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针对日益加剧的吏治腐败，鳌拜等辅政大臣开始重拳整顿官场恶习，提高官府办事效率和官员办事能力。
据《清圣祖实录》记载，鳌拜等人在辅政仅半月后，就以皇帝名义诏谕百官：“朕以冲龄践阼，初理万几，所赖尔大小臣工，同心协力，矢效赞襄。”次日还命都察院左都御史就巡按工作提出了十项要求。
公元1665年春，鳌拜下令严查督抚在地方的劣政，次年春又下令对公然受贿的地方督抚大员“从重治罪”。鳌拜是这么说的，也是这么做的。仅1667年一年，他就将贪酷、不谨、罢软、年老、有疾、才力不及、浮躁等官员共563人革职，还裁撤了各省大小衙门官吏3849名。
此外，据《清圣祖实录》记载，为了提高效率，鳌拜在1660年春就要求所有官员“进奉本章，关系政务，应切实陈奏……事情正理，明白敷陈，不得用泛泛文词”，还在参考明朝规定奏事本章1000字数限制的基础上，再减少到不得超过300字。与此同时，还规定了办结事务的时限。
同年，鳌拜还一举革除了清朝原本强大的宦官势力——内官十三衙门，彻底断绝了宦官干政的可能。
鳌拜还采取一系列措施努力发展经济。其中，最为重要的措施有两个。
一是奖励垦荒。这项措施实际上是中国古代每个王朝在建立之初、较有作为时通用的办法，鳌拜辅政时也不例外。但在具体办法上，鳌拜有了很多创新。最典型的就是下令“湖广填四川”。
清朝初年，由于连年战乱，四川地区人烟稀少、经济凋敝。在这种情况下，鳌拜提出“无论本省、外省文武官员，有能招民三十家入川、安插成都各州县者，量与纪录一次；有能招民六十家者，量与纪录二次；或至百家者，不论俸满，即准升转”。由此逐步重振四川地区经济民生。
二是实行“更名田”。1669年春，鳌拜借鉴明末农民起义的进步方面，下令清查前明废藩的田地房屋，分发给农户耕种，并将无人继承的田土公开招募开垦，即“更名田”。当时在直隶、山东、山西、陕西、甘肃、河南、湖广等省份发给农民田地多达20余万顷，占到全国耕地总数的1/20。
后世普遍认为此举是一项德政。然而也是鳌拜辅政大臣生涯的最后辉煌——在这件事情完成之后仅仅两个月，他就被康熙皇帝拿下了。
在鳌拜辅政的八年间，全国人丁的平均年增长率为1.7‰；平均土地年增长率为3.6‰；平均税银年增长率为0.62‰。土地增长幅度超过税收增长4倍多，为人民休养生息、经济民生恢复提供了有力保障。
鳌拜以军功起家，号称“万人敌”，赐号“巴图鲁”，但在他辅政时期却懂得节制军事。鳌拜很清楚，军费开支是个无底洞，如若一味进攻，清朝很可能步前明后尘，迅速衰落下去。
因此，公元1662年，在清军消灭南明永历政权后，鳌拜就迅速宣布：“从此大兵得以休息，粮饷不致糜费。宣诏中外，咸使闻知。”
由此外患渐息，不幸的是内患难平。