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什么因素决定了肠道的健康呢？有三个密切相关的因素决定着肠道健康。首先，肠道的内分泌系统产生激素，调节食物摄入和新陈代谢等功能。其次，免疫系统防御病原体，维持自身耐受性，使身体能够识别自身产生的抗原，并将其标记为无威胁性的存在，同时对外来物质做出适当反应。最后，肠道的肠神经系统调节肠道的蠕动收缩以及液体的分泌和吸收。
从新陈代谢的角度来看，我们可以将肠道健康定义为这样一种状态：当身体需要能量的时候，产生激素的细胞会产生足够多的激素，使人体感觉到饥饿，并且饭后也会产生足够传递饱腹感的信号分子，以此通知大脑，到停止进食的时候了。如果肠道连接组的这个部分不能正常工作，人体就会永远感到饥饿，使人们超过新陈代谢的需求进食，导致体重增加，容易患上II型糖尿病。
从免疫系统的角度来看，健康的肠道状态是指肠道的免疫系统细胞通过紧密相连的肠道上皮细胞层和保护性黏液层组成的屏障，与肠道菌群隔离开来。这种双重防御是为了防止肠道的内容物，特别是肠道菌群引发的慢性免疫激活。越来越多的研究表明，肠道屏障可能会被不健康的饮食所破坏，如膳食纤维含量太低或含有过多的糖、脂肪、乳化剂、人工甜味剂以及其他添加剂。品种多样的膳食纤维是肠道菌群的主要食物，如果膳食纤维供给不足，它们就会把贪婪的胃口转向被称为聚糖或多糖的类糖分子，而黏液层是由多糖分子构成的。这种由缺乏膳食纤维饮食导致的保护性黏液层的损失，使得树突状细胞的触角与微生物的接触更加紧密，刺激它们向肠道免疫系统的深层发出报告：发现了潜在的威胁
。当这种情况发生时，炎性分子被释放出来，使得紧密连接的肠道上皮细胞之间出现松弛，并且让某些微生物能够穿透，直接与数百万相互连接的肠道免疫细胞接触。这种情况现在被普遍称为肠漏
。
从肠道神经系统的角度来看，健康的肠道可以通过数百万个神经细胞的综合活动来界定，这些神经细胞能够适当调节肠道的收缩和分泌。这些神经网络协调肠道的各个部分，以消化能力最优的模式收缩，将肠道内容物逐渐从胃转移到大肠。当肠道完全排空时，肠道神经系统会诱发胃肠道有节律的高幅度反复收缩，这种收缩缓慢地贯穿整个胃肠道（GI），即移行性复合运动（MMC）。肠道收缩将食物残渣、肠腔分泌物和肠道菌群从菌群密度较低的上消化道转移到肠道菌群稠密的大肠。如果肠道的大脑（肠道神经系统）工作不正常，可能会导致胃痛、不正常的或功能性的胃肠功能紊乱，比如肠易激综合征或小肠细菌过度生长（SIBO）。
健康的肠道和肠漏
在健康的肠道中，内分泌系统、免疫系统和肠道神经系统无缝协同工作，为机体提供营养，调节食物摄入量，同时保护我们免受可能危及生命的肠道感染。在健康的肠道中，这些重要功能的发生不需要我们的任何关注，完全在我们的主观意识之外。