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哈里·杜鲁门一向敬业勤勉，当上总统后更是无以复加。他白天忙得不亦乐乎，其白宫椭圆形办公室里，人来人往如同超市。下班后他也不会立即回家，而是读报告或备忘录，一直读到眼睛刺痛，腹中乱响。在4月17日的日记中，杜鲁门写下的一句话充分表达了他的心情：“我觉得，我做总统的头五天时间感觉比五辈子还长。”他在写给母亲的信中说，“自4月12日以来，事情的发展快得可怕，没有哪一天不是在做出重大决议中度过的”。纳粹德国战败在即，共产主义超级大国强势崛起，如何整合四分五裂的欧洲大陆，难题多多。即便已经到了战争末期，远东地区的军事战略和外交政策仍未得到妥善解决。盟军是否要登陆日本，抑或通过海上封锁和空中轰炸就能迫使他们投降？苏联还有无参战的必要？前总统“无条件投降”的原则是否要继续执行？能否让裕仁保留皇位，他是否具备结束战争的强大权力？打败日本之后，如何在远东建立新秩序？还有英、法、荷在远东殖民地的处置问题，件件都令人头大。
4月25日，在旧金山，51个国家的代表将参加成立联合国的第一次大会。罗斯福把建立这一国际机构看成保障未来和平的主要希望，可惜这一盛景他本人永远看不到了。杜鲁门不准备亲自出席，只计划在会议结束时去发表一次重要讲话。参加旧金山会议的美国代表团以国务卿斯退丁纽斯为团长，随行人员包括前国务卿科德尔·赫尔，参议员康纳利、范登堡，众议员布卢姆、伊顿及明尼苏达州州长史塔生等人。因为罗斯福突然去世，斯大林才勉强答应派代表团参加会议。苏联代表团团长是外交人民委员莫洛托夫，一个令杜鲁门极不愉快的人。
4月23日17时31分，莫洛托夫在苏联驻美国大使安德烈·葛罗米柯的陪同下造访了白宫。杜鲁门直截了当地告诉远道而来的客人，美国和英国正在忠实执行雅尔塔会议达成的所有协议，但信守承诺不能是单方面的。莫洛托夫回答说，苏联同样忠于自己的诺言。杜鲁门立即反戈一击，指出他们并非如此。莫洛托夫有个绰号叫“石臀”，因为他能坐在椅子上一连数小时纹丝不动，就像一尊雕塑。但杜鲁门仅用24分钟就打发了他，两人完全称得上“话不投机”。苏联历史学家将这次简短的会面当作罗斯福去世后美国对外政策的转折点，从此他们在与苏联人发生矛盾时不再采取妥协政策。
国务卿斯退丁纽斯礼貌地送莫洛托夫出门，一众记者在闪光灯中焦急地等待。莫洛托夫一言不发，分开众人后扬长而去。
后来陪同杜鲁门一起会见客人的美国驻苏联大使埃夫里尔·哈里曼回忆说：“总统对莫洛托夫的态度非常强硬，我当时有点担心。但不得不说，我为这位新总统感到自豪。他告诉我，他不怕苏联人，因为他们需要我们多于我们需要他们。”在此之前，哈里曼对新总统几乎一无所知。莫洛托夫离开之后，他仅和总统交谈了几分钟就发现，杜鲁门对形势了如指掌，几个月来他从莫斯科发回国内的报告他都看过，还读了斯大林和罗斯福之间的所有通信，能够深刻理解其中的含义。看来外界有关新总统啥都不懂的传闻与事实不符。持相同观点的还有当时也在场的莱希上将，他对总统不带任何外交辞令的强硬声音倍加赞赏。
但是现在，由前总统发起的另一项宏大计划的可怕含义即将降临新总统的头上。将莫洛托夫打发走后的第二天，4月24日，杜鲁门在任期的第十二天接到了陆军部长史汀生递来的一张字条，上面写道：“望商讨高度机密事务一件。”史汀生在字条上提到了总统宣誓就职当天内阁会议后两人的那次简短对话，现在他希望做详细汇报：“我认为您应该马上了解此事，不能再拖。”史汀生拖了这么多天，是害怕过早地将重担放在他的肩上，将总统彻底压垮。杜鲁门在字条末尾处写上“放到明天的待办事项中”，交给了日程秘书马特·康纳利。
说杜鲁门就任总统之前完全与这场战争无关明显不准确，他服役的是另一条战线。1940年初，因欧洲战事不断扩大，美国开始大规模征兵。当时任参议员的杜鲁门深知部队缺乏合格的军官，而自己一战时已是炮兵上尉，目前晋升陆军预备役上校，就直接来到参谋长马歇尔的办公室，希望即刻入伍为国效劳。
“马歇尔把眼镜从鼻梁上摘下来，不停擦拭，”杜鲁门后来回忆说，“他说，您年纪太大了，与其入伍，还不如留在参议院做事对国家贡献更大。”当时杜鲁门已经过了57岁，上阵杀敌确实有点跑不快了。
有选民向杜鲁门举报说，密苏里州中南部利奥纳德伍德军区的新建工程中，很可能存在违规行为。杜鲁门驾驶自己的那辆破道奇车，从华盛顿一直向南开，到了佛罗里达，然后向北又绕到密歇根州，沿途走访了不少陆军军营和国防工厂。他发现各地都存在严重的浪费现象，“一些工地上有好几百人，分工混乱，很多人闲坐在那里，白拿工资不干活”。于是他直接前往白宫，将所见所闻向罗斯福做了详细汇报。1941年3月，依据国会刚刚通过的第七十一号决议案，杜鲁门成立了一个由7名参议员组成的国防计划特别调查委员会，他本人亲自担任主席。特别委员会的职责是，调查国防事务中可能存在的渎职和浪费问题。杜鲁门等人的工作卓有成效，美国后勤部队司令官布里恩·萨默维尔中将对此极度不满——他本人不得不多次出庭为下属的行为做证——但也不得不承认“仅他们针对军方营区建设的调查，就为政府节约了2.5亿美元支出”。截至1943年底，委员会已经完成了21份调查报告，纠正了大量违规现象。杜鲁门因此成为1943年3月8日《时代周刊》的封面人物。
1943年6月17日，杜鲁门为一项据称叫作“曼哈顿工程”的军工项目打电话给陆军部长史汀生，因为有人举报在田纳西州和华盛顿州突然冒出了大片设施，据传正在进行耗资巨大的神秘实验，没人知道他们究竟在干什么。
史：“全世界知道这件事的只有两三个人，我是其中之一。”
杜：“我懂了。”
史：“这是一项非常重要且秘密的研究计划。”
杜：“我了解这个情况，部长先生。所以，你不用再跟我多说什么，除非你觉得有必要告诉我。”
史：“那好。”
杜：“我只想知道，你确定的这个计划有明确的目标，而且不会有任何问题。”
史：“这个计划不但目标明确，而且非常了不起。”
杜：“那好吧。”
史：“非常感谢你。”
但后来杜鲁门不讲“武德”，又向史汀生提出让委员会成员弗兰克·洛威去参观汉福特工厂——那里生产原子弹必需的重要原料钚——遭到陆军部长断然拒绝。史汀生在日记里写道：“参议员杜鲁门威胁说，如果我不答应，后果会很严重。我告诉他除了拒绝，我没有第二条路可走。杜鲁门这人真讨厌，不值得信任。他说起话来温文儒雅，做起事来蛮横无理。”
20世纪30年代，奥地利物理学家莉泽·迈特纳，英国物理学家詹姆斯·查德威克，意大利物理学家恩里科·费米，德国物理学家奥托·哈恩、弗里茨·施特拉斯曼等人在各自的研究领域不断取得重大突破，使原子能为人类利用在理论上成为可能。1939年9月26日，纳粹德国率先启动了研发核武器的“U计划”，引起了丹麦物理学家尼尔斯·玻尔的高度重视。这位1922年诺贝尔物理学奖的得主认为，凭借德国拥有的大量优秀科技人才和强大的工业能力，一定能成功研制出原子弹。由于当时欧洲战乱以及希特勒大肆屠杀犹太人，很多欧洲的顶尖科学家被迫逃往美国，其中也包括曾在德国从事核研究的奥地利科学家利奥·西拉德博士。玻尔告诉西拉德和同样逃到美国的费米，一旦希特勒率先获得核武器，盟国是没有有效对抗手段的。即便纳粹独裁者的军队在常规军事方面一败涂地，他也可以凭借这种超级武器把自己的愿望强加给全世界。自由国家唯一的防卫措施，是抢在德国人之前开发出这种新武器。
欧洲战争不断扩大，法国陷落，海峡对岸的英国人朝不保夕。放眼全球，具备制造原子弹所需要的雄厚经济实力、完备科研设备、大量科学人才及相对安定社会环境的，只剩下大洋彼岸尚未参战的美国。纳粹德国正在研制核武器一事让科学家感到担忧，费米、西拉德、尤金·威格纳、爱德华·泰勒等科学家开始四处奔走，呼吁美国尽快启动原子弹的研制工作。但是这些知晓核裂变强大威力的物理学家，大多属于新来的外籍人士，在美国既无权势又无人脉，一些人甚至在学习英语，他们的呼吁不可能引起高层的充分重视。美国军方当时正在集中力量研制新的常规武器，以应对日益增大的战争威胁，没有时间和精力去理会科学家所说的那些虚无缥缈的新玩意儿。
迫于无奈，西拉德想到了当年在柏林学习时的导师——名满天下的科学家阿尔伯特·爱因斯坦。1939年7月，他叫上匈牙利天才物理学家、普林斯顿大学教授威格纳——1963年诺贝尔物理学奖获得者——开着后者那辆破道奇车，前往长岛找到了老师。西拉德希望爱因斯坦能写一封信给罗斯福，说服总统尽快组织力量着手研制原子弹。同样流亡美国的爱因斯坦深知此事的重要性，答应下来。根据爱因斯坦的口授，西拉德草拟了一长一短两封信，并用白纸打印出来。
在信中，爱因斯坦描绘了一种可能出现的“威力巨大的新型炸弹”。它空运起来也许太沉重，大概只能靠船来运载投放，但仅需1颗就可以摧毁整个港口连同周围的地区。爱因斯坦警告说，柏林威廉大帝研究所在核试验方面获得的进展已经构成了现实威胁，敦促总统确保铀矿石的供应来源，“美国只有很少适合使用的铀矿石，有一些好的矿石在加拿大和捷克斯洛伐克，但最好的铀资源在刚果”。信末尾的日期是1939年8月2日，一向谦逊的爱因斯坦把自己的名字签得和正文的字体差不多大小。
这一行动后来使爱因斯坦追悔莫及。1947年他在接受《新闻周刊》采访时说：“如果我早知道德国未能研制出原子弹，那我什么都不会做。”在去世前的几个月，他在写给好友莱纳德·鲍林——他被誉为营养学界的爱因斯坦，1954年诺贝尔化学奖、1962年诺贝尔和平奖获得者——的信中说：“当我在写给罗斯福总统建议制造原子弹的信上签名时，我犯下了今生最大的一个错误！”
考虑到总统一般情况下都很忙，对新知识的认知和接受能力不会太高，三人最后决定呈送那封短的信件。现在如何把它交到总统手中又成为一个新难题，通过正常渠道层层审批似乎不太现实，拖的时间也可能很长。西拉德找到了自己当年在柏林时结识的一位老朋友——《德国经济学家》前主编古斯塔夫·施托尔普，后者将西拉德引荐给第一威廉大街莱曼公司的银行家亚历山大·萨克斯。罗斯福上任之初大力推行新政时，萨克斯是他的首席经济顾问，两人一直保持着密切联系，他可以找机会见到总统。更加难得的是，这位萨克斯——用乐器当名字比较好记——之前曾经在科学杂志上阅读过很多有关原子裂变的文章，至少不算是门外汉。听完西拉德和施托尔普的介绍，萨克斯满口答应将爱因斯坦的信送给总统，并竭力说服他。
但罗斯福不是随时都能见到的。西拉德8月15日交给他信，萨克斯一直到10月11日才被领进白宫二楼的总统书房。萨克斯啰啰唆唆地讲了1小时，总统除了爱因斯坦几个字，什么都没听明白。罗斯福和爱因斯坦并不陌生，他之前曾邀请这位大科学家到白宫做过客。罗斯福逐渐变得不耐烦，最后他说，自己不认为政府应当承担这项耗资巨大的项目。萨克斯明白总统这意思就是“端茶送客”，他问自己明天能不能再来一趟，罗斯福便邀请他第二天过来一起吃早餐。
萨克斯苦思冥想了整整一夜，终于找到了说服总统的好办法。第二天天刚放亮，他就急匆匆直奔白宫。当罗斯福问他又有什么高见时，“我只想给你讲一个故事，”萨克斯说，“故事的主人公叫拿破仑·波拿巴。当他迫不及待地准备去征服英格兰时，美国蒸汽船发明家罗伯特·富尔顿向他建议说，建立一支由这种汽船组成的舰队去进攻敌人，事半功倍。拿破仑不由分说地拒绝了他。他最后的结局，今天我们已经知道了。”接下来萨克斯念了一位英国科学家最近做出的预言：原子弹的问世只是一个时间早晚问题，它的出现不可避免，唯一希望是人们“不要拿它派上轰炸邻居的用场”。
听到这里，罗斯福笑了：“你打算做的是阻止纳粹将我们炸掉？”
“一点儿没错！”萨克斯也笑了。
罗斯福叫侍者取出一瓶拿破仑牌白兰地，把面前的两只杯子斟满。
两人开始呷酒，罗斯福派人叫来了军事顾问埃德温·沃森少将：“老爹，看来我们得采取行动了！”
1941年12月美国参战时，英国在核武器开发领域实施的“合金管项目”已经取得了一定进展。由于英伦三岛频频遭遇德国的轰炸，已不再安全，丘吉尔和罗斯福决定，联合两国力量在美国开展此项工作。1942年12月28日，罗斯福签署命令，启动工业化制造原子弹的整个系统。项目被赋予3A的最高优先级别，有权要求得到充足的资金、资源和人员，无须向任何人说明用途。如果需要写项目名称，参与人员就统一填写“曼哈顿工程”。这显然属于障眼法，因为项目中没有任何一部分设在曼哈顿所在的纽约。
为了给“曼哈顿工程”提供充足的资金，起初史汀生和马歇尔使用的都是各种传统武器研发项目的名义。但到了需要在田纳西和华盛顿州建立庞大而昂贵的同位素分离工厂时，他俩终于意识到，再这样糊弄下去不行了，因为项目所需要的资金比大部分常规项目的总额都高，必须征得国会的同意。
1944年2月，史汀生、马歇尔和国防研究委员会主席万尼瓦尔·布什博士来到了国会大厦众议院议长萨姆·雷伯恩的办公室，向他和多数党领袖约翰·麦克马克、少数党领袖乔·马丁披露了战争中的最大秘密。美国正在倾全力研究一种可怕的武器，需要支付大笔资金。史汀生稀里糊涂地讲了一些自己都不怎么懂的深奥的科学原理，不过，他说议员同样不明白，所以谈细节有何必要？他声明陆军部需要6亿美元，现在就要，不久还要更多，具体数字到时再说。他强调出于保密需要，拨款的详细用途不能明说，连面前的几位大佬都不能说。换句话说，他们仅凭两片嘴唇就想为一个不知能否成功的大项目索取一张金额可以任意填写的签名支票，却的确要到了。“曼哈顿工程”最终的投资超过了20亿美元。
马歇尔后来回忆，史汀生对这些人说：“请务必相信我们的话，给我们这笔额外的钱是至关重要的。你们只需要明白，如果让德国先得到这种武器，他们就可以在一夜之间赢得战争。”马丁对此的记录是：“美国想在德国研究出原子弹之前，执行一项开发这种秘密武器的计划。他们告诉我们需要增加6亿美元预算来制造这种武器。因为此事需要绝对保密，他们要求我们在拨这笔钱时，一定不要询问去向。”在国会两党的领袖中，有7个人大约知道军方在搞一个大工程，这7人中显然没有杜鲁门。
时至今日，陆军部长终于要向总统汇报这个即将成功的大项目。两年前，他曾拒绝这个人了解该项目的任何情况。1945年，史汀生77岁，比日本新首相铃木贯太郎还大4个月。作为美国政坛的常青树，他辅佐过6位总统。1906年，西奥多·罗斯福总统任命他为纽约州南区地方检察官。1911年，他出任威廉·塔夫脱总统的陆军部长时，杜鲁门还在密苏里州的老家种地。1927年，史汀生奉卡尔文·柯立芝总统之命赴尼加拉瓜调停纠纷，随后调任菲律宾总督，其间和麦克阿瑟关系闹得很僵。在菲律宾任职期间，他数次携夫人访问日本，京都最终逃过原子弹的劫难，就因为他这段经历。1929年，他在大萧条时期出任赫伯特·胡佛总统的国务卿，其间率美国代表团出席了伦敦裁军会议和日内瓦裁军会议。1931年日本发动九一八事变并侵占中国东北，他发表了“史汀生主义”，建议对日本采取强硬措施，不承认日本对中国领土的侵占。史汀生和赫尔关系密切，1940年罗斯福再次命令他掌管陆军部。史汀生成为内阁中极少见的共和党人。
担任过很多重要职务，拥有许多荣誉头衔，但他还是喜欢别人称他“史汀生上校”，这会让他回忆起一战时在驻法国野战炮兵部队服役的经历，那是他悠长公职生涯中最值得骄傲的时期。最近一段时间，他的身体变得很差，常因周期性偏头疼和肠道疾病而彻夜不眠，偶尔安稳地睡上一觉都被他得意地写入日记之中。一个不争的事实是，马歇尔上将通常把与史汀生有关的重要公务安排在上午，因为这位风烛残年的陆军部长一到下午就昏昏欲睡。但谁都不能否认，刚正不阿的陆军部长对工作还是充满热情的，特别是到了战争最后的关键阶段。
如前文所述，史汀生对杜鲁门的印象并不好，但他现在必须屈尊前来向他汇报。4月25日中午，史汀生如约来到白宫椭圆形办公室，递给杜鲁门一份经过字斟句酌的仅3页纸共700字的简短备忘录，然后坐下来耐心等待总统阅读。
备忘录开头的第一句话就让总统头直发蒙。“在四个月内，我国将极有可能完成一件人类有史以来从未有过的可怕武器，一颗就能毁灭一座城市的炸弹。”备忘录简要介绍了美国与英国合作研发该武器的过程，目前美国掌握着所有制造和使用这种炸弹的资源，而且若干年内不会有其他国家达到同等程度。文件还指出，其他国家无疑也能发展这项技术，最有可能在“未来几年内取得成功的是苏联”。另外，对这种武器进行国际控制难上加难，“到现在为止，考虑过的控制系统没有一个足以控制这个危险的怪物，这种武器可以秘密建造和研发，可能导致一个强大、无戒心的国家被一个小得多的国家在几天内征服的可怕后果。同其他国家分享它，以及如果分享的话按照什么条件，凡此种种都将成为我国对外关系中的首要问题”。史汀生在文件末尾处写道：“根据目前的道德水准与技术发展的对比状况来看，世界的最终命运将完全取决于这样一种武器。换言之，现代文明有完全被毁灭的可能。”
史汀生坦承，新炸弹可以暂时保证我们在与对手的博弈中稳操胜券，“美国现在拿到了一把‘同花顺’，绝对不能在如何打这手牌时犯傻”。史汀生拿“同花顺”做比喻，是为了引起总统的注意，他知道杜鲁门最喜欢的休闲方式就是坐在桌边和朋友打牌。如果杜鲁门喜欢下中国象棋，史汀生的说法可能就改成“双车错”或“马后炮”。
杜鲁门阅读文件之时，陆军工程兵少将莱斯利·格罗夫斯从后门经地下通道进入白宫，5分钟后被带到了总统办公室。五角大楼和白宫官员对这次会见精心安排，他们担心记者看到史汀生和格罗夫斯一起进入白宫，会凭空引来无端的揣测。本来陆军参谋长也将参加这次汇报，出于同样的原因，马歇尔主动回避了。当格罗夫斯走进椭圆形办公室时，总统刚刚将史汀生的备忘录读完。
史汀生最早知道原子弹研发是在1941年。当“曼哈顿工程”正式启动时，史汀生被罗斯福安排负责这一项目。1942年9月23日，格罗夫斯开始接管原子弹的制造环节。这位西点军校1918年成绩排名第四的毕业生身高1.83米，体重114千克，壮硕的体形给人一种气势逼人的感觉，两撇薄薄的小胡子更平添了几分威势。他之前的职务是陆军工程兵建筑部副部长，曾于1941年到1942年主持过一项大工程，用时16个月就建好了五角大楼。格罗夫斯在中校军衔上停留了10年之久，46岁时还是陆军中资历最深的上校。他认为获得晋升的最好途径是到海外服役，留在国内实在太憋屈了。当他拒绝到华盛顿从事另一项后方工程时，美国后勤部队司令官布利恩·萨默维尔中将——他于1945年3月成为美国历史上第一位工程兵上将——告诉他：“你是经过陆军部长精心挑选的，而且总统已经同意。如果你能干好这项工作，我们就会赢得战争。”一个小小上校的调动竟然需要陆军部长和总统亲自出面，那肯定是个重要且体面的活儿，格罗夫斯这才勉强应承下来。作为弥补，他立即获晋准将军衔，并于1944年晋升少将。如果干“曼哈顿工程”相当于高级工程师，那么干五角大楼充其量只是个乡镇级别的包工头。到1945年4月，受他领导在“曼哈顿工程”各处设施中供职的人员已经超过了12.5万人。
史汀生呈给总统的备忘录不过是个提纲，格罗夫斯递交了一份长达24页的详细报告。杜鲁门单独看一份，史汀生和格罗夫斯合看另一份。老酒猜测美国人这样做的原因不是省纸，而是要把泄密的可能降到最低限度。
报告开篇是“研发目的”：“研发成功后，原子裂变炸弹将成为一种威力巨大的武器，能够对加快结束战争、挽救美国人民的生命与财产起到决定性作用。”格罗夫斯详细列出了新武器令人难以想象的攻击力：“一颗炸弹的威力预计相当于5000吨至2万吨TNT炸药，最终有可能达到10万吨。”报告通过大量技术细节解释了原子裂变的原理，描述了炸弹的制作工艺，回顾了“曼哈顿工程”几年来走过的艰辛历程：从1939年的起源到制造阶段，再到确保整个计划处于“最高机密状态”的“非常安保措施”。
报告说明，工程主要有三处地点，每一处专攻一个方面。田纳西州诺克斯维尔西北方向29公里处的橡树岭基地生产原子弹所需的武器级铀，华盛顿州汉福德基地生产另一种材料钚。新墨西哥州小城圣达菲56公里外还有一处秘密营地洛斯阿拉莫斯，在地图上是找不到的。那里集中了全世界最优秀的数千名物理学家、化学家、数学家、工程师及各领域的顶尖人才。其中很多人来自欧洲，逃避第三帝国的“虎狼之师”来到美国。这里正是后人熟知的美国原子能研究中心，当时有一个别致的名字叫“诺贝尔奖获得者集中营”，据说这座由5000多人组成的小城镇的平均智商超过世界上任何一座城市。洛斯阿拉莫斯国家实验室由来自加州大学伯克利分校的物理学家罗伯特·奥本海默博士负责。如果将罗斯福或杜鲁门比喻成业主，那么史汀生就类似项目经理，格罗夫斯和奥本海默分别对应总监理和总工程师。
报告部分内容与史汀生的备忘录稍有重复，但介绍得更加详细：自1943年以来，“未来最大的潜在对手苏联对我国的研发活动表现出浓厚兴趣”，并通过在美国的外交、情报、间谍组织企图获取“曼哈顿工程”的相关信息。报告还给出了德国核物理领域的研究人数，“随着纳粹政权即将覆灭，德国在这场战争中似乎已不可能再使用这种炸弹了”。报告得出的最后结论和史汀生差不多：“如果由热爱和平的大国掌控，原子弹可以确保未来数十年内世界和平。但如果被滥用，人类的文明将毁于一旦。”
格罗夫斯介绍说，第一颗原子弹可能在德国战败之后和日本战败之前诞生。奥本海默和团队确信年中之后能拿出3颗炸弹——1颗铀弹和2颗钚弹。因为聚爆装置存在失败的风险，计划于1945年7月在新墨西哥州阿拉莫戈多空军基地对第一颗钚弹进行核爆试验。科学家们对简单的枪式起爆装置有足够的信心，认为铀弹不需要试验。8月1日前后，第一颗名叫“小男孩”的枪式铀弹将具备投放条件，第二颗名叫“胖子”——为了向合作盟友丘吉尔致敬而以他的体形命名——的爆聚炸弹亦有望在同月内组装完毕。去年已经组建的一支装备B-29的空军特别部队正在进行严酷训练，届时将担负起投掷炸弹的艰巨任务。
对史汀生的备忘录，杜鲁门勉强能看下去，但对格罗夫斯技术性很强的详细报告很快失去了耐心。其间他停顿过好几次，说很难一次搞懂。“我不喜欢看论文，”总统边抱怨边想努力搞清大量新信息蕴含的意义，“这真是个大项目！”
杜鲁门的上述反应早在两人的预料之中。上个月，当格罗夫斯试图向史汀生介绍详细情况时，部长向他恳求说：“饶恕我吧，你讲的话我一个字都听不懂。”陆军参谋长一向以聪明睿智著称，但当格罗夫斯向他呈上文件时，马歇尔上将硬着头皮阅读了3个小时，然后将它原封不动地退了回去，因为他根本看不懂。
格罗夫斯抱歉地告诉总统，文件不能再简化了，“我们无法用更简短的语言来说清楚它”。杜鲁门提了几个简单的问题，最后说这种武器还要多久才能投入使用。史汀生重复了自己在备忘录里说过的话：“4个月内。”
杜鲁门表示，自己会坚定不移地支持这个项目。他决定不保留自己手中的报告副本，因为那样做“极不明智”，又多了一个泄密的途径，反正自己再也不愿意去看它了。总统指示，为了给控制这种炸弹出现的“各种各样的问题”提供科学建议，授权陆军部长牵头组织一个临时委员会，由史汀生亲自担任主席，詹姆斯·贝尔纳斯作为总统的私人代表居于次要地位，其他人员由主席负责指定。
在参加罗斯福葬礼归来的途中，杜鲁门已经盛情邀请同车的贝尔纳斯出任自己的国务卿。贝尔纳斯具有丰富的政治经验，其个人履历覆盖了美国三权分立的各个代表机构：在众议院任职14年，又在参议院干了10年，最后从法庭速记员一步步攀升到大法官的高位。由于和罗斯福关系密切，他先后出任过前总统的筹资人和撰稿人，然后是战争动员局局长。贝尔纳斯长期以总统特别助理的身份自居，并把自己当成罗斯福的合法继承人。罗斯福在参加第四次大选时并未将他作为副总统候选人，却出人意料地选择了相对保守的杜鲁门。后来杜鲁门这样回忆说：“我成为总统之后，我知道吉米（贝尔纳斯的昵称）每次对我说他觉得事情不应该这么做时，其实他心里想的是，他应该坐在我的位置上。”美国没有选举新副总统的制度，国务卿是名副其实的二把手。一旦杜鲁门出现意外，贝尔纳斯就是第一顺位继承人。至于斯退丁纽斯，杜鲁门打算让他参加完旧金山会议后直接留在那里，作为美国驻联合国的首席代表以保存颜面。
杜鲁门要求两人按照目前的路子继续走下去，并尽可能加快，权当不加限制地使用这种炸弹的做法是前总统生前的既定国策。殊不知罗斯福在去世之前，并未就原子弹的使用做出过任何明确指示。杜鲁门听取汇报、阅读及下达指示共用时45分钟。战后，格罗夫斯以他惯有的心直口快回忆说：“当时的杜鲁门就像一个乘上雪橇的小男孩，踩在一项能够改变一切的发明上，在历史的雪坡上向下快速滑行。”两名下属离开后，杜鲁门告诉一名助手：“我将不得不做出一项史无前例的决定。一想到不得不做出的是怎样的决定，我就不寒而栗！”
既然总统已经做出了明确指示，那么与此相关的一切工作都必须加快进行。如果炸弹最终艰难问世而敌人已经消失，那将是多么没意思的事情啊！现在看来，德国人已不具备挨这种炸弹的条件，原子弹只能用来对付日本人，如果他们能坚持足够长的时间的话。就在向总统汇报后的第三天，4月27日上午8时40分，格罗夫斯在五角大楼主持召开了由他自己担任主席的目标委员会会议，这一机构的职责是为投放原子弹选择合适的目标。参会的除格罗夫斯和他的副手托马斯·法雷尔准将，还有工程总军械师威廉·帕森斯海军上校和他的助手诺曼·拉姆齐博士。时年29岁的拉姆齐是哥伦比亚大学物理学教授，未来提尼安岛前哨基地的首席科学家，1989年诺贝尔物理学奖的获得者。据说他是没有挨过格罗夫斯训斥的仅有的几名科学家中的一个。参会的还有目标委员会首席科学家、密执安大学教授大卫·丹尼逊博士，英国炸药专家威廉·彭尼博士（战后他曾出任英国原子能协会主席），数学家约翰尼·纽曼博士，罗伯特·威尔逊博士等人。列席会议的还有格罗夫斯的几名手下，诸如威廉·费舍尔上校、约翰·德里少校等军方的几名高级军官。
特邀出席会议的陆军第二十航空队参谋长劳里斯·诺斯塔德准将向参会科学家、气象专家出具了冷冰冰的最新数据。自东京3月9日遭到毁灭性火攻以来，在短短6周时间内，已经有461平方公里的日本市区被夷为平地，B-29的低空燃烧弹攻击没有一天不在向敌人展示美军战争机器不容置疑的强大威力。在这个晚春的上午，围坐在桌子边的这些人需要解决的问题是，从日本地图上找到还能轰炸的地方，供一种更厉害的新武器发威。诺斯塔德开列的初选名单包括17座城市——东京、川崎、横滨、名古屋、京都、大阪、神户、广岛、吴、下关、山口、八幡、小仓、熊本、福冈、长崎和佐世保。
格罗夫斯指出，为了确保轰炸效果，投弹必须采用目视瞄准，只有在万不得已的情况下才能使用雷达。因为有效的目视轰炸必须依赖晴朗的天气，首席科学家丹尼逊博士忧心忡忡地提出：“日本夏季天气是一年中最糟糕的。7月最多只有7天好天气，而且3/10时间里多云。8月最多只有6天，也许只有3天。东京的天气尤其恶劣，这个城市在5年时间里只会出现一次连续两天以上的晴朗夏日可供目视轰炸。”法雷尔准将指出，准确的天气预报可以交给最好的气象学家负责。至于东京，它作为一个轰炸目标的可能性已不复存在，最近的夜间燃烧弹攻击已使这座城市变成了一堆废墟。附近的横滨及其海军设施倒不失为一个较好的目标，八幡的钢铁工业也在考虑之列。广岛看上去最合适，但这个城市的详细资料至今未拿到，“它是李梅第二十一轰炸机部队优先考虑名单上暂时未触及的最大目标”。
从作战角度来说，目标的重要性越强，震慑效果就越好。但这是人类第一次将原子弹投入实战，遴选标准还要综合文物保护、科研、战后管理等诸多因素，尤其是对爆炸现实破坏力的测量。首先，城市目前被破坏的程度至关重要，程度越小，越能准确评估原子弹的威力。其次，投放的城市不能太大也不能太小，最好将破坏控制在一定范围之内，方便专家事后评判效果。16时散会时，参会者就目标选择达成了一个原则共识，“它应该是一些人口稠密、直径不小于3英里的城市”。
5月11日上午9时，在异乎寻常的安全保卫措施下，目标委员会第二次会议在洛斯阿拉莫斯实验室召开。奥本海默的办公桌上第一次铺上了远东的地图。根据第一次会议确定的原则，东京、大阪、名古屋等面积过大、遭破坏严重的城市最先被剔除，而吴、佐世保这样的城市又因为太小，放一颗炸弹太浪费，不再予以考虑。目标最后缩减到5座城市，陆军航空部队同意将这些城市作为核武器的“保留地”，不再进行常规空袭。格罗夫斯情有独钟的京都被列为第一攻击目标，级别AA级。和京都一同享受AA级待遇的只有一座城市——广岛。另两个被列为A级的城市是横滨和小仓，第五个候选城市新潟被列为B级。委员会在讨论原子弹在世界范围内可能产生的影响时，京都赢得了最高的呼声。因为这里的居民“知识水准较高”，城市幸存者的抗议肯定会更具说服力。会议要求，陆军航空队在对上述目标实施进一步航拍后再做最后决定。
格罗夫斯手中还有另外一支特殊队伍，代号“阿尔索斯”的特别情报小组，领导人是鲍里斯·帕什上校。最初情报小组的任务是防止泄密，对参加“曼哈顿工程”的人员进行“政审”和跟踪，连奥本海默都不例外。盟军登陆诺曼底之后，他们又被赋予了一项新使命，直接前往欧洲追踪并检查纳粹德国的核设施、核材料和科学家。7名科学家受聘成为小组成员，他们负责现场翻译并评估发现的文件。这些入选科学家必须自始至终未参与过“曼哈顿工程”，以确保他们万一被俘虏也不会泄露秘密。
情报小组首席科学家是荷兰裔塞缪尔·古德斯密特博士，他在1935年到1966年曾经数次获得诺贝尔物理学奖提名，可惜均告失败。古德斯密特通晓数国语言，交际甚广，似乎和欧洲科学界的所有人都很有交情。古德斯密特被选作首席科学家还有一个重要原因，他和美国最想得到的德国核计划负责人沃纳·海森堡博士是交往多年的好朋友。战前海森堡经常去他的家里吃饭，两人关系不是一般的好。古德斯密特最大的业余爱好，是研究刑事侦查方面的新技术，正好与他现在从事的工作吻合。
1944年11月23日，美军攻克斯特拉斯堡，“阿尔索斯”情报小组直奔斯特拉斯堡大学物理实验室。古德斯密特需要寻找的对象冯·魏茨泽克3周前就逃走了，他们居然在实验室里找到了这位理论物理学家没来得及带走的一些私人文件。伴随着莱茵河右岸传来的大炮轰鸣声，古德斯密特和他的助手们借着蜡烛的亮光，开始翻译这些文件。他们突然高兴得跳了起来，原来那正是德国“U计划”的全部资料，而且已经有3个月没有更新。直到那晚之前，盟国科学家都认为德国物理学家已经领先他们一大步。在一个废纸篓里，古德斯密特发现了一封魏茨泽克写给海森堡的信，信中抱怨德国核反应堆令人失望的进展。根据这些文件，古德斯密特认为，敌人还在为格罗夫斯的部下们两年前就已闯过的难关发愁，他们连所谓的铀反应炉都没有。
当他致电华盛顿报告这些发现时，有人提醒他说，魏茨泽克的文件很可能是一个诱饵。他回复说，文件里的证据都是真实的。陆军部提醒他，可能有其他德国人在其他地方制造了原子弹。古德斯密特尖锐地反驳道：“一个使用假支票的工人可能会幻想他一夜之间变成军事天才，一个喝着香槟酒的游客也有可能把自己伪装成一个外交家。但是，那样的门外汉是绝对不可能获得足够的科学知识来制造原子弹的。”
根据文件提供的线索，美国人的首个目标是位于奥拉宁堡的奥尔化学工厂，帕什上校怀疑那里藏有大量的铀矿石。但这个工厂位于柏林以北24公里，在划定的苏战区深处，美、英军队完全没有可能首先到达那里。得到帕什发回的重要情报之后，格罗夫斯通过马歇尔上将，再通过阿诺德上将，联系上了美国驻欧洲战略航空部队司令官卡尔·斯帕茨中将，告诉他“那个工厂正在制造一种稀有金属，可以用于生产现在还未使用过的具有巨大潜力的秘密炸弹”。
1945年3月15日，第八航空队司令官杜立特中将——三年前驾驶B-25从“大黄蜂”号航母上起飞轰炸东京的那位矮个子老兄——下令出动B-17、B-24重型轰炸机1347架，在762架战斗机的护航下轰炸了奥尔化学工厂，共向目标投下了1506吨高爆弹和178吨燃烧弹。为掩盖行动的真正意图，美军还分出一部分兵力轰炸了邻近的一个铁路枢纽，对外声称是摧毁德国的军事工业。德国战败在即，已不可能开发出原子弹，本次行动的真正目的是防止宝贵的铀矿石落入未来最大的潜在敌人苏联之手。但这些超级秘密只有马歇尔、阿诺德等高层才知道。斯帕茨向阿诺德汇报说目标已被有效摧毁。但后来的事实证明绝非如此。
随后帕什上校得知，纳粹德国从比属刚果得到的大部分铀矿石储存在黑兴根施塔斯富特的一家工厂内，离德国北部城市马格德堡很近，这里属于未来的法国占领区，但很接近分界线。不能留给苏联人的东西，同样不能留给法国人。消息传回华盛顿，马歇尔带上格罗夫斯来找史汀生。部长办公室里有一幅几乎占满了整面墙壁的大地图。可笑的是，三人从左看到右，又从上看到下，竟然找不到黑兴根究竟在哪里。史汀生叫来了副官威廉·凯尔上校，他终于在距地面约60厘米的地方找到了要找的目标。四个人撅着腚趴在地上，去仔细观察那个小黑点，仿佛那个不起眼的小地方就是东京抑或柏林。格罗夫斯后来回忆说，当时那一幕如果有摄影师拍下来，一定会让人忍俊不禁的。
马歇尔让作战处长赫尔少将给艾森豪威尔发去电报，指示务必配合“阿尔索斯”小组的特殊行动。远征军司令部的布尔少将甚至建议出动两个装甲师和一个伞兵师，配合第六集团军拿下黑兴根地区。帕什建议采取一次突袭行动，夺取宝贵的铀矿石。第十二集团军情报处长西伯特准将担心此举会引起苏联人的强烈抗议，但司令官奥马尔·布莱德雷上将坚决支持帕什：“让苏联人统统见鬼去吧！”
4月17日，帕什率部突入施塔斯富特，果真在一处盐矿中找到了1100吨铀矿石，装宝贝的那些木桶近乎腐烂。
4月19日，临时雇来的几百名德国人使用从附近制造厂找来的铁丝和纸板厂的材料，重新将这些铀矿石打包并装上卡车，运往160公里外汉诺威附近英军控制的一座机场。这些矿石一部分直接走空运，一部分用火车转运到安特卫普，走海路运往英国。由于执行的是特别护送，沿途看到的人一度猜测是在偷运黄金。这些矿石最终全部被运往美国。
很快帕什又收到一条消息，在斯图加特南部阿尔卑斯山顶的风景小镇海格洛赫，藏匿着大量德国物理学家。帕什率部于4月22日赶到此处，在一处教堂的山洞里找到了德国一个尚处于实验阶段的“核反应堆”。科学家据此判断，德国目前还不具备造出原子弹的能力。帕什在给国内的报告中这样写道：“确认德国的原子弹不会对我们造成危害，可能是整场战争中最重要的军事情报。仅靠这份情报，就足以肯定我们小组的存在价值。”
接下来的几天里，“阿尔索斯”小组在黑兴根一带相继“抓获”了包括奥托·哈恩（1944年诺贝尔化学奖得主）、马克斯·劳厄（1914年诺贝尔物理学奖得主）、冯·魏茨泽克、瓦尔特·格拉赫、库尔特·迪布纳在内的一大批德国优秀科学家。有人向帕什汇报说，德国国家研究院设计部主任、核计划负责人海森堡博士4月20日就骑着一辆破自行车离开了，朝他的出生地巴伐利亚绝尘而去。
海森堡在德国的地位就相当于美国的奥本海默，他的导师、丹麦物理学家玻尔同样属于“曼哈顿工程”的核心人物。1939年海森堡到美国参加一次国际科技会议时，他的好朋友费米、古德斯密特都劝他留下来，美国普林斯顿大学、芝加哥大学、哥伦比亚大学为此都抛出了高薪，最后海森堡还是拒绝了。在他的办公室里，美国人还找到了一张1939年的照片，上面海森堡和古德斯密特正在纽约港握手道别。格罗夫斯电令帕什，不惜一切代价，一定要把这个人带回来：“对我们而言，他比10个德军精锐师还重要。”
当时濒临战败的德国一片混乱，盟军战机在空中投弹，大批难民到处逃荒，纳粹党卫军的狂热分子正在就地处决他们认为不忠于元首的人，海森堡随时有可能死在战乱之中。这位1932年的诺贝尔物理学奖得主也真不容易，白天躲在树丛中睡觉，夜晚赶路，其间成功爬上了一列飞快的火车。他奇迹般用3天时间走完了240公里路程，4月23日到达自家位于乌费尔德湖边小镇的一处别墅。帕什率队于5月2日赶到这里，当时美军大部队还未到达。一名德军少将要求帕什接受他一个师几千名部下的投诚，但帕什知道自己的使命不是受降一个溃散的德国师，而是抓获“10个精锐师”。他毅然放弃了接受数千名德军投降的荣誉，继续执行自己的特殊任务。他告诉德国少将，自己的长官很快就到，明天接受一名将军的受降，比现在向上校投诚更体面。不久又来了一名德国军官，要求帕什接受他和800名部下的投降。帕什故技重演，也把他们忽悠走了。
第二天清晨，帕什率第一二七九工兵营进入乌费尔德。海森堡见到美国人并不害怕：“我一直在盼着你们的到来。”此话不假，他连行李都收拾好了。科学家被护送上一辆装甲车，在一辆坦克的带领下从大街上隆隆驶过，后面跟着一辆坦克和一长溜满载荷枪实弹美国大兵的吉普车。有人笑称斯大林也不曾享受过这样的待遇。抵达美国人驻地的海森堡，与古德斯密特紧紧地拥抱在一起。
抓走了这么多科学家，缴获了大批物资，古德斯密特得意忘形了。他告诉新近调来充当联络官的一名陆军少校：“德国人没有了原子弹，真是太好了！现在我们也不需要用我们的原子弹了。”
“古德斯密特，你太不了解格罗夫斯了，”少校兜头给他泼下了一盆冰水，“如果我们手头有了这种武器，他肯定会把它派上用场的。”
美军“阿尔索斯”小组积极活动的同时，苏联人也在干着类似的事情。他们的“史汀生”是内务人民委员拉夫连季·贝利亚，他们的“奥本海默”是长着一脸大胡子的物理学家伊戈尔·库尔恰托夫。苏联人认为最重要的战利品是铀矿石，这与美国人之前的猜测吻合，苏联放射性金属的供应有限。得益于隐藏在伦敦的间谍发回的机密情报，莫斯科得知纳粹控制的大量从比属刚果运回的铀矿石已被运往德国东部。就在朱可夫攻陷德国首都的当天，一名苏联内务部将军率领30名身着上校军服的科学家飞抵柏林。在库尔恰托夫的首席助手、物理学家尤里·哈里顿的带领下，他们直奔位于达勒姆西南郊区的威廉皇帝物理研究院。从那里缴获的文件中，苏联人发现德国的原子弹研究甚至落后于自己，更不用说和美国人比了。哈里顿命令将所有东西席卷一空，连“门把手、水龙头和洗脸盆”都不放过。行动必须干脆快捷，因为这里已经被指定为美国占领区。
“上校”们分成几个小队，开始搜寻苏联占领区内所有和制造原子弹有关的物资和资料。施塔斯富特储备的铀矿石已经被美国人提前运走，在柏林西北240公里诺伊施塔特镇的一个制革厂仓库里，他们幸运地找到了100吨处理过的铀氧化物。库尔恰托夫如获至宝，因为此前他拥有的铀氧化物才不过7吨。
另一位苏联内务部“上校”、时年33岁的物理学家格奥尔吉·弗廖罗夫接管了被美军炸毁的奥拉宁堡奥尔化学工厂。5月中旬，他找到了住在乡间的德国物理学家尼古拉斯·里尔，邀请他去莫斯科做几天科学讨论。在得到性命安全、优良的科研设施和生活条件的保证之后，包括里尔在内的几十名德国科学家半推半就加入了苏联核研发团队。后来里尔因功被授予“社会主义劳动英雄”称号。他们去讨论的时间不是几天，而是数年乃至更长。前往苏联之前，里尔陪弗廖罗夫检查了被美军炸毁的奥尔化学工厂，竟然发现了完好无损的100吨高品质铀氧化物。它们被精心打包，连夜空运到莫斯科。加上哈里顿在诺伊施塔特发现的矿石，苏联人研发原子弹的原料足够了。后来库尔恰托夫感慨地说，在欧洲解放后的几周里，从德国缴获的铀矿石使苏联研制原子弹的进程至少节约了一年时间。
1945年5月8日，德国投降，这天恰好是杜鲁门61岁生日。上午9时，新总统发表了全国讲话：“这是一个庄严且荣耀的时刻，我真心希望富兰克林·罗斯福能够活着看到今天。”他提醒美国人民不要忘记盟军为了“让世界摆脱希特勒及其邪恶团伙”所付出的可怕代价。“我们不要忘记，身边的许多邻居所遭受的悲伤与心痛。唯有努力，唯有不懈地献身于前方的责任，我们才能偿还自己对上帝、对死者、对子孙后代的债。如果用一个词来作为未来几个月的口号，那就是努力，努力，继续努力。我们必须努力结束战争，现在我们只走完了通向胜利的一半道路。”总统最后说：“远东地区仍处在背信弃义、残酷暴虐的日本人的统治之下。只有当最后一个日本师团无条件投降时，我们的战斗任务才算完成。”
杜鲁门的讲话用时仅2分半。第二天，美国各大媒体纷纷推出了标题加粗加大的号外。《匹兹堡新闻》首先宣布：“欧洲胜利日宣告，下一个就是日本。”《哈蒂斯堡美国人》高声疾呼：“日本该为下葬时穿的和服量尺寸了。”纽约《每日新闻》标题简单明了：“一切都要结束了。”
在大洋彼岸，大英帝国首相同样发表了激情洋溢的演说。经验老到的丘吉尔显然比杜鲁门想得更远，后来他在回忆录中这样写道：“当我在欢呼的人群中走动时，看到饱尝忧患的人们正沉浸在得来不易的欢乐之中，心中却充满着对未来的忧虑和困惑。希特勒的危害以及随之而来的考验和艰难，在大多数人看来，似乎已消失在光荣的火焰之中。然而日本还没有被征服，原子弹还没有制成，世界还处在混乱之中。共同的危险这条纽带曾把伟大的盟国联合起来，今天这条纽带却在一夜间消失殆尽。在我看来，苏联的威胁已经取代了德国，但与之相抗衡的伙伴关系尚未形成。”
经过长达数年高强度的工作，丘吉尔现在已筋疲力尽。午睡的时候，他常常需要几名士兵把坐在椅子里的自己抬到楼上的卧室去。他告诉身边的幕僚：“我怀疑自己是否还有力气坚持下去。”一些内部人士认为，首相萎靡不振是因为主要的敌人消失了，“逆境最能激发丘吉尔的潜在能力，胜利却剥夺了他力量的源泉”。一些人认为，在与希特勒全力对抗了5年之后，“这位坚强的老战士的天性已经不适合平常的政治环境了”，这可能正是丘吉尔在2个月后的大选中败北的主要原因之一。在丘吉尔眼中，纳粹的威胁已被红色苏联取代，“胜利和悲剧”成为他战争回忆录最后一卷的标题。首相私人秘书约翰·科尔维尔为刚刚开启的新时代命名为“和平时期的战争”。
丘吉尔一直是面对面外交的坚定拥护者，他嘲笑电报或现代通信手段“和真人之间交流相比就像隔着一堵无趣、空洞的墙”。5月4日，丘吉尔致电杜鲁门：“在我看来，事情几乎已经不可能再以通信的方式进行下去了，因此要尽快召开三国首脑之间的会议。同时，我们必须坚守南斯拉夫、奥地利和捷克斯洛伐克的阵地，守住美军主要中间阵线上和英军阵线上直到吕贝克的包括丹麦在内的已取得的或即将获得的阵地。”丘吉尔同时希望，杜鲁门能在参加“三巨头”会议的途中经停伦敦，共同研究对付苏联的方略。
杜鲁门于5月9日回电说：“非常赞同您的意见，首脑会议将有利于着手解决三国政府共同关心的且尚未做出决定或达成谅解的问题。我很愿意这个召开三国首脑会议的要求由斯大林元帅提出，而不是由我们中的任何一人发起。至于会谈时间，在本会计年度结束之前（6月30日），我很难抽出时间离开华盛顿。但在这个日期之后，我随时都可以离开。”
德国投降后第三天，5月11日，丘吉尔再次给杜鲁门发去电报：“我想，我们应该联名或分别在同一时间向斯大林发出邀请，在彼此同意的某一未遭破坏的德国城市同我们会见，召开一次三国会议。我们不应当在苏联军队目前占领区中的任何地点会见，因为之前我们两次长途奔走去会见他。现在我不知道我国的大选将在何时举行，但我认为只要公职需要，就不应该有任何理由因这件事影响你我的行动。如果您有意在7月初到我这里，英王陛下将向您发出最热诚的邀请，您将受到不列颠民族的盛大欢迎。如果不是因为您提到的贵国会计年度的关系，我本想建议在6月举行这次会议，因为我觉得一分钟也不能轻易放过。最后我还想补充一句，通过我们最近的通信，我已经得到了一种极大的信心。”
在12日发给杜鲁门的另一封电报中，丘吉尔陈述了担忧。丘吉尔开门见山地说：“我非常担心欧洲局势。我得悉美国在欧洲的航空部队已有半数开始移往太平洋地区，报纸上满版都是美军从欧洲大批开拔的消息。我们的军队按照以前拟定的办法，很可能也要有大幅度裁减。加拿大军队也确定要撤走，法国人的薄弱力量不足以应对目前的复杂局面。任何人都看得出来，我们在欧洲大陆上的武装力量，除了留下少量部队用来管制德国，将在很短时间内消失。由此留下的军事真空很可能被东方的极权势力利用，一道铁幕正在他们的边境落下！总之，在我们的力量还没有完全消散之前，跟苏联人协商解决问题，在我看来，这是压倒一切的当务之急。”“铁幕”一词，就是丘吉尔此时提出来的。丘吉尔清楚，如果美国把军队撤往远东或本土，让筋疲力尽的英国在欧洲独自面对坚如磐石的苏联，斯大林只会更加强硬。“我现在最怕他拖延时间，等到我们的军队解散时，他就可以留下来在欧洲称霸。”丘吉尔对美国新总统的活力和决策能力刮目相看，也对他在欧洲事务知识方面的极度贫乏而烦恼，“最近一段时间是由致命的停滞和悲哀的空白组成的”，他形象地比喻自己和杜鲁门的处境是“一个无能为力，一个一无所知”。
杜鲁门的效率显然颇高，他在当天就做出了回复：“我还是很希望能由斯大林来提议开会，并且希望由我们的大使去劝他做出这项提议。在我看来，为了避免任何有关我们‘伙同一气’的嫌疑，我们分别前往会晤地点是较为有利的。等会议结束以后，如果国内工作容许，我将十分高兴去访问英国，和您充分讨论涉及我们共同利益的问题。”
5月13日，丘吉尔致电杜鲁门：“对三国首脑会议，我希望越快越好，并且在哪里开都可以。在这种情况下，我认为我们应该设法将会议放在6月举行，并且希望不要因为你们的会计年度而把它推迟。我十分希望你随后能到英国来。我同意让我们的大使尽力去劝斯大林来发起开会，我们当照此发出指示。我很怀疑他是否会同意。正当我们的力量冰消雪化之时，他却在巩固自己的地位，时间对他们是有利的。”
在华盛顿，莱希上将5月14日向总统建议说——他当然没看过首脑间的来往通信——应当尽早安排一次与丘吉尔和斯大林的会晤，设法解决欧洲出现的危机，同时落实好打败日本的作战方略。莱希指出，自己2月离开雅尔塔时心里就很不踏实。“更不幸的是，时间才刚刚过去3个月，形势已经恶化到比我最悲观的估计还要危险得多的地步，”莱希在回忆录中这样写道，“美、英、苏以及其他小一些的盟国正在走向分崩离析，德国崩溃的速度远远超过预期，以至于盟国都没做好准备去填补一个大国消失后出现的政治真空。”不过莱希私下认为，由外交经验极度缺乏的新总统主动提出召开“三巨头”会议，是一个相当冒险的举动。
5月23日，杜鲁门分别向英国和苏联派出了特使。出使伦敦的是前美国驻苏联大使约瑟夫·戴维斯，派往莫斯科的是哈里·霍普金斯。两位特使将代表总统分别与丘吉尔和斯大林会面，就最近大家共同关注的国际问题以及召开“三巨头”会议的具体事项进行沟通。早在杜鲁门宣誓就职后第四天，4月16日，霍普金斯向总统提出将在5月12日辞职的请求。像当初挽留莱希那样，杜鲁门劝他再坚持一段时间，自己非常需要他的帮助。现在，病魔缠身的霍普金斯奉命飞往莫斯科，去完成最后一次重大使命，说服斯大林同意在7月举行一次首脑会议。
霍普金斯和苏联人的深厚友谊是有目共睹的，以至于在他1946年病逝之后，还被一些美国人怀疑为苏联安插在美国的代理人。本次出访结束时，斯大林派人给霍普金斯送来了很多昂贵的礼物，精美毛皮、纺织品、珠宝，应有尽有。苏联人劝陪同出访的霍普金斯夫人路易斯把她想要的东西都带回美国。但对行为不当类指控很敏感的霍普金斯要求夫人把大部分东西退了回去。路易斯接受了一块质朴的乌拉尔次等宝石，他本人要了两罐鱼子酱。
5月26日，霍普金斯在克里姆林宫见到了斯大林和莫洛托夫，双方的会见正如预料的非常融洽。霍普金斯向杜鲁门汇报说，苏联人仍然愿意遵守他们在雅尔塔会议上做出的承诺。在总共7次中的第三次会晤中，斯大林主动提到了日本问题。他告诉霍普金斯，苏联向远东集结兵力的行动将在8月完成。但如果盟军坚持要求日本无条件投降，那他们就会战斗到底，不得不像粉碎德国那样去粉碎他们。如果日本人愿意投降并争取较为宽大的条件，那么盟军最好能放弃业已宣布的要他们无条件投降的政策，准备接受另外一种投降形式，从而在实质上收到通过无条件投降所能获得的效果。斯大林向霍普金斯透露，“日本高层的某些人”正在进行“和平试探”。从时间看，此时广田弘毅尚未走访马立克。
5月28日，霍普金斯从莫斯科向华盛顿发出了一份长电，要总统不必再为苏联人“担忧”。斯大林说对“满洲”和新疆没有领土野心，红军为打击日本而进入的地区，都会尊重中国的主权，红军也欢迎蒋介石的部队一起进入“满洲”，同意由美、英、中、苏共同行使对朝鲜的托管。斯大林说，在柏林郊区举行一次会议是适宜的，他愿意在任何时间欢迎好朋友杜鲁门和丘吉尔的到来。
杜鲁门给霍普金斯回电说，他认为7月15日开会是合适的。同样内容的电报6月1日被发往伦敦，丘吉尔立即答复说，将很高兴带领英国代表团到柏林去，但总统提议的7月15日对要求彼此注意的紧迫问题来说，实在太晚了。他在电报中说：“虽然我正处于火热的竞选活动之中，但我并不认为我在这里的任务的重要性可与我们三人之间的会晤比拟。如果6月15日不可能，为什么不在7月上旬，1日、2日或3日呢？”杜鲁门不愿做出让步，因为只有到那个时间才能完成原子弹的首次爆炸试验。如果试验能够成功，美国人就可以坐在会议桌边打出“王牌”了。最后三方一致商定，7月15日在柏林郊区的波茨坦举行代号“终点站”的高峰会议。后来一系列事实证明，这一代号的确名副其实。
杜鲁门内心并不想去参加这次会议，但包括贝尔纳斯、莱希、马歇尔在内的几乎所有重要幕僚都怂恿他去。欧洲的一揽子问题需要通过会议解决，对如何结束亚洲战争的问题同样应该给予高度重视。杜鲁门认为，在波茨坦需要解决的最迫切问题不能在会议上讨论，而需要在私下里会见斯大林，说服苏联尽早加入对日战争，即使现在已经知道那种可怕的新武器即将问世也是如此。
美国人还准备在会议上发表一份呼吁日本投降的共同宣言。宣言草案是在一个曾致力于阻止战争爆发的职业外交家约瑟夫·格鲁的倡导下拟出的，具体执笔人是国务院远东问题专家尤金·杜曼。
杜曼的父亲出生在大阪，担任过奈良教会学校的校长。杜曼的童年时代是在日本度过的。他先是在九段的晓星小学读书，毕业后就读于奈良郡山中学，一直到13岁才回到美国。1932年前后，他应格鲁的邀请到美国驻东京使馆工作，一直到开战后随格鲁一起被交换回国，可以说是美国一流的“日本通”。杜曼起草宣言的核心内容是，以保留天皇为条件，促使日本人尽快投降。
这份重要文件早在5月5日就拟出了，此即后来《波茨坦公告》的基础。“超级空中堡垒”轰炸东京引起大火的报告使格鲁大吃一惊，他担任过长达10年的美国驻日大使，对那个最终将他驱逐出境的国家有着一种常人无法理解的特殊感情。5月28日，他以代理国务卿——斯退丁纽斯正在参加旧金山会议，贝尔纳斯尚未上台，作为助理国务卿的格鲁暂时主持国务院的工作——的身份找到了杜鲁门，将杜曼草拟的文稿拿给总统看。格鲁请求总统发一文告通知日本，美国不想使它完全毁灭，无条件投降并不意味着终结天皇制。格鲁强调，如果没有这个条件，日本是不是会投降很值得怀疑。这种承诺或许能加强东京主和派的力量，甚至可能让裕仁直接做出决定。天皇必须在战争最后阶段发挥一定作用，因为只有他才拥有要求所有本土和海外的日军放下武器的权力，这种影响应该被充分利用起来，它或许能够挽救我们数万名甚至数十万名战士的生命。最后格鲁说，国务院远东问题专家杜曼、约瑟夫·巴兰坦、乔治·布莱克斯利等人都支持这一观点。大家的一致意见是在5月31日发表，越早越好。
杜鲁门告诉格鲁，自己已经认真考虑过这个问题，这似乎是一种“真知灼见”。但他要格鲁先不要急于发表，在做出最后决定之前，先与陆海军高层沟通一下，听取他们对此事的意见。
格鲁对说服史汀生和弗雷斯特尔很有信心。早在5月1日的一次国务院、陆军部、海军部首脑联席会议上，弗雷斯特尔就对两位同侪说：“现在，的确到了我们对在远东的政治目标进行彻底研究的时候。”鉴于斯大林在东欧的一系列做法，三人对苏联在远东的渴望有所警觉也就理所当然。弗雷斯特尔指出：“我们是否想要制衡他们的影响？制衡点应该在中国还是日本？”三人一致认为，如果选择后者，美国必须拿出一份计划，重建日本的经济能力和区域地位。
正是有了上次会议的铺垫，5月29日上午在五角大楼史汀生办公室召开的会议上，陆海军部长一致承认“颇喜欢格鲁的这个想法”，马歇尔也表示原则上赞同这份文件。金上将因为有事没有出席这次会议。史汀生强调，公告如何措辞，应该根据原子弹的试验结果而定。几个人讨论了杜鲁门是否应该发表一次讲话，澄清“无条件投降”的具体含义，其核心问题是如何处理战后日本皇室的地位。会议最终得出的结论是，现在发表有点早了。冲绳岛上的战斗正在激烈进行，这时发表声明，恐怕会使日本人误认为美国是在示弱，使岛上日军负隅顽抗。
格鲁显然有点失望，但并未放弃努力。6月18日9时30分，他再次找到杜鲁门，希望总统考虑将文件与攻占冲绳的公告一并发布。杜鲁门虽然承认格鲁的想法很好，但还是决定在即将召开的三国首脑会议上发布这份公告。
就在格鲁找总统讨论公告的5月28日，目标委员会第三次会议在五角大楼4E200会议室召开。9时整，格罗夫斯少将、法雷尔准将及其他委员会成员鱼贯进入会议室，一名军官关上门后呈上了“目标情况介绍”。厚厚的文件夹里装着备选目标的大比例尺地图、航拍照片、相关数据，最后是一份详细的海空搜救方案，谁都不敢保证任务在执行过程中不出任何差错。
除了以往的那些参会人员，会场出现了两张新面孔。原子弹攻击计划的制订者弗雷德里克·阿什沃斯海军中校，就是2月中旬飞往关岛向尼米兹上将汇报原子弹的研制情况并申请协调起飞机场的那位。另一张新面孔来自陆军第二十航空队，负责炸弹投掷的独立第五〇九大队大队长保罗·蒂贝茨上校。本来还应该有第三张新面孔的，蒂贝茨的部下雅各布·贝塞尔中尉——他是陆军航空队顶尖的雷达专家——原本也要来，由于蒂贝茨周末放了他一天假，让他去找巴尔的摩的老伙计们玩耍，贝塞尔因为火车晚点迟到了5分钟，被挡在了会议室门外。接待处一名很漂亮的女军官告诉他：你肯定找错地方了，区区一名小中尉不可能被邀请参加“有那么多高级军官和科学家”出席的重要会议。
在仔细研究了一大堆地图和航拍照片之后，与会者发现，第一候选目标京都出现了新情况：城内的一座喷漆厂已经转产炸药，另一座人造纤维厂可能在生产硝酸纤维。这座城市的工业区面积多达245.7万平方米，预定弹着点——梅小禄货场圆形车库以西1500米范围内有4座工厂。火车站以西3200米处有一座新建厂房，可靠情报显示那里每月可以生产400台飞机引擎。第二候选目标广岛的条件也非常理想，它“南北长4英里、东西宽3英里”，面积适中，各兵种指挥部、数不清的军需仓库及25000名陆军士兵使它成为一座不折不扣的“军事城市”。数学家约翰尼·纽曼博士——他后来被称为“计算机之父”和“博弈论之父”，据说有过目不忘的天赋，6岁能心算八位数以内除法、8岁精通微积分、12岁就读懂并领会波莱尔大作《函数论》的要义——经过一番计算后提出，这座城市的唯一瑕疵是城郊周围的山脉稍远，在增强轰炸效果方面恐怕不能令人满意。会议最终确定，将以下5座城市列为候选攻击目标。
京都：日本古都，市内有大片工业区，人口约100万。“由于其他城市相继遭到空袭被毁，大量人口与军工工业正在陆续迁往这里，使之成为日本战时最重要的兵工生产中心。城市够大，足以保证炸弹破坏地区不会超出城市范围。从心理角度看，京都的优势在于它是日本的思想文化中心，当地居民更容易认识到新武器的含义”。
广岛：城市大小完全适合投弹，恰好属于“可以被大规模破坏”的那种规模，“城郊的多座山丘可以发挥集聚效应，从而显著增大爆炸的损害”。尽管市中心的许多建筑用强化混凝土建成，但郊区的商铺和住宅大多数属于木质结构。这里是日本陆军最重要的军运港口，也是海军护航舰队的集结点，畑俊六元帅第二总军司令部的所在地（杉山元第一总军司令部设在东京，由此可见广岛地位之重要）。从中日甲午战争开始，日本历次对外用兵相当一大部分的地面部队，都是从市区的宇品港登船出发，因此市内建有规模巨大的军需品仓库和军用码头，城东还有铁路中转枢纽和船舶维修等设施，其重要军事意义足以减轻因原子弹对30万居民的可能影响而给人带来的良心不安。还有一点，据说这里没有关押盟军战俘，事后证明这一判断完全错误。
横滨：至今仍算完好的重要工业城市和港口，其工业涵盖飞机制造、电气设备、石油精炼等多个方面。
小仓：拥有日本最大的兵工厂，是生产炮弹、轻武器、防空武器、反登陆装备的重要生产基地。城市工业发达，拥有铁路车辆厂、机械工厂和发电厂。但这座城市的知名度不高，几乎没什么政治影响。
新潟：具有一定战略地位的港口城市，“随着其他港口相继被毁，新潟港显得越发重要”。市内的炼铝厂、钢铁厂、炼油厂和油港码头都是值得攻击的目标。新潟的缺点是，距美军的出击基地提尼安岛比其他城市远。正因为此，美军实际发起的两次攻击都未将新潟列入备选名单。
虽然现阶段雷达瞄准已足够精准，但格罗夫斯坚持认为，原子弹还将在晴朗天气下以目视投掷，这样就可以从空中看到核爆的全过程并实施拍照。由于上述城市彼此相距甚远，即便天气各不相同，也可以保证至少一两个目标的天气符合攻击条件。至于谁能最终获得原子弹的“光顾”，完全由行动当日的天气决定。
会议室外，迟到的贝塞尔仍在焦急等待，他猜会议结束后大队长肯定会揍自己一顿。不知道过了多久，会议室里走出一名少校军官，直接来到了他的身旁：“你是贝塞尔中尉吗？”贝塞尔回答说“是”。“那你还坐在这里干什么？”少校呵斥道，“里面正找你呢！”贝塞尔走向会议室时，还没忘记示威式地对阻拦他的那名女军官笑笑。
贝塞尔还没来得及小声向大队长解释迟到的原因，法雷尔准将就让他解释一个专业问题。攻击行动拟请海军出动一艘潜艇到日本海岸5公里之外，发射一种叫“罗兰”的波束协助飞机接近目标。一旦飞机出现意外，波束还可以引导B-29飞向潜艇寻求海上救援。法雷尔问这种方法是否可行。贝塞尔回答“不行”。他认为潜艇不可能固定在近海的某一个地方，潮水会将它拉跑。发射波束只能在海面上进行，贝塞尔拿起粉笔在黑板上潦草地写下了几个数字和希腊字母——他是约翰斯·霍普金斯大学机械工程专业的高才生——用一个物理学等式证明自己的观点，“潜艇绝无可能浮在日本近海5公里而长时间不遭到攻击”。会议接受了这位迟到的小伙子的观点。
在会后发往关岛第二十一轰炸机部队的紧急命令中，上述5座城市被排除在攻击目标之外。美国人的目的非常明显：让它们远离李梅的火攻，留下来别碰，保持完整，这样就可以让原子弹一击摧毁。
就在目标名单初步确定的第二天，5月29日，李梅出动454架B-29向横滨投下了2000吨燃烧弹，摧毁了包含79017栋建筑在内的42%城区。由于时差，李梅还没接到有关城市不得实施常规轰炸的命令。横滨显然失去了攻击价值，格罗夫斯只好“含泪”将它从名单上划掉。陆航司令部再次严令李梅不得违反规定，擅自轰炸留给原子弹一显身手的目标。后来由于陆军部长史汀生不愿意轰炸京都，另一座城市于7月24日登上了末班车，它的名字叫长崎。
就在格罗夫斯召开会议的同一天，5月28日，在美国南卡罗来纳州的斯帕坦堡，即将出任国务卿的贝尔纳斯家中——日本人则叫私宅——来了三位不同寻常的客人。领头的是匈牙利籍科学家西拉德博士，就是6年前和爱因斯坦一起写信劝罗斯福研制原子弹的那位。另两位，一位是芝加哥大学副校长沃尔特·巴特基博士，一位是哥伦比亚大学教授哈罗德·尤里博士——1934年诺贝尔化学奖得主，“氘”的发现者，在“曼哈顿工程”中主要负责铀分离项目。
原子弹研制工作不断深入，越来越多有良知的科学家心中的不安和恐慌情绪与日俱增。他们知道这种新武器具有毁灭人类和地球的强大威力，希望原子能可以造福人类，而不是用于军事目的去一次性杀死数不清的人。政治家和军人往往是冷酷无情的，尼尔斯·玻尔起初和西拉德一样呼吁美国尽早研发原子弹，现在他认为德国人不可能提前造出这种武器，用常规武器就可以将他们打败。早在1944年6月15日，玻尔就到唐宁街10号拜访了丘吉尔。这位丹麦物理学家知识丰富，却实在不擅长辞令。丘吉尔听他讲了半小时，生气地问带他进来的私人科学顾问查韦尔勋爵：“他到底在说什么？是政治，还是物理？”丘吉尔很生气浪费了这么多时间，那边诺曼底登陆有一大堆事情等着他去研究呢！
丘吉尔不行，就找罗斯福，现在能起决定性作用的就这两人。1944年8月26日16时，玻尔被带进了白宫的椭圆形办公室。科学家啰唆了一个半小时才勉强进入正题，但前一天他儿子艾格——也是一名物理学家——为父亲精心准备的7页纸备忘录还是把问题讲清楚了。它呼吁这样一件事必须给予刻不容缓的重视：拥有这种炸弹毫无意义，除非在适当时候达成某种协议，控制使用这种新型放射性材料，否则任何暂时性优势——无论它有多么巨大的威力——都迟早会被对于人类安全的永久性威胁抵消。玻尔最后说：“立即采取以下行动将受益无穷，即在无碍于当前军事目的的前提下，一项旨在预防可怕核竞争的提议将能杜绝大国之间彼此猜忌的根源，未来几代人的命运完全依赖于大国之间的携手合作。”
罗斯福明显比丘吉尔斯文，他说自己和玻尔一样对原子能的前景非常乐观，他将在随后召开的魁北克会议上与英国首相商讨此事。但后来罗斯福显然被丘吉尔说服了，两人甚至派出特工对玻尔的行为进行调查。罗斯福去世之后，玻尔辗转找到杜鲁门，建议他不要使用原子弹，只拿它吓唬吓唬日本人，敦促放下武器就可以了。杜鲁门认为玻尔的话纯属“书生之见”。
当年那个跑前跑后替西拉德和爱因斯坦送信并说服罗斯福启动“曼哈顿工程”的银行家萨克斯也后悔了，他现在和玻尔的意见一致。1944年12月，萨克斯到白宫拜访了总统，据说与罗斯福谈了很久。由于没有第三个人在场，谈话的内容不得而知。萨克斯后来回忆说，总统同意如果第一次试验成功，就邀请同盟国和中立国的科学家共同进行第二次试验，也可以请德国人和日本人列席，让他们看看这种武器到底有多牛。如果他们还不投降，即刻撂弹予以歼灭。先礼后兵，从道义上也站得住脚。但罗斯福不久就去世了，萨克斯的说法无法得到印证。一些萨克斯的朋友根据他的人品判断，他的话有很大可能是真的。
随着诺曼底登陆之后盟军在欧洲战场的节节胜利，德国并未成功制造出原子弹的事实变得越发清晰。更多科学家开始相信，盟军根本无需核武器就能获得胜利。他们向高层建议停止“曼哈顿工程”，反对向最后一个还没投降的国家——日本投放原子弹。因为1945年日本在物理学理论和科技方面并不先进，既然他们不可能制造出这样的武器，美国人就不该用这样的武器去攻击他们。这一问题的提出相当于把政治和物理提升到了科学治国的高度。科学家中的大部分人都属于性格倔强的一根筋，来自英国团队的37岁波兰流亡工程师约瑟夫·罗特布拉特在得知德国并无核武器后立即提出了辞职，“我继续待在洛斯阿拉莫斯的所有目的都已经不复存在了，因此我恳请允许我离开并回到英国”。战后，罗特布拉特一直在为消除核武器的威胁奔走呼号，1995年被授予诺贝尔和平奖。
科学家中反水最彻底的当数最早提议开发原子弹的西拉德。1945年春天，他已经变成了一个彻底的和平主义者。为争取罗斯福的支持，他于3月25日再次前往普林斯顿大学找到了爱因斯坦，就像1939年他做过的那样。爱因斯坦在给总统的信中写道：“从事秘密核试验的科学家和您那些负责制定政策的政府官员之间，缺乏足够的沟通，西拉德博士对此甚感不安。世界局势已经改变，我们曾以为理所当然的事情，如今证实并非如此，且不再是相关的理由。美国利用核武器可能获得的任何短暂的军事优势，都会被政治与心理上的损失以及对美国声誉的损害抵消，并可能触发一场世界性的核武器竞赛。”
西拉德担心直接找总统，人家罗斯福不见他，就把信交给了埃利诺。第一夫人约他5月8日到白宫与总统会面。在给总统的一份长篇报告中，西拉德预言今后40年世界将面临新的危险，高度城市化的美国较之中心城市人口稀疏的苏联，更易遭到原子武器攻击，美苏的核竞争将导致一场先发制人的战争。4月12日，西拉德来到埃卡特办公大楼208号办公室，将准备呈送总统的报告拿给亚瑟·康普顿过目，这位1927年诺贝尔物理学奖得主、芝加哥大学冶金实验室主任、与费米等人协作建起人类第一台核反应堆的科学家，完全支持西拉德的做法：“我希望你能让总统看到它。”西拉德还没来得及高兴，康普顿的助理诺曼·希尔伯里就进来报告一条刚刚从广播中听到的惊人消息：“罗斯福总统去世了。”
西拉德非常沮丧，决定去找新总统，不达目的誓不罢休。他通过一个曾经在彭德格斯特——民主党领袖汤姆·彭德格斯特是杜鲁门走向政坛的领路人——集团工作过的年轻数学家介绍，与新上任的白宫日程秘书马特·康纳利见了面。但是杜鲁门不愿意接见西拉德，他实在不想去听那些晦涩难懂的枯燥内容。之前连史汀生和格罗夫斯这些只和科学家接触过的人的报告他都看不下去，更不用说去听一位真正科学家说出的话了。他让康纳利带话给西拉德，希望他把自己的想法先去跟贝尔纳斯谈谈。
西拉德当晚就叫上了巴特基和尤里，一起登上了去往斯帕坦堡的火车。对政治一窍不通的西拉德实在想不通，总统为什么让他跑那么远去见一个年迈的南方政客。西拉德当然不会知道，那人即将出任国务卿。他还不知道的一个事实是，他的行为已经引起了与他一向交恶的格罗夫斯的高度重视乃至愤怒，他已经派出6名特工24小时换班跟踪监视西拉德的所有行动。
西拉德与贝尔纳斯的对话一开始就极不愉快。科学家告诉贝尔纳斯，自己在许多个不眠之夜都在思考“试验与使用原子弹的合理性”，其他一些国家也在努力开展核计划，几年内就会拥有自己的核武器。眼下最紧迫的危险可能是，原子弹的“亮相”会引发美苏之间的核武器竞赛，并且可能因此灭绝全人类。随后他呈上了一份自己手写的备忘录，指出核军备竞赛的危险性只有那些“在相关工作中有亲身体验的人，也就是少量积极参与其中的科学家”才能准确理解。他建议成立一个科学委员会，为总统提供核政策方面的建议。言外之意就是，你们这些人不懂科学，要根据我们专家的意见进行决策。
对西拉德这种政治领导人不配做原子弹方面决策的说法，贝尔纳斯简直嗤之以鼻。西拉德的话也许戳到了他的痛处。贝尔纳斯出生于一个贫苦的农民家庭，14岁就辍学打工，通过大半生的不懈努力才有了今天的地位。这样的人通常忌讳别人说他没文化，尽管西拉德的话很可能并不是针对他，也可能根本就不知道他“没文化”。贝尔纳斯说，原子弹是军事武器，同时也是政治武器，可以为美国对付越来越不守规矩的苏联人提供绝对优势。原子弹代表美国的力量高于他国，“我们挥舞挥舞原子弹，就会使苏联人更加顺服”。贝尔纳斯坚信原子弹会击败日本，同时阻止苏联在亚洲和欧洲的势力扩张。两人的谈话异常别扭，彼此思路根本不在一个频道上，用俗话说就是“鸡同鸭讲”。
“格罗夫斯将军亲口告诉我，”贝尔纳斯完全不赞同西拉德所说苏联很快就能赶上来的观点，“他们没有铀矿。”西拉德立即反驳说，苏联国内的确缺少高品质的铀矿，但他们拥有捷克斯洛伐克的小规模富铀矿，另外几乎可以肯定他们能够得到大量的低纯度铀矿，短时间内制造出原子弹完全没有问题。
“如果不能给他们展示花掉那么多钱取得的成果，你要怎么说服国会调拨资金用于原子能研究，又如何向纳税人交代我们已花掉的钱？你是匈牙利人，不会想让苏联人无限期留在匈牙利吧？”西拉德无言以对，他哪里考虑过这些复杂的政治问题？贝尔纳斯问西拉德对奥本海默的印象如何。后者回答“非常钦佩”。贝尔纳斯转向尤里：“几天之后，奥本海默将在华盛顿参加一个由陆军部长史汀生主持的重要会议，你们是否放心？”尤里说，有他参加，我们就放心多了。
会谈不欢而散。坐火车返回的路上，西拉德想，假如他是一个美国政治家，而贝尔纳斯是匈牙利物理学家，世界可能会变得好一点儿，“那样既不会有原子弹，也不会有军备竞赛的风险”。他后悔当年向罗斯福建议研发原子弹了。
送走客人的贝尔纳斯却非常开心，“西拉德的风度举止，还有他想要参与政策制定的强烈欲望，都给我留下了很恶劣的印象”。贝尔纳斯根本没工夫跟这些“无聊的人”闲扯，他要立即赶往华盛顿，参加他刚才说的那次重要会议。
尤里说放心，但西拉德不放心。他没有回芝加哥，而是到华盛顿找到了奥本海默，直接向他提出向日本城市投掷原子弹是极端错误的，这将引起苏联人对核威力的高度关注。
“原子弹就是个骗人的玩意儿。”奥本海默不以为然地说。
“你这话什么意思？”西拉德问。
“原子弹是一种没有任何军事意义的武器，它只会给人以强烈的刺激——非常强烈的刺激，但它不是在战争中能起作用的武器，”奥本海默解释说，“苏联人不会为此吃惊，他们会被告知美国向日本城市投放原子弹的意图。”
两人的争论毫无结果。西拉德明白，他根本不可能说服奥本海默。正如贝尔纳斯想向国民和国会证实那些钱没白花一样，奥本海默对原子弹投入了太多精力，他想通过轰炸日本来显示自己取得的“显赫成就”。
最近一段时间，美国陆军部长心力交瘁。他胸口疼痛且睡眠很差，夫人梅布尔又不慎摔了一跤，伤势看上去不轻，但史汀生不能留在家中照顾夫人，他担负着一项极其重要的任务：根据总统的指令成立临时委员会，研究与原子弹有关的所有问题，为领导决策提供建议。除了他本人和总统指定的私人代表贝尔纳斯，这个委员会还有以下成员：陆军部长特别助理、纽约人寿保险公司总经理乔治·哈里森；主管经济工作的助理国务卿威廉·克莱顿；海军部副部长拉尔夫·巴德；总统科学顾问、科学研究发展局局长、华盛顿卡内基学会主席万尼瓦尔·布什博士——他被誉为美国科技管理体系的奠基人，掌管政府的所有科学活动；国防研究委员会主席、哈佛大学校长詹姆斯·科南特博士；科学研究发展局地方服务部主任、麻省理工学院院长卡尔·康普顿博士——卡尔的父亲伊莱亚斯·康普顿是伍斯特学院院长，大弟弟威尔逊·康普顿是华盛顿大学校长，小弟弟亚瑟·康普顿是圣路易斯华盛顿大学校长，一门四校长即使在美国也非常少见。陆军中尉戈登·阿内森被任命为委员会秘书，负责会议记录和资料保管，他战后曾出任国务卿迪安·艾奇逊的核问题顾问。
临时委员会下设一个由四人组成的科学顾问团。团长由奥本海默亲自出任，另外三人是1938年诺贝尔物理学奖得主、芝加哥大学教授恩里科·费米博士，1927年诺贝尔物理学奖得主、刚刚提到的那个卡尔·康普顿的弟弟亚瑟·康普顿博士，1939年诺贝尔物理学奖得主、加利福尼亚大学伯克利分校放射实验室主任欧内斯特·劳伦斯博士。令人大惑不解的是，尽管手下有很多人获得过诺贝尔奖，但奥本海默本人没能拿到。当初任命他为洛斯阿拉莫斯实验室负责人时，很多人因此提出过异议，都被格罗夫斯断然否决。
5月31日8时40分，史汀生摇摇晃晃地来到了办公室。他在当天的日记中写道：“一夜都没睡好，感觉不佳，打不起精神来。”不过今天他必须振作起来，主持召开临时委员会和科学顾问团的第四次全体会议。之前他们已经在5月9日、14日、18日召开过三次会议。在9日召开的第一次会议上，史汀生强调了委员会面临着严峻挑战：“先生们，我们的责任是提出可能会改变人类文明进程的行动建议，这点非常重要。不能仅仅把原子弹当作一种新式武器，这是人类与宇宙关系的一次革命性变化，它很可能意味着现代文明的末日。”
马歇尔和格罗夫斯作为军方代表出席当天的会议。“诸位，”史汀生致开场白，“我们的新武器即将研制成功，不久就将进行试爆，其破坏力将是前所未有的。今天，我们要面对的首要事实是战争，我们最重要的任务就是要尽快结束战争。可以设想，新武器会使我们拥有压倒一切的力量。用我们拥有的最大智慧来运用这个力量，是在座各位肩负的重大使命。现在摆在我们面前的最重要的问题是，使用这种新式武器，从长远历史观点看会产生什么影响。新武器可以用来完善国际文明，也可以转变成一个‘弗兰肯斯坦’。”弗兰肯斯坦是英国女作家玛丽·雪莱的小说《科学怪人》中的人物，他创造了一个怪物，自己最终被它毁灭。
奥本海默率先说：“科学家仍不能确定原子弹的威力，爆炸当量可能相当于2000至20000吨TNT炸药，它带来的视觉效果会非常壮观，冲击波会带来一道1万至2万英尺的耀眼光芒，爆炸会危及至少2/3英里半径范围内的一切生命。这是对付密集部队或兵工厂的理想武器，一次爆炸预测可能造成2万人死亡。”
史汀生大吃一惊，他说新武器的目的是摧毁军事目标，而不是平民的生命。之前李梅的B-29对东京的燃烧弹攻击造成大量人员伤亡，使史汀生非常生气。
考虑到研制原子弹耗费了巨额资金，美军空袭给敌人带来惨重伤亡已习以为常，以及登陆日本遭遇顽强抵抗势必带来的巨大伤亡，会议是在这样一种想当然的气氛中进行的：原子弹是一种合法武器，厌战的美国人希望早日使用它，在谈判桌上削弱苏联人的锐气并促使日本人尽快投降。格罗夫斯显得比任何人都更加激动，他认为投放原子弹完全没必要顾忌那么多问题，关键是要尽快。海军部副部长巴德对使用这种炸弹感到担忧，但没有坚决表示反对，他内心倾向于投弹前给予警告。后来他在写给史汀生的一封信中解释说：“这一考虑，主要是出于美国作为人道主义大国的地位以及我们人民的公平竞争精神。”卡尔·康普顿在备忘录中写道：“当时的情形，就像使用原子弹已成为定局似的。”
马歇尔不反对使用原子弹，但他不愿用自己的威望去影响委员会，于是便说自己也希望用不着投放原子弹就能赢得战争，因为过早使用会把美国拥有的新实力暴露给苏联人，从而降低原子弹在战后的威慑作用。接下来众人重点讨论了如何对付苏联人的问题。布什和科南特认为，苏联至少需要4年时间才能研制出这种武器，卡尔·康普顿认为要6年，格罗夫斯则认为需要20年以上。
13时20分，会议暂停，众人一起到会议室对面的一个餐厅吃饭。劳伦斯博士问坐在左手边的史汀生，是不是可以搞一次非军事示威，吓唬吓唬日本人。“如果他们因此缴枪投降，就可以取得和投弹一样的效果。”阿瑟·康普顿在1963年出版的回忆录《原子之探索》一书中说，这个建议是他提出来的，当时他就坐在史汀生的另一边。
大家边吃饭边讨论劳伦斯提出的问题。如果预先宣布新武器要投放在日本的某个偏僻地方，敌人就会提前出动战斗机拦截，携带原子弹的飞机很可能被击落。还有，原子弹爆炸的情形目前不为人知，即将在沙漠进行的试爆是静态的。即使试爆能够获得成功，谁又能保证B-29投放的那颗炸弹就一定会爆炸？如果在向日本人发出警告后投下的是一颗哑弹，只会让敌人的士气更加高昂，增强他们孤注一掷、战斗到底的决心。如果放在中立地带进行试验，狂妄的日本人很可能认为那是假的。如果在日本上空试验而又不能迫使敌人投降，那么不仅会丧失出其不意的有效打击机会，还会促使日方做好抵御原子弹攻击的一切准备。
还有一个不能被忽略的事实，美国没有多余的原子弹可供浪费。除了用于沙漠试验的那颗，剩下来能立即投入使用的仅有两颗。史汀生后来回忆说：“我们没有多余的炸弹，必须利用手头的这点儿东西迅速充分地达到效果。”卡尔·康普顿的回忆是：“讨论结果很明显，没人能提出这样一种方案，仅凭一次演习就能有效地结束战争。大张旗鼓地演习，若造成这样的后果（指哑弹），那还不如不演习。”劳伦斯也回忆道：“奥本海默想不出足以使日本人放弃抵抗的演习方式，只能选定一个实际建筑群作为实战攻击目标。”
贝尔纳斯——他是在老家一结束和西拉德等人的辩论就连夜赶过来的——令人沮丧的一席话，结束了餐桌上本就意义不大的讨论：“日本人如果得知原子弹将在某一地点投放，就会提前把我们的战俘和同胞带到那里。”所有人都清楚，虽然贝尔纳斯的身份是杜鲁门的私人代表，但他的话很可能代表了总统本人。
顾问团的四名成员承认，虽然在科学家中存在不同的观点，但似乎“我们无法拿出任何足以结束战争的技术展示，除了直接用于实战，我们找不到其他可接受的选项”。持续两天的冗长会议最终形成了以下结论：
一、应该尽快对日本发起原子弹攻击。
二、袭击不针对居民区，但必须对尽可能多的平民产生深远的心理影响。最理想的目标是一座拥有众多工人，附近有工人住房的极其重要的兵工厂。
三、事先不发出警告。
贝尔纳斯深知本次会议的重要性。1日下午的会议结束之后，他直接前往白宫椭圆形办公室，将会议情况向杜鲁门做了详细汇报。之前他提醒过总统，这种武器具有实施外交讹诈的巨大潜在用途。美国如果愿意，尽可以随心所欲地把它投掷到任何地方，“它能使我们处于一种在战争结束时发号施令的地位”。杜鲁门对会议最后形成的结论表示赞同。按照贝尔纳斯的说法，“尽管有点勉强，他还是不得不承认除此之外别无选择”。后来贝尔纳斯在回忆录中说，杜鲁门接受这个观点完全出于他的敦促。好像干这事有多光荣似的，别人想推还推不掉呢！
一直到5天之后，史汀生才就临时委员会的讨论结果向总统做了正式汇报。他同时指出，会议建议在对日轰炸成功前不向苏联人透露任何信息。如果总统要在即将召开的“三巨头”会议上提到这项计划，如何处理？杜鲁门说，自己之所以把首脑会议日期推迟到7月15日，就是为了给格罗夫斯和奥本海默在沙漠举行的第一次试验留出宽裕的时间。史汀生感到稍稍轻松了一些，但时间依然是紧迫的。万一试验被拖到7月15日之后或者失败，那些恣意妄为的苏联人就更难对付了。史汀生对李梅实施无差别燃烧弹攻击本来就持有异议，现在又要去投放一次杀死这么多人的炸弹，心中着实有些不安。但他知道，公开反对使用原子弹只能得到极少数人的支持。
在芝加哥大学，回到冶金实验室的西拉德发现到处是都是争论之声。和他一起去游说贝尔纳斯的巴特基博士被格罗夫斯叫去臭骂了一顿——这位飞扬跋扈的工程兵少将训斥诺贝尔奖获得者就像训斥幼儿园大班的孩子一样——并要求亚瑟·康普顿就西拉德等人的“出轨行为”写出书面检查。一向彬彬有礼的亚瑟·康普顿在长达4页的辩解书中说：“科学家们的举动，是因为他们对国家的责任心要胜于对军队的责任心。他们要宣传自己的主张，力争使这种新能源得到合理应用。他们不大相信那些决定国家政策的人能够认真考虑原子能的广泛应用问题。他们既要对公众负责，又要对得起自己的良心！”
同属芝加哥大学的德国难民詹姆斯·弗兰克博士——这位1925年诺贝尔物理学奖获得者曾经和费米、亚瑟·康普顿共同建起了人类第一座核反应堆，几年后却在伯克利大学的一次讲学中被自己的学生奥本海默讥讽为“愚蠢可笑的人”——被人称作“神父”，他腼腆、谦逊，从不计较个人得失，现在连他这样的老实人都坐不住了。弗兰克在一封长达7页的备忘录中写道：“政治领导人必须认识到，原子弹将使各国之间的传统竞争成为过去。未来战争具有完全不同的性质，要比目前进行的战争残酷一千倍，科学家作为一个公民的良心和恪守保密誓约的忠心正在进行一场不可调和的斗争。”亚瑟·康普顿违反保密规定，将弗兰克带到华盛顿面见了亨利·华莱士。罗斯福的前副总统现在是杜鲁门的商务部长，在重大问题上几乎没有发言权。弗兰克的备忘录经华莱士之手落入万尼瓦尔·布什手中，被放在文件夹中再也没有拿出来。
第一份报告石沉大海，用英文书写仍觉费劲的弗兰克，让助手尤金·拉宾诺维奇在西拉德的帮助下起草了第二份文件，这就是历史上著名的《弗兰克报告》：“用原子弹突然袭击日本而得到的种种军事上的好处和拯救美国军人免于牺牲，要是与因此而激起遍及全世界的恐怖、厌恶情绪相比，是得不偿失的。如果美国首先对人类投下这种毁灭性武器，它将丧失全世界公众的支持，助长军备竞赛，损害有朝一日达成控制这种武器的国际协定的可能性。从这些考虑出发，我们相信，用原子弹对日本进行一次早期袭击是完全不可取的。这种新武器至少应该当着所有联合国国家的面，在沙漠或荒岛上展示一下，为将来合理控制和使用它创造更有利的条件。这种做法听起来似乎荒诞，但如果我们想充分利用核武器的有利因素，就必须采用新的、富有想象力的方式。”除了弗兰克，还有唐纳德·休、詹姆斯·尼克逊、拉宾诺维奇、格伦·西博格（1951年诺贝尔化学奖得主）、乔伊斯·贝尔斯登和西拉德等6位参与过“曼哈顿工程”的科学家在报告上签了名。
虽然匆忙中只买到了一张去华盛顿的夜班上铺火车票，已经63岁的弗兰克还是决定亲自爬上去，连夜到华盛顿去找史汀生。亚瑟·康普顿为了参加一次在洛斯阿拉莫斯举行的会议，已经提前到了那里。两人会合之后，一起去五角大楼求见陆军部长。陆军部的一名秘书说部长不在。两人又要求见见史汀生的特别助理哈里森，得到的答复是“也不在”。他们只好把报告交给了临时委员会秘书阿内森中尉。虽然明知毫无用处，阿内森还是例行公事地将报告交给了哈里森。后来有充分证据表明，史汀生本人从未见过这份报告。
“我们在焦急地等待着回音，”拉宾诺维奇感慨地说，“等啊等，我们有种不如把报告扔进密歇根湖的感觉。”战后，拉宾诺维奇创立了《原子科学家公报》，得到包括爱因斯坦在内17位诺贝尔奖获得者的大力支持。《原子科学家公报》特意设立了“末日时钟”，所取时间为11时45分到12时的那一段。如果分针指向12时，就意味着世界毁于一旦，以此来提醒人们地球面临威胁的严重程度。
《弗兰克报告》如肉包子打狗，一去不回。走投无路的西拉德开始破天荒地研究起美国宪法，他刚刚成为一名美国公民。随后他起草了一份《致美国总统请愿书》（以下简称《请愿书》），敦促总统在未认真考虑相关道德责任的情况下，不要贸然向日本投掷原子弹。现在西拉德受到了格罗夫斯派出的特工的持续跟踪，他的电话被窃听，信件被拆封，一举一动都有人监视记录。
67名科学家在《请愿书》上签了字，他们大部分来自芝加哥大学冶金实验室。1942年，正是这座实验室在大学的壁球场上建起了世界上第一座核反应堆，让人类步入了原子能时代。
为了使抗议的呼声能够传递到橡树岭，西拉德把老朋友威格纳——当年开道奇车拉他去找爱因斯坦的那位——也拉了进来。威格纳刚刚征得了88名科学家的签名，就被军方严令制止。一名上校军官将威格纳叫去臭骂了一顿，理由是他违反了安全条例，他的做法暗示原子弹即将被投入使用。至于西拉德委托年轻物理学家拉尔夫·拉普博士带去洛斯阿拉莫斯征集签字的《请愿书》，刚进入实验室就被奥本海默没收了。他公开的说法是“科学家不应该掺和政治”。
即使签名的人不算太多，西拉德还是想让杜鲁门看到它。事到如今，也只能死马当活马医了。有传闻说总统已经出国，去向不明。感觉形势危急的西拉德没有通过白宫的正常渠道递交《请愿书》，那样很可能会在辗转波茨坦的途中被延误。他把《请愿书》交给了科学顾问团成员亚瑟·康普顿，请他立即把它寄给杜鲁门。西拉德还附上了6份副本，“你可以把它们提供给其他你认为应该得知其内容的人”。
虽然在之前的会议上已经同意了无须警示向日本投掷原子弹的决定，但亚瑟·康普顿还是遵照西拉德的请求，将《请愿书》交给了他认为应该提交的人——格罗夫斯，这等于把举报信交给了被举报的人。格罗夫斯拒不接受，叫亚瑟·康普顿将《请愿书》交给自己的助手肯尼思·尼科尔斯上校。康普顿干这点儿事又用了整整5天。7月24日，接到《请愿书》的尼科尔斯转手又把它交给了格罗夫斯，附上的一份建议说，“应该促请那些签署它的科学家，将他们的活动限制在不致危及项目保密的合理范围之内”。格罗夫斯将《请愿书》连同尼科尔斯的建议随手塞进了一个抽屉，之后再也没有去动过它。至于杜鲁门，他永远不会看到这封《请愿书》了。跟政治家和军人斗心眼，这些满腹经纶的科学家连给人家提鞋子的资格都没有。
6月12日上午，当格罗夫斯向陆军部长汇报工作时方才被告知，第一攻击目标的选择至关重要。史汀生问目标委员会的任务是否已经完成，格罗夫斯回答说“是的”，相关文件将在第二天上午呈送马歇尔上将审阅。
“这就是说，报告已经写完了，是这样吗？”史汀生问。
“是的，部长先生。但我还要再仔细审查一遍，以保证内容完全准确。”
“我很想看看这份报告。”史汀生的眼睛直勾勾地盯着对方。
“报告在波托马克河对面我的办公室里，取过来要花费不少时间。”格罗夫斯磨磨蹭蹭，不愿就范。
“我今天一整天都有空，桌子上有电话。不需要你自己去取，给你办公室打个电话，让他们马上送过来。”史汀生一点儿都不给格罗夫斯留面子。
两人等候时，格罗夫斯解释说，这份报告马歇尔将军还未看过。越过参谋长直接向陆军部长汇报工作，似乎是不符合程序的，况且这是一份军事行动计划。格罗夫斯的言外之意是，作为文官的史汀生不应该插手有关作战的具体事情。
“这正是我要亲自解决的问题，”史汀生说，“马歇尔将军不做那种决定。”
报告很快送了过来，史汀生看了开头就发飙了：“我坚决不同意轰炸京都！”
在日本，京都被称作一部流动的历史，其地位与中国西安和老酒现在居住的中国洛阳相仿。史汀生对这座城市的好感并非心血来潮。20年前他担任菲律宾总督时，曾和夫人梅布尔3次访问过这座城市。1926年10月2日，柯立芝总统派他前往菲律宾，史汀生和夫人就曾在京都郡宾馆的18号房间居住。有人说史汀生此行是去度蜜月，老酒觉得不太可能——当时史汀生已经59岁。夫妇俩对这座城市的文化底蕴赞不绝口，为那里众多的寺庙、神社等精美的建筑深深陶醉，以至于他们10月30日特意重返京都郡宾馆，进行了为期5天的参观游览。1929年，史汀生被胡佛总统任命为国务卿。在回国途中经停日本时，他没有选择在东京停留，而是又到京都住了一晚。史汀生认为，京都是日本的文化中心，有着巨大的感情价值和宗教意义，那里数千座寺庙和神社等名胜古迹独一无二，它们的毁灭不仅不能使日本投降，还有可能适得其反，坚定他们与美国战斗到底的决心和信心。如果用原子弹将京都从地球上抹去，不但会给日本的战后管理带来极大难度，也将大大损害美国仁义之师的“光辉形象”。史汀生越想越生气，起身走出办公室，回来时身后跟着马歇尔上将。
“乔治，”史汀生斜着眼看参谋长，“格罗夫斯刚才把有关轰炸目标的报告拿给我看，我不赞成轰炸京都！”
格罗夫斯对此非常恼火。首先，史汀生这种做法给马歇尔造成的印象是，他直接越过了参谋长来向陆军部长汇报。如果参谋长心眼小的话肯定会不高兴的——实际上完全没有，格罗夫斯完全是以少将之心度五星上将之腹，大度的马歇尔绝对不会因此和他计较的。其次，他最钟情的那个目标，被一个自诩为很有文化的老家伙否定了。格罗夫斯决定用数据说服领导。他极力辩解说，京都市区包括264公顷已查明和195公顷待查明的工业区里，正在生产机床、精密机械、飞机零件、无线电发射控制装置、发炮定向装置等军工产品，是最具价值的攻击目标。马歇尔显然不会站在格罗夫斯这边，他认为京都上不上名单无关紧要。虽然没有反对史汀生的说法，但他也没有表示出太肯定的意见。格罗夫斯的感觉是，“他大概认为京都是否作为目标都无太大关系”。
但性格倔强的格罗夫斯是不会轻易屈服的，后来关于是否将京都列入首选目标的官司，一度打到了正在波茨坦开会的杜鲁门那里。遗憾的是，胳膊终究拧不过大腿，格罗夫斯再次败诉。京都最终免于毁灭纯属好运。要不是陆军部长夫妇碰巧访问过它且在那里度过了非常愉快的几天，我们今天看到的很多书籍，就可能改成《京都上空的蘑菇云》了。京都人真应该找座寺庙给史汀生夫妇塑一座雕像。一句题外话，鉴于京都有100万人，而广岛只有30万人，史汀生的坚持使更多人免于丧生在原子弹的剧烈闪光之下。
京都的幸运还远不止于此。在此之前，驻关岛第二十一轰炸机部队已经接到了禁止轰炸包括京都在内的5座目标城市的命令。史汀生拒绝将京都列为轰炸目标的6周之后，格罗夫斯突然意识到，李梅是否已经把京都从禁止轰炸的名单上划掉，而实施了常规燃烧弹攻击。根据之后格罗夫斯的具体做法，老酒认为，他依然想将原子弹投向京都。格罗夫斯立即去找阿诺德上将，经前线核实，李梅的部队仍将它保留在禁止轰炸的名单之上，连驻冲绳的空军部队也接到了类似通知。相当于格罗夫斯、李梅、杜立特都将攻击有意避开了这座城市。
在战后出版的回忆录《现在可以说了：美国制造首批原子弹的故事》一书中，格罗夫斯这样评论说：“事实证明，史汀生先生的决定是明智的。但是我想他没有料到，他这样谨慎地力求避免的很多批评会来自美国国民。的确，他从未向我谈到过这种可能性。战争突然结束后，我很高兴，我已经被驳倒了。”这话听起来根本不像一个铁石心肠的人说出来的，而更像是鳄鱼的眼泪。
在美国军界，大多数海军和陆军航空队高级军官认同这样一点：登陆日本不但没有必要，而且应该尽量避免，因为那样势必会付出惨重的人员伤亡代价。他们强调通过长期的海空封锁，就一定能够实质上切断日本已经微不足道的海上运输。一旦失去最后那点儿石油、原材料和粮食，日本的经济必然停转，国民就会大面积挨饿，最终只剩下无条件投降一条路可走。以莱希、金、尼米兹三大五星上将为首的海军高层认为，仅凭海上封锁和空中轰炸就足以使日本屈服。他们这种想法当然有私心，使用这种战术海军将起到决定性作用，太平洋战争的最后胜利将成为海军的胜利。但是以阿诺德、斯帕茨、李梅为首的陆航高层认为，对日战略轰炸即将达到一个空前的新高度。数不清新服役的B-29正从美国飞往太平洋战区，杜立特中将第八航空队的数千架轰炸机和战斗机正在从欧洲移师冲绳。即使海军和陆军撒手不管，仅凭空军就完全能使日军屈服。李梅斗胆放出豪言，他可以用大约100天时间“解决”日本30～60座大中城市。
与海军和陆航的意见相反，麦克阿瑟主张尽早登陆日本。他提出，仅靠封锁和轰炸无法击败敌人，因为日本的盟友德国人就是这样，他们在自己的城市被炸成废墟后仍不肯投降。“日本最强大的军事部门是陆军，只有击败他们的地面部队，才能确保我们的胜利。这一点只有大规模使用地面部队才能做到。为了这个目标，我们的战略必须要创造路径和手段，以在决定性的时间和地点，让敌我双方的地面部队决一雌雄。”麦克阿瑟从他在马尼拉的司令部发电报给马歇尔，说他仅用太平洋上的现有部队就能拿下九州。如果必须进攻本州并占领东京，他就需要来自欧洲和本土的增援部队。
马歇尔赞同麦克阿瑟的观点。他认为海军和陆航的说法尽管有一定道理，但轰炸和封锁需要经历相当长的时间才能奏效。在欧洲战场即将获胜的大背景下，美国民众不可能容忍再花两三年时间去“等待”日本投降。除去时间方面的因素，陆军坚持要对日本本土发动直接进攻，也不无争权夺利的因素。倘若对日决战是以空中轰炸、海上封锁这样的“间接路线”进行，陆军将完全沦为配角。这样不但好大喜功的麦克阿瑟无法容忍，连一向矜持内敛的马歇尔也无法接受。他的背后是美国陆军的数百万部队，在“大是大非”问题上绝对不能让步。金上将起初反对陆军的做法，“直接登陆日本本土反映出我们的一些人对制海权完全缺乏了解”。但在4月31日的一次会议上，金上将突然改变态度，答应保留自己的看法，同意将登陆日本的提议上报杜鲁门做最后定夺。
6月17日，史汀生和陆军助理部长约翰·麦克洛伊——他后来曾任美国驻德国高级专员、世界银行第二任行长等要职，朝鲜半岛三八线的划定也与他有关——正在准备参加一次由总统主持的重要会议，以决定是否对日本发起登陆作战或原子弹攻击。麦克洛伊对上述两项计划均持反对态度，尽管当年洛斯阿拉莫斯实验室征用的那一大块地就是他具体操办的。近段时间，他一直私下里与格鲁探讨日本的前途，两人得出了一致结论：应该向他们提出体面的投降条件，其前提是允许保留天皇。麦克洛伊答应格鲁，劝说史汀生接受这种观点。现在他觉得机会来了，便对顶头上司说：“动武绝非必要，如果我们考虑不出一套政治解决的方案，那么就该好好检查一下我们自己的头脑。”
史汀生说“愿闻其详”。麦克洛伊解释说，总统应该以自己的名义致函日本劝其投降，同意在君主立宪制度下保留天皇。但这种劝降必须伴随一种威慑：若不乖乖放下武器，我们就会使用一种威力巨大的新型炸弹。麦克洛伊强调，这种做法可以最大限度地避免人员伤亡，在最短时间里体面地结束战争。如果日本人拒不投降，那么美国动用原子弹在道义上就处于相对有利的地位，即俗话说的“先礼后兵”或者“丑话说在前头”。
史汀生内心显然是赞同这种方案的。在此前召开的两次小范围会议上，他都明确表示赞成格鲁的建议。他告诉麦克洛伊，“这么做才真正具有政治家风度”。史汀生对此曾说过一段有趣的话：“当你惩罚你的狗时，罚完后也不能整天厌恶它。如果你还想得到它的好感，惩罚就必须有限度。”他答应麦克洛伊，在第二天决定对日方略的会议上提出上述主张。
但是，就在当天晚上，他给麦克洛伊打去了电话。“杰克，明天我不能去参加那个会了，”史汀生正在遭受偏头痛的折磨，“我会跟白宫提出，请你代我出席会议，把我们今天讨论过的意见反映上去。”
6月18日15时30分，麦克洛伊按照部长的要求准时来到了白宫。参加会议的除了总统杜鲁门，还有海军部长弗雷斯特尔，参谋长联席会议成员莱希、金、马歇尔三位五星上将。阿诺德因为到关岛公出不在华盛顿，由陆军航空队副总司令艾拉·埃克中将代为出席。会议讨论的议题只有一个：如何迫使日本无条件投降，尽早结束战争。会议就要开始时，史汀生急匆匆赶了过来，他是硬撑着病体勉强下床的。这也说明，他前一天晚上让麦克洛伊替他参会绝对不是耍滑头。
总统说明会议的目的之后，陆军参谋长率先发言。马歇尔指出，当前太平洋局势“基本上等同于诺曼底登陆前美国在欧洲面临的局势”。看到大家的注意力已经集中过来，马歇尔接着解释说，对日本本土发起大规模两栖登陆作战势在必行，越早越好，“以将日本准备防御的时间削减到最少限度”。战役总代号“没落”，行动将需要麦克阿瑟和尼米兹两大战区的所有部队联合作战，同时可能需要英国及其他盟国军队的参与。与欧洲战场相比，美国陆军在历时3年半的太平洋战争中投入的兵力简直微不足道，现在需要向这一地区调集更多的地面部队，旨在于18个月内征服日本。“没落”行动又可以分为两个阶段。
第一，针对日本最南端九州岛的“奥林匹克”行动，由沃尔特·克鲁格陆军上将久经战阵的第六集团军负责，他们都是打过菲律宾战役的老手。第六集团军下辖2个陆军加强军和由3个海军陆战师组成的第五两栖军。陆军第一军登陆地点为岛东部海岸的宫崎，陆军第十一军登陆地点为岛南部的有明湾，海军陆战队第五两栖军的登陆地点为西海岸的串木野。以上3个军共计14个师，总兵力766700人。预计日本在九州部署的兵力可能多达35万人。按照1945年3月下旬参谋长联席会议制订的初步方案，“奥林匹克”登陆战将在1945年12月1日打响。之后根据尼米兹上将提出的建议，考虑到冬季风暴可能给海军舰队带来的不良影响，行动发动日提前到1945年11月1日。马歇尔强调，“奥林匹克”行动“对绞杀战略至关重要”，它能够进一步收紧海空封锁，同时为在关东平原展开更大规模的下一步行动提供一个后勤支撑点。
第二，决定性的第二阶段“王冠”行动，将指向人口稠密、工业化程度最高的关东平原，该行动将使一年前盟军在诺曼底的登陆相形见绌。罗伯特·艾克尔伯格中将的第八集团军将出任前锋，他的部队将在相模湾北端的滩头登陆。后续部队是约瑟夫·史迪威上将的第十集团军以及从欧洲转场而来的考特尼·霍奇斯上将的第一集团军。3个集团军总计有25个步兵师参加地面作战。登陆行动将在1946年3月1日发起。在大举登陆本州之前，我军空中轰炸的密度将达到最高点。假如向东京发动的压倒性钳形攻势仍不能迫使日本屈服，盟军就将占领其首都，然后以东京为中心向所有方向展开进攻，一个府一个县地扫清所有有组织的抵抗，直到整个日本认输臣服为止。马歇尔指出，战争可能陷入令人讨厌的持久战和消耗战，可能会拖几个月，也可能几年。
马歇尔最后的总结颇有点高屋建瓴的感觉：“一个严酷的事实是，赢得战争没有轻而易举、不流血的办法。对外保持坚定形象，对内坚定国民决心是领袖的使命，而且是得不到任何感谢的神圣使命！”这句话显然是针对杜鲁门说的。
站在海军的立场，金上将认同当前全方位推进“奥林匹克”行动和“王冠”行动的准备工作是非常重要的。他慨然表态，海军将全面配合陆军的登陆行动。准备投入战斗的有哈尔西上将的第三舰队、斯普鲁恩斯上将的第五舰队以及金凯德上将的第七舰队。“奥林匹克”行动的负责人是斯普鲁恩斯，“王冠”行动的负责人是哈尔西。海军参战舰船总数将超过3000艘，其中战列舰22艘、快速航母27艘、护航航母36艘、巡洋舰50艘和驱逐舰458艘。海军陆基航空兵、潜艇部队都将全力参加战斗。海军的联合封锁很可能将使日本船只无法在本土四岛的任何地方靠岸。
代表阿诺德出席会议的埃克中将表示，原驻太平洋战区的陆军第五、第七、第十一航空队及装备B-29的第二十航空队将全力投入对日作战。此外，驻欧洲第八航空队的大部分战机也将在杜立特中将的率领下进驻冲绳，加入远东的最后决战。阿诺德上将前往关岛，就是为了跟尼米兹协商，为在马里亚纳群岛部署四位数的B-29提供足够的场地。
接下来埃克介绍说，如果战争持续下去，常规轰炸的规模和力度将达到一个令人难以想象的新高度。预计1945年秋季轰炸行动达到高峰时，平均每月将有34402吨高爆弹和燃烧弹被投放到日本本土，9月单月的投弹量将达到10万吨，随后还将逐月增加。到1946年初，如果日本人还在坚持战斗，陆军航空队将有80个轰炸机大队投入前线作战，各型轰炸机总数超过4000架。1946年1月，他们将向日本投下17万吨炸弹，单月的投弹量就超过了整个太平洋战争时期实际投向这个国家的炸弹总数。到计划发动“王冠”行动的1946年3月，单月的投弹量将超过20万吨。彼时“毁灭之雨从天而降，将使这个国家的交通彻底瘫痪，经济停转，大部分城市陷入饥荒”。
作为参谋长联席会议主席的莱希，其最后的总结和金上将类似，他提出登陆日本可能既无必要也不可取，但自己不反对为可能发生的意外情况制订登陆计划同时进行积极准备。
马歇尔话锋一转，坦言“行动的损失将是异常惨重的”，进攻日本本土很可能成为历史上最大的流血事件。陆军参谋部对“奥林匹克”行动的预计是，登陆后，前90天伤亡数字是陆军15.6万人、海军17.5万人，其中阵亡3.8万人。他同时指出，关于伤亡数字的估计，不同单位存在较大差异。担任第一主力的第六集团军根据塞班岛伤亡数字的测算是，登陆九州前4个月伤亡将达到124935人，其中阵亡2.5万人。陆军副参谋长托马斯·汉迪上将6月4日出具的一份备忘录中指出，打败日本，至少需要再付出50万～100万人的伤亡代价。之前战争的推进过程表明，距日本本土越近，其抵抗就越激烈。麦克阿瑟特意致电华盛顿做出提醒，大量日本军人甚至平民可能转入乡间、丛林展开游击战，战争可能持续长达10年，盟军的伤亡实难预计。“唯一能确定的是，”麦克阿瑟在电报中说，“日本军民会一如既往地顽强战斗到最后一弹一人。”有人甚至预估“没落”行动的阵亡人数会超过美军之前在欧洲、太平洋两大战场阵亡人数的总和。杜鲁门要莱希给出他自己的伤亡估计。莱希指出，目前参加冲绳战役的美军部队伤亡比例约35%，以马歇尔提供的参战人员数量，伤亡数字大约是26.8万人。
没有人会对上述数字提出质疑。攻占面积仅仅20.1平方千米的弹丸之地硫黄岛，美军就付出了伤亡28686人的惊人代价，那里的日军才不过是一个师团。冲绳岛战役尚未结束，美军伤亡数字已经直逼5万人。日军主力部队损失殆尽，但岛上仅存的数千名官兵，宁愿把手榴弹揣在怀里拉响，都不愿意投降。就在本次会议召开之前，前线刚刚传来了地面作战总指挥巴克纳中将不幸阵亡的噩耗。据说日军的“神风特攻”已击沉和重创了海军的300多艘舰艇，尼米兹上将都快患上抑郁症了。如果日军在外围小岛就能给美军带来如此重大的伤亡，那么在本土37.8万平方千米的土地上，数百万名日本军人及数不清的平民又将给美军带来多大的伤亡数字？想想都让人不寒而栗！
总统转向陆军部长，问他是否认为“白人的入侵会让日本人更加紧密地团结起来”。史汀生的回答是“很可能会”。他建议探索其他途径：“我的确认为，在日本有一大批潜伏的不赞成这场战争的人，他们的观点和影响目前还没有被认知。我觉得，我们应该采取措施把他们动员起来，发挥他们可能有的影响力，最终避免与敌人直接交手。”史汀生的话非常隐晦，只字未提总统致函天皇一事，这让麦克洛伊非常生气。史汀生昨天承诺过将在会上把这种观点提出来。
杜鲁门接下来征求莱希的意见：“海军上将，您的看法呢？”杜鲁门总习惯这样称呼莱希，而不是像罗斯福那样直呼“比尔”，不知道同为海军上将的金对此有没有意见。莱希像往常一样率直生硬，尽管他和罗斯福私交甚笃，但他完全不认同前总统的说法：“有人曾说，除非让日本人无条件投降，否则我们便要输掉这场战争。我完全不同意这种看法。即使我们不能成功强迫日本无条件投降，在可预见的将来，我并不害怕日本会有什么威胁。我所担心的是，我们坚持要日本人无条件投降这一点，只会促使他们更加铤而走险，从而增加我们的伤亡。我认为这样做完全没有必要。”
杜鲁门清楚，用任何方式放宽投降条件在政治上都不啻为一颗重磅炸弹。以前罗斯福在各种场合都是这样呼吁的，公众对放宽投降条件在思想上还没做好接受的准备。6月初的一次盖洛普民意调查显示：只有7%的美国人认为应该保留天皇，哪怕仅仅是作为傀儡；33%的人主张处决裕仁；37%人认为应该抓起来审判，判处无期徒刑或死刑。自1943年1月24日罗斯福在卡萨布兰卡会议上首次抛出“无条件投降”的概念以来，美国对德、意、日一直坚持这样的要求，除此之外的其他做法都会被视为“绥靖”。
关于登陆九州的行动——麦克洛伊认为总统在这方面的表态有些勉强——杜鲁门说，他“确信参谋长联席会议会着手进行”。但在未与他磋商之前，不能入侵主岛本州。“如果我理解得不错，”杜鲁门总结说，“参谋长联席会议衡量了形势的发展并考虑了所有方案后，仍然一致认为，进攻九州是目前情况下最妥善的解决办法。”事实上早在他表态之前，参谋长联席会议已经于5月25日下达了“奥林匹克”行动的预备令。看来几位陆海军大腕儿也知道杜鲁门不太懂军事，大概率不会否决他们提交的方案。在罗斯福时代，他们是绝不会也不敢这么做的。一个不争的事实是，杜鲁门上任短短两个月就换掉了内阁的大部分人，但陆海军部长和军方首脑一个都没换。
总统已经做了总结发言，似乎预示着会议该结束了。令人诧异的是，没有人在会上提到那种新武器，就像原子弹根本不存在似的。众人纷纷起身准备退席，杜鲁门突然意识到了什么，伸手示意大家重新坐下：“要是不表明态度，谁也不准离开这个房间。麦克洛伊，你还没有发言呢！除了刚刚做出的决定，你觉得还有其他合理的选项吗？”
麦克洛伊用征询的眼光瞧了瞧陆军部长，史汀生朝他点点头：“怎么想就怎么说吧！”麦克洛伊便把前一天他对史汀生讲过的那番话又重述了一遍，连“如果我们考虑不出一套政治解决的方案，那么就该好好检查一下我们自己的头脑”这句话也说了。麦克洛伊简要阐述了对日本的劝降条件，并提出了一些谈判论点，核心内容是在答应保留天皇的前提下促成日本尽快投降。
杜鲁门对此显然颇感兴趣：“噢，这正是我一直在考虑的问题。我想你应该把它写下来交给国务卿，看看到底该怎么办。”
“我非常高兴能提出这个问题。”史汀生说。似乎他一直想说，只是一时忘了。
麦克洛伊还不愿就此罢休，接着发问：“我们是不是应该告诉他们，我们已经拥有了一种无坚不摧的新炸弹，而且正准备使用它？”
“新炸弹”三个字使在场所有人都大吃一惊，麦克洛伊感到听到的人无不“周身打着寒战，冷入骨髓”。“我一提到‘新炸弹’，大家都震惊了，”他后来回忆说，“会场陷入了一片沉寂，仿佛谁提到那种炸弹，谁就违反了游戏规则一样。”
参会的所有人都知道那个炸弹，但谁也没在公开会议上提到过它。金上将是1943年底才知道“曼哈顿工程”的。当时马歇尔向他透露了这一绝密计划，同时承诺每隔3个月会将最新的进展通报给他，前提是金上将要守口如瓶。金上将的嘴也真够严的，他连尼米兹都没告诉。太平洋舰队司令官是2月中旬从海军中校埃什沃斯的口中得知原子弹计划的，后者到关岛是为了协调未来装载原子弹的B-29从马里亚纳群岛的起飞基地。
会议陷入冷场，麦克洛伊硬着头皮说下去：“我认为，如果我们能够给日本一个特定的警告，将来一旦需要使用这种武器，从道义上说将对我们更加有利。”
有人立即提出了质疑，内容和史汀生召开临时委员会时那些反对意见差不多，诸如原子弹如果不爆炸怎么办，日本人如果不理睬怎么办。麦克洛伊毫不退缩：“大部分科研人员告诉我们会顺利。况且，我认为我们占有的道义地位，将消除‘臭蛋’可能导致的短暂不利影响。”
杜鲁门说，原子弹“现阶段还是暂时不提为宜”，但使用它是“很有可能的”。他命令麦克洛伊、格鲁以及国务院远东问题专家杜曼、巴兰坦等人着手草拟对日宣言，进一步阐明投降条件。该宣言将由美国、英国和中国联名在即将召开的“三巨头”会议上发出，此即史上著名的《波茨坦公告》。事实上，杜鲁门知道宣言早就起草好了，他在这里提出来只是想让所有人都知道这件事。
6月21日，临时委员会召开了最后一次会议。史汀生卧床不起，会议由他的特别助理哈里森主持。会议决定完全抛开《弗兰克报告》，再度提议对日本发起原子弹攻击。在布什和科南特的敦促下，会议对提案进行了微小修改，“在适当时由总统通知苏联人，我们正在研制一种武器，而且可能在对日作战中使用”。
在历次会议上很少发言的海军部副部长巴德不赞成这种观点，他确信对日作战必胜无疑，仅用封锁手段就可以迫使饥饿的日本人投降，“没有必要暴露我们的核武器现状去刺激苏联人，让他们在我们尚未使用前以更快的速度发展他们的核武器”。巴德听说有很多科学家正在联名上书反对对日本使用原子弹。他给哈里森打去了几次电话，说明“美国使用原子弹偷袭日本将使国家在道义上处于被动地位”，但毫无结果。6月27日，在提交了一份与临时委员会意见相反的绝密备忘录后，巴德于7月1日宣布辞职。他在备忘录中写道：“危险是巨大的，即使使用（原子弹）也必须提前两三天警告日本，这样才能显示出美国是一个伟大的人道主义国家和光明磊落的民族。也许警告无效，但万一有效呢？我认为，我们不会因此而失掉什么！要想知道是否可行，唯一的办法就是试一试。”
为了使自己的建议能够得到重视，巴德在离职前去了一趟总统办公室。“看在上帝的分儿上，不要组织军队去进攻日本，那要杀死100万人，太荒唐了。海军知道日本人吃了败仗，陆军也想赶去杀人。”急于动身前往波茨坦的杜鲁门礼貌地听完了巴德的陈述，然后对他说，进军日本以及对日警告的问题已经得到了极大的关注。巴德看得出来，总统说这些话不过是在搪塞自己。
就在巴德辞职的第二天，7月2日，杜鲁门大体批准了由杜曼、格鲁、麦克洛伊起草的敦促日本投降的文本。其中第十二条至关重要，涉及是否保留天皇：“一旦这些目标达到，一旦根据日本人民自由表达的愿望建立起和平倾向和负责的政府，盟国占领军就将从日本撤出。如果爱好和平的国家确信这样一个政府真正决心奉行和平政策，使日本将来不可能发展成侵略成性的帝国主义，这个政府可以包括现在天皇统治下的君主立宪制。”当天刚刚宣誓就任国务卿的贝尔纳斯，对这一条的最后一句话提出了质疑。前国务卿赫尔也认为它听起来“对日本人太姑息迁就了”。赫尔告诉贝尔纳斯，“必须剥夺天皇及统治阶级的一切特权，使之在法律面前与其他人平等”。杜鲁门决定暂时搁置这一问题，距开会还有半个月，还有充分时间进行讨论。后来在乘“奥古斯塔”号重巡洋舰前往波茨坦的途中，杜鲁门与贝尔纳斯决定把最后一句有争论的话删掉。
华盛顿参谋长联席会议还面临一个棘手问题。随着太平洋上的两路大军逐渐向日本会合，最后的战区只能变成一个，陆军和海军划分太平洋作战区域的做法明显行不通了。再保持两大战区指挥官平起平坐不太现实，“没落”行动不可能同时设两个总指挥。但在1945年春天，太平洋上各军种之间的内讧和争斗不仅没有丝毫缓解，反而呈现出愈演愈烈之势。麦克阿瑟强烈要求任命他为太平洋战区最高总司令，并公开指责尼米兹仅仅为了岛上的机场就牺牲数千名美军士兵的生命去占领整个岛屿的“可怕做法”。太平洋战区陆军最高指挥官理查德森中将请求前往菲律宾参加一次会议，尼米兹拒绝批准他前往，说明他也在暗中与麦克阿瑟较劲儿。4月3日，参谋长联席会议颁布了一项折中的解决办法：在进攻日本的作战中，麦克阿瑟将指挥太平洋地区的全部地面部队和航空兵（驻马里亚纳群岛第二十航空队除外），尼米兹则指挥全部海军。附带的一项说明是，麦克阿瑟和尼米兹仍需按照旧的指挥关系，完成当前各自承担的战斗任务。向新体制的过渡应逐步进行，共同协商。
4月13日，西南太平洋战区参谋长萨瑟兰飞抵关岛，提出要接管太平洋战区的所有陆军部队，同时将金凯德的第七舰队交还给尼米兹。萨瑟兰强调说：“冲绳战役之后，不能再有陆军部队在海军将领的管辖之下了。”尼米兹告诉萨瑟兰，他的陆军部队只能在完成现有作战任务后才能移交给麦克阿瑟。萨瑟兰接着说，麦克阿瑟要求将冲绳岛作为肯尼第五航空队的基地，以支援针对九州的“奥林匹克”行动。尼米兹答应在完全占领该岛后移交。如果参谋长联席会议有新指示，移交还可以提前。尼米兹外表谦让，实际态度强硬。他谢绝了请他指挥第七舰队的建议，因为那意味着他在事实上成为麦克阿瑟的下属。麦克阿瑟一定会插手指挥快速航母舰队的一切行动，那是金上将绝对不会答应的。尼米兹委婉地告诉萨瑟兰，虽然他不负责指挥第七舰队作战，但将一如既往在这类战斗中提供海上掩护，并把海上直接参战部队调归麦克阿瑟指挥。萨瑟兰可谓乘兴而来，败兴而归。4月16日他离开关岛时，几乎两手空空。
官司再次打到了华盛顿，如此重大事项只有参谋长联席会议才能定夺。正如莱希后来说的那样：“太平洋战场的指挥问题是那种就算做出一连串‘协议’也安稳不下来的事情。”但怎么能够把麦克阿瑟摆在尼米兹下面，或者相反，把尼米兹摆在麦克阿瑟下面呢？有人提出了这样一个解决办法，任命麦克阿瑟为驻莫斯科大使——他真去了，一定会和莫洛托夫上演全武行的——由马歇尔亲自指挥作战。凭马歇尔的崇高威望，尼米兹应该不会拒绝接受他的指挥。但当胜利的桂冠就要戴到头上时，麦克阿瑟打死都不会走的。更多的人仍然认为，马歇尔必须留在华盛顿。当初欧洲战场那么多兵力他都没去，最终才派去了艾森豪威尔。现在战争已接近尾声，他更没有必要去太平洋了。为避免陆海军走向彻底决裂，华盛顿下达了一项新指示，麦克阿瑟如愿得到了“美军太平洋陆军部队总司令”的头衔。在一份发给麦克阿瑟的“严禁外传”的电报中，马歇尔指出，“关于陆海军的分歧，国内出现了大量不利的谣言和非议，新任总司令要做出最大努力，压制下级中出现这种致命的议论”。
这边的葫芦还没有按下去，那边的瓢又漂起来了。“没落”行动的指挥关系引发了一系列新的矛盾。尼米兹想使用自1943年11月“电流”行动以来一直沿用的指挥模式：进攻部队在海军指挥下实施登陆，地面部队司令官在建立岸上指挥所后接管指挥权。麦克阿瑟对此不仅一口回绝，甚至拒绝做进一步讨论，坚持要把此事直接提交华盛顿裁决。海军还提议，在开赴登陆滩头的过程中和登陆的最初阶段，由海军负责“陆海军所有的宣传事务”。麦克阿瑟对这一提议深恶痛绝。如果这一说法成立，当初他在塔克洛班滩头发表的那些诸如“我回来了”的重要讲话都变成违法行为了。
以前太平洋上的陆海军发生争执时，大度的马歇尔通常会谦让倔强的金上将。那时他的眼睛紧盯着欧洲，太平洋上的事儿大部分时间里都是金上将在操心。现在欧洲的仗终于打完了，马歇尔终于有时间来关照远东战事了。马歇尔于是撕破脸皮告诉金上将，两人对“没落”行动指挥结构的观点完全不同，他坚称参谋长联席会议应该立刻选择“一位对此次战役承担首要责任的指挥官”。其中威胁的意味不言自明，如果参谋长联席会议在下次会议上无法就此达成一致，那就必须提交总统亲自裁决。麦克阿瑟的资历远比尼米兹更老，他的公众人气和声望也无可匹敌。日本联合舰队已近乎全军覆没，但陆军还有数百万精锐之师，登陆后的大部分战斗肯定将由陆军承担，这是谁都无法否认的事实。还有一点大家心里都明白，但都不会从嘴里说出来。罗斯福年轻时担任过海军助理部长，对海军情有独钟的他，处处都在偏袒海军。现在他老人家已驾鹤西去，新总舵主杜鲁门可是陆军炮兵上尉出身，对海军没有多大兴趣，他一定会站在老东家陆军这边的。意识到自己的这些弱点，金上将退让了。参谋长联席会议于是再次下达命令，指定麦克阿瑟为“没落”行动的“主要责任人”。为了保全海军的颜面，命令同时明确尼米兹或者其指定的舰队指挥官将在战役的两栖登陆阶段拥有较大的自主权，甚至是独立行动权。这样，太平洋上的美军部队还是两头指挥，只不过情况稍稍改善。战役打响之后，麦克阿瑟留在马尼拉指挥，尼米兹则继续坐镇关岛，两人只是在到滩头阵地视察时会面。
5月15日，尼米兹屈尊飞往马尼拉。麦克阿瑟按照正常的礼仪接待了他，并请他住在自己的寓所里。通常情况下大领导一碰头，很多难题都会迎刃而解。尼米兹在会晤中发现，麦克阿瑟还是非常理智的。两人共同签署了以前会议上制订的各项作战计划，并在两天的会谈中解决了大部分遗留问题。两人很快否决了关于任何陆军部队不得归海军指挥的提法，同时决定采用原来的指挥模式：设置两名全面领导的指挥官，由一名陆军将领和一名海军将领出任。5月19日两人签署的一份文件中，对未来的指挥权是这样描述的：
第五舰队司令官将通过第五两栖舰队司令官指挥登陆作战，后者依次指挥各路攻击部队或大队指挥官，对各自目标实施两栖作战；
各突击师或各独立登陆部队指挥官在岸上建立指挥所后，向相应的海军攻击大队指挥官发出准备担负登陆部队指挥的通报，随后指挥陆上各部队；
陆军第六集团军司令官在向第五两栖舰队司令官宣布他已做好准备承担对登陆部队的指挥时，登陆部队应交由第六集团军司令官指挥。
6月底，尼米兹率副参谋长谢尔曼少将等幕僚飞往旧金山，与金上将进行战争时期的最后一次会晤。可供研究的内容很少，会议仅一天就宣告结束。金上将告诉尼米兹，杜鲁门总统已经批准了针对九州的“奥林匹克”行动，参谋长联席会议要求海军就此项登陆进行准备。会议如此简单，在于金上将和尼米兹已经成竹在胸，两人一致认为“没落”行动的两阶段作战最终都不会付诸实施。鉴于第三舰队6月遭遇台风事故的调查报告已经出具，两人商定对哈尔西暂时做留岗察看处理，麦凯恩以身体状况不佳为由回国出任退役军人管理局副局长，其第三十八特混舰队司令官的职务由约翰·陶尔斯中将出任，后者空出来的太平洋舰队副司令官的职位由约翰·胡佛中将接任。鉴于米切尔的糟糕身体，他已无法承担前线指挥的繁重任务，第五十八特混舰队司令官的职务由弗雷德里克·谢尔曼少将接任。金上将是因为讨厌陶尔斯才将他从华盛顿赶到珍珠港的，尼米兹对野心勃勃的陶尔斯同样没有丝毫好感，两人曾经因为航空兵的使用发生过多次顶牛。但大度的尼米兹认为这个人精通业务，在任何烦冗的工作中都能兢兢业业，恪尽职守，才向金上将提出了由他接替麦凯恩的建议。金上将勉强表示同意。
虽然认为对日本的登陆作战不太可能实施，但毕竟华盛顿下达了正式命令，回到关岛的尼米兹还是命令第五舰队司令官斯普鲁恩斯，组织参谋人员制订配合陆军进攻九州的作战计划。斯普鲁恩斯与金上将、尼米兹的观点一致，他认为现在费劲制订方案最终只会是浪费时间，因此并不特别上心。但是为了应付领导，他还是命令第五两栖舰队司令官特纳上将前往马尼拉，与克鲁格共同制订作战计划。战争进入收尾阶段，美国人明显已经没有了之前的那种严肃和兴奋劲儿。
力主对日本本土发起两栖登陆的麦克阿瑟同样不相信“奥林匹克”行动最终会付诸实施。看到克鲁格的参谋人员在研究九州南部的航拍照片，以确定哪个师具体在哪个海滩登陆时，麦克阿瑟告诉萨瑟兰：“迪克，你去跟克鲁格说，不要在‘奥林匹克’或‘王冠’计划上花太多精力，这两个计划很可能来不及实施日本就投降了。如果你能设法拖延时间，就拖下去，因为我们从来不需要直接进攻日本。”尽管当时还不知道原子弹的事儿，但麦克阿瑟确信这一点。麦克阿瑟骄傲自大，不太招人喜欢，但其超人的战略战术水平是不能被低估的。
1945年7月1日，经过短期休整的美军第三舰队从莱特湾拔锚起航，在哈尔西海军上将的率领下兼程北上，直奔日本本土四岛驶去。哈尔西此行的任务是向日本列岛发起攻击，力争彻底歼灭躲藏在东京湾和濑户内海的日军海军残余舰船，击毁在空中和地面发现的任何日军战机。第三舰队将在海上盘桓数周，依靠在预定时间和地点前来会合的第六后勤中队提供油料和弹药补给，对目标发动一轮接一轮攻击，为未来盟军针对九州的“奥林匹克”登陆行动扫清障碍。需要特别指出的是，由于“企业”号受伤退出，参加最后阶段作战的美军航母没有一艘是珍珠港事件之前下水服役的。
7月4日，航途中的哈尔西收到了英国皇家海军罗林斯中将从马努斯发来的电报：“我特代表第三十七特混舰队向您报到，非常期待执行阁下向我部下达的第一道作战命令。”哈尔西立即回电：“很高兴收到贵部040023Z号电。请准备于贵我两部首次会合时乘驱逐舰到‘密苏里’号参加作战会议。第三十八特混舰队指挥官亦将出席，建议您携相应参谋军官一道参加，以便讨论航空兵作战细节。”
7月10日拂晓之前，第三舰队抵达东京东南方向270公里预定攻击位置。美军一众“地狱猫”和“海盗”率先升空巡逻，紧张地等待着日军随时可能发起的“神风特攻”。美国人在菲律宾、中国台湾、硫黄岛和冲绳岛等地已多次领教过“神风机”的厉害，现在到了他们的眼皮底下，又怎能不心惊胆战？出乎意料，只有2架日机进入了美军视野，立即被空中等待已久的美军战斗机一拥而上，撕成了碎片。美军随后发起的第一轮战斗机扫荡令日军措手不及，紧随其后的鱼雷机和轰炸机向东京附近地区的工业设施、码头、桥梁、电站和机场投下了454吨炸弹，射出1648发火箭弹。美军飞行员惊讶地发现，天空竟然如此安静，几乎没有日机起飞迎战，即使在飞临东京上空时也是如此。
日军拱手让出制空权，确属迫不得已。美军的大规模登陆已经迫在眉睫，与其让那些只会起飞不太会降落的“菜鸟”在面对彪悍的“地狱猫”或“海盗”时白白损失，不如避而不战，待美军大型登陆船队出现时再一拥而上，发出致命的最后一击。他们有意让飞机避开美机的飞行航线，或藏在事先挖好的山洞中，或停在田地里用干草覆盖隐藏起来。日军的防空炮火还算猛烈，竟然打下来10架美机，另有5架美机在事故中损失。
飞行员上报的战绩为击沉战舰11艘、商船20艘，击伤战舰8艘、商船21艘，空中和地面击毁敌机25架。战果差强人意，但铆足了劲儿的哈尔西肯定不会就此满足。日军水面舰艇完全没有出战可能，他希望用战列舰的406毫米重磅炮弹作为挑逗日本人的红布，诱出更多日机。此前他“保守”地估计日本人10月就会屈服，但是第一天的战斗结束之后，他相信日本的投降肯定会更早到来。
气象参谋报告说，东京湾一带将持续几天恶劣天气，哈尔西率舰队继续北上，准备攻击本州东北海岸和北海道地区。这里位于B-29极限作战半径之外，开战以来从未遭遇攻击。北上途中，哈尔西从护航舰只中抽调部分水面舰艇，临时组建了第三十四特混舰队第八大队第一分队——简称第一炮击舰队——由约翰·沙弗洛斯少将指挥，麾下包括“南达科他”号、“印第安纳”号、“马萨诸塞”号战列舰（以上三舰均属南达科他级）、“昆西”号、“芝加哥”号重巡洋舰以及“英格索尔”号、“斯托克姆”号等10艘驱逐舰。沙弗洛斯的攻击目标是岩手县釜石。这座小城市人口仅有4万人，却拥有日本最大的钢铁厂。由于缺少铁矿石和焦煤等原料，该厂产能只有鼎盛时期的一半。因劳动力极度短缺，部分盟军战俘被押送至钢铁厂充当苦力，集中居住在釜石市区的两个战俘营内。
7月14日中午时分，美军第一炮击舰队驶抵釜石外海，战列舰和重巡洋舰排成纵队进入与海岸线平行的炮击阵位，驱逐舰则从旁执行护卫。12时10分，沙弗洛斯少将下达了攻击命令。美军战列舰主炮在27000米距离向钢铁厂打出了第一轮齐射，半分钟后，岸上才传回滚雷般的巨响，打破了炎热夏日正午的宁静。美军舰队完全不必担心岸防炮的威胁，日军很早就放弃了沿岸的防御。作为一个纯粹的岛国，日本人认为与其耗费宝贵的资源在漫长的海岸线上修筑炮台，不如打造一支强大的舰队御敌于海上更加实际，这显然是一种正确的战略。正因为此，日本沿海只有少数几个战略意义重大的港口才配备有少许岸防炮，其中大多数还是小口径火炮。这一情况早已被美军的侦察机和潜艇摸得一清二楚，哈尔西和沙弗洛斯的手头就有攻击目标的清晰照片。
敌人毫无还手之力，美军舰队开始变得更加肆无忌惮，一边缓缓向岸边靠近，一边以稳定的射速持续输出火力。随着距离不断拉近，重巡洋舰和驱逐舰也纷纷加入了炮击行列。美军舰队中并无辅助舰只如扫雷艇，由于担心日军在近海的浅水中布雷，美舰不敢过于逼近岸边。炮击整整持续了2个小时，美舰在釜石港外来回折返6次，共向岸上发射802发406毫米炮弹、728发203毫米炮弹和825发127毫米炮弹。大多数炮弹准确落在钢铁厂之内或周围地区，爆炸激起的烟尘笼罩了整座城市，以至于美军飞机难以实施有效的校射，也无法通过航拍判定炮击效果。战后，美军才确认釜石钢铁厂因遭受此次炮击被迫暂时停产，至少损失了4周的生铁产量和2个半月的焦炭产量。423名平民在炮击中丧生，5名美军战俘被自己人的炮弹炸死。更令日本人气愤的是，美国人还对炮击过程进行了现场直播，以使国内民众也能看到前线敌人挨打的狼狈模样。美中不足的是，哈尔西和麦凯恩“翘首以盼”的日军战机自始至终杳无踪影。
日军高挂免战牌龟缩不出，让哈尔西觉得意兴索然。憋了一肚子火的他随即下令组建第二炮击分队，那些航空母舰根本不需要这么多的护航舰只。14日至15日夜间，第三十四特混舰队第八大队第二分队宣告组建，姑且称为第二炮击舰队。由奥斯卡·巴杰海军少将率领的这支舰队包括“衣阿华”号、“密苏里”号、“威斯康辛”号战列舰——三舰都是衣阿华级——“亚特兰大”号、“代顿”号轻巡洋舰和“里米”号、“蒙森”号等8艘驱逐舰。要知道“密苏里”号可是第三舰队旗舰，哈尔西本人就在这艘船上坐镇。看来他也想像好朋友斯普鲁恩斯在进攻特鲁克时那样，过一把亲自上阵杀敌的瘾。第二炮击舰队完成编队之后，立即向北海道西南海岸快速进发，攻击目标是拥有两座大型钢铁厂的工业重镇室兰市。当天晚上，美军另一支由4艘巡洋舰和6艘驱逐舰组成的分舰队在本州岛东北海岸游弋，试图碰碰运气逮个晕鸡，却一无所获。
7月15日拂晓时分，美军3艘最新式战列舰将令人生畏的主炮炮口齐刷刷地指向了晨雾笼罩下的海岸线，成吨成吨的炮弹伴随着第一道曙光落在遥远的日本北方领土上。停火命令下达之前，第二炮击舰队在26000～29000米距离共向室兰的日本钢铁公司和轮西冶铁厂倾泻了860发406毫米炮弹。受雾气和爆炸烟尘的影响，美军飞机依然难以进行有效的观测和校正，仅有170发炮弹落在两厂区域之内，造成的损失使焦炭生产直到战争结束也未能恢复，但生铁生产仅仅受到轻微影响。偏离目标的炮弹给室兰城区造成了严重破坏，大量民房变成碎石瓦砾。炮击引发的大火蔓延到邻近的钏路市，烧毁了大约20个街区。
“密苏里”号亲自出列炮击，哈尔西得以坐在舰桥“前排VIP佳座”，观赏这场“无比壮观的精彩大戏”。第二炮击舰队在北海道近海滞留6小时，完全暴露在日军陆基航空兵的攻击范围之内。尽管战列舰有2艘轻巡洋舰和8艘驱逐舰的护航，且两位数的快速航母就在后方不远处，哈尔西依然担心舰队遭到日机的“神风特攻”。后来他在回忆录中写道：“那是我一生中最漫长的时刻。”这话连鬼都不信，老酒不用翻书就能记起来，他说类似的话至少有两次：一次是瓜达尔卡纳尔岛海战前夜，一次是栗田率重巡洋舰向奥古斯塔皇后湾突进之时。
像前一天一样，日军战机始终没有露面。哈尔西据此判断，日本人对这种有伤尊严的行动并未进行任何报复，是为了积蓄残存的飞机对付美军终究会来的登陆船队。根据参谋长卡尼少将的说法，他们完全没有看到敌人的飞机，日军岸炮的零星还击也显得软弱无力。他得出的结论是：“日本人快要完蛋了，我们可以随心所欲地把战列舰开到沿岸任何能炮击到的地方，他们也无力做出有效抵抗。很明显，我们打或不打都没有什么区别了。”
美军航母自然不会在战争即将结束时让战列舰客串主角。就在两支炮击舰队大发神威的同时，麦凯恩也频频出动舰载机，对攻击范围内的所有目标发起狂轰滥炸。在战斗机扫荡本州西北部机场，取得绝对制空权之后，美军俯冲轰炸机和鱼雷机开始对因水雷封锁滞留在港内的日军船只大开杀戒。虽然大雾极大地影响了攻击效率，但美军的航空打击仍然击沉日军驱逐舰“橘”号，重创“柳”号，还击沉2艘护航驱逐舰和8艘辅助舰只。他们还摧毁了停放在岛北端机场上的一些飞机，击毁多座弹药库、大楼、无线电台、工厂和仓库。一部分飞机攻击了铁路设施、编组站和桥梁，将火车头和车厢碾为齑粉。
美军舰载机取得的最大战果是摧毁了青森到函馆之间12个火车轮渡中的7个，它们是连接北海道产煤区和本州工业区运输线的咽喉要道。此处位于美军B-29攻击范围之外，常年被大雾笼罩，日军的煤炭运输得以在恶劣的气候条件下顺利进行。当天的攻击导致从北海道到本州的煤炭运输量骤减80%。油料库存见底，现在煤炭又没了来源，迫水在呈送“六巨头”报告中的说法绝非危言耸听。出于天气原因取消了多次打击行动，第三十八特混舰队还是设法在日落前完成了871架次出击。拉福德少将的说法是：“飞行员没有遇到任何空中抵抗。”
到战争最后阶段，日军的海岸侦察近似于无。美军潜艇和舰载机击沉了日军大部分海岸警戒舰艇，他们的侦察机和飞行员也所剩无几。“他们一派出飞机来侦察舰队，我们就把他们打下来，”“贝露森林”号战斗机飞行员阿瑟·霍金斯自豪地说，“第二天他们还会再来。日军指挥官把飞机派出来，如果它回不去，他们就会知道我们的舰队原来在这里。”美军发现，自己即便在日本海岸外目力可及处行动都不会受到打击，便不再花费精力去隐蔽行踪了。“已经没什么可打的了，”霍金斯说，“天上根本没有敌机，我们只能改为轰炸，飞过去投下炸弹，然后在周围盘旋，追着屁股扫射地面上四处乱跑的人。”
日军地面防空炮火的反击依然凌厉无比。在两天的空袭行动中，美军共损失舰载机44架，26名机组成员阵亡或被俘。14日，美军最诡异的伤亡来自“约克城”号。战斗机中队中队长理查德·克罗姆林少校的“地狱猫”在穿越浓密云层时，机翼撞上了友机，不幸机毁人亡。1943年3月28日，他的哥哥查尔斯·克罗姆林少校同样作为“约克城”号战斗机中队中队长以同样的意外事故阵亡，他们都是美军海航出类拔萃的飞行员。
7月15日，“香格里拉”号的1架“地狱俯冲者”被日军高射炮火击落，美军飞行员霍华德·伊格尔顿中尉随机坠入山中阵亡，后座机枪手奥利弗·拉斯姆森中士成功跳伞。这位有着印第安血统的23岁小伙子对自己所处的位置一无所知。为了躲避日军的追捕，他想尽可能往海边跑，这样就有更大的可能被飞入内陆的友机发现。凭借出色的野外求生技能，拉斯姆森用了整整17天时间逃到了海边，沿途只能靠野果果腹，其间还逃过了日本士兵和平民的多次追捕。7月31日，他在一处小村庄外发现了1头奶牛，就在附近隐藏下来。接下来的9天里，他就靠偷偷挤牛奶喝维持生命。但发现奶牛产奶量急剧下降的牛主人很快加强了看管，拉斯姆森不能暴露自己，只好离开，继续逃亡。
小伙子在海边用木头扎了一个木筏，因缺乏风帆几次尝试出海都被海浪卷回了岸边。失望的年轻人再次潜回丛林，靠偷盗农民田地里的土豆、洋葱等物为生，偶尔抓只青蛙、掏个鸟蛋就当过年了。在他的飞机被击落后的第三十二天，8月16日，拉斯姆森被附近一个日本农民发现。他不知此时日本已经投降，选择了立即逃跑。他早先接受过多次教育，被日本军方抓到强于落到平民手里，后一种情况会被当场活活打死。拉斯姆森寻找了一个新的藏匿地点，用树枝搭建了一个简易窝棚。他的新藏身处附近有一条小溪，解决了喝水问题。附近农民经常把挤出来的牛奶放在桶里，泡在溪水中保鲜，数量很大。拉斯姆森每次只从一只桶里取一点点，以防被发现。其中一次他甚至搞到了9品脱，相当于5.11升。
9月5日，蓬头垢面的拉斯姆森被一群狗发现了，很可能是他身上的臭气被狗闻到了。他只好再次逃离这个条件还算不错的“住所”。经仔细观察后他发现，最近低空飞过的美军飞机越来越多，却从未见它们扫射投弹。9月19日，拉斯姆森主动走进北海道南部海岸苫小港的一处警察局。看到来的是一个美国人，知道自己已投降的日本警察给他拿来了食物和香烟。他满心欢喜地吃到了68天以来的第一顿热饭。日本警察告诉他：“你们赢了，我们投降了。”拉斯姆森向他讲述了这段时间的传奇经历，警察才知道最近一系列偷奶案不用再侦破了。
7月15日傍晚，回收了所有舰载机之后，美军第三十八特混舰队开始向东机动，前往指定海域与唐纳德·比尔少将的第六后勤中队会合。哈尔西的105艘战舰一口气“喝”下了379157桶燃油，有6369吨弹药和1635吨补给物资被从运输船送进了作战舰艇的弹药库和贮藏室。另外，还接受了99架补充飞机和412名替换人员。整个补给过程用时18个小时，拉福德少将称这是“公海上出现过的最伟大的后勤壮举”，此言不虚也。
同日，哈尔西和麦凯恩接到了海军部发来的一封电报：8月14日第三舰队回到埃尼威托克环礁之后，由约翰·陶尔斯中将接替麦凯恩出任第三十八特混舰队司令官；麦凯恩回国出任奥马尔·布莱德雷上将的副手，担任退伍军人管理局副局长。麦凯恩知道这意味着自己海上生涯的结束，并猜测这是军事法庭对他在6月那次台风中采取的行动调查后做出结论的直接后果。他的猜测是非常正确的。不过，麦凯恩从未在新岗位上待过一天，他回国4天后就去世了。
英国战史专家克拉克·雷诺兹对哈尔西和麦凯恩这对搭档的评价不高，在著作《航母崛起：争夺海上霸权》一书中写道：“鉴于两人在指挥快速航母舰队时的表现，只能认为他们在中太平洋进攻中属于第三流的英雄。他们不应该来到这里，而应该把指挥岗位交给更有才华的将领。”老酒以为，雷诺兹的话明显言重了：即使算不上超一流，至少也算是第一流，说第三流明显不太客观。
当天，罗林斯中将率英军第三十七特混舰队的28艘军舰前来会合。如果放在战争初期，有4艘航母和2艘战列舰前来支援，美国人一定会激动得不能自持。但是现在，他们对友军的到来感到可有可无，海军是迫于前总统的面子才勉强同意英军参战的，美军水兵戏称姗姗来迟的英军舰队是“来摘桃子的人”。一个简单的事实是，不管是哈尔西还是斯普鲁恩斯，都对英国人保持着礼貌和一定距离，分配给他们的也是一些简单的、次要的且没什么油水的任务。
卡尼提醒哈尔西说：“派第三十七特混舰队来太平洋，主要是为了提高英国的声望，丘吉尔希望用在地球另一端这个地区的胜利，去弥补他们1942年在东方节节败退的耻辱造成的消极影响。他们现在来，就是证明自己参加了击败日军的最后行动。我们这些前线指挥官无法左右这些问题。”
“我讨厌在军事问题上掺杂政治因素，”哈尔西气呼呼地说，“我很尊重罗林斯将军和他那支优秀的舰队，这让我对这种政治的掺杂更加憎恨。但麦克（卡尼的昵称）提醒我政治家的目标有时候和军事目标的分歧相当大，但为了美国的利益，有些攻击必须由美军单独进行。”
当天罗林斯中将和维安中将——他已于5月8日获得火线晋升——率参谋团队登上了“密苏里”号。哈尔西给了英国人三个选项：第一，第三十七特混舰队作为美军的一个特混大队联合作战，“贵部不会从我处直接接受任务，但我对第三十八特混舰队下达的命令也会对贵部公布，我将以‘建议’的形式向贵部下达作战要求”；第二，第三十七特混舰队在距离美军100～110公里的距离上独立作战；第三，英军完全独立作战，美军只向英军提供打击目标。
罗林斯中将当即表态：“我们当然接受第一个选项，在美军指挥下联合作战。”
“从那一刻起，”哈尔西说，“他便赢得了我足够的敬意。”
7月17日，美、英两支特混舰队对东京以北地区发起联合空袭。傍晚，第二炮击舰队再次出列向海岸靠近，准备对茨城县日立市实施炮击。巴杰少将的阵容更加豪华，除了原有的3艘衣阿华级战列舰，又加入了“北卡罗来纳”号、“亚拉巴马”号和“英王乔治五世”号，护航的是轻巡洋舰“亚特兰大”号、“代顿”号以及8艘美军驱逐舰和2艘英军驱逐舰。英军战舰被安排在美军编队后方，由英国人单独指挥。哈尔西继续在“密苏里”号上坐镇，英、美航母出动夜航战斗机实施空中掩护。日军不大可能在夜间出动战机，这一行动实在没有多大必要。
巴杰舰队夜间炮击的目标是日立市周边的9处工业设施。当夜恰逢降雨和浓雾，美军校射飞机无法起飞，炮击舰队只能利用雷达和无线电定位实施盲射。炮击于17日23时10分开始，一直持续到18日凌晨1时10分。美军战列舰共发射406毫米炮弹1238发，英军战列舰发射356毫米炮弹267发，2艘轻巡洋舰也向日立南郊的雷达电子仪器厂发射了292发152毫米炮弹，炮击距离保持在21000～32000米。联军的炮火虽然猛烈，但准度不佳，9处目标仅3处遭到明显破坏，其余6处损伤轻微。日立市区倒是落下了不少炮弹，加上18日夜间李梅B-29也来“光顾”，造成日立市79%的城区被毁。
7月18日，美、英航母出动舰载机1200架次——“不屈”号因故障直到7月24日前都无法参战——再度空袭了东京地区，主要目标是停泊在横须贺军港的日军战列舰“长门”号。侦察机拍回的照片显示，“长门”号停泊在靠近山坡的一片大型起重机附近，近3/4的桅杆已被截除，甲板上铺满了用于伪装的植物，周围有高射炮台约250座。虽然现在“长门”号已沦落为一座海上浮动炮台，但哈尔西还是不愿轻易放过它，因为它曾经是前联合舰队司令官山本五十六的旗舰。美军航空兵决心了结这笔拖欠了44个月的旧账，飞行员待命室的小黑板上清晰地写着“为珍珠港复仇”。
“随你怎么说，”参谋长卡尼少将说，“这是我们所有人内心深处的心声。珍珠港之耻永远都不会消弭，除非他们付出足够代价，除非他们被彻底消灭。”痛打落水狗的时刻到了。
当天下午，美军舰载机对“长门”号发起背阳攻击。“埃塞克斯”号俯冲轰炸机飞行员欧内斯特·赫托少尉投下的炸弹准确命中舰桥，将包括舰长大冢干、副舰长渡边在内的13人当场炸死。另一颗可能是詹姆斯·克劳福德上尉投下的炸弹击中战列舰三号炮塔基座，摧毁了4个25毫米高炮炮位，炸死了25名炮手。战列舰终究皮糙肉厚，美军三位数舰载机的攻击竟然没能将“长门”号彻底击沉。其中一大原因是该舰停泊位置使美军无法发起鱼雷攻击，而航空炸弹又无法对战列舰构成致命伤害。美军的攻击还击沉日军1艘扫雷舰、1艘老式巡洋舰、1艘报废驱逐舰和其他一些小型船只，付出的代价是7架飞机未能返航。美军对吴港其他目标的攻击损失飞机21架，“汉考克”号出现降落事故，损失飞机4架，18名机组成员阵亡或失踪。当天美军攻击结束后，日军撤走了“长门”号上的高射炮手，等于将该舰完全放弃。此后美军再未对它发起攻击，好像是特意为1946年在比基尼岛进行的核试验留下它。英国人对此非常不满，他们被指令不得攻击“长门”号。
18日夜间，哈尔西宣布以第十七巡洋舰分队的“阿斯托里亚”号、“帕萨迪纳”号、“斯普林菲尔德”号和“威尔克斯·巴里”号轻巡洋舰及6艘驱逐舰临时编成第三十四特混舰队第八大队第三分队——按惯例称为第三炮击舰队——在卡里·琼斯海军少将的率领下对房总半岛最南端野岛崎的一处海岸雷达站进行了5分钟短促炮击，发射152毫米炮弹240发，好像没有命中记录。但他们差点取得了另一项“战果”。
当晚，友军比尔·帕哈姆中校的“牛鼻鲼”号潜艇正在距日本海岸线60公里海域执行海上搜救任务，意外被琼斯舰队的2艘驱逐舰发现。虽然洛克伍德已经提前告知哈尔西潜艇所在的准确位置，但总有一些人不知道这个消息。两艘驱逐舰对“牛鼻鲼”号猛烈开火，大惊失色的帕哈姆中校发射绿色信号弹以亮明友军身份，反而招来驱逐舰更加猛烈的炮击。帕哈姆后来说，他指挥潜艇在波涛汹涌的海面上经历了多次规避躲闪，眼看要坠入万劫不复的境地时，终于成功下潜到300英尺深度，然后转向快速逃离。“感谢上帝，”帕哈姆中校心有余悸地说，“我们的动作还算迅速，总算幸存下来了。”当时这艘潜艇上还携带着15名获救的美军飞行员。
战后美军的调查显示，战列舰406毫米炮弹的破坏力远不如舰载机投下的900公斤或450公斤航空炸弹。但是考虑在当时环境下舰队近岸炮击风险较低，炮击行动仍被认为是合理的。对日本平民而言，舰炮打击远比空袭更加令人恐惧。美军舰队已经可以肆无忌惮地驶抵近海发起炮击，这一事实让很多日本人相信战争已经输了。相比炮击造成的物资损失，这一行动的心理效果更为明显。即使那些损失轻微的工厂，也因为工人担惊受怕拒绝上班而导致停产或产量下降。
当天的攻击结束之后，美、英两支舰队再次前往指定海域加油补给。哈尔西将下一轮攻击目标锁定为吴港，那里停泊着日本海军残存的大部分舰只。从第六后勤中队过来的尼米兹上将的特使威廉·珀内尔少将——他的正式职务是“曼哈顿工程”的海军负责人——给哈尔西带来了一个重要消息：陆军第二十航空队准备向日本的几座城市投掷原子弹。哈尔西还是第一次听说这种炸弹，现在他终于明白了之前尼米兹给出的禁令，有4座城市被禁止轰炸，它们包括京都、广岛、小仓和新潟。随后珀内尔少将出具了尼米兹的书面命令：“8月1日之后，所有舰载机离上述目标城市的距离不得低于50英里。”
就在哈尔西率舰队在日本近海大摇大摆地活动的同时，李梅于7月9日启动了“饥饿行动”第五阶段也是最后一阶段战役。其间，第二十航空队共出动“超级空中堡垒”474架次，布雷3746颗。除了在日本本土港口布雷，美军还在朝鲜半岛的釜山、马山、元山、兴南和清津等港口布下水雷，阻止滞留在这些港口的日本船只出海。截至日本战败投降，美军历时4个半月的“饥饿战役”，共出动B-29轰炸机1528架次，布雷12053颗，炸沉炸伤包括“海鹰”号航母在内的军舰65艘、其他舰只600余艘，总吨位140余万吨。美军为此付出的代价极其轻微，损失15架飞机和103名机组成员。
战后美国战略轰炸调查团的分析总结认为，这一致命行动应该更早启动，规模也应该更大：“在针对敌人航运的所有作战形式中，布雷在人员和物资方面都是最经济的。”日军扫雷部队指挥官田村和熊的话，印证了美国人的上述说法：“从4月开始，贵军开始大规模布雷，这样一来，水雷就从一个麻烦变成了一个巨大的问题。空投布雷造成的损失是如此巨大，如果你们早点儿展开这样的攻势，我们投降的时间还会提前很多。”
在关岛的太平洋舰队司令部，尼米兹上将对前线战事早已没了之前的关注度。金上将从华盛顿发来电报说，7月中旬破译的日本电报表明，他们正在试图通过苏联伸出和平触角，尼米兹和斯普鲁恩斯的工作重点应该从制订“奥林匹克”计划，转到为日本可能提前投降进行各项准备。随后不久，国内有关建立民事政府、处理战犯、战后重建方面的专家，陆续来到关岛太平洋舰队司令部。