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公元1649年秋，多尔衮患病。据说是因膝盖受伤，错用石膏敷治，导致病情加剧。随后，他为了调治疾病，也为了改善心情，于十一月中旬率领诸王贝勒及大批八旗官兵到塞外打猎行乐，却因此受了风寒和劳累，渐渐病重。
重病的多尔衮越来越思念包括顺治小皇帝在内的远在北京的亲人，并开始流露出对于小皇帝不来看望他的怨言。他说：“顷予罹此莫大之忧，体复不快，上虽人主，念此大故，亦宜循家人之礼，一为临幸。”
但话刚刚出口，多尔衮立即就后悔了。他还是想要全力以赴维护顺治小皇帝的名声，于是严令身边的人不得将他的话报告给皇帝。
当然最终的结果是，顺治小皇帝还是来了。这让多尔衮一时手足无措，十分恼怒，严厉谴责手下人帮倒忙。在这种情况下，为避免新的误会发生，多尔衮迅速决定提前移交权力给顺治。
公元1650年春，13岁的顺治皇帝亲政。与此同时，多尔衮率两白旗离开北京，移驻永平府。
1650年12月31日（农历十二月初九）戌时，一代枭雄多尔衮病死在边外喀喇城，时年38岁。
多尔衮死后，他生前摄政时强压下去的各种矛盾一股脑儿地爆发了。
其中包括皇帝本人与摄政王的矛盾；以济尔哈朗为首的一批受打压的诸王与多尔衮的矛盾；以及多尔衮亲信大臣内部的矛盾。
公元1651年2月1日（农历正月十二日），福临亲政。一些多尔衮原来的亲信审时度势，投靠了济尔哈朗。此时两白旗群龙无首，济尔哈朗等人认为时机成熟，便上疏皇帝，指控多尔衮“显有悖逆之心。臣等从前俱畏威吞声，不敢出言。是以此等情形未曾入告。今谨冒死奏闻，伏愿皇上速加乾断”。
济尔哈朗等人为多尔衮拟了如下主要罪名：
一、“背誓肆行，妄自尊大”，剥夺了济尔哈朗的摄政权，反立多铎为“辅政叔王”。
二、所用仪仗、音乐、侍从，与皇帝无异；所盖王府形同皇宫；私用皇帝御用八补黄袍、大东珠素珠及黑貂褂等殉葬。
三、散布流言，妄称皇太极称帝违背太祖本意。
四、逼死肃亲王豪格，迎纳豪格之妃。
顺治皇帝接到奏疏后喜出望外。他终于等到了报复多尔衮的良机，于是不顾自己一个月前曾亲自追封多尔衮“义皇帝”，断然下令将多尔衮“削爵、撤庙享、罢谥号、黜宗室、籍财产入宫”。
顺治帝为“皇父摄政王”之死颁发的哀诏
专权多年、功勋赫赫的多尔衮，在死后不到两个月就从天上跌入地狱，成了千古罪人！
这时，白旗大臣苏克萨哈等见势头不对也纷纷倒戈，告发多尔衮曾“谋篡大位”。没有倒戈的亲信先后被处死或被贬革。多尔衮多年培植的势力顷刻瓦解。
直到公元1778年，乾隆皇帝当政时，才正式为多尔衮平反，下诏为其修复坟茔，复其封号，“追谥曰忠，补入玉牒”。清朝一代对多尔衮的评价至此才算有了定论。