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整个PCB设计流程可以分为以下3个主要部分。
此部分主要进行PCB设计前的准备工作。
1）原理图的设计设计者根据设计要求用Capture软件绘制电路原理图。在绘制电路原理图时，要先在软件自带的元器件库中查找是否包含有关的元器件，若没有，则要自己动手创建元器件并将其添加到新的元器件库中，便于在绘制电路原理图时使用。
2）创建网络表绘制好的电路原理图经DRC无误后，可以生成送往Allegro的网络表。将网络表存放在指定目录下，便于以后导入 Allegro 软件。网络表文件包含3个部分，即pstxnet.dat、pstxprt.dat和pstchip.dat。
3）建立元器件封装库在创建网络表之前，每个元器件都必须有封装。由于实际元器件的封装是多种多样的，如果元器件的封装库中没有所需的封装，就必须自己动手创建元器件封装，并将其存放在指定目录下。
4）创建机械设计图设置 PCB 外框及高度限制等相关信息，产生新的机械图文件（Mechanical Drawing）并存储到指定目录下。
此部分是整个PCB设计中最重要的部分。
1）读取电路原理图的网络表将创建好的网络表导入Allegro软件，取得元器件的相关信息。
2）摆放机械图和元器件首先摆放创建好的机械图，然后摆放比较重要的或较大的元器件，如I/O端口器件、IC，最后摆放小型元器件，如电阻、电容等。
3）设置PCB的层面对于多层的PCB，需要添加PCB的层面，如添加VCC、GND层等。
4）进行布局（手动布局和自动布局）当 PCB 上的元器件不多时，可以采用手动布局；当元器件较多时，往往先采用自动布局，再使用 Move（移动）、Spin（旋转）、Mirror （镜像）等操作对个别元器件的位置进行适当调整。
5）进行布线（交互式布线和自动布线）交互式布线可以考虑到整个PCB 的布局，使布线最优，其缺点是布线时间较长；自动布线可以使布线速度加快，但会使用较多的过孔。有时自动布线的路径不一定是最佳的，因此经常需要将这两种方法结合起来使用。
6）铺铜完成布局，布线后要对 PCB 进行铺铜。铺铜具有减小地线阻抗、提高抗干扰能力、降低压降、提高电源效率等作用。
7）放置测试点放置测试点的目的是检查该PCB是否能正常工作。
此部分是输出PCB的最后工作。
1）文字面处理为了使绘制的电路图清晰易懂，需要对整个电路图的元器件序号进行重新排列，并使用反标（Back Annotation）命令，使修改的元器件序号在原理图中得到更新。
2）底片处理设计者必须先设置每张底片是由哪些设计层面组合而成的，再将底片的内容输出至文件，将这些文件送至PCB生产车间制作PCB。
3）报表处理产生该 PCB 的相关报表，以提供给后续的工厂工作人员必要的信息。常用的报表有元器件报表（Bill of Material Report）、元器件坐标报表（Component Location Report）、信号线接点报表（Net List Report）、测试点报表（Testpoint Report）等。