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《素问·六微旨大论篇》中有“升降出入，无器不有”，指出升降出入存在于人体一切生命活动中。而脾胃同居于中州，运化饮食精微，化生气血，来灌溉脏腑肢节。作为人体气机升降运动的枢纽，将产生出的气血精微及糟粕等物质，通过运化、升降、转输等方式布散至全身。如《脾胃论》云：“万物之中，人一也，呼吸升降，效象天地，准绳阴阳。盖胃为水谷之海，饮食入胃，而精气先输脾归肺，上行春夏之令，以滋养周身，乃精气为天者也；升已而下输膀胱，行秋冬之令，为传化糟粕，转味而出，乃浊阴为地也。”是故升与降，是脏腑气化的基本功能。对于脾胃来说，脾主升，胃主降。《临证指南医案》曰：“脾宜升则健，胃宜降则和。”因此脾升胃降是脾胃的主要生理功能，其中脾升是脾胃气化的关键，胃降是脾胃气化的基础。此外，脾升胃降受肝胆之疏泄、肺之肃降调节，共同维持人体气机升降之平衡。张小萍认为，升降必有法度，这个法度，即指脾胃升降依照其特定的规律运行，如饮食相关性、昼夜相关性等，在这就涉及时间医学的范畴，而这种相关性又恰好与胃肠动力学研究中的胃肠运动规律相吻合。另外，除饮食、昼夜相关性外，还有情绪相关性，又涉及心理医学的范畴，与功能性胃肠病这一疾病群均联系起来。无论何种相关性，必有一个调控机制，维持一个平衡，这个机制应是脾胃升降之机制，升降无度，则平衡破坏，规律紊乱，百病由生。
脾胃升降可能与消化运动有关，包括食管及胃肠蠕动、胃液与肠液的分泌、肝分泌胆汁、胆囊贮存与排泄胆汁、胰分泌及排泄胰液等，其中与胃肠蠕动关系最为密切。
胃肠动力来源于胃肠平滑肌的生物电活动，这种电活动的主要表现为慢波。目前认为，节律性慢波起源于卡哈尔间质细胞（Cajal，ICC），该细胞广泛存在于胃体、胃窦及幽门部的环形肌和纵行肌交界处间质中，能启动节律性电活动，因此被认为是胃肠活动的起搏细胞。就是说，胃肠动力的起搏点在于胃，这种机制在很大程度上为“胃主降”提供了依据。胃肠运动在进食后最为活跃，这种运动是消化道及消化腺共同进行的。进食后，食管、胃开始依次蠕动，胃排空功能随即起动，胆囊、胆管开始收缩和舒张运动，小肠、大肠的反射性蠕动开启。此外，在非消化期胃肠道也存在周期性移行性复合运动（MMC），这种运动始于胃体上部，并向肠道方向传导扩展。这种蠕动及MMC为“小肠化物是脾胃升清降浊功能的延伸”“大肠传化糟粕是胃降浊功能的延伸”等说法提供了科学基础。如果MMC减退，可引起功能性消化不良及肠道内细菌过度繁殖等。
脾升功能主要指脾能“升清”，将水谷之精微物质上输于肺，继而输布全身。而在消化系统中，食物经过消化液分解的小分子物质，以及食物中维生素、无机盐和水，这些物质被消化道黏膜上皮细胞所吸收，之后进入血液及淋巴，经心、肺循环至全身，这一过程即为吸收。这个吸收的过程恰好为“脾升清”提供了生理学依据。
张小萍认为，气机升降失调应是胃肠动力性疾病的主要病机，包括升降不及、太过及反作三方面的病理表现，以腹胀、腹痛、恶心呕吐、嗳气、反酸、便秘及腹泻等为主要症状，这些症状也是功能性胃肠病的主要临床表现。升降不及则滞，易生胀满；升太过则逆，易生反胃呕吐，降太过则泄，易生飧泄；升降反作，当降反升，当升反降，则生逆、陷之症，但较前二者为甚。按现代医学来说，如胃张力减弱，胃排空就会延缓，从而引起腹胀；胃蠕动减弱，会使胃及十二指肠失去协调的运动，导致胆汁反流入胃和食管，从而引起恶心、呕吐；小肠的收缩力不足，推进及分节运动会减缓，从而引起肠道扩张，可出现厌食或食欲下降；大肠持续性收缩无力，会引起便秘和腹胀；小肠及大肠的蠕动加速，又可能引起腹泻。
《临证指南医案》云：“纳食主胃，运化主脾。”明确指出胃主纳，脾主化，纳就是受纳，指摄取食物；化就是运化，指运化水谷精微。胃纳和脾化互为因果，胃的受纳和腐熟，是为脾之运化奠定基础，而脾的运化，消化水谷，转输精微，是为胃继续纳食提供动能。两者密切合作，才能完成消化饮食、输布精微的功能。故《诸病源候论》云：“脾者脏也，胃者腑也，脾胃二气相为表里，胃受谷而脾磨之，二气平调则谷化而能食。”《景岳全书》亦云“胃司受纳，脾主运化，一运一纳，化生精气”。故言主纳化为脾胃气化之物质基础。
胃纳可能与胃的容受性舒张、紧张性收缩等有关。容受性舒张，是指在进食后，食物对咽、食管等处的感受器产生刺激，反射性地引起胃底和胃体肌肉的舒张。这种舒张功能可迅速提升胃容量，使胃容量由空腹时的50 mL左右提高到进食后的1 500 mL左右，这样使大量食物的暂时储存，同时维持胃内压，防止食糜过早排入十二指肠，有利于食物在胃内的充分消化。而紧张性收缩可使胃腔内具有一定的压力，有助于胃液与食物充分混合，并协助胃推动食糜向十二指肠移动，同时还可使胃保持其形状和位置，不致出现胃因食物重力而导致下垂。胃的这种容受性舒张、紧张性收缩为“胃纳”提供了现代医学的生理依据，如果饮食不节、过食辛辣刺激等导致胃的舒张、收缩规律紊乱，则可能导致早饱、嗳气等消化不良的表现。脾化则可能与食物在小肠的消化吸收有关，包括分解与吸收。食物中的营养物质，除维生素、水和无机盐可以被直接吸收利用外，其主要成分如蛋白质、脂肪和糖类等物质，则不能被机体直接吸收利用，需在消化管内被分解为结构简单的小分子物质，才能被吸收利用。在这个过程中有胃液、胰液、胆汁、小肠液等的参与，其中淀粉、蛋白质和脂肪等多种主要成分依靠胰液的消化，故脾化在很大程度上与胰的消化密切相关，而这也为脾化提供科学依据。在这里，脾化亦指脾能“生清”，不仅包括生成胰液、肠液等，还包括胰液、肠液将食物中营养物质分解的过程，其中胰液、肠液恰为清稀透亮的液体。胰液、肠液的生成又为“脾生清”提供了依据。
纳化失常，包括纳多化多、纳多化少、纳少化少三方面。纳多化多表现为消瘦、口渴多饮、多食善饥、小便频数等，常见于消渴；纳多化少表现为多食而消瘦、乏力、泄泻或便秘等，常见于慢性腹泻性疾病如肠易激综合征、溃疡性结肠炎等病证；纳少化少现为食欲不振、恶心呕吐、消瘦、全身乏力等，常见于消化道恶性肿瘤、厌食症等病证。
脾为湿土，胃为燥土，两者相反相成。一方面，从脾胃整个功能来看，脾没有湿就不能运化，胃没有燥就不能纳食。《内经》说“胃主腐熟水谷”，胃中无属阳的燥土，摄入的食物则难以腐熟，脾的运化则无物质基础；脾无属阴的湿土，就无法从腐熟状态的水谷中摄取精微，转化为气血，故必须保持胃燥和脾湿状态，才能消化食物。另一方面，脾为阴脏，却以阳为用，脾阳健旺则能运、能化，故其性喜燥而恶湿；胃为阳腑，赖阴液滋养，胃阴充足则能受纳、腐熟，故其性喜润而恶燥。故《临证指南医案》说：“太阴湿土，得阳始运，阳明燥土，得阴自安。以脾喜刚燥，胃喜柔润故也。”胃津充足，方能受纳、腐熟水谷，为脾之运化提供物质条件。脾不为湿困，方能健运不息，使胃的受纳、腐熟功能提供气血动力。燥湿相宜，则脾胃功能正常，饮食水谷自能消化吸收。燥湿失宜，如燥胜则干、湿胜则泻等。由此可见，脾胃的燥湿功能在相互协调、相互为用中维持着动态平衡。故尤在泾《医学读书记》中说：“土具冲和之德而为生物之本。冲和者，不燥不湿，不冷不热，燥土宜润，使归于平也。”
燥湿可能与胃肠内分泌、肠道菌群有关。消化道黏膜内有许多腺体，在消化道的附近还有唾液腺、胰和肝，它们向消化道内分泌多种消化液，包括唾液、胃液、胰液、胆汁、小肠液和大肠液等，这些消化液中含有多种酶、胃肠激素等。这些物质具有酸碱性，在消化道内，这种酸碱性与部位有关，总的来说，胃液呈酸性，胆汁呈碱性，在小肠内则保持酸碱的平衡。同时大肠内有大量细菌，主要是大肠埃希菌、葡萄球菌等。细菌体内含有能分解食物残渣的酶，如对糖和脂肪的分解称为发酵，能产生乳酸、乙酸、二氧化碳、甲烷等；对蛋白质的分解则称为腐败，可产生氨、组胺、硫化氢、吲哚等。这些细菌具有初级的合成功能，能在肠内合成维生素B复合物和维生素K，这些物质在大肠内即被吸收。人体肠道内寄生着约10万亿个细菌，它们能影响体重和消化能力、抵御感染和自体免疫疾病的患病风险，还能控制人体对癌症治疗药物的反应。
不论是胃肠内分泌，还是肠道菌群，都必须维持相对的平衡，如果这个平衡被打乱，则可能出现各种消化道症状。消化液异常分泌，如胃酸高分泌，则可能出现胃痛、反酸、易饥等症；低分泌则可能出现厌食、胃胀等症，胆汁分泌旺盛，则可能反流入胃、食管，出现口苦、恶心、呕吐等表现。肠道菌群紊乱，亦可能引起功能性肠病，而出现腹痛、便秘或腹泻等表现。从燥湿平衡角度研究中医药对消化疾病的防治有重要意义，相关报道尚不多见。有燥湿作用的中药能调整肠道菌群，如平胃散通过影响胃肠信号通路治疗湿阻中焦证，如半夏泻心汤有抗幽门螺杆菌（Hp）的作用等，皆可认为是从燥湿平衡角度研究中医药对消化疾病防治的初步尝试。
脾胃气机的出入包含两方面的内容：一者为物质交换，即食气化精；二者为储存合成，即形能转化。其一，脾胃肠腐熟传化水谷，吸入精微物质，所谓“味归形，形归气”，是入；将精微物质敷布到全身，所谓“气归精，精归化”，是出。其二，精微物质化生气血，维持脏腑肢节日常功能，即所谓“精食气，形食味”，为出；精微物质提供各脏腑肢节的日常所需之外，剩余的被储存起来，既充养形体以供不时之需，又藏之于肾，补充肾精，即所谓“化生精，气生形”，为入。具体到气而言，李东垣提出：“元气、谷气、荣气、清气、卫气、生发诸阳上升之气，此六者，皆饮食入胃，谷气上行，胃气之异名，其实一也。”明确指出谷气入于胃，经脾运化输布，产生出卫气、荣气，固护荣养全身，卫气、荣气即是脾胃出入之气。卫气在外，防御外邪；荣气在内，滋养全身，并反哺脾胃。从这个意义上来说，脾胃出入失常重点在于营卫失和，发病则外易感邪，内伤脏腑，损耗气血，出现免疫功能低下的表现。
出入可能与肠神经系统（ENS）有关。第一，与肠脑的关系。支配消化道的神经有分布于消化道壁内的内在神经系统和外来神经系统，两者相互协调，共同调节胃肠的功能。内在神经系统有“肠脑”“第二脑”之称，在调节胃肠运动和分泌以及胃肠血流中起重要作用。其包括感觉神经元和运动神经元，前者感受消化道内化学、机械和温度等刺激；后者则支配消化道平滑肌、腺体和血管。第二，与脑-肠肽（brain-gut peptides）的关系。脑-肠肽是指在脑和消化道双重分布的肽类，如胃泌素、缩胆囊素、胃动素、生长抑素、血管活性肠肽、脑啡肽和P物质等，在消化道中由摄取胺前体脱羧细胞（APUD细胞）所分泌。消化道的内分泌细胞都具有摄取胺前体、进行脱羧而产生肽类或活性胺的能力，被称为APUD细胞，除消化道和胰腺的内分泌细胞外，神经系统、甲状腺、肾上腺髓质、腺垂体等组织中也含有此类细胞。多数胃肠肽也存在于中枢神经系统（CNS）中。当受到周围环境变化或神经兴奋刺激时，APUD细胞将激素释放进入血液，作用于CNS或作用于邻近ENS细胞而发挥作用。当各种致病因子刺激，造成胃肠组织损伤时，APUD细胞便释放一些炎症介质，后者可直接作用于外周传入神经末梢，引起反射活动，或刺激免疫细胞，引起一系列炎症反应。ENS对于神经内分泌、免疫系统有重要调控作用。在这个意义上，我们可以将ENS接受外界刺激产生的变化，包括释放各种胃肠激素等理解为气机的“入”，而将胃肠内在的变化反映到外周神经引起反射活动理解为气机的“出”。如上海“银蛇奖”获得者——上海中医药大学吴焕淦教授用艾灸治疗溃疡性结肠炎，其机制与艾灸通过调节细胞凋亡来改善免疫功能有关。而通过对人体皮部、经络的刺激治疗内科疾病的机制，应是建立在调节人体气机出入基础之上的。
言脾胃气机的出入，犹言营内卫外之功能，从而将外感和内伤疾病联系并统一起来，而很多疑难病症循此思路就能得到较好的解释。如溃疡性结肠炎（UC），属中医“痢疾”“肠澼”范畴，病位在结肠，却常伴有非特异性关节炎、结节性红斑、坏疽性脓皮病等免疫系统疾病的外在特有症状，而这种表现正好可以用肠道的内分泌及免疫系统来诠释，在一定程度上为从脾胃气机出入治疗UC提供了病理依据。有学者对脑-肠互动与肠易激综合征（IBS）进行研究，发现IBS患者存在明显的脑-肠互动异常，IBS表现出胃肠动力和内脏感知异常的主要机制就是脑肠轴功能异常，并认为中医学认为的IBS是由于“肝失疏泄，横逆犯脾，导致脾气渐虚，肝脾不调”的病机观点，与现代医学的脑肠轴学说及脑肠互动机制，可能存在密切的关联，两者间可能存在某些共同的、客观的、可以量化的物质基础。