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在对哈德萨人的研究之后，几个研究小组对南美、非洲、尼泊尔和北极地区具有传统生活方式的其他土著社区的肠道菌群的组成和功能进行了研究。研究发现他们与西方工业化社会的人们存在很大差异。虽然也发现工业化生活方式的几个方面可能会导致这些差异，但饮食是最一致的因素。
2010年，由卡洛塔·德·菲利波领导的佛罗伦萨大学的研究小组，对比了佛罗伦萨1~6岁儿童和非洲布基纳法索农村儿童的粪便细菌的相对丰度，成功找到了健康肠道菌群中有益菌群的列表
。来自非洲农村的儿童，平均在两岁之前都是母乳喂养。此外，他们吃的所有食物都是在当地收获、种植和生产的。在他们的饮食中，饱和脂肪与动物蛋白的含量较低，但是含有丰富的淀粉、膳食纤维和植物多糖，这些复杂的碳水化合物由许多相结合的糖分子组成。就像农业诞生之初的早期人类聚居地一样，他们的饮食主要是素食，包括小米和高粱、豇豆和新鲜蔬菜，其碳水化合物、膳食纤维和非动物蛋白的含量很高。
相比之下，意大利的孩子被母乳喂养到一岁之后，就开始典型的西式饮食，其中加工食品、动物蛋白、糖、淀粉和脂肪含量很高，但饮食中膳食纤维的含量很低。这种现代的意大利饮食，与过去意大利人喜欢的以植物为主的地中海饮食有着明显不同，而地中海饮食是被宣传为世界上最健康的饮食之一。现代意大利饮食的膳食纤维含量大约只有非洲饮食的一半。
意大利儿童与非洲儿童在肠道菌群种类的多样性和相对丰度上存在很大差异并不奇怪。非洲儿童展示出更丰富的拟杆菌门，而厚壁菌门的数量较少，与哈德萨人的肠道菌群在狩猎季节更多样化相同。拟杆菌门和厚壁菌门占生活在人类肠道中的所有微生物门的90%。
非洲儿童的肠道菌群中，也有更丰富的普雷沃菌属和Xylanibac-ter
菌属，这两个菌属属于拟杆菌门。这些差异非常关键，因为不同的微生物含有不同的基因，使它们能够很容易地处理已经适应的食物。普雷沃菌有一组基因是用于合成酶的，这些酶能将某些植物纤维消化成短链脂肪酸
（SCFA），如丁酸、乙酸和丙酸，这类分子具有许多有益的作用，如维持肠壁的完整性、优化免疫功能、发出饱腹感信号。这些短链脂肪酸是健康肠道所需要的关键成分。
能够帮助复杂碳水化合物代谢的微生物基因，在布基纳法索儿童中被发现，同样也在非洲（如哈德萨人）和南美洲（如亚诺玛米人
）的狩猎采集人群的后裔中被发现。不用惊讶，这些基因在意大利儿童中完全缺失了。
大多数传统饮食的研究都是对在南半球生活的人群中进行的，不过由热纳维耶芙·杜波依斯领导的蒙特利尔大学的研究人员，在2017年进行了一项对因纽特人肠道菌群的研究。因纽特人在北极北部过着半传统的生活方式，主要是在加拿大的努纳武特地区，那里可能是地球上残存的最后一块，也是迄今为止最大的狩猎采集者自治领地
。然而，与其他土著社会不同的是，在因纽特人的饮食中，宏量营养素的组成与西方饮食方式的高脂肪占比很相似。因纽特人最初的饮食主要是野生动物肉和鱼肉，包括海豹、驯鹿、鸟类和鱼类，食用方式有生吃、冷冻、煮熟或发酵。他们吃几种季节性植物和浆果，但是3/4的能量摄入来源于动物脂肪。相比之下，居住在蒙特利尔的加拿大人大约35%的热量来源于脂肪，50%来自碳水化合物。
然而，就像在许多地方一样，西方的生活方式正在蚕食土著人的生活方式，如今因纽特人的饮食已经变成传统食物和商店购买的加工食品相混合了。传统食物大多以动物为主，在夏季和初秋食用，这个时候狩猎和觅食都更加容易，而西式饮食在10月和11月最受欢迎。迪布瓦将因纽特志愿者与居住在蒙特利尔的欧洲人后裔进行了比较，后者是典型的西方饮食。研究发现两组人群的肠道菌群构成存在近20%的差异。此外，努纳武特地区的每个因纽特人体内的微生物变化程度都高于蒙特利尔，这可能是因为饮食更加多变造成的。
2018年，明尼苏达大学的研究人员与“索马里、拉丁裔和苗族健康与合作组织”进行的一项研究发布了一份引人注目的研究报告。这项研究表明，来自东南亚地区的移民在抵达美国之后的几个月内，其肠道菌群就迅速被西方化了
。在美国，移民吃的食物中，糖、脂肪和蛋白质的含量更高，他们“几乎立即开始丢失原有的微生物”。该项研究的资深作者丹·奈茨表示，这证明了肠道微生物对环境变化的快速适应能力，多样性的丢失相当明显。只要来到美国，刚开始在美国生活，肠道菌群的多样性就会失去大约15%。这些移民的肥胖率也增长了几倍。然而，由于日常饮食的改变滞后于肠道菌群的变化，单靠美国食物无法解释这种快速的改变。奈茨认为，饮用水的差异（在天然、未经处理的饮用水中，大多数微生物都没有被发现）和抗生素的使用也有可能是原因之一。
研究人员发现，在6到9个月内，在工业化社会中更为普遍的拟杆菌属开始取代非西方的普雷沃菌属（两者都属于拟杆菌门）。随着移民在美国停留的时间越长，肠道菌群的多样性就会越少，而这些移民的孩子又会丢失5%到10%的肠道菌群多样性。
这一现象，即成年动物肠道菌群的变化随世代的推移而被放大，也已在临床前研究中得到证实。例如，使用低膳食纤维食物喂养的第4代小鼠，表现出菌群多样性的减少，并且随着世代的交替而加剧。此外，在恢复高膳食纤维饮食后，后代的多样性并没有恢复，这表明小鼠的菌群中丢失的菌种在经过四代的实验周期后已经完全灭绝了。