，在局部地区年年发生，甚至造成严重损失，对生态效益和社会效益也带来了不可估量的影响。
玛可河林区还是国际性检疫害虫——松材线虫病和国内检疫对象——红脂大小蠹的适生区。这两种害虫随时都有可能侵入林区，一旦侵入，很可能使林区大面积的原始森林在短期内遭到毁灭性损害，潜在的威胁不容忽视。