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对马海战惨败的消息传回俄国，举国哗然。宫廷值班侍卫雷泽夫斯基将军第一时间向尼古拉二世通报了这一噩耗。身穿海军中校军服的尼古拉二世面带微笑地听完了汇报，随后慈祥地问雷泽夫斯基：“天气真好，明天您想不想去打猎？”半个小时后，雷泽夫斯基发现，尼古拉二世竟然拿着气枪在后花园聚精会神地打鸟。
当天晚上，在圣彼得堡米哈伊洛夫斯基大剧院的贵宾包厢里，坐着已经被解职的远东总督阿列克谢耶夫海军上将。舞台上正在演出芭蕾舞剧，主演就是阿列克谢耶夫挪用海军经费包养的情妇、法国芭蕾舞演员艾尔莎。剧院里所有人连同其他包厢里的沙俄贵族都发出了阵阵嘘声：“从俄国滚出去！你身上佩戴的不是钻石，而是我们沉没的巡洋舰和战列舰！”
战场上的失败导致国内的危机更加严重。6月27日，俄国黑海舰队两艘战列舰上的水兵发动了武装起义，沙皇的统治岌岌可危。从1905年1月19日开始，尼古拉二世已经不敢在圣彼得堡露面。远东战争再打下去，俄国爆发革命已势在必然。俄国的两个邻国德国和奥匈帝国甚至已经联合制订作战计划，一旦俄国爆发革命，双方联手帮助沙皇进行镇压。
和甲午战争的后期相似，在战场上不断取得胜利的日本也早已精疲力竭。对于日本来说，独占朝鲜和将俄国势力赶出南满的目的已基本达到。到1905年8月底，日本在满洲的军队已经达到了惊人的337000人，相当于其常备军力的150%。为了满足前线的需要，日本已经将征兵的年龄由32岁延长至37岁，动员能力已经达到极限。很多工业企业因缺乏劳动力已经缩减生产甚至停工。在农村，由于年轻人很多奔赴战场，出现了大量的农田荒芜。其间深感无奈的明治天皇曾作诗感慨曰：“男儿意志刚，纷纷踊跃上战场，国事应共当。留下庭院寂无声，可怜孤老耕作忙。”
前线作战部队的反战情绪也开始不断出现。整整一个联队的士兵拒绝进攻，只得把他们撤下来修路。令人庆幸的是，此时日本军国主义的毒害还不算很深，满洲军参谋长儿玉源太郎和海军大臣山本权兵卫都坚决主张停战，立即谋求缔结合约。
在这样的大环境下，和事佬恰如其分地出现了。1905年6月8日，美国驻俄大使迈耶和驻日大使格里斯科姆分别向两国的外交部递交了劝告媾和的照会。两国也很识趣味，日本当天就答应了美国的请求。两天后，6月10日，俄国也照会美国愿意接受美国出面进行调停。
像十年前谈判前占领澎湖列岛一样，为了在谈判中占据有利位置，日军于7月1日派兵在萨哈林岛登陆，并于7月31日占领全岛。日本已经深刻理解并践行了“掠夺者有权占有已夺得之物”的道理。
对于即将开始的和谈，日俄双方都在争取对自己相对有利的“主场”。俄国建议将谈判地点选在盟国法国的巴黎，日本则建议在离自己很近的中国烟台。但是美国不愿意，想谈判，那就都到我这儿来，至少吃我的，住我的，还能挣俩饭钱和店钱。最后，和谈的地点选在了美国的朴次茅斯。
一直置身事外的清廷也不甘于只当朴次茅斯和谈的看客，曾经对日、俄及其他国家发出声明：日俄议和条款内倘有牵扯大清国的内容，凡未经与大清商定的一概不予承认。清廷还提出参加会谈的要求，立即遭到日、俄的断然拒绝。双方在和谈期间，根本无视清廷的存在。
日本原来准备派出的谈判代表是老奸巨猾的伊藤博文。伊藤深知，这次谈判的难度肯定远远大于10年前和李鸿章的谈判，于是以“因病不能做长途航海旅行”为由婉拒。无奈之下，日本只好派出了外务大臣小村寿太郎和驻美大使高平小五郎。身材矮小的小村寿太郎因狡黠机诈，有“鼠公使”之称，以前留美期间曾经是老罗斯福的同学，老同学见面好说事。
俄国代表起初选定的是俄国驻法国和意大利的大使，听到消息的两个人马上学习伊藤博文装病。已经赋闲在家的前财政大臣维特无奈重出江湖，去收拾当年和李鸿章面临的类似烂摊子。
运动员搞定出场，裁判长就是美国总统西奥多·罗斯福，历史上称为老罗斯福。就是后来第二次世界大战中领导美国的那个小罗斯福的叔叔。
谈判漫长而持久。从1905年8月9日到9月5日，日、俄双方进行了十轮会谈。和谈的焦点就是割让萨哈林岛和战争赔款问题。双方唇枪舌剑，罗斯福开始和稀泥。他的方案是俄国割让南萨哈林岛而日本不用赔款，这样对美国才最有利，既可以让俄国今后不再涉足远东，又可以避免日本利用赔款迅速强大，反过来威胁美国。
日本在战争中消耗巨大，坚决要求赔款不放松。同样打了败仗的尼古拉二世却比当年的大清有出息得多，当即声称“一寸土地和一个戈比也不会给日本黄猴子”。8月18日，第七次会谈之后，气急败坏的小村寿太郎甚至已经回宾馆结账退房：老子不谈了，回去咱们接着打！
俄国的谈判代表维特还保持着清醒的头脑。他知道对于俄国来说，继续战斗下去的后果是灾难性的，于是耐心劝说尼古拉二世一定要接受让步。在老罗斯福和德皇威廉二世的劝说下，尼古拉二世终于在8月26日同意割让南萨哈林岛，但是钱还是免谈，一个子儿都不给。
事实上，日本也实在坚持不下去了。8月28日，日本内阁电令小村，即使放弃割地、赔款，也要尽快实现媾和。8月29日，在第十次会谈上，日本不再要求赔款，双方开始草拟合约文本。
1905年9月5日14时，日、俄双方在朴次茅斯海军造船厂办公大楼签订了著名的《朴次茅斯和约》。合约共15条，主要内容包括日本对朝鲜享有特殊权利，俄国从满洲撤兵，转让关东州租借权和南满铁路，割让南萨哈林岛等。持续19个月的日俄战争至此宣告结束。
和中国甲午战争后的情形类似，日俄战争12年后，沙俄罗曼诺夫王朝亡国。1918年7月16日深夜或7月17日凌晨，尼古拉二世以及他的皇后、一个儿子和四个女儿，连同仆人，被看管他们的布尔什维克秘密警察赶到地下室，用机关枪扫射，集体处决。唯一的儿子是年龄最小的，当时只有14岁。
一切似乎尘埃落定，可日本这边事情还远远没有结束。整个日俄战争，日本军费支出高达18亿6000万日元，战争导致日本的国债从战前的6亿一下子上涨到24亿，仅每年支付的利息就达到1.1亿，国民人均税负从1903年的5日元升至10日元，翻了整整一倍。比照上次甲午战争日本获得的巨大收益，日本民众认为，日本至少要获得俄国全部萨哈林岛、海参崴、滨海省和堪察加半岛等土地，赔款数额最少不能低于20亿日元。
日本一个所谓的“七博士集团”，之前就提出了一个媾和方案：赔款30亿日元，割让包括萨哈林、堪察加在内的全部沙俄太平洋沿海地区。所谓“七博士集团”，是指当时东京帝国大学的七名教授：户水宽人，福井政章，金井延，寺尾亨，高桥作卫，小野塚喜平次和中村进午。这七位全是留学西方的海归博士，故称为“七博士”。
谈判前线传回的消息让日本国民大失所望。除了因为赎回战俘让俄国人拿出来的45967620卢布12戈比（约合3067万日元）的住宿费、伙食费外，战争赔款一分钱都没拿到，搞了半天，这仗是白打了。1905年9月5日，就在《朴次茅斯和约》签署的当天，3万东京市民缠着黑纱集会日比谷公园，要求废止这一“耻辱”的和约，继续对俄作战。
与会群众和试图阻挠大会的警察，双方发生激烈冲突。狂热的市民捣毁了国民新闻报社。由于传闻此前曾经劝告天皇“见好就收”，内务大臣清浦圭吾的官邸也被付之一炬。混乱持续到次日，政府发布“戒严令”，宣布东京戒严，随后出动军队镇压。骚乱中，2个警察署、219个派出所或警察岗亭、13座教堂、53户民宅、15辆电车被烧毁或损坏。骚乱者被捕1700余人，后起诉308人、判刑87人。很快暴动从东京蔓延到大阪、横滨、神户等城市，反媾和运动波及全国各地。这场政治风暴直接导致主张签署合约的桂太郎内阁倒台。由于这次媾和是美国斡旋的，日本民众认为美国肯定偏向了同为白种人的俄国。在他们的心目中，美国人已成为日本不共戴天、势不两立的仇敌。
透过这一事件不难看出，对于日本政府的侵略政策，日本民众所关心的只是掠夺他国的财富，根本无视可能对别国造成的伤害。这种自私、狭隘、不辨是非的极端民族主义，自然纵容了当权者更加肆无忌惮地向他国伸出掠夺之手。
“七博士集团”的出现也具有特殊意义，从中可以看到日本的知识界和思想界已经堕落。甲午战争开始前，以内村鉴三为代表的一部分知识界、思想界精英分子是坚决支持战争的，他们认为那是一场争取朝鲜独立的“义战”。当得知《马关条约》的内容以后，这些人立即改变了看法，认为那只是一场“不义战”和“掠夺战争”，从而否认甲午战争。而现在，扩张和掠夺已经成为日本主流知识界和思想界的追求目标。
尽管如此，从根本上讲，日本还是在这次战争中收益颇丰。战后不久，1910年8月29日，日本宣布吞并朝鲜，开始了对朝鲜长达35年的殖民统治。从俄国人手里抢到的南满也成为今后侵略中国的基地。战争的胜利使日本真正跨入了世界一流强国之列。战后不久，西方各国纷纷取消之前和日本签订的不平等条约，将驻日使节提升为大使级，日本的民族主义精神日益强盛。
美国著名历史学家斯塔夫里阿诺斯在他的《全球通史》里这样论述：“回顾起来，这场战争是远东历史乃至世界历史的一个重要转折点。”他认为这场战争的意义，除确立了日本的强国地位之外，更重要的是历史上第一次一个亚洲国家战胜了一个欧洲国家，而且是一个大帝国，这对整个亚洲产生了令人振奋的影响。它向诸殖民地民族的千百万人表明，欧洲的统治者并不是神圣的、命中注定的。白人第一次被有色人种打败，全球所有的非白人民族都充满了希望。他认为从这个意义上来讲，“日俄战争是近代历史上的一个里程碑，是非欧洲民族充分觉醒的序幕”。可悲的是，在日本军队中也开始产生所向无敌、急躁、冒进的情绪。日本军人从此认为，所有一切事情都可以通过武力来解决，外交家从此被视为无用之物。谈判期间身患流感，发着40度高烧的小村寿太郎回国之后，被冠上“卖国贼”的称号。随着东乡平八郎、乃木希典、广濑武夫一系列“军神”形象的不断涌现，日本军人阶层开始被国人奉若神明。武夫干政逐渐开始并不断深化，日本已经在军国主义的道路上越走越远。
表面上看，《朴次茅斯和约》签订的最大受益者应该是老罗斯福，他因此获得了1906年诺贝尔和平奖。事实上，后来的结果却令美国大失所望。和美国“门户开放”政策相反，日本随后在朝鲜和南满推行了极端的“关门”政策，导致美国的如意算盘全部落空。战后不久，原来敌对的俄国和日本也开始共同密谋对付美国。1907年7月30日，俄、日秘密签订协约，划分两国在外蒙古和满洲的势力范围，共同反对美国企图插足满洲的企图。一向自认为聪明的美国，可谓搬起石头砸了自己的脚。
日俄战争结束后，俄国的海军实力从1903年的世界第三位，一下子跌到1905年的第六位，日本则由第六位跃居第四位，仅仅排在英、法、德之后。就在战争结束之后的第二年，也就是1906年，日本海军就开始了新的打造“八八舰队”（八艘战列舰、八艘装甲巡洋舰）计划，陆军也提出了扩军至100万人的目标。放眼远东，中国和俄罗斯都已经被日本打败，这庞大的军事力量要去对付谁呢？
谜底很快揭开。1907年4月19日，日本通过了“明治四十年帝国国防方针”——美国首次成为日本的假想敌！