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青藏高原是对全球气候变暖最为敏感和最脆弱的区域之一。随着全球气候变化和人为因素的影响，青藏高原生态环境在近40年出现了明显的恶化趋势，冰川大面积消退，土地荒漠化程度加重。喜马拉雅山冰川的融化，林区的河流在夏季出现短期到中期的流量增加，但随着冰川的慢慢消失，流量将会减少；温度的升高也将可能导致湖泊水质下降，促进外来物种的入侵和蔓延。
林区所在地区为藏区，藏民以放牧、上山采药、耕种等方式为生，但是过度放牧会使草场退化，甚至沙漠化，生态环境会遭到破坏。
林区当地的百姓为了维持生活，会到林区砍伐树木或采摘冬虫夏草等有经济价值的植物，缺乏对动植物多样性的保护意识，对保护野生动植物宣传教育参与度较低。
林区以川西云杉为主要优势物种，乔木树种结构较单一，易发生云杉落针病等病害，进而影响林区动植物多样性。