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公元1607年，野人女真三部中的瓦尔喀部看到了努尔哈赤统一女真是一个任谁都不可阻挡的大趋势，于是主动归附。同年，努尔哈赤消灭了拒不屈服的海西女真四部中的辉发部。而另一部族乌拉部的势力虽然被大大削弱，却仍图谋振兴。
乌拉部与努尔哈赤交战失败后，被迫将贝勒满泰的女儿乌拉那拉·阿巴亥嫁给努尔哈赤为妻，努尔哈赤也将侄女嫁予乌拉部，双方互相婚嫁，结成姻盟。但到了公元1613年，努尔哈赤还是消灭了乌拉部。
至此，海西女真四部中就剩下叶赫部了。于是叶赫紧急向明廷求救，明廷派出千人相助。努尔哈赤便在攻下叶赫七城十九寨后见好而收。
努尔哈赤这时觉得，建立自己政权的时机已经到来了。
创大业者，必立根本。边疆少数民族能够创建政权，是日后入主中原建立王朝的基础。
公元1616年，努尔哈赤以赫图阿拉为都城，称“兴京”，仿蒙古和中原王朝范式登上汗位，立国号“大金”，史称后金，年号天命。疆域东至辽边，北临蒙古，南濒鸭绿江。
努尔哈赤立国后，重视以天命思想维持统治。他宣称：“汗是天之子，汗之子是贝勒、大臣，而贝勒和大臣之子又是阿哈（奴隶）。”所以他自称“天命皇帝”，并在给朝鲜国王的国书上加盖了“后金天命皇帝印”。
与此同时，努尔哈赤确定次子代善为大贝勒，侄阿敏为二贝勒，五子莽古尔泰为三贝勒，八子皇太极为四贝勒。以额亦都、费英东、何和礼、扈尔汉、安费扬古为五大臣同听国政。又设扎尔固齐十人听讼治民，掌管民事与司法。凡有重大案件，先由扎尔固齐十人审问，然后报告五大臣，再由五大臣复查，报诸贝勒讨论议决，最后由努尔哈赤亲自审问裁决。
从此，努尔哈赤有了巩固的根据地，以支持其统一事业进一步发展。
但在选定接班人的大事上，努尔哈赤犯了难。
此前，努尔哈赤有过三次立储失败的教训。
第一次，他立了同母胞弟舒尔哈齐。二人同起兵，共成长；同战斗，共患难。后来地位几乎平起平坐。舒尔哈齐也成为努尔哈赤的实际接班人。但两兄弟在很多重大政治策略问题上分歧很大，直至闹得不可开交。1611年，努尔哈赤圈禁了舒尔哈齐，将其迫害致死。
第二次，他立了长子褚英。褚英是努尔哈赤21岁时由妻子佟佳氏所生。
1607年，建州女真同乌拉部激战，时年27岁的褚英勇谋出众，力败强敌。此后不久，褚英取代舒尔哈齐成为实际上的接班人。但努尔哈赤过早确立接班人，导致诸子和大臣之间分歧丛生，他们对褚英非常不满，弄得努尔哈赤很伤脑筋。最后，努尔哈赤下定决心，于1613年将褚英废掉，又在经过痛苦思索后将其处死。
代善像
第三次是在褚英死后，努尔哈赤与第一任妻子佟佳·哈哈纳札青所生的次子代善成为事实上的接班人。代善时年30岁，很受父亲赏识，在1615年努尔哈赤刚刚建立八旗制度的时候，代善一个人单独掌握两红旗，共计51个牛录，其实力仅次于努尔哈赤亲掌的两黄旗65个牛录，并远高于其他人。后来努尔哈赤分代善两红旗中的一个给了代善的长子岳讬，但也只是从锻炼孙辈能力的角度考虑，实际上并没有削弱代善的领导地位。
但代善高兴得太早了，以致露出马脚。他非但没有吸取哥哥褚英虽无过而遭嫉被废杀的教训，反而在这条路上越走越远。终于，努尔哈赤的小福晋德因泽向丈夫告发多尔衮的母亲乌拉那拉·阿巴亥与代善图谋不轨。她说：“阿巴亥有次备佳肴送给大贝勒代善，代善受而食之；又送给四贝勒皇太极，则受而未食。阿巴亥经常派人去代善家，不知道干些什么；又经常在深夜外出宫院，不知道去往哪里。”
努尔哈赤派人调查，结果一切属实。最后努尔哈赤因不愿家丑外扬而没有继续追究和声张。但世上没有不透风的墙，很快这件事就在满洲贵族中曝光。代善的威望大大下降，已无力争夺汗位。
努尔哈赤无奈之下，被迫放弃在自己活着的时候立储的想法，并经深思熟虑后提出汗位继承新方案——由八位和硕贝勒（八旗旗主）共议推举新汗或废黜大汗。