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种群数量调查是野生动物研究中最常用的方法之一。根据调查对象的不同采取不同的调查方法。具体方法有样线法、样点法、样方法、铗日法、网捕法、红外相机影像法、无人机调查法、走访调查法、护林员影像记录法。
样线法是指观察者按照一定的速度沿样线行走，同时记录样线两侧发现的（包括看到的和听到的）野生动物个体的数量来反映整个地区种群数量或密度的调查方法。
调查对象包括鸟类、大中型兽类、两栖类和爬行类。根据玛可河生态环境类型和地形地貌，综合考虑人员、交通等因素设计调查样线。调查样线的长度为5～8 km，宽度根据调查的动物特性决定，两栖类10 m、爬行类15 m、鸟类25 m、兽类30 m，填写“附录Ⅰ玛可河林区野生动物（样线法）调查记录表”。
样点法是指观察者在事先选取的具有一定间隔的地点停留5～10 min，计数周围一定范围内发现的野生动物数量的方法。
调查对象包括鸟类、兽类、两栖类、爬行类。将玛可河林区划分成5 km×5 km网格40个，在网格中央设置样点，记录样点30 m范围内物种并填写“附录Ⅱ玛可河林区野生动物（样点法）调查记录表”。
样方法是指观察者在事先选取的具有一定间隔监测样方内，计数样方内发现的野生动物数量的方法。
调查对象包括爬行类、两栖类。在18条大沟中设置36个20 m×20 m样地，记录样方内物种并填写附录Ⅲ“玛可河林区野生动物（样方法）调查记录表”。
铗日法是指一个鼠铗放置一昼夜（或一夜）以捕获啮齿类等野生动物的方法，用于统计小型动物的相对密度。
调查对象包括啮齿类和食虫类等小型动物。采用中号、大号铁制板铗，以香肠或炒花生为诱饵。在林区12条大沟中设置样地进行调查（与样线法同步）。选择好样地后傍晚布放铁铗，每行25支铗，铗距5 m，行距2 m，共4行，共100铗，布设早晚各检查一次。
网捕法是指利用黏网架设在鸟类、翼手目活动频繁的区域来捕获野生动物的方法。
调查对象为鸟类，翼手目。在物种活动频繁的时间，物种集中分布、活动区域或者迁徙通道的重点地区布设黏网，实时查看被粘物种并放归，记录所粘物种的种类、数量和全球定位系统（global positioning system，GPS）位点。
红外相机影像法是指按照公里网格法，在林区区域内布设一定数量的红外相机，通过野生动物触发红外相机拍摄野生动物照片和视频来获取野生动物图像数据的方法。
调查对象主要为大中型兽类和地栖型鸟类。用Arcgis软件（专业地理信息软件）将玛可河林区划分为1 km×1 km网格，在每个网格中心位置布设红外相机，共布置400台相机。安放相机前安装电池盒并对储存卡进行时间、参数设置，以及相机编号。例如：工作方式为拍照加录像；图像大小为12 MB；灵敏度设置为中；连拍张数为3；视频长度为10 s；触发间隔为10 s。最后开机完成安放。记录红外相机具体GPS位点、栖息地类型、安放时间，并在大路转小路等较明显的位置挂一红布条以便下次快速找到红外相机，每3个月更换1次储存卡和电池。
无人机调查法是指发现野生动物后，利用热红外无人机飞到动物处，通过红外图像进行照片和视频记录影像数据的方法。
进行样线法、样方法、样点法或其他调查方法时，发现较远的野生动物，如猕猴群落，热红外无人机在距离猕猴活动区约300 m处起飞升空，垂直升高至300 m处再横向飞向猕猴活动区，到达活动区后适度降低高度，待猴群逃逸时进行拍照、录像，返回实验室后对该活动区内猕猴数量进行统计。
走访调查法是指走访当地居住的居民、野生动物经营户和养殖户，通过访谈和查询收购记录来获取当地野生动物信息的调查方法。
对林区内的居民、护林员、野生动物养殖户进行访谈并询问附近出现过的野生动物，通过野生动物图谱等图片形式加强访问准确率和效率，记录访问地点和曾出现过的野生动物种类。
护林员影像记录法是指护林员在日常巡护期间遇到野生动物，通过数码长焦相机记录野生动物图像资料的方法。
将数码长焦相机分发给林区主要护林员，进行野生动物摄影培训后，要求在其日常巡护期间，对遇见的兽类、鸟类及两栖爬行类动物（全物种）进行摄影和摄像记录，汇总后提交给科研人员，由科研人员进行物种识别、分析和统计。