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就在鳌拜升为护军统领后的第二年（1643年），皇太极带着“储嗣未定”的遗憾猝死。鳌拜坚决支持肃亲王豪格，成为拥立皇子派的骨干。后来豪格虽没能即位，但福临作为皇子上位，鳌拜在其中还是起了十分关键的作用。
公元1644年，多尔衮率清军入关。次年，鳌拜一跃而成为一等昂邦章京。
此后，鳌拜先是跟随阿济格直下湖广讨伐李自成，后又跟随豪格进攻张献忠大西农民军。在西充一带追击张献忠时，鳌拜担任先锋，在两军遭遇时“奋击大破之，斩献忠于阵”，大破大西军主力。随后，他又继续深入四川、贵州等地，杀农民军将士1000多人，彻底剿灭了张献忠政权。
但战功赫赫的鳌拜并未因此继续升迁。
当时，清朝内部矛盾激化。福临继位称帝，多尔衮称摄政王，两黄旗和两白旗依然矛盾重重。鳌拜因为当初拥立豪格，而被多尔衮列为全力打击对象。
多尔衮着手分化正黄旗大臣集团。在当初订立盟约的8个人中，拜音图、何洛会、谭泰和冷僧机先后归顺，鳌拜、索尼、图赖和图尔格4人则仍拒绝投靠。后来豪格被囚禁而死，鳌拜等人便遭遇各种明枪暗箭。
入关以后的鳌拜，虽然战功赫赫，但却经常因为一些鸡毛蒜皮的小事被多尔衮暗算！这期间，主要的打击，鳌拜经历过三次。
第一次发生在1645年。鳌拜随阿济格征讨李自成时，阿济格私下里称呼皇帝为“孺子”。多尔衮得知后，谕令鳌拜等人召集将士揭发阿济格。鳌拜为了长官的面子没有照做，结果在后来论军功时他非但没有升迁，反被罚银100两。后来，鳌拜又因庇护索尼再次获罪，几乎被革职。
第二次是1648年。当年春，鳌拜跟随豪格征讨张献忠凯旋回京。豪格属下一个参领冒功邀赏遭到处罚，鳌拜竟也因勘察不实而连坐，被革职，罚银100两。一个月后，多尔衮为打击济尔哈朗再次兴起大狱，鳌拜被人揭发当初与人盟誓拥立豪格，论罪应当处死，后被小皇帝下旨“罚锾自赎”。再过一个月，有人告发鳌拜在皇太极驾崩时“擅发兵丁守门”，又获死罪，后来又被小皇帝网开一面，革职为民。
战场上九死一生、战功赫赫的鳌拜，在短短数月间却在鬼门关走了两次，可见他所受打击之严酷，遭遇境遇之窘迫！
第三次是1650年夏。鳌拜重新被起用。当时多尔衮生病在家，向亲信抱怨顺治小皇帝不来看望他，但后来改了主意，不许亲信奏报。最后小皇帝还是来了，多尔衮埋怨亲信们多嘴，却又舍不得处罚，竟借口鳌拜“目睹罪状，不即执鞫”，把他降职。
这叫什么事啊！
然而，鳌拜虽然屡次遭到打击，却仍拒绝向多尔衮屈服。多尔衮最后也没有办法，只能再度把他从官场上驱逐了事。
这个时候的鳌拜，忠于故主、坚守臣节，称得上是一个难得的忠义之臣。