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说到八旗内部黄白两旗的矛盾，其源头要一直追溯到皇太极时的改旗。
皇太极即位后，便将自己掌握的两白旗改为两黄旗，分居左、右翼之首，大大提高了原两白旗的地位；而将努尔哈赤留给阿济格、多铎、多尔衮三人的两黄旗改为两白旗，居左翼之中，地位下降。由此埋下两旗矛盾的种子。
顺治初年，八旗贵族在京师附近大规模地圈地，在分配圈占土地时，摄政王多尔衮利用权势，将原本分给镶黄旗的土地给了自己的正白旗；而于右翼之末——保定府、河间府、涿州等处，另拨土地给镶黄旗。这引起镶黄旗的不满，加大了两旗间的旧有矛盾。
正白旗、镶白旗甲胄
结果鳌拜为打击正白旗大臣苏克萨哈，重提换地一事，要求镶黄旗与正白旗互换土地，再次挑起二者矛盾。
公元1666年，鳌拜唆使八旗以土地不堪耕种为由，提出更换的要求，送交户部。户部则认为土地分配已久，且朝廷在1664年已有民间土地不许再圈的旨意，遂反对圈换土地。
鳌拜则假借世祖章皇帝有旨，凡事俱尊太祖、太宗例执行，于当年夏天命镶黄旗从右翼之末移回左翼之首，并为镶黄旗在北京东北部的顺义、怀柔、密云、平谷四县圈拨土地，造成既成事实。
圈地事件打破了辅政四大臣协调一致的原则。朝内百官惴惴不安，纷纷上书要求皇帝亲政。
公元1667年夏，索尼病死。索尼虽然在生前倾向鳌拜，却在临死前上书康熙皇帝玄烨，请他亲政。此举为皇帝日后除去鳌拜势力提供了转机。
而此时的鳌拜，却打算趁机提高自己的地位与职权，代替已故的索尼，获取启奏与批理奏疏之权。康熙皇帝见鳌拜愈加跋扈、四大臣辅政体制名存实亡，遂以辅臣履行陈奏为由，奏请太皇太后允许，并私下里拟好了诏旨，于8月25日（农历七月初七）那天昭告天下，举行了亲政大典。
此后，康熙仍命鳌拜等辅臣佐理政务。
“大清嗣天子宝”金印
这时的苏克萨哈认为皇帝已经亲政，自己又无法应对鳌拜的威胁，唯恐遭其暗算，遂产生引退之念，于8月30日（农历七月十二日）向康熙帝乞请辞职，愿意去守护先帝陵寝。
鳌拜见状乘机诬陷，以苏克萨哈心怀不满、不愿归政皇上为由，罗织大逆等罪状24款，拟将苏克萨哈及其长子处以磔刑，包括余子6人、孙1人、兄弟之子2人等家族14人皆处斩，家产籍没。
康熙以为处分太过，“坚执不允所请”。鳌拜则不顾人臣礼节，“攘臂上前，强奏累日”。皇帝无奈，仅将苏克萨哈改判绞刑，余均从鳌拜所请。
康熙刚刚亲政，鳌拜就将苏克萨哈灭族，此时的他蛮横专权已到了肆无忌惮的地步。
苏克萨哈一死，辅政四大臣便去其二，剩下的遏必隆唯鳌拜之鳌拜命是从，于是鳌拜更加为所欲为。
而康熙皇帝亲政后，决定收回大权，并准备取消辅政大臣制度。这使鳌拜受到了极大的限制，二人早已存在的矛盾就更趋于激化。
这一局面，连出入宫廷的法国传教士白晋也看得十分清楚，他记录道：“四位摄政王中最有势力的宰相（指鳌拜）把持了议政大臣会议和六部实权，任意行使康熙皇帝的权威。因此，任何人都没有勇气对他提出疑议。”
凡朝中大事，鳌拜都召集亲信“在家中议定，然后施行”，即使皇帝不同意，他也强行贯彻。于是他的党羽亦敢怠慢皇上，皇权受到严重威胁。