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按照现代医学理论，消化系统是由消化道和消化腺两部分组成的。消化道包括口腔、咽、食管、胃、小肠和大肠等，消化腺主要有唾液腺、肝、胰和广泛分布于消化黏膜内的腺体。消化系统的生理功能，主要是对食物进行消化和吸收，为机体的新陈代谢提供必不可少的物质基础，如蛋白质、脂肪、糖、水、电解质等。消化过程受神经支配，包括内在神经系统［即肠神经系统（ENS）］和外来神经系统（自主神经）。此外，消化器官还有重要的内分泌功能和免疫功能。所谓消化，是指食物中所含的营养物质在消化道内被分解为可吸收的小分子物质的过程。而消化后的小分子物质，以及食物中的维生素、无机盐和水通过消化道黏膜内的上皮细胞进入血液和淋巴的过程，则被称为吸收（图2-1）。
脾胃气化过程，包括脾的运化与升清、胃的受纳腐熟水谷与通降、肝胆的疏泄、肺的宣发肃降、小肠的受盛化物与泌别清浊、大肠的传化糟粕、肾的蒸腾气化、心主血脉及神明主导等。这些脏腑的共同参与的“脾胃气化”与现代医学的“消化”，无论在结构组合上，还是功能分配上，都有太多契合之处，如图2-1所示。
口咽包括“七冲门”的前三门，为水谷进入之门户，食管为“胃之系”，《难经·第四十二难》曰：“咽门重十二两，广二寸半，至胃长一尺六寸。”三者是水谷入胃之必经通道。因食物从口入胃时间短，故历代古籍对于这三者论述极少，重视程度较低，对于三者之生理功能大多忽略不计或归入胃系。因此此三者生理功能体现在“通降”和“止逆”方面。
图2-1 消化过程与脾胃气化简图
食物在口腔内停留的时间非常短，一般为15~20 s，经咀嚼、磨碎，在唾液参与下，形成食团，随后被吞咽入食管。口腔中的唾液具有轻微的化学性消化作用。食物吞咽经食管所需时间很短，通常在直立位咽水时只需1 s，一般不超过15 s。食管表现出的生理功能为以蠕动的形式推送食团进入胃。
胃为“太仓”“水谷之海”，《灵枢·平人绝谷》提到：“胃大一尺五寸，径五寸，长二尺六寸，横屈受水谷三斗五升，其中之谷，常留二斗，水一斗五升而清。”《灵枢·玉版》说：“人之所受气者，谷也。谷之所注者，胃也。胃者，水谷气血之海也。”这两段条文分别从解剖和生理对胃进行了描述。胃在脾胃气化中占据重要主导地位，主要生理功能：①主受纳、腐熟水谷。②主通降，以降为和。
在现代解剖学中，胃是消化道中最粗大的器官，不论是厚度，还是弹性，都是消化道中最好的，这也决定了它的运动功能在消化道中是最强的。在生理功能上，胃能暂时储存食物并初步消化食物，其消化功能包括两种形式：一是化学性消化，主要指胃液参与，包括胃酸、胃蛋白酶及黏液等；二是机械性消化，主要指胃的运动，包括容受性舒张、紧张性收缩、蠕动及胃排空等。食团进入胃后经胃液水解，经胃运动研磨，形成食糜，此后，逐次少量地通过幽门被排入十二指肠。食管入胃到排空的时间通常为4~6 h。
《素问·灵兰秘典论篇》云：“小肠者，受盛之官，化物出焉。”小肠为一相当长的管道器官，小肠上口与胃幽门相接，下口与大肠阑门相接。其主要生理功能有二：①主受盛和化物。②泌别清浊。实际是脾胃升清降浊功能的延伸和具体体现。
小肠是消化道最长的器官，长3~5 m，是食物消化和吸收最重要的部位。因此，食糜在小肠内的消化，是整个消化过程中最重要的阶段。食物在小肠内的消化，也表现为两种形式：一是化学性消化，指胰液、胆汁和小肠液的参与；二是机械性消化，指小肠的运动。在此，食物的消化基本完成，大部分营养物质如蛋白质、脂肪、糖等被吸收，余下的食物残渣则进入大肠。
《素问·灵兰秘典论篇》云：“大肠者，传导之官，变化出焉。”大肠是较小肠稍宽的管道器官，上口通过阑门接于小肠，下口为肛门。其主要生理功能为传化糟粕，是胃的降浊功能的延伸。
人类的大肠内没有重要的消化作用。大肠的主要功能有：①吸收肠内容物中的水分和无机盐，参与机体对水、电解质平衡的调节。②吸收由结肠内微生物合成的维生素B复合物和维生素K。③完成对食物残渣的加工，形成并暂时储存粪便，以及将粪便排出体外。此外，大肠内含有大量的细菌，对于食物残渣的分解及粪便的形成有重要作用。
肝胆互为表里，从解剖与起源来说，两者密不可分，如《难经·四十二难》说：“肝……左三叶，左四叶……胆在肝之短叶间。”《素问·灵兰秘典论篇》云：“肝者，将军之官，谋虑出焉。”“胆者，中正之官，决断出焉。”两者在脾胃气化中体现在主疏泄方面，通过对气机升降、胆汁疏泄的调节来影响脾胃之运化功能。在正常情况下，肝主升而胆主降，恰好与脾主升而胃主降相呼应，脾的升清功能需要肝升发之气的调节，而胃的降浊亦赖于胆下降之气的调节，这样才能维持升降平衡。
肝胆是重要的消化器官，胆汁是由肝细胞分泌的，从肝内胆管流出，经胆总管排入十二指肠，或转入胆囊管而储存于胆囊中，在消化期再由胆囊排至胆总管进入十二指肠。胆汁对脂肪的消化和吸收具有重要作用。胆汁能乳化脂肪，促进脂肪消化分解，促进脂肪的吸收，促进脂溶性维生素的吸收。
脾为后天之本，气血生化之源。如《医宗必读》所说：“一有此身，必资谷气，谷气入胃，洒陈于六腑而气至，和调于五脏而血生，而人资之所以生者也，故曰后天之本在脾。”脾在脾胃气化中亦占据重要的地位，体现在脾主运化、主升清方面。
脾在现代医学层面与消化基本无相关性，只是作为一个免疫器官，而在中医学中却是消化的主体脏器，不由让我们想到另一重要器官——胰。胰在古籍中无丝毫记载，但在现代医学的消化及内分泌系统中占据非常重要的地位。在解剖结构上，胰居腹部正中，与胃大部分相邻，两者恰好位于人体躯干正中部位；生理功能上，胰分泌胰液参与消化，胰液具有很强的消化能力，是消化道内最重要的消化液，其中包括能消化淀粉、蛋白质和脂肪等多种成分的水解酶。也就是说，食物中的主要营养成分依赖于胰液的消化。此外，胰腺内分泌产物胰岛素对于糖的代谢有重要影响。因此，在脾胃气化学说中，脾主运化功能与在现代医学“胰”的消化功能相匹配。
三焦概念有二：一指六腑之一，作为脏腑之间及脏腑内部的间隙相互沟通所形成的通道。二是单纯的部位，膈以上为上焦，膈至脐为中焦，脐以下为下焦。
三焦既是由气化器官构成的通道，又是气化的机制。《内经》没有论及三焦具体结构和对它气化功能认识的方法。“焦”，《说文解字》云，火所伤也。隹指鸟，下部四点为火，即指烧烤鸟类，有学者认为“三焦”以烤熟食物的三种火候来说明上中下各焦，通过不同的工作形式消化食物，消化道在不同时间充盈不同。有学者认为狭义之三焦应为胰，并从三消角度佐证三焦为胰之说。
根据脾胃气化的观点，胰的功能实际上被归入脾，“脾主运化”在现代医学上的体现应是胰的消化，而三焦则可能更接近于消化道。消化道作为人体最大的器官，是很长的空腔器官，“传化物而不藏”，故应为腑。从口而入，贯膈绕脐，出于肛门，是水谷转化的通道，是联系、运行全身的重要器官。其中通行水谷之气，为元气之本源，运化水液及食物，故其生理功能亦完全包含三焦之功能。