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哈达部被消灭后，努尔哈赤暂时停止了统一女真各部战争的步伐，转而开始从事内部建设，以巩固统一成果。他的第一项措施就是创立满洲文字。
当时，建州女真与朝鲜、明廷的来往公文都用汉文书写；对内发布军令和政令时则用蒙古文。这两种文字对女真百姓来说都难懂难记。
努尔哈赤像
后金第一部官修档案《满文老档》
于是在公元1599年，努尔哈赤命人以蒙古字母拼写满语的方式创制了满文，并在清朝建立后被选定为官方语言文字。这不仅是满洲发展史上的一座里程碑，更是中华文化史乃至东北亚文明史上的一件大事。
努尔哈赤的第二项措施就是创立八旗制度。它起源于女真人的牛录制：早先，女真人在出兵或狩猎的时候，按族党屯寨进行。每人出一支箭，十人为一牛录，其中有一首领，称“牛录额真”。
公元1601年，努尔哈赤在此基础上建立了黄、红、白、蓝四旗，每旗7500人。1615年，四旗又扩大为八旗。原四旗名称冠以“正”，新四旗则冠以“镶”。“镶”即在原来旗帜周围镶边，其中黄、白、蓝三色旗镶红边，红色旗镶白边。如此就形成了满洲八旗。后来又逐渐增设蒙古八旗、汉军八旗和“打胜八旗”，合计三十二旗，但仍惯称“八旗”。
八旗“以旗统军，以旗统民”，平时耕田打猎，战时披甲上阵，将部族国家联结成一个组织严密、生机蓬勃的整体。这是清朝的一个核心社会制度，也是定鼎燕京、入主中原、统一中国、稳定政权的关键。
秦、汉以降，中原王朝始终防备北方游牧民族。直至明代，京师仍遭北骑袭扰，明英宗甚至做了瓦剌的俘虏。为此，修筑“万里长城”的办法从秦一直沿用至明。
然而努尔哈赤对蒙古采取了既不同于中原，也有别于先辈的做法：采用编旗、联姻、会盟、封赏、围猎、赈济、朝觐、重教等政策，加强对蒙古上层人物及部民的联系与辖治。
此后，后金国（清朝）与蒙古的关系也不同于汉、唐的公主和亲，而是互相婚娶，成了真正的儿女亲家。困扰古代中国的北方游牧民族难题，至此得到初步解决。这是努尔哈赤修内政的第三项措施。
终于，建州女真内外初定。努尔哈赤觉得，他统一整个女真、建立强大政权的时机到了。