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元明以来，随着中国政治经济形势的变化，长江流域在中国的总体位置格局和长江流域内部的社会经济格局都发生了较大的变化。
首先从元代开始中国“西北核心块”的地位完全丧失，而“东南核心块”地位完全确立，这就是指从淮河到巫巴山地东缘以东南的地区成为中国经济文化的核心区。虽然元明清政治中心仍在华北平原，但华北平原必须以大运河为纽带仰给东南财富来维系。历史时期“西北核心区”中唯一的亚热带地区长江上游的风光一去不复返。在这个时期，长江流域在中国政治经济文化中的核心地位奠定，特别是长江中游在春秋战国楚文化风骚长江问鼎中原后相对落后沉静1500年后，异军突起，演绎了几百年“湖广熟，天下足”的风采，而同时东南沿海的福建、广东地区也随中国政治经济格局的推移发展起来。
长期以来，长江中游江汉地区多沼泽水面，湖荡河滩纵横，成为长江流域的一个重要的天然调节水库。元末明初的战乱也使长江中游受其伤害，地方社会经济受到较大的影响。
由于元明时期长江流域主要的战乱在长江中上游地区，战乱以后形成人口真空，而长江下游地区今浙江、江苏、江西等地社会经济早在宋代就发展起来，人口相对密集，形成明代长江流域移民从东南向西、西北方向的扇形迁移。
明初到明末时期，大量江西移民进入湖广地区，形成了历史上的“江西填湖广”。移民进入这些相对发达地区，一方面使湖广地区地旷人稀的局面得到改变，同时也带来了先进的技术，促进了长江中游地区的社会经济发展。从上面我们统计的人口密度可以看出，长江中游地区在明代的人口密度已经大大超过长江上游地区。正是在这样的背景下，明代长江中游江汉地区大量沼泽湖荡被围垦为农田，农作物结构发生较大的变化，农业产量大大提高，农副产品生产能力提高，进而形成了历史上的“湖广熟，天下足”的局面，这种局面一直延续到清代、近代。
早在宋代早熟占城稻就已经传到荆湘地区，为双季稻的发展奠定了基础。清代乾隆年间双季稻开始从江西传入湖广地区，到明清时期两湖平原的稻麦复种制已经推广。在长江中游地区，间作套作也已盛行。明清时期与唐宋相比新出现的农具不多，但其中有一种叫匐蓑的整地工具就出现在两湖地区。另外肥料多样化，水利建设的发展，棉花、烟草等的种植，
特别是清代以来美洲高产农作物玉米、土豆、红薯等在丘陵、山区的推广，都使本地区的作物多样化，促进了长江中游社会经济的发展。当然，从总体上来看，元明清时期长江中游地区最引人注目的还是成为中国重要的粮食生产基地。
明清时期长江中游的湖南、湖北与四川、江西都是重要的产米地区，粮食生产基础雄厚，但由于长江下游地区农副业种植面积扩大，城市经济发展，使粮食种植面积相对缩小，形成对长江中游的粮食依赖，加上长江中游交通转输位置的重要，才形成了“湖广熟，天下足”的格局。同时两湖地区的粮食还转运到四川、甘肃、直隶、山西、江苏、浙江、福建、广东、广西、贵州、安徽、陕西、河南、江西等地，大半个中国都开始受到长江中游的接济。
农业经济的发展为城市经济的发展创造了条件，明代武汉有“东南都会”之称，清代人们称汉口为天下“四聚”，商业地位十分高，即刘献廷《广阳杂志》卷4所指“北则京师，南则佛山，东则苏州，西则汉口”，经济地位的上升为文化地位上升奠定了基础。从进士分布来看，明代湖北的进士数已经超过了上游的四川地区，湖南的进士数也接近四川地区，但到了清代湖南和湖北的进士数都超过了四川地区。
有的学者统计宋代任枢密使、参知政事、尚书、侍郎、学士、谏大夫之类的四川为47人，而湖北仅20人，湖南仅19人；到了明代湖北有75人，湖南有48人，而四川仅44人，
从中也可看出长江中游文化教育地位上升之势。明清时期长江中游的这种文化基础为近代荆楚地区人才辈出的格局创造了条件。
在长江中游崛起的同时，长江下游地区也继续发展，成为中国资本主义最为发达的地区，为中国的近代工业文明产生奠定了基础。
明清时期长江下游的农业垦殖在水稻种植技术进一步提高的基础上，由于美洲高产旱地农作物玉米、马铃薯、红薯的引进，加上平原地区烟草、棉、桑、甘蔗、茶叶的大量种植，使平原地区的农作物更加丰富，丘陵地区也因此得到进一步的开发。亚热带地区生物多样性带来的生产多样性，使长江下游地区土地利用更加深入。虽然长江下游在明清时期由于农作物的多样性使粮食种植面积扩大速度减缓，有时粮食要依赖长江中上游接济，但由于历史上有粮食种植的基础，因此仍是中国粮食生产基地所在。所以有的学者统计，明末南直隶、浙江、江西三地税粮额占全国的44.4%以上，而康熙时江苏、安徽、浙江、江西四省田亩银占全国的38.8%，收粮数占全国的64.7%。
农副业的发展促进了手工业的进一步发展。首先长江下游传统的纺织业越来越发达，元代兴起的棉纺织业在明代纺织业中异军突起，影响逐渐超过了丝纺业。在松江形成一个棉纺织中心，有所谓“以棉布衣被天下”之称；而丝织业更加专业化，技术更复杂，花色也越来越多。唐宋以前中国的制瓷工业主要是以黄河流域为主，明清以后长江下游地区制瓷业发展十分快。江西景德镇和浙江丽水、龙泉等地成为重要的制瓷工业中心，特别是江西景德镇每天佣工数万人之多，仅民窑就近千所，规模已经超过官窑，故有了“瓷都”的美称。长江下游的造纸、造船、印刷在全国也有较高的地位。
手工业的发展使城市商业发展很快。南京在明初作为都城，后都城迁往北京后，南京城市的发展并不因此停止，人口曾达9万之多。据记载当时南京城内商业极为发达，各种店铺达100多种，在清初乾嘉年间，丝织业规模甚至超过苏、杭二州。
扬州是长江下游一个重要的制盐业中心和集散地，同时也是漕粮转运中心，处大运河与长江大通道之枢纽，水陆交通地位重要。据记载，扬州城乾隆年间仅侨居的户口就达10万之多，有“土著十一而已”之称，有“民俗善商”之称。手工业以制漆工业影响最大。
苏州是太湖地区最发达的城市，也是江南地区最大的城市，有“东南大都会”之称。历史上有关苏州繁华的记载不绝于书，特别是城内的丝织业、印刷业十分发达，城中居民大半工技。
杭州宋代曾为京城所在，经济基础和文化底蕴都十分好。明清以来，城市商业仍是发达异常，丝织业和印刷业也是重要的手工业，脂粉、扇、漆、金箔等工艺品生产也很发达。
在城市大发展的同时，经济的发展也促进了市镇经济的发展。长江下游地区明清时期成为中国市镇分布密集和市镇经济最发达的地区，出现了景德镇、盛泽镇、瓜洲镇、平望镇、浒墅关、南翔镇、枫桥镇、塘栖镇、乌青镇、双林镇、濮院镇、石门镇等商业名镇。
在商品经济发达的同时，资本主义的萌芽已经在长江下游地区迅速扩展，特别是以丝织业为主的纺织工业十分明显。
社会经济的发达，为长江下游成为中国文化最发达和人才分布最密集的地区创造了条件。据统计，明代进士分布最多的地区是浙江和江苏地区，浙江为文化教育核心区，江苏为文化教育次核心区。到清代江苏地位上升，演变成为中国文化最发达的地区，而浙江则位居第二。据统计，明代当时整个北方地区所出的文学家还没有苏州府一府所出的多。
中国四大古典名著中《三国演义》《水浒传》《西游记》的作者罗贯中、施耐庵、吴承恩都是江南人，《儒林外史》的作者吴敬梓也是江南人氏，其他“三言二拍”的作者冯梦龙和凌濛初都是江南人。同时，江南地区也出现了文徵明、唐寅、仇英、董其昌、徐渭、朱登、石涛、郑燮、汪士慎等一大批名扬中国的大画家；戏剧方面江西弋阳腔、昆山腔对中国戏剧影响甚大，出现了汤显祖、洪昇、沈璟等戏剧家；科学技术方面有徐光启《农政全书》、宋应星《天工开物》、徐弘祖《徐霞客游记》等巨著问世。
在长江中游崛起和下游继续发展的同时，长江上游也有了一些发展，特别是四川东部地区的社会经济发展较快，地区之间的差别相对缩小。美洲高产农作物传入长江上游后，促进了山区地区开发，农副业发展较快，四川一度成为粮食输出的重要省区。但是由于中国政治经济文化教育重心东移南迁后，长江上游远离政治核心区，在大一统的国家格局中，长江上游在宋代形成的区位重要性又没有完全显现出来，加上元末明初和明末清初的战乱对长江上游的影响远远超过长江中下游地区，对长江上游的社会经济的负面影响逐渐显现出来。
在这样的背景下，明清时期长江上游地区政治经济文化地位一落千丈。从前面长江上中下游人口密度表来看，在明清以前长江上游的人口密度一直是独领风骚，但明清时期长江上游的人口密度却居最后。虽然清代长江上游的川米一度成为外输的重要物资，但明清时期长江上游的政治经济文化地位远没有昔日的风采。以蚕桑业为例，明代四川传统的丝织业经战乱一蹶不振，有所谓“锦官以南，千里无一株桑”之称，
这种衰落一直到清代仍然没有大的改变。政治经济地位的下降也表现在文化上，明清时期长江上游文化暗淡无光，据统计当时拥有进士数前十位的省区已经没有四川之名，文化地位远不如长江下游，也落后于长江中游地区。明代四川文坛只有杨升庵有较大名气。清代四川仅出了一个状元，而同时期江苏出了49个，湖北出了5个，湖南也岀了3个。长江上游在社会经济文化上已经远没有汉唐两宋时的风采。
鸦片战争以后，西方政治经济文化势力侵入长江流域，一度使长江流域的社会经济发生了重要变化。西方帝国主义列强侵略中国的一个主要路线就是沿长江流域东西向推进，使长江流域比黄河流域更早更全面地受到西方政治经济文化的影响。上海、汉口、九江、镇江、宜昌、芜湖、重庆、沙市、南京等城市相继成为对外开放商埠，长江流域也因此比黄河流域得到更多的发展机会。
同时，由于这种影响，长江上中下游在一些方面的格局也发生较大的变化。长江中下游继续在近代文明方面走在了中国前列；而明清时期整个衰落而又死气沉沉的长江上游曾一度回光返照，显现了一定的活力。在长江上游由于宜昌、重庆、万县等地相继开设为商埠，近代工业文明传入，近代工业也因此产生。近代教育同时刺激了上游地区，使长江上游不仅近代工业和文化在西部地区独领风骚，而且人才辈出，出现了一大批中国近代史上的风云人物。不过，这一切在中国政治经济文化东移南迁的大的背景下，不过是一时风采。长江中游仍然保持强劲的发展势头，荆湘地区在近代人才辈出，武汉等地发展远远超过重庆、成都，而长江下游更是借助东南近海的区域优势，成为中国经济文化最发达的地区。虽然在抗日战争时期中国政治中心一度沿长江下游移到长江上游的重庆，大量企业也西迁长江上游，一定程度上使长江上游的社会经济地位相对上升，但抗日战争结束后，东部仍然保留着政治经济中心的地位。到了20世纪50年代，整个近代工业只在国民经济中占10%，但这10%的70%仍然分布于东南沿海地区，其经济文化强势地位仍然没有改变。中华人民共和国成立以后，由于我们的三线建设等因素，长江上游经济地位相对上升，一定程度上缩小了明清以来形成的东西差距。但改革开放以后，东南地区得开放之先，加上“梯度理论”影响，长江上游与下游的差距更加拉大。这些年来，在“西部大开发”的背景下，长江上游的社会经济文化有了较大发展，特别是与长江中游地区的差距大大缩小，但明清以来形成的长江流域东强西弱的大势仍然呈现一种不可逆转、不可回归之势。